伽利略在大使的豪华住宅里已待了2个月，这里其实也就是一所监狱，除了和尼柯里尼来往外，法庭禁止他在罗马和任何人接触、通讯，也不许他外出。这段长时间的休息使他恢复了一些体力。他常坐在走廊下欣赏3月里温和的阳光，重读着玛丽亚温柔的短笺，它总带了些希望给伽利略。
尼柯里尼来到他身边，知道玛丽亚给了伽利略无比的安慰，也知道修道院从院长到诉苦的佣童，没有一个不为久别的伽利略祈祷。
伽利略将信拿出来，说道：“你来看，邮差刚给我带来了这封信。”
尼柯里尼细细地慢读，似乎是有意拖延一下他要说的话。
“你离开这里以前一定要先写封回信，”尼柯里尼说，“是的，你立刻就要离开这里。宗教法庭已有谕召传来。”
“他们要把我关进牢狱？”
“审判会的规定是，在实际审判期间，受审人必须住在多米尼克修道院内。你曾经去过那边，就是明内瓦教堂隔壁的那幢大建筑，”尼柯里尼不经意地继续说，“我会派一位我最信任的佣人侍候你。我已获准从我家里送饮食给你，还有纸笔文具等，让你有事可做，你不会感到是在坐牢。答应我，好好地、勇敢地生活，为了你自己，也为了许多爱你的朋友。”
伽利略默然地听着尼柯里尼的叙说。宗教法庭的程序从没有提过，以前受审过的人均必须保守秘密，但有些细节仍被泄漏了出来，伽利略全都知道，受审人永远见不到控诉他的人。通常，和民间法庭一样，他们采用最恶毒的刑罚以使犯人招供。他想到这些，垂下头来，手指颤抖地画了一个十字。
给伽利略居住的修道院住房，虽不能说是豪华，但干净、光线充足，不会叫人想起是一间囚室。房门没有上锁，侍者就住在隔壁，可随时应老人呼唤出入。每天都有人从尼柯里尼住所送来饮食和水果。伽利略平日虽喜欢这些在尼柯里尼家餐桌上的美食，但此时常常无法下咽。
伽利略到新居的次日，由侍者搀扶着顺着长廊慢慢地走上宗教法庭的审判厅。三个身着黑袍的法官坐在长桌后方，他们见到受审人十分衰弱，叫人搬了一张椅子让他坐着。伽利略现在孤独地面对三位审判者，没有一个护卫他的人在身旁。他抬头望见长桌后高悬的十字架。他错了，至少，还有一个朋友留在这里，他嘴唇抖动着在祷告。伽利略声音单调，机械地回答法官问起的每个问题。他已是一个年老的病人了，他曾经是有聪慧来观测星球的人，如今，他已经是说话含糊，且常是混淆不清的。是的，他早已受到过警告，不要再传播哥白尼学说。不，他并没有用写作《对话录》来违背权威的意见，放弃自己的誓言。他只企图把那位天文学家的观点当成假设，而不是叙述出来。关于这一点，早先他和审判会员磋商过，并获得他们的认可，他们的代表人不是已经发出了出版这本书的许可证吗？
但是，他是否应允过检查人员的要求，答应在书里面的“前言”中要确使每一位读者不致误认为他是在替哥白尼辩护呢？是的，他回答说，他有应允过，他已修改过他的《前言》。法官问：“那么《前言》为什么和书体印刷不一致呢？是否表示这一部分与全书无关？”伽利略回答说：“《前言》的几页手稿扣在罗马检查人手中很久了，取回来时，全书已先印好，这是以后补印的，因此字体有异。”
他感到头晕目眩，身体战栗，双手紧握住坐椅扶手，但是没有倒下去。他回忆起有一次看到几个农家孩子向一只壁虎投掷石子，他为什么没有试图制止他们呢？他的敌人现在正包围着他，他感受到每一个问题都在敲打着他疲惫的脑子。这场审问最后结束时，他已无力从椅上站起来，他的侍者和另一名多米尼克助理修士搀扶他回到了床上。
第二天审问继续进行，伽利略被问及是否写过有关潮流事件？他说：“是的，在《对话录》中曾经提及过。”又被问及是否被警告过如不将这项陈述删除，就会被吊销出版许可证？伽利略反击说：“罗马首席检察官已看过，已通过……”是的，但那一位首席检察官员已因疏忽职守而被革职。
这几小时的审讯实在够可怕的，但更可怕的是在休憩的时候，伽利略躺在卧床上，臆测着宗教法庭可能给他的折磨。就在昨天，有一位法官，好像不能再忍耐，凶狠地说：“我们有办法叫一个持异端邪说之徒说话。”
伽利略记得很久以前，在帕多瓦的时候，他和一位多米尼克教士、天主教教会法博士，聚谈至深夜。他承认，和民间法庭一样，宗教法庭也常常犯错误，但他坚定地说：“一切规章仍是公正和仁慈的。举例来说，审判会对60岁以上的嫌疑犯，禁止施刑。”
这位权威也勉强承认：“当然，宗教法庭有时也免不了有滥用权力的地方，我担心，我们的法官有时会由于过分相信真理，而忘记本身所负的使命。”
这一位受审的悲哀囚徒是否曾受过拷打苦刑，我们无法证实。但是，在他所控诉的恐怖情形中，也曾经提起过一些法官的威胁言辞。
他们会把他拘留到他死去才释放他吗？伽利略悲痛地想着，或者，他会像布鲁诺一样在圣安吉勒的石牢中度过他的末日吗？他幻想着那残酷的现实，广场上充满着仇敌的面孔，受刑人站立在空地上竖立的一堆余焰未熄的灰烬中……
“啊，慈悲的上帝，啊，怜爱的圣母。”伽利略喊道，“不要让我想起这些恐怖的事情，不然，我要疯了！让我记住我的花园、我的工作室、我的观测台，那修道院墙侧的小凳，我和我女儿在那儿坐谈，铃声响起她才应召起身去祷告。”
一天晚上，这位受惊的囚犯试图克服恐惧而回忆早先在罗马的光荣。他记得，彬彬有礼的耶稣会克勒菲神父的热情欢迎；蜂拥喧闹的宴会中，宾客排队轮流看望远镜的情景；乌尔班教皇致赠的著名艺术家作品。突然间，伽利略记起佛罗伦萨圣马可教堂中的一幅壁画。这位画家安吉里柯，被请去罗马替教皇尼古拉五世装饰一间小祈祷室，三年以后便死去。
伽利略上次访问罗马时，曾到这位佛罗伦萨画家墓前致敬。他就是被埋在伽利略现在住处的隔壁教堂里。听说，碑上的拉丁文墓志铭小诗是尼古拉五世所作。他认真地思索了一番，回想起那首诗来：
亚披力斯荣耀属我，我无动于衷，
啊！我主基督，我把它奉献给你。
多斯卡尼花都孕我、育我。
我感恩上天；我的艺术永遗大地。
这些回忆使他平静了下来，但将近午夜入睡时，他又梦到布鲁诺的最后苦难。侍仆听到他的呼叫后，快速跑到他的床边。
伽利略告诉他说：“不，我不要什么。你回去睡吧，孩子，去休息。我真抱歉，我的噩梦把你打扰了！”
伽利略无法再入睡，他让自己沉静地、有条理地思索着。为什么审判会要费尽力量来打击一个真正的天主教徒呢？他从没有像布鲁诺一样叛乱过，他仍旧以教堂为母亲。一位母亲该了解、宽恕儿女的心。
随后一天的审讯，有更多的指控与更多的问题。