面对潮水般溃退的场景，戴笠仍镇定自若地布置指挥着潜伏和转移方面的工作。他首先任命文强为特务处“前方办事处”处长，负责收容别动队的人员，以及中国军队从淞沪战场撤退下来的散兵游勇。
接着，戴笠又下令文强，迅速终结“文友社”。而对于程克祥和彭寿，因为在搜集日方情报方面做了大量的工作，特别在南本实隆到上海后，他们做了许多方面的配合。戴笠觉得，这两个人是可信、可用的。他下令，让程克祥和彭寿在上海失守后潜伏下来，保持与日本间谍网的关系，进一步开展收集情报的工作。
然而此时情况出了变化，日方的情报机构给了程克祥和彭寿新的任务，要他们到南京开展谍报工作。
戴笠同意后，文强把程克祥和彭寿带到了南京，让他们与特务处南京潜伏区负责人钱新民接上了关系。想不到，上海沦陷不久，南京也遭沦陷，钱新民则投敌叛变，程克祥和彭寿被日军逮捕入狱。后来，还是由于周佛海的斡旋，程、彭俩人没有被处死，他俩还成了周佛海和戴笠之间的联系人。当然，这是抗战后期的事情了。
上海被日本军队占领后，成为了特务处的“特区”。戴笠着力安排潜伏人员，他组织了几个潜伏组，其中，沈醉带领一个潜伏组，潜入日本人集中居住的虹口地区。
沈醉字叔逸，是湖南湘潭人，他生于1914，此时只有23岁。他18岁就加入了特务处，素以年纪小、资格老而著称。
沈醉加入军统前，原本是长沙的一名初中学生，练得一身好武艺，因跟着高年级的同学一起闹学潮，被校方开除。遭到父母责骂后，就离家出走，前往上海投奔姐夫余乐醒。有一天，余乐醒让他去杭州警官学校给戴笠送信，不知情的沈醉就欣然前往了。
他到了戴笠那里，把信交了戴笠。而戴笠看完了信，就上上下下地打量起沈醉来，只见这小伙子身材高大，眼神机灵，精神抖擞，肌肉结实，是个特工材料。
戴笠便与沈醉谈了很久，连哄带骗地给了他一个表格填写，让他加入了特务组织。戴笠很器重沈醉，在沈醉19岁时，便提拔为少校行动组长兼法租界情报组长，还给他委派了生平第一个暗杀任务——除掉沈醉自己手下一位叛变的组员胡继业。给他的武器，则是一根削得又薄又尖的竹刀，刀尖上沾着剧毒。
要杀自己的组员，这让沈醉万分害怕。不过，他还是干脆利落地完成了任务，从此，他“杀人”的胆子就渐渐大了起来，成为一个不折不扣的秘密杀手。
后来，沈醉多次受命执行抓捕共产党的任务。有一次，沈醉与一位共产党员扭打在一起，都从楼顶上摔下来。那位共产党员摔死了，而沈醉侥幸被二楼的一根晒衣服的竹竿挡了一下，但左眼球却被竹竿挑了出来。戴笠闻讯，特意派人请了最好的德国眼科医生为沈醉动手术，保住了沈醉的性命和眼睛。
从此，为了报答戴笠的救命之恩，沈醉可谓是“脑袋掖在裤腰带上”地为戴笠工作。而戴笠，面对这样一员爱将，虽然不忍心让他留在上海，但面对抗日大局，他只好忍痛割爱，派沈醉作为上海一个潜伏小组的领导。
沈醉这个潜伏组共14人，其中有沈醉介绍到“上海特区”工作的二哥沈默，还有他的其他三个亲信。为了便于掩护，沈醉让家在上海的组员都连家带口一起搬进虹口区。他们的主要任务是侦察、刺探日本人的军事情报，指示轰炸目标，做一些破坏、暗杀方面的工作。
然而，由于缺少基础，也无人能与日本人拉上线，他们很难打入敌人内部，只能在咖啡馆、酒吧间偷听一些日本浪人或汉奸的谈话，从中获得一点有用的情报。
有一次，沈醉的一个组员发现离他家不远处有一座戒备森严的仓库，他经侦察，得知那是日本人的弹药库。沈醉立即把情况向上级、上海特区区长周伟龙作了汇报。不久，中方大炮就轰击了这所弹药库，把这个仓库炸毁了。
然而，由于缺乏经验，没有想到要撤退周围的居民，炮轰弹药库引起的爆炸，炸死周围大量居民，其中还包括那个组员的妻儿。
为了讨回血债，沈醉用重金雇来一个潜水能手，去炸停泊在上海的日军军舰，可是，他们盼来的不是“轰隆”的巨响声，而是港口那边传来的阵阵机枪声。原来，那个潜水能手还没靠近日军军舰，就被机枪射死了。
后来，沈醉决定亲自行动，杀死几个日本人来解恨。他带着几个组员，选中了一幢左右都无人居住的空房，在房里安上了许多炸弹，然后从楼上的窗口里扔出一枚手榴弹，用来引诱敌人。果然，爆炸声引来的日本兵，气势汹汹地将楼房大门踢开，安放的炸弹当场炸死几个敌人。
后来，虹口区的日本军队决定将居住在那里的中国人赶走，沈醉等人只得全部撤出。戴笠又派沈醉他们作为战地调查组去罗店、浏河，其任务主要是深入前线，了解部队对日作战情况、伤亡实数和阵地变动情况，同时还要监视部队，防止部队投降，或者部队长官花天酒地、玩忽职守。然而，上海的最终结果是“弃守”，沈醉领导的小组，也只能返回南京报到。
再说文强从南京返回上海后，上海已基本失守。戴笠是在最后时刻，安排完别动队的撤退事宜后，才搭上上海至香港的最后一班船去了香港。
此时，文强按照戴笠的指示，派出6个收容小组，分别收容别动队队员两千多人和国民党军的散兵游勇八千多人。然后，他带着这些人绕道南通、苏州和句容等地，最后到达了皖南祁门的历口镇。
戴笠在青浦和松江举办的两个特工训练班，也一同随着大队人马撤退。这两个特工训练班，在撤退前遭日军袭击，损失很大。特别是青浦特工训练班，原来有四百多人，可到历口镇时已不到50人了。尽管这样，戴笠仍然把他们作为自己发展特务武装的主要力量。
为了稳定这支队伍，戴笠在历口镇召开了“官兵大会”，宣布改军事委员会苏浙行动委员会为军事委员会忠义救国军，并把在历口镇的部队改编为忠义救国军教导第一团，戴笠自己亲任团长。凡参加青浦和松江特工训练班的学员，除少部分被戴笠挑选到总部工作外，其余的全在忠义救国军里担任连营以上的干部。不久，当忠义救国军教导二团和三团在浙西和苏南相继成立后，戴笠又宣布成立忠义救国军总指挥部。
抗战全面爆发之后，戴笠更是“秉承领袖旨意，体谅领袖苦心”，扮演了一个“除奸杀手”的重要角色。
后来，军统成立以后，当时军统上海区制定了一个方案：以身着军服的日本人为格杀对象，无论军阶高低，职务大小，无须申报，得手就当场干掉，执行地点以日占区及其势力范围之内为限。该方案于1940年上报戴笠并得到批准。
1940年9月到太平洋战争爆发前，上海军统区行动50余次，击毙击伤日军60人以上。而在日本军人经常出入的场所，上海军统特工也进行了多次爆炸活动。
中国特工们暗杀日本军人的行动，虽然没有正面战场那种轰轰烈烈，但他们在严酷的环境里，不顾个人安危，用自己的勇气和鲜血，表达了中国人民对侵略者的愤慨和仇恨，也为抗战做出了自己的一份贡献。
沦陷区的“奇侠”
上海失守以后，国民党在上海的党政要员纷纷外逃香港，有人多次劝说国民党“三朝元老”、曾当过民国第一任“国务总理”的唐绍仪，请他离沪赴港，但年近八旬的唐绍仪却迟迟不动。这便引起了戴笠的注意。
戴笠安排在上海的大批潜伏特务，除了搜集日方情报，同时也监视各方人员的动向。他们发现，日本人正在拉拢唐绍仪。日本人派出一个专使拜访唐绍仪，动员他出面组织新政权。
日本侵略者急于在其占领区内寻找一个有声望、有资历的中国政客，出面组织政权，以实现“以华治华”的策略，于是他们便看上了唐绍仪。但多次劝说之后，唐绍仪并没有答应。
戴笠电令上海特区区长周伟龙，叫他对唐绍仪采取严密监视。周伟龙手下有个特务叫谢志磐，和唐绍仪有亲戚关系。他只知道日本人去过唐家，但具体情况不得而之。由于戴笠催得紧，谢志磐只好把从唐家一些人口中听得的消息，添油加醋地报告给周伟龙。而周伟龙为了邀功，也加上了一些水分。
后来，戴笠又请在香港的杜月笙给唐绍仪写信，找人持信去上海见唐绍仪，劝唐绍仪立刻动身离沪。唐绍仪表示决不会当汉奸，一定要去香港，却没有马上动身的意思。
其实，唐绍仪是历经政治风云、老于世故的成熟政治人物，对于自己出处的荣辱得失，是有充分考虑的。他身居日寇包围中的“孤岛”上海，不愿得罪任何一方，便采取与各方暧昧不明的态度。
蒋介石为不让唐绍仪为日本人利用，决定先下手为强。于是，戴笠一面向蒋介石汇报情况，一面布置暗杀行动。具体的暗杀小组领导人，依然是赵理君。
1938年9月30日这天，谢志磐先与唐绍仪约好，说有古董商人要出卖古董。将一个仿古花瓶用盒子装好，内藏一把小钢斧，由赵理君扮成古董商人，另一个特务李阿大扮成伙计带着它，乘车前往唐绍仪家。
唐绍仪平生喜爱古董，恰此战乱时期，可以买到便宜货，便毫无防备之心，把“古董商”请到客厅会见。
赵理君进到客厅时，先是乘人不备，将香烟盘上的四盒火柴都装入自己兜里。见唐绍仪来到客厅，便假装抽烟找火柴。唐绍仪见客厅里没有烟，便让佣人去找。
佣人离开后，客厅里只剩下赵理君、唐绍仪、“伙计”这三个人了，赵理君见是个机会后，就请唐绍仪看花瓶，趁唐低头观看的刹那，“伙计”李阿大抽出事先准备好的斧头，对准唐绍仪的脖子，狠狠地劈下去。
唐绍仪死后，全国舆论哗然，国民党内的一些元老们，都知道这事一定是戴笠干的，他们纷纷向蒋介石表示不满，因为没有唐绍仪“通日”的确凿证据，怎么可以随便杀人？
蒋介石没有办法，一边致电唐绍仪家属表示慰问，并寄去五千元钱治丧；一边以国民政府名义，明令褒扬，将生平事迹陈列在“国史馆”中，以平息风波。
没有“确凿证据”的政客尚如此，那些明确投敌的政客们，更是大批地成为戴笠的刀下鬼。上海沦陷后，汉奸活动猖獗，上海成了开展除奸活动的重点地区。比如，伪维新政府军政部长周凤岐、外交部长陈篆等汉奸，就被上海潜伏区长周伟龙组织的行动组击毙。
不过，戴笠最为忧虑的，还是帮会头子张啸林的叛变投敌。
张啸林是杜月笙、黄金荣并称的“上海三大亨”主之一，蒋介石多次交代戴笠，要动员杜月笙、黄金荣、张啸林一起离开上海到内地。可是，戴笠虽然努力地动员了半天，却只有杜月笙一人离开上海去了香港。黄金荣以年老体弱为借口，不肯离开上海。而张啸林则认为，杜月笙一走，正是自己独霸上海的良机，也不肯离开上海。
日军攻占上海后，很快看中了张啸林。而张啸林本是个毫无国家民族观念的帮会流氓，于是一拍就合，欣然当起了汉奸，还建立了一个“新亚和平促进会”的汉奸组织，为日军的经济掠夺效劳，乘机大发国难财。
张啸林的恶势力遍布上海各个方面，在租界内也有一批门徒。如果让他和日军结合在一起，“孤岛”上海就会很快被汉奸势力把持。
不过，戴笠是久经江湖历练的人物，他知道，要杀张啸林，没有杜月笙的理解和支持是不行的。因为杜月笙这种帮会人物，历来重视江湖名声。现在黄金荣年事已高，上海的帮会正是杜月笙与张啸林“一争天下”的时候，杜月笙最怕的就是背上一个对张啸林“下黑手”的恶名。所以，戴笠一定要先打消杜月笙的顾虑，才能实施这次针对张啸林的“锄奸行动”。
于是，1938年5月，戴笠利用蒋介石在汉口召集国民党各省市负责人谈话会的机会，电邀杜月笙到汉口。
在汉口，戴笠设宴款待杜月笙，还邀请上海市党部负责人吴开先、陶百种及杜月笙的心腹弟子——上海市党部委员陆京士、汪曼云作陪。
戴笠之所以这么安排，其实是特意找来陆京士、汪曼云等政府要员在场“作证”，将来传出去，“杀张啸林”出自戴笠，与杜月笙无关。
席间，戴笠与客人先谈了一番风花雪月、东南西北。饭后，吴开先、陶百种二人先后告退，只剩下戴笠、杜月笙、陆京士、汪曼云四个人。这时，戴笠便单刀直入地说：“杜先生，大帅（张啸林）是不是转不过身来？”
杜月笙则谨慎地回答：“这也谈不到转不过身来与否，或许还是由于我们相隔较远，传闻失实吧？”
戴笠听了杜月笙的话，唔了几声，在地板上兜了两个小圈子，又突然用双手拍拍杜月笙的肩胛，说：“杜先生，你可要大义灭亲啊！”
陆京士、汪曼云见此情景，神经也紧张起来。杜月笙似乎很激动地，急忙表白道：“我的人决不杀他！”
戴笠自然不好与杜月笙强辩下去，于是，他对从上海沦陷区赶到汉口开会的汪曼云说：“曼云兄，你回上海对他们（张啸林）说，要再是这样搞下去，别怪我要他的脑袋！”
听了这些话，杜月笙就默然不语了。
戴笠见他的目的已经达到，于是就暗中布置起来。他先是给上海潜伏区下令，让他们拟订一个方案，然后伺机实施。后来，陈恭澍接替周伟龙，成为上海潜伏区的区长，戴笠便向陈恭澍发出了针对张啸林的锄奸令。而陈恭澍把这个任务又交给了他的行动组长陈默。
陈默策划了两次暗杀行动，但均未成功，于是开始设法策反张啸林的保镖林怀部。
林怀部起初只是张啸林的门卫，因为一手好枪法，取得了张啸林的信任，被聘为保镖。陈默许诺，事成之后，给林怀部5万块银元，又说了一大套关于除汉奸的“民族大义”，于是，林怀部很爽快地答应了下来。
1940年8月14日，有客人来拜访张啸林。林怀部本来想趁张啸林送客下楼时动手，但这时只见管家又叫来了妓女陪酒、陪赌，看情况，赌局和饭局交替进行，得持续到深夜了，林怀部也无法下手了。
这时，林怀部看到张啸林的司机阿四在院中擦车，他突然心里有了一个主意，他故意凑过去，对阿四说：“有些私事，请师傅去楼上向张先生讲一声，准我5天假。”
阿四摇摇头说：“张先生有规矩，会客时不许下人打扰，你又不是不知道。”