追悼会上，蒋介石亲自到会主祭，所有军统内外勤的大特务全部到会。蒋介石在讲话中情不自禁流下眼泪，参加追悼会的特务们也大都痛哭失声。礼毕，蒋介石走下主祭台，在一批死者家属面前转了一圈，一一握手赠金，含泪而泣。特务家属们想到戴笠已死，军统前景黯淡，自己今后的生活也将难以保障，不由悲上心头，一个个号啕大哭起来。毛人凤觉得在此种情况下，知道蒋介石难以脱身，当即挥手制止，将哭声压下，而卫士们趁机护卫蒋介石离开追悼会现场。
戴笠死后，国民党隆重举行的祭奠活动，可谓是盛极一时。全国各大城市军政最高长官，都按蒋介石的旨意，为戴笠举行公祭。
6月11日，南京国民政府发布命令，追授戴笠为陆军中将。命令的全文是这样的：“故军事委员会调查统计局局长戴笠，智虑忠纯，谋勇兼备，早岁参加革命，屡濒于危。北伐之役，戮力戎行，厥功甚伟。抗战军兴，调综军事情报，精勤益励，用能制敌机先，克奏赝功。比以兼办肃奸工作，不遑宁处。讵料航机失事，竟以身殉，缅怀往绩，痛焯良深。该故局长应予明令褒扬，着追赠陆军中将，准照集团军总司令阵例公葬，并交部从优议恤。生平事迹，存备宣付史馆，用示政府笃念勋劳之意。此令。”
6月12日，南京数万军民为戴笠举行隆重的葬礼。上午9时，蒋介石身穿特级上将的军服，在大批文武官员的陪同下，亲自护送戴笠的灵柩到钟山灵谷寺志公殿。蒋介石在葬礼上含泪亲读长篇祭文，痛感“惟君之死不可补偿！”送葬队伍一律素衣白马，由陆军第五十一师师长邱维连为指挥官。当天，国民党报纸报道：“南京万人空巷，痛哭戴将军”。
然而，与此同时，有关戴笠死因的种种流言，却渐渐传播开来。就连远在西北前线的胡宗南，也听到了这些流言，不由心中起疑。
胡宗南接到毛人凤打的电话，当即乘专机赶到了南京。当他走进灵堂，见到戴笠的遗像后，便禁不住泪水纵横，立即抚棺痛哭了起来。当听说飞机失事是因为气候原因引起后，胡宗南站在戴笠遗像前，好久没有说话。
戴笠葬礼
然后，胡宗南就针对自己听说的那些传闻，再三向沈醉询问，但全被沈醉否认了。临走时，沈醉把一套为戴笠收尸时拍的照片送给了胡宗南。胡宗南收下后，又绕着棺木走了两圈后才离去。过后，胡宗南原本打算去戴笠坠机现场观察一番，因听说现场那边不通汽车，只好放弃了。
而听说戴笠的死讯后，最绝望的恐怕是周佛海了。正被软禁着的周佛海是过了许多天后，才知道戴笠已离开这个世界了。当时周佛海就仰天长叹：“雨农死了，我也完了！”果然，一个月后，军统局将周佛海等人移送到了南京老虎桥监狱。不久，周佛海虽然施出了浑身解数，但还是被南京首都高等法院判处了死刑。后来，由于周佛海的老婆要公布当年戴笠转给周佛海的那封“知名不具”的密信相威胁，蒋介石才发布了特赦令，将周佛海的死刑改为无期徒刑。
1946年8月，美国特使马歇尔将军及美国驻华大使司徒雷登发表联合声明，宣布“调处”失败，内战开始全面爆发时。有一日，蒋介石与宋美龄乘车到灵谷寺志公殿凭吊戴笠。蒋介石进入灵堂后，立即把头上的草帽摘了下来，面对着戴笠的遗像，默默地凝视着，许久没有说话。
其实，蒋介石在这个时候来凭吊戴笠绝不是偶然的。在以往的政治生涯里，每当一个重大事件来临或是形势发生转折时，戴笠总是能以他特有的敏感，及时提供准确的情报，以便蒋介石作出切实的应变措施。蒋、戴之间的那种依赖感和信任感，虽然一度受到严重破坏，但“亲密合作”永远是主流。
戴笠的死，使得他对蒋介石的威胁完全解除。而戴笠的忠诚和重要性，对蒋介石来说，却是无人能取代的。出于这种补偿或报答心理，凭吊完毕后，蒋介石决定亲自为戴笠选一处安葬地。
半个月后，蒋介石只身在毛人凤和沈醉的陪同下来到了灵谷寺的后山。在一个有水塘的山势旁，蒋介石对毛人凤说：“我看这块地方很好，前后左右都不错，将来安葬时取子午向。”蒋介石说完，又要毛人凤找人看看什么时间下葬最适宜。蒋介石对戴笠的后事如此操心，使在场的军统人员感动不已。
戴笠死后，蒋介石曾对人说：戴笠“生也为国家，死也为国家”。为此，蒋介石多次示意时任教育部长的陈立夫，要发动一些文化、教育、法律界的名人，写几幅挽联来“悼死抚生”。为此，陈立夫招来一些名流聚会，向大家提出了给戴笠送挽联的事。然而，在场的名流们一个个相互推诿，不敢接命，生怕引火烧身自找麻烦。
这时，国民党元老张群，素知在场的章士钊先生与杜月笙交谊不浅，与戴笠也有很多交往，于是极力推荐章士钊主笔。在众人的一致附和下，章士钊先生自知已不好推辞，稍加思索后，一挥而就：
生为国家，死为国家，平生具侠义风，功罪盖棺犹未定。
誉满天下，谤满天下，乱世行春秋事，是非留待后人评。
马汉三终于落网
当时，国内外人士都难以相信，戴笠这么一个神通广大的“间谍王”，居然会死于一次飞机失事。关于他的死因，一时间流传着多种说法。
其一，有人认为，蒋介石才是幕后真凶。戴笠死时，正值蒋、戴关系紧张，使人们不敢在戴笠之死这个“敏感问题”上去穷追深究。不过，很多人都知道戴笠生前说过这样的话，“我不是死在共产党之手，就是死在委员长之手”。不仅如此，戴笠死前，蒋介石正在撤消军统的事情上做文章。现在戴笠死了，恐怕蒋介石难辞其责？
其二，是共产党在飞机上安放了炸弹。
其三，则是美国在飞机上放了炸弹。不过这些说法都找不到确凿证据。
第四个说法很奇特，是当时国内一家报纸上刊载的。说是当时原新四军军长叶挺，被释放后也坐上这架飞机。叶挺与戴笠在飞机上相见，他们看到对方都怒不可遏，拔出手枪对射，导致飞机起火爆炸。当然，这个说法是完全经不起推敲的。
戴笠乘坐的飞机，于1946年3月17日在南京郊县江宁县的岱山坠毁。而叶挺于1946年3月4日自重庆飞返延安，途中飞机失事，在山西省兴县黑茶山附近坠毁。两次事件，由于时间上离得很近，于是导致了民间的一些传言。
还有一种，就是戴笠死于“天意”了。当时，戴笠一死，“宿命论”弥漫了整个军统内部，甚至一些国民党高级官员也深信不疑。戴笠撞死的地方叫岱山，尸体恰被雨水冲入“困雨沟”，正与“戴雨农”暗合。于是，平日不迷信的人，面对于这种冥冥之中的巧合，也不由得不倒抽一口冷气。
还有的特务说，戴先生的座机本拟到南京明故宫机场降落，明故宫机场在南京城东隅，岱山却在南京西南郊县。飞机从北边偏东方向飞行，本与岱山风马牛不相及；可是飞机到达南京地区上空后，突然风雨大作，驾驶员顿时不辨航线机场，222号专机像是鬼使神差般地，被一股引力拉向西南方向，直向岱山冲去。
不过，戴笠之死，无论对蒋介石，还是对他手下一批大特务来说，也确是死得其时，死得其所。戴笠的死，挽救了戴笠自己，也挽救了毛人凤等一大批与戴笠关系很深的军统大特务。所以，上自蒋介石，下自军统大头目郑、唐、毛等人，谁也无心想到戴笠之死有什么异常。即使有什么蛛丝马迹，每个人为自己的政治利益与前途考虑，也是不愿去追究。
到了1948年，也就是戴笠死后两年，这个“3.17空难”却私下“破案”了，保密局（军统改组后的机构）将一份绝密文件呈送蒋介石，指控戴笠是被原北平军统站站长马汉三谋杀的。
原来，马汉三自从交出九龙宝剑后，就时时坐立不安。他感到，与其坐以待毙，不如铤而走险，向这个无人能敌的“戴老板”作一次最后的较量，而决不束手就擒。
马汉三当即按久已蓄谋的步骤实施。为了能稳住戴笠、龚仙舫，争取时间，他先痛快地交出宝剑。发现戴笠并没有立下杀手赶尽杀绝的意思，马汉三又搬来大量书画古董、金银财物，来孝敬戴笠。
在戴笠看来，马汉三此举无非是想“赎罪”和“堵嘴”，但是他这样做的结果，不是暴露了“利用肃奸行动大肆搜刮汉奸财产”的罪行吗？所以，行贿只是个“缓兵之计”，马汉三还是要想办法致戴笠于死地。
于是，马汉三又将自己的心腹秘书刘玉珠找来，研究如何实施下一步行动方案。刘玉珠又名刘贵清，男性，在重庆就是马汉三的秘书，当时是马汉三集团内最核心的成员。马汉三所有贪污索贿行为，都是刘一手经办，二人已到了生死与共的地步。