鉴真对日本有着极为深远的影响。鉴真东渡不仅为日本带去了佛经，还促进了中国文化向日本的流传。在佛教、医药等方面对日本都产生了巨大的影响。
佛教方面：鉴真在日本首次建立起了严格的戒律制度，日本佛教由此才得于步入正轨，严格的戒律制度也便利了政府对佛教的控制，不仅杜绝了由于疏于管理而造成的种种弊端，更促使佛教被确定成为日本的国家宗教。此外，鉴真和其弟子所开创的日本律宗也成为南都六宗之一，一直流传至今。
医药方面：鉴真其人十分熟悉药方，当年光明皇太后病危之时，只有鉴真所进药方有效验。根据日本《本草医谈》记载，鉴真只需用鼻子闻，就可以辨别药草种类和真假，他还大力传播张仲景的《伤寒杂病论》的知识，并留有《鉴上人秘方》一卷，因此，他又被誉为“日本汉方医药之祖”。按照日本汉方野崎药局主席野崎康弘的说法，鉴真带往日本并推动使用的药草有以下36种：
麻黄、细辛、芍药、附子、远志、黄芪、甘草、苦参、当归、柴胡、川芎、玄参、地黄、紫苏、丹参、黄芩、桔梗、旋覆花、苍术、知母、半夏、芜花、栀子、五味子、黄柏、杏仁、厚朴、和厚朴、肉桂、杜仲、唐木瓜、大枣、蜀椒、花椒、吴茱萸。
鉴真在中、日两国都享有很高的声誉。当鉴真去世的消息传回扬州的时候，为了悼念鉴真，扬州僧众全体服丧日，还在龙兴寺行大法会。在日本，佛教界也举行了大型纪念活动，日本佛教界还将鉴真去世的这一年定为“鉴真大师显彰年”。1980年，在邓小平同志的努力下，唐招提寺住持森木孝顺奉鉴真漆像“同乡探亲”，扬州大明寺也因此得以重修，并成为中日邦交史上一件大事。