与国有企业相比，非公有制企业具有三个方面的比较优势，一是产权清晰、出资人到位，企业家对企业发展有着强烈的责任感和事业心；二是机制灵活，决策迅速，人尽其才；三是没有沉重的历史包袱和企业办社会的困扰，然而，随着我国买方市场的形成，商业竞争激烈到白热化的程度，企业收益递减规律使不同所有制企业都进入了微利时代，同时，随着国有企业改革的深化和治理结构的逐渐优化，非公有制经济在体制和机制上的比较优势也日趋弱化。通过建立现代企业制度，国有企业逐步成为相对独立的市场竞争主体，其经营机制正在转换和日趋灵活；国有企业经营者年薪制和股份期权计划正在试点之中，无疑将大大提高其责任感和事业心；减员增效、建立社会保障体系、后勤服务社会化等一系列配套改革措施的实施，将使国有企业卸下沉重的历史包袱，轻装上阵，和非公有制经济展开公平的竞争。面对着逐渐完善治理结构的国有企业，非公有制企业的比较优势大大减弱。
（第五节加快非公有制经济发展的措施
要切实解决非公有制经济发展中的问题，使非公有制企业重新充满活力，应该着手从以下几个方面进行一些尝试。
一、产权制度改革
针对不同产权制度上的弊病，产权制度改革的具体措施也相应地有下面这几条。
第一，针对产权结构单一的问题，可以设法变单一投资主体为多元化投资主体，把独资的形式改为混合投资形式，发展混合经济。非公有制企业既可以引入其他投资主体，不分公有、私有和外国资本，互相参股，也可以把企业改制为职工持股的股份合作制企业。通过投资主体的多元化，不仅能够形成合理的产权结构，还有利于迅速扩大企业规模，借助规模效应来提高企业经营效益。
第二，针对产权界定不清的问题，应该进行企业的清产核资，界定产权归属。有的非公有制、个体企业是向集体或国有承包或租赁的，有的是国家或集体单位投资或担保贷款的，现在企业发展壮大了，企业资产的构成和承包租赁之前变化很大，产权关系也模糊起来。因此，必须进行清产核资，明晰产权，界定归属，确定各自所占比例，明确各自享有的权利。
第三，解决企业挂靠的问题。过去由于对非公有经济存在认识上的误解和政策上的障碍，许多个体、非公有制企业挂靠在国有或集体企业上。现在，个体非公有制企业可以理直气壮地还自己一个真面目。如果有必要继续挂靠，首先要明晰产权归属，在明晰产权的前提下，国有与非公有经济可以互相渗透发展混合型经济，明确出资者和经营者权责，实行两权分离。如果不需要继续挂靠，就应该理清挂靠双方的权利与责任，然后使非公有制企业获得独立自主的地位。
二、建立完善的企业组织制度
在非公有制企业里，企业主和职业经理的关系很难处理好，企业主一方面希望职业经理有足够的权利使企业资产更好地保值增值，但另一方面，他自己又经常不自觉地把自己的意见强加给经理人，因为他有这个权利，这样使得非公有制企业决策权紊乱，决策随意性强。解决这个问题最好的途径是建立现代企业组织制度，其核心意义在于明确哪个组织（或者个人）掌握着企业的决策权。非公有制企业里，由于股东数量很少，股东会的重要性相对来说并不大，而经理层受到的制约较多，因此董事会的作用显得格外重要。董事会掌握着企业的重大决策权，企业主进入董事会，由董事会集体决策企业的重大事务，企业主对经理人的经营活动不再直接干涉。董事会的组成人员除出资人和企业部分高层管理人员外，还应该吸纳外部董事参加，企业的外部董事一般应有技术专家、管理专家、法律专家、市场营销专家等，同时外部董事具有一定的独立性，能够比较客观地评价经理的业绩，做重大决策时能够摆脱利益的纠缠。董事长一般是由控股者出任，为了实行“两权分离”，董事长原则上不兼任总经理，由董事会按公开、公平、择优的原则聘任总经理。经理班子作为执行机构，全面负责企业生产经营活动，并对董事会负责。同时，在企业中建立党组织、工会组织和职代会，这些组织在企业中能够发挥不同于新三会的作用。
非公有制经济管理非公有制企业在成立后应根据企业内部的实际情况建立起相应的管理架构，建立管理架构的时候应该遵循下列原则：第一，管理人员齐备，各岗位职责分明。要明确各级管理人员的职责，责任应该与权利相匹配，责任不可过大，过大会增加管理人员的压力，如果出现管理脱节则使管理的效率不能保障；责任也不可太细，太细就容易浪费管理资源，管理环节过于复杂也使得效率低下。企业除了建立管理机构之外，还要成立专门的监督机构，如财务监督机构、生产成本和核算机构、销售管理机构等，这些机构往往在企业管理体系中发挥关键的作用。第二，机构的设立必须有前瞻性。在建立管理架构前应该确定企业的定位，明确企业的发展方向，并分析这样的定位需要什么样的管理部门，虽然大部分机构不会因企业不同而有差异，但每个企业都应该根据自己的需要设立一些特殊的部门。第三，机构设立应该根据企业规模不同而具有弹性。如果企业的规模较小，可以根据需要先设立一些主要机构来维持企业的运营，这样比较灵活，也节省资源，待企业发展壮大之后，再慢慢在原来的基础上扩充各个机构，同时应根据实际情况制定相应的管理制度，保证企业内部的正常运作。
四、科学构建企业经营管理模式
企业应该从发展战略方面考虑制定规划，明确企业在近期与远期的目标以及想要实现的目标所需聚合的资源，特别是人力资源，确定合理分配与使用资源的方案，逐步实现企业要达到的阶段目标，进而实现企业总体目标。
企业在发展过程中应实施集团和名牌战略，实行规模经营和集约经营，增强现代管理意识，逐步改变作坊式生产和家庭式管理；要健全财务制度，特别是健全成本核算制度，建立成本控制体系，加强资金的调度和管理；要坚持质量第一，效益第一，严格质量管理，利用产品质量赢得市场。
有条件的非公有制企业，可以从外部聘请有关专家，对其重大经营决策按科学合理的程序进行评估，定期审视企业经营活动，评价决策效果。这样做既可以扩大经营视野和提升管理理念，又可以相对降低管理成本并尽量规避决策失误的风险，有利于逐步改变完全依赖创业者个人独断或家族内家长决策的做法，避免由于个人和家庭成员的素质局限，导致经营决策失误，给企业造成重大损失，逐渐形成依靠外部可利用的资源和企业内部整体力量推动企业长期健康发展的良好机制。
五、引进和充分利用人才
人才，特别是掌握了关键技术信息和先进管理方法的人才，是企业取得发展和进步的重要推动力量，非公有制企业因为人才的缺乏，就应该较公有企业更重视人才的引进；在主动引进一定数量的外部管理人员和技术人员后，还要为他们发挥作用创造有利的条件，特别是要让那些有实践经验的、高层次的企业管理人才承担企业主要管理岗位的职责，以改变目前主要是家庭成员或家族成员构成经营管理者队伍的情况。引进外部真正的高级人才，有利于在企业内部创造群策群力的氛围，向所有者展示更大的思维空间和更多的可行性方案，是切实克服家族经营决策思维惯性和行为惯性的有效办法。另外，人才的取得也不局限于企业外部，可以在企业内建立有利于培养人才的机制，促进优秀人才从本企业内产生，这样的人才对本企业会很了解，能够很快地为企业做出贡献，而且一般对企业也更加忠诚。
六、完善激励与约束机制
当然，引进人才后，给予比较优厚的待遇，这是每个企业主都会想到的，但科学的方法应该是改革企业分配制度，以制度的形式规定对优秀人才的激励，而不是凭企业主的喜好随意地“论功行赏”，非公有制企业要注意在企业内部建立一定的利益激励与权利制约机制，特别是要舍得在企业领军人物的选择和聘用方面加大物质上的投入，切实留住那些被实践证明是有能力和水平的人，保证其收入随企业经营绩效的持续稳定增长而提高；并通过制衡与监督机制，及时淘汰滥竽充数的“东郭先生”式人物和擅长“纸上谈兵”的赵括式人物，激发企业骨干员工的工作能力与潜力。同时，对非公有制企业内部的约束机制也要一并建立完善起来，无约束就没有真正的激励，对一部分人无约束就是对另一部分人的反面激励。
七、强化企业内部的凝聚力
非公有制企业的凝聚力优势不应该在其建立起现代企业制度后被丢弃，企业内部应注意建立信息传递与双向沟通的渠道，使员工之间、员工与高级管理者之间、高级管理者与所有者之间形成相互交流、沟通的习惯，建立起理解和互助的氛围。企业的所有者或高层管理者可尝试将企业经营中碰到的困难和问题有选择地提交给内部员工，使他们理解某些特定企业经营决策的由来和需要员工配合的地方，并注意吸纳他们的忠告，集思广益，这样做既有助于员工了解决策内情，熟悉内部工作步骤的衔接，尽快解决实际问题，又有助于员工在与外部客户接触时自觉主动地维护企业形象，尽量为争取客户的信任和完成企业经营绩效指标创造有利的时机和条件。这样，企业员工生产和创造的热情都将极大地发挥出来，企业的凝聚力必然会大幅度提高。
八、做好非公有制企业的融资安排