其一，我国科技体制改革的特点。近年来，中国科技体制改革的突出特点：一是突出知识创新。将知识创新重点落实到人才的培养上，这是近年我国科技体制改革的突出特点。所谓知识创新就是以企业、大学、政府研究机构为中心，充分发挥个人的聪明才智和创造精神，促进知识创新。当前，我国非常重视知识创新者的培养。2002年，全国全时R&D人员由1998年的83.1万人上升到103.5万人，其中科学家与工程师人数由48.6万人上升到81.1万人。二是确立民间企业的主体地位。《日本经济重新振兴的战略》中指出，毫无疑问，技术开发活跃与否的关键，掌握在民间部门。随着我国科技体制改革的逐步实施，民间企业在科技开发中的主体地位日渐突出。近年来，我国的民间企业不但成为科技活动投入主体，成为科技活动的主要受益者，并且正在增强技术创新的能力，初步形成了国家创新体系的基本框架。2002年企业R&D支出占全国R&D经费的比重达到62%。三是公益类科研院所分类改革。公益类科研院所分类改革是我国近年来科技体制改革的又一突出特点。国家把有面向市场能力的公益类科研机构转向企业化运营。主要从事应用基础研究或公共服务、无法得到相应经济回报、确需国家支持的科研机构仍作为事业单位，按非营利性机构运行和管理。同时，加强科研和教育相结合，鼓励科研机构进入高等学校。国家财政2001年和2002年分别对公益类科研院所改革配套投入1.1亿元和2.5亿元。按照重新核定的非营利机构编制，将人均事业费从过去的不足2万元提高到4万元，各部门也加大了投入力度。通过对部分公益类科研院所的企业化转制，一种新机制开始建立。在人事上全面推行全员聘用制，非营利机构实行按需设岗，公开招聘；在人员结构调整上，大幅度压缩了职能部门人员，一些不适宜科研工作的人员通过后勤社会化、发展产业和提前退养等渠道进行了分流安置。在分配制度上普遍探索实行了“基础工资十岗位津贴十绩效奖励”的三元结构收入分配制度。
其二，当前国家科技体制改革中存在的问题及分析。一是企业作为研发投入和支出的主体方面存在的问题。我国长期以来一直是以政府及所属科研院所作为研究投入和支出的主要力量。近两年这种状况虽有所改观，来自企业的研发投入超过了政府，但在国民经济中起主导作用的国有企业的研发投入却增长缓慢。国有企业技术创新动力不足或对科研成果需求不大直接制约着科研成果的转化和整个科技创新能力的提高。其原因主要有两个：企业改革不到位，对市场信号不敏感；没有形成完全竞争的市场环境。二是科研院所的转制方面存在的问题。我国的科研院所同其他的事业单位一样存在着主体地位不够明确、人浮于事、效率低下等问题。从国家的角度看，这些并不是阻碍科技创新的主要原因。现代科学技术正朝着综合化、社会化的方向加速发展，科学和技术相结合，科学技术化、技术科学化是这种变化的重要特征。当前经济建设和社会发展中遇到的很多科技问题都是复合型问题，很多研究难以简单地界定是基础研究、应用研究还是技术开发。在这样的背景下，把科研院所都转制为企业在决策上未免有些片面和盲目。三是科技预算、执行和监督三个分立的体系还没有建立起来。国外的科技管理实践表明，加强对科技项目和目标的监督、评估，是提高国家科技资源使用效率的重要手段。在我国，政府投入是科技活动资源的重要来源，但由于缺乏一个科学、独立的对科技计划和项目进行评估监督的机制，许多科技经费的使用得不到应有的监督，造成相当大的浪费。许多重大的国家计划都是部门自己立项、自己验收，没有与其他部门进行协商，也缺乏事后的评价。
其三，未来科技体制改革的关键。首先，明确政府在科技体制改革中的角色。政府在一个国家的科技发展中所起的作用由于各个国家不同政治、经济体制和不同经济发展阶段而有所不同。我国政府在科技发展中应在以下几个方面发挥重要作用：一是完善科技计划的出台和管理体制。科技计划是发挥政府促进企业科技发展、引导企业投资、最终提高产业竞争力的重要手段。在我国，科技计划执行中应完善管理体制，加大企业的参与力度。二是确立政府在公共科技领域的主导作用。政府要逐步减少对竞争领域企业科技活动的直接支持，要加强在农业、公共卫生、能源、交通、环境保护、国防安全领域的科技投入，加强对公益类研究机构的支持。三是确立国家在重大平台技术、共性技术、公共技术供给方面的作用。四是管理国有的研究开发机构。五是通过税收、财政和金融等手段促进科技的发展。
建立对科技计划、重大科技项目和研究单位进行监督和评估的制度。
建立一个有效的科技监督和评估体系，来审定各个部门的国家计划是否有利于国家目标的实现，是否达到了国家的项目标准，是否存在重复和浪费现象，国家的研究机构是否得到了有效的管理。其次，建立对科技发展的社会力量的制度保障。大量的应用和开发技术主要由面向市场的企业来承担，因此，我们应该重视社会力量在发展科技中的重要作用。社会力量由两个方面构成：一是由科学家和工程师组成的各类科学技术协会；二是非营利科研机构和民营科研单位。
非营利机构是国家和企业研究开发机构的重要补充，主要活跃在公共研发与私人研发的过渡地带，即市场低效的领域。这类机构以社会投入和捐赠作为发展基金，实行社会共有和信托经营制，由经营者依据信托约定和机构章程自主经营，自负盈亏。国家对它的支持主要是税收优惠，但享受优惠的必须从事技术转让与开发活动，其净收入不得用于使私人受惠，符合税法规定的各项有关条款。民间的基金会如美国微软创始人盖茨在支持癌症、艾滋病研究方面已经捐助了数额巨大的资金。加强立法在科技发展中的重要地位。我国对于政府科技管理活动没有相应的制约手段，这使得国家重大科技资源在分配上存在随意性，重大科技项目在立项上存在主观性，不少项目甚至是因人而定，从而导致了国家科技资源配置的低效。有些需要国家管理的地方，如公共卫生、农业等领域，政府的作用有限；有些需要通过法律制度来管理的地方，缺乏相应的规范。因此，应重视制定相关法，清楚地界定各类科研机构的法律形式及其权利义务，创造一个能使研究机构健康发展的外部环境。
五、通过加强国家创新体系建设，提高自主创新能力
结合我国的实际情况和国家自主创新体系建设的国际经验，加强国家创新体系建设应包括两个方面：一方面，是指创新基础结构即创新要素的建设；另一方面，是指由公共和私有机构组成的创新网络系统，强调系统中各自为主体的制度安排及相互作用。只有把创新要素建设和创新网络建设有机地结合起来，并充分考虑到利用国际资源对提高我国自主创新能力的重要作用，才能形成我国有效的国家创新体系。通过加强国家创新能力建设来提高我国自主创新能力，应强调以下几个方面。
其一，要建设以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，使企业真正成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体，全面提升企业的自主创新能力。国家的自主创新能力归根到底是产业的创新能力，而产业的创新能力归根到底是企业的创新能力。所以，自主创新能力的分析与建设，应遵循以企业的技术创新能力为重点、以产业为主线、以国家（区域）为原则。近年来，我国的科技体制改革稳步推进，企业技术创新的主体地位日益突出，科技成果加速向现实生产力转化。这些为提高自主创新能力创造了良好的条件。但也应看到，我国企业自主创新的基础还较薄弱。企业自主创新能力不足，特别是中小企业创新能力严重匮乏，仍是自主创新战略的薄弱环节。因此，要使企业真正成为技术创新主体，必须努力提高企业的自主创新水平，强化企业的自主创新主体地位，特别是鼓励、帮助中小型企业发挥创新活力。把产业竞争领域的研发活动交由企业来承担，把企业的技术需求作为各类科技计划项目的主要来源，引导企业成为新技术的主要创造者，科技成果的吸纳者，创新人才和创新资金的投入者，知识产权和核心技术的拥有者，产业发展先导技术的引领者。
其二，要建设科学研究与高等教育有机结合的知识创新体系，以建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为中心，高效利用科研机构和高等院校的科技资源，稳定支持从事基础研究、前沿高技术研究和社会公益研究的科研机构，集中力量形成若干优势学科领域、研究基地和人才队伍。改革开放以来，我国的高校为政治改革、经济发展和国防安全培养了大批人才。特别是中央实施“科教兴国”、“人才强国”两大战略以来，高教规模迅速扩大，满足了经济快速发展的需求；高校科技力量逐步增强，支撑了国家和区域建设的发展；高校科研平台的建设，为经济社会发展提供了广泛的服务。
从事基础研究、前沿技术研究和社会公益研究的科研机构，也是我国科技创新的重要力量。建设一支稳定服务于国家目标、献身科技事业的高水平研究队伍，是发展我国科学技术事业的希望所在。
经过多年的结构调整和人才分流等改革，我国已经形成了一批精干的科研机构，国家要给予稳定支持。充分发挥这些科研机构的重要作用，必须以提高创新能力为目标，以健全机制为重点，进一步深化管理体制改革，加快建设“职责明确、评价科学、开放有序、管理规范”的现代科研院所制度。
其三，企业的创新能力必须以国家、市场、社会创新源及金融机构、技术转移中介机构等为支撑。知识创新源主要是指进行基础及应用研究和培养人才的大学、科研院所等。确立企业技术创新的主体地位，科研机构和高校必须紧紧围绕产业和企业的技术需求进行。
基础研究、应用基础研究、战略高技术研究和关键技术、共性技术、公共技术研究任务应主要由政府扶持。要建立现代科研院所制度，发展研究型和研究教学结合型大学，坚持市场导向，重视技术衔接，在优势领域进行原始创新，在追赶领域进行集成创新和引进、消化、吸收、再创新，源源不断地获取科学发现和技术发明，成为全国原始创新的源头，为实施自主创新战略提供强有力的知识源支撑。市场创新源包括顾客需求、公平并有规则的竞争者、产业链中的配套零配件供应商等。这方面的工作包括进一步完善社会主义市场经济体制，创造安全、有序、公平的竞争秩序，严禁地方保护主义等。社会创新源是指创新的社会政治环境，包括促进产业发展、创新的国家政策、法制环境（特别是知识产权环境）以及其他与创新环境有关的公共机构。我国的国情决定了政府在整个创新体系中处于重要的地位。
在新的历史条件下，必须通过重组政府职能，改革管理方式，谋划全国科技创新和重点跨越式战略意图、战略方向、战略重点、战略产业、战略布局和战略措施，由依靠行政手段指挥经济发展向提供公共信息、公共政策和公共服务转变。同时，要注重知识产权环境和社会诚信环境的改造和重塑工作。创新金融机构应涵盖银行、风险投资机构、资本市场（特别是创新创业板）等。目前，我国的资本市场、风险投资机构极不发达，银行业也面临很多问题，这对我国自主创新能力的提高是一大约束，必须采取各种措施进行改革和完善。知识、科技的中介机构如技术市场、生产力促进中心、科技咨询公司等的发育状况也对国家的创新能力产生重要影响。我国的科技中介机构无论从类型、数量、功能和管理上，都是创新体系中最薄弱的环节。因此，必须把发展科技中介机构作为创新体系的重要内容，为创新主体提供综合性、专业化的技术服务。
其四，寻求各创新主体的协调互动，是提高国家创新能力的关键环节。促进各创新主体互动的主要目的，是通过制度安排和政策激励使各创新要素的结合，达到“1+1>2”的效果。创新活动是一个学习过程，需要各创新主体之间有效地互动才能达到最佳效果，特别是政府与经济界之间，大学、科研院所同经济界之间，以及经济界自身在创新方面的有效合作需要特别关注。从国家层面来看，国家的产业发展战略、科技发展战略、创新战略、市场环境、知识产权保护环境等对国家创新能力的核心——企业的创新能力有着深刻的影响。
从企业的层面来分析，创新活动能否完成，主要取决于两个方面：一是科学技术方面的可行性，二是经济上的可行性。科学技术的可行性在很大程度上取决于大学和科研院所的科研成果，经济上的可行性则取决于政府创造的竞争有序、促进创新的市场环境。中介机构则担负研、产、学、贸的桥梁和催化剂。当前，我国经济发展中存在的突出矛盾是科技与经济脱节的问题还没有从体制上予以根本解决，创新机制和体系还不够健全，科技资源配置效率不高，作为市场主体的企业创新动力不足，缺乏参与国际竞争的能力。因此，各创新主体的互动应作为分析和研究如何提高我国自主创新能力的关键环节。
每一个创新主体都要按照“引导、规范、竞争、联动”的规则发挥自己的作用，才会形成全社会创新的合力。