当时载淳年幼，“同道堂”印就落在生母慈禧皇太后手中，这为素有政治权欲的慈禧临朝预政提供了契机。1861年11月她拉拢慈安皇太后，联合恭亲王奕，于咸丰帝死后不久发动了辛酉政变，将辅政大臣斩首抄家，解职戍边，彻底肃清了政敌。
两位皇太后携载淳到养心殿东暖阁，正式垂帘听政，在皇帝宝座之后设两太后宝座，中间以八扇黄屏风隔开。为使此举更具合法性，恭亲王等人还制定了《垂帘章程》。但同治帝亲政不及两年，就因病而死。因无子嗣位，慈禧再次玩弄政治手段，选择同治帝年幼的叔伯兄弟载湉即位，为光绪帝，使两宫皇太后第二次垂帘终得以实现。
1881年慈安皇太后暴死，只剩慈禧一人垂帘听政。光绪帝成年亲政后，支持以康有为等人为首的资产阶级改良派发起的一次改良运动，目标为改变清朝祖制成法，因而招致慈禧等顽固派的妒恨。1898年9月21日，慈禧太后等人发动戊戌政变，将光绪帝幽禁于中南海瀛台，随即杀害策划变法的“戊戌六君子”，并通缉康有为和梁启超，罢免变法官员，戊戌变法彻底失败。解除了光绪帝的皇权后，慈禧再次临朝十年，称为“慈恩训政”，直至去世为止。慈禧通过垂帘听政，操纵同治、光绪两朝皇帝，掌握清朝朝政达四十七年之久。
洋务运动
经过两次鸦片战争后，清政府的统治阶级对如何解决一系列的内忧外患分裂成“洋务派”与“顽固派”。洋务派主张利用西方先进生产技术，强兵富国，摆脱困境，利用资本主义发展的工商业的手段来维护清朝的封建统治。19世纪60～90年代，洋务派在全国各地掀起了“师夷长技”的“洋务运动”。恭亲王奕是洋务派在中央的代表势力，曾国藩、李鸿章、张之洞、左宗棠等实力派大臣是地方的代表。中日甲午战争的失败，宣告了洋务运动的终结。
洋务派将军事工业的革新看成首要的突破点，提出了“自强”的口号。在李鸿章等人的主持下，江南制造局、金陵制造局、福州船政局、天津机器局等一批大型近代化军事工业相继问世。他们还开办了一批军事学校，为国防事业作出重要的贡献。随着军事工业的创办，洋务派认识到，强大的国防基础在于整个国家经济的发展，要求能源、钢铁等工业与之配套。同时，为了维护民族利益，也必须发展民族经济，与洋人“商战”“争利”。于是，他们提出了“求富”的口号，民用工业和新式交通运输业也发展起来了。洋务派还开办了“同文馆”，这是中国第一所近代学校，它为中国造就了一批外语和外交人才。这些人的活跃成为以后中国现代化运动深入的重要力量。
“中兴之臣”李鸿章
李鸿章（1823～1901年），中国清朝末期重臣，洋务运动的主要倡导者之一，淮军创始人和统帅。他本名章桐，字渐甫（一字子黻），号少荃（泉），晚年自号仪叟，别号省心，谥文忠，安徽合肥东乡（今肥东县）人。因在家排行老二，因此民间又称他为“李二先生”，著有《李文忠公全集》。
李鸿章早年得曾国藩赏识，1859年年末投奔曾国藩湘军大营，充当幕僚。1860年，太平军二破江南大营后，清政府在整个长江下游地区已失去最后一支主力。在无人敢应的情况下，李鸿章受命筹建淮军。经过多次恶战，李鸿章亲临前线指挥，成功守住了上海，顿时令中外人士对淮军刮目相看。初步站稳脚跟后，李鸿章开始从“察吏、整军、筹饷、辑夷各事”入手，以进一步巩固自己的地位，淮军也逐渐成为镇压太平军的主力之一。太平天国覆灭后，以他为领袖，由淮军将领、幕僚以及一批志同道合的官僚组成的淮系集团，成为当时实力最强的一个洋务派集团，并在其带领下，开始探索中国的自强之路。后又筹建北洋水师作为清朝的海上防御力量。在列强的侵略下，清政府签下一系列丧权辱国的条约，李鸿章也无奈地充当着尴尬的角色。
李鸿章不仅是中国近代史上争议最大的历史人物，而且也是影响了近代中国近半个世纪的晚清军政重臣。梁启超曾说：“吾敬李鸿章之才，吾惜李鸿章之识，吾悲李鸿章之遇。”《清史稿》将他看做“中兴之臣”。之前人们将李鸿章看做是“卖国贼”，但是现在史学界更倾向于用辩证的观点去评价他的一生。
中日甲午战争
日本在“明治维新”后，国力大大增强，开始准备向外侵略扩张。中日甲午战争共分为三个阶段。第一阶段，1894年7月25日～9月17日。这时在清廷内部，以光绪帝为首的主战派占上风。当时恰逢慈禧太后六十岁，她盼望从速结束战争，以免耽误她大办庆典，因此倾向议和，但迫于清议，一时尚不敢公然主和。在此阶段中，战争是在朝鲜半岛及海上进行，陆战主要是平壤之战，海战主要是黄海海战。平壤、黄海战役后，日本方面广造舆论，大肆渲染胜利，更加刺激了其扩大侵略战争的野心。而在清朝方面，进一步推行其消极避战方针，同时慈禧太后的主和也渐趋明朗化。第二阶段，1894年9月17日～11月22日。在此阶段中，战争在辽东半岛进行，有鸭绿江江防之战和金旅之战。随着清军节节败退，在清廷内部，主和派已占上风，大肆进行投降活动。旅顺口失陷后，日本海军在渤海湾获得重要的根据地，从此北洋门户大开，北洋舰队深藏威海卫港内，战局更加急转直下。第三阶段，1894年11月22日～1895年4月17日。在这一阶段中，战争在山东半岛和辽东两个战场进行，有威海卫之战和辽东之战。1895年2月，在日本海陆两军的夹击下，我国北洋舰队全军覆没。随着战争的失利，清政府进一步加紧了乞降活动。1895年4月，清政府和日本签订了丧权辱国的《马关条约》。
《马关条约》的主要内容有：（1）清政府从朝鲜半岛撤军并承认朝鲜的“自主独立”；（2）清政府不再是朝鲜的宗主国；（3）清政府割让台湾岛及所有附属岛屿、澎湖列岛和辽东半岛给日本；（4）清政府赔偿日本军费两亿两；（5）清政府开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠；（6）允许日本人在通商口岸设立领事馆和工厂及输入各种机器；（7）彼此的最惠国待遇。《马关条约》的签订使我国半殖民地半封建的程度进一步加深了。
戊戌变法
1895年4月，日本逼签《马关条约》的消息传到北京，康有为发动在北京应试的一千三百多名举人联名上书光绪皇帝，痛陈民族危亡的严峻形势，提出拒和、迁都、练兵、变法的主张。5月2日，由康有为、梁启超二人带领，十八省举人与数千市民集“都察院”门前请代奏。上书被清政府拒绝，但在社会上产生了巨大影响，史称“公车上书”。“公车上书”揭开了维新变法的序幕。康有为等人以“变法图强”为号召，在北京、上海等地发行报纸，宣传维新思想。严复、谭嗣同等人也在其他地方宣传维新思想。之后，光绪帝起用康有为等实行变法，史称“戊戌变法”（百日维新）。
新政内容主要涵盖教育、军事等多方面的政策和体制。其最终目标，是推行君主立宪制。康有为向光绪皇帝赠送自己的著作《日本变政考》和《俄罗斯大彼得变政记》，还有李提摩太的《泰西新史揽要》的译本和其他有关各国改革的书。这令光绪倾向以日本的明治维新为改革的蓝本。无奈变法受到清朝廷内保守势力（尤其是慈禧太后）的反对，加上支持新政的光绪没有实权及经验不足，最后演变成为政变，维新派人物被杀，中国损失一批热心于国家改革的精英和支持者。
虽然“公车上书”和“戊戌变法”都先后失败，但是维新思想从此唤醒和激励了越来越多的中国人救亡图存，在中国近代史上有着重要的地位。
八国联军攻占北京
自从1895年中日甲午战争中国失败后，西方列强对中国这块肥肉垂涎三尺。19世纪末，西方列强掀起了瓜分中国的热潮。1900年6月17日八国联军（英国、法国、德国、俄国、美国、日本、意大利、奥匈帝国）攻占大沽炮台；7月14日攻陷天津；8月2日集兵两万从天津沿运河两岸进发，在廊坊受义和团围攻（史称廊坊大捷），兵败后加大兵力一举占领廊坊；8月14日凌晨来到北京城外向北京发起总攻；至16日晚基本占领北京全城。慈禧太后、光绪帝和亲贵大臣逃往西安，派奕劻和李鸿章与联军议和。9月德国陆军元帅瓦德西被推为联军总司令来华。联军陆续增至十万，由京津出兵，分侵山海关、保定、正定以至山西境内。此间，俄国又单独调集步骑兵十七万，分六路侵占中国东北。12月联军提出《议和大纲》，迫使清政府全盘接受，并于1901年9月7日签署了《辛丑条约》。后八国联军除留一部分常驻京津、津榆两线外，其余撤兵回国。
八国联军侵华期间，清政府在民众的压力下，表面上向列强各国“宣战”，暗地里却破坏义和团运动，向侵略军妥协投降。1900年7月14日天津失陷后，清政府于8月7日任命李鸿章为全权大臣正式向外国列强乞和。列强各国本想以武力瓜分中国，在中国人民的反抗下，没能得逞；同时，各国各有打算，互不相让，矛盾重重，使得它们需要继续利用和维护清政府，通过清政府间接统治中国。
1900年12月，列强各国（除了出兵的八国外，又加上比利时、荷兰、西班牙三国）向清政府提出《议和大纲》，后又订立详细条款，于1901年9月7日在北京正式签订《辛丑条约》。《辛丑条约》的主要内容有：（1）惩办“得罪”列强的官员；（2）派亲王、大臣到德国、日本赔罪；（3）清政府明令禁止中国人建立、参加抵抗侵略军的各种组织；（4）赔款四亿五千万两白银，分三十九年付清，本息九亿八千万两白银；（5）在北京东交民巷一带设使馆区，各国可在使馆区驻兵，中国人不准在区内居住；（6）摧毁大沽炮台以及北京至天津海口的炮台；（7）各国可以在北京至山海关铁路沿线驻兵。《辛丑条约》签订后，中国完全沦为半殖民地。
末代皇帝
1908年10月，慈禧太后和光绪同时生了重病。由于光绪皇帝生前并没有儿子，慈禧太后在中南海召见军机大臣，商量立储人选。军机大臣认为内忧外患之际，应当立年长之人。慈禧太后听后勃然大怒，最后议定，立三岁的溥仪（道光皇帝的曾孙，光绪皇帝胞弟载沣的长子）为帝，并让溥仪的亲生父亲载沣监国。接着，光绪、慈禧在两天中相继死去。
12月2日，溥仪的登基大典在太和殿举行，他成了清朝入主中原之后的第十位君主，年号宣统。溥仪晚年回忆了登基大典的一幕：“我被他们折腾了半天，加上那天天气奇冷，因此当他们把我抬到太和殿，放到又高又大的宝座上的时候，早超过了我的耐性限度。父亲单膝侧身跪在宝座下面，双手扶我，不叫我乱动，我却挣扎着哭喊：‘我不爱这儿！我要回家！我不爱这儿！我要回家！’父亲急得满头是汗。文武百官的三跪九叩没完没了，我的哭叫也越来越响。父亲只好哄我说：‘别哭别哭，快完了，快完了！’”就在这样有些慌乱的情况下，只有三岁的溥仪登基了，他的父亲载沣监国。载沣的“快完了”的话语也得到了应验。宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，次年2月12日，隆裕太后被迫代溥仪颁布了《退位诏书》，宣告了清王朝的灭亡和延续了两千多年的封建帝制的结束。
清朝是由中国满族建立的封建王朝，是中国历史上统一全国的大王朝之一。清朝的人口数也是历代封建王朝最高的，清末时达到四亿以上。清初为缓和阶级矛盾，实行奖励垦荒、减免捐税的政策，内地和边疆的社会经济都有所发展。至18世纪中叶，封建经济发展到一个新的高峰，史称“康乾盛世”。于是中央集权专制体制更加严密，国力强大，秩序稳定。康熙年间，统一了台湾，并与俄国签订《尼布楚条约》，划定了中俄东段边界；乾隆中叶，平定准噶尔、回部，统一了新疆。这不仅一举解决了中国历史上游牧民族和农耕民族之间旷日持久的冲突，而且采取了一系列政策，发展边疆地区的经济、文化和交通，巩固了中国多民族国家的统一，奠定了现代中国的版图，增强了中华民族的团结力和凝聚力。