作为改革君主的雍正帝，为加强皇权，采取许多措施，如惩治贪官，整肃吏治，清查仓库，摊丁入亩，改土归流，秘密立储等。其中，建立了一项前无古人的重要机构——军机处。
军机处是雍正设立并直接指挥的重要机构，图为军机大臣值房
为什么要设立军机处呢？雍正四年(1726年)，因西北用兵，为紧急处理军务，考虑“以内阁在太和门外儤（bào）直（官吏连日值宿）者多虑泄漏事机，始设军需房于隆宗门内”，选内阁中书之谨密者入直缮写，以期“入直承旨，办事速密”。以怡亲王允祥、张廷玉、蒋廷锡入值。后改名军机房，再改名军机处。军机处有官无吏，收发文件，登记档案，都由军机章京处理。皇帝召见军机大臣，太监不得在侧。他们办事的值房，严密防范，即使是诸王大臣，没有皇帝“特旨”也不准到军机处值房。值房的帘前、窗外、阶下，均不许闲人窥视。
张廷玉受命定军机处规制：诸臣陈奏，常事用疏，自通政司上，下内阁拟旨；要事用折，自奏事处上，下军机处拟旨，以朱笔批发。从此，内阁大权移到军机处，大学士必兼军机大臣，才能参与政事，日必召入对，承旨，平章政事，参与机密。（《清史稿·张廷玉传》卷二百八十八）因此，利用军机处，清朝皇帝得以轻而易举地控制中枢机要，不使皇权旁落，也杜绝了明朝宦官专权的弊端。
军机处是多大的机构呢？军机处设首席军机大臣一人，军机大臣一般5至7人，少时2人，多时9人。召见时，首席军机大臣以后，不分满汉，而按入值时序为先后。据《清代职官年表》统计，清朝军机大臣，共有147名，其中满63人，蒙古11人，汉73人。在内阁大学士、六部尚书、侍郎等中挑选。下设军机章京，规定满员16人、汉员20人，共36人，不设书吏等具体办事人员，以保证办事的机密。
军机处值房在隆宗门内迤北，俗称军机房，军机大臣在此办公。军机章京值房在隆宗门内迤南，满汉两班，同署办公，分居左右。每日寅（寅正4时）时，军机大臣及章京等依次入直。辰（辰正8时）刻，军机大臣始入见，或不待辰刻而先召见，每日一次或数次，军机章京随入。军机大臣到帝前，赐坐。承旨毕，退出，授军机章京书写。述旨完毕，内奏事太监传旨下达。军机处银印藏大内，印盒钥匙由领班军机大臣佩挂着。
军机处与内阁有什么不同呢？军机处与内阁，既有联系，又有区别。（1）军机处主管重大机密事务，内阁则办理日常行政事务。（2）内阁有衙门，下设六部，各置官署。军机处则为“四不”——不设衙门，不颁发关防，不独立发文，不直接指挥各级军政部门。（3）军机大臣兼大学士掌握军政实权。（4）清制，皇帝谕旨下达，分明寄和暗寄两种：明降谕旨，交内阁办，由内阁通过行政系统下达；暗降谕旨，如朱批奏折，由军机处密封后交兵部，传递到当事官员手里，不经中间环节，一竿子插到底。（5）军机处是一个行动的机构，皇帝走到哪里，军机处就跟到哪里。
明清两朝中枢机构有什么区别呢？明朝政府运作，皇帝之下，设立内阁。清朝皇帝之下，中枢机构，主要有三：
一是王大臣会议。始于清入关之前，有“八大贝勒共议国政”的制度。明藩王在外地，不预政。清诸王“内襄政本，外领师干”，所以清朝“亲贵用事，以摄政始，以摄政终”。（《清史稿·诸王传》卷二百十五）
二是内阁。皇太极借鉴明朝内阁制度，诸王议政与内阁制度并存，入关之后，延续下来，但王大臣议政逐渐淡化。清朝内阁，沿袭明制。设内阁大学士，一般5至7人，多兼六部尚书。官品屡有变化，一般为正一品。下设内阁学士（相当副部或司局级），编制12人，中书（相当于处级），编制为143人。内阁下有：分管不同文字的满本房、汉本房、蒙古本房等。
三是军机处。清代大学士249人，军机大臣147人，大学士兼军机大臣73人，实际为359人。军机处是一个力求准确贯彻皇帝旨意的御前机要处、秘书处。
清朝中枢机构演变轨迹表明：皇权在逐渐强化，满洲贵族权力实际也在强化——决策与执政体系日益闭塞僵化，这种体制可用于维持稳定，但用于创新以应对西方列强挑战，则是弊多利少。此期，一些西方国家在走向议会制，重民权，轻君权。清朝却在强化君权，弱化民权，这是清朝覆亡一个体制上的原因。
三、解放贱民
雍正帝在养心殿理政，推行多项改革，其中一项是“废除贱籍”，就是解放贱民。
什么是“贱籍”呢？明清户籍一般分为四种：士、农、工、商。正常户籍之外，还有社会地位低下、受到社会歧视的人，被称为“贱籍”，就是下贱的、被歧视的社会群体。这种社会现象，古代印度也有。
古印度有四种等级，就是四大种姓——（1）婆罗门，是神职人员；（2）刹帝利，是国家保卫者；（3）吠舍，商人；（4）首陀罗，是工农劳动者。种姓之外，还有贱民，又称“不可接触者”。种姓之间，各种姓和贱民之间，等级森严，职业世袭，内部通婚，永不改变，甚至于不得交往、共食、并坐、同行。近代才宣布废除。
当时清朝存在历史遗留的“贱民”，包括乐户、堕民、伴当、世仆、蜑（dàn）户等。他们从事卑贱职业，不许参加科举考试，不许同外面人通婚，不许购置土地产业，不许改变世袭身份，是永无翻身之日的可怜人。
一说乐籍。乐籍是明朱棣起兵时，山、陕不肯附顺百姓的子女，编为乐籍，也称乐户，世世子孙，娶妇生女，被逼为娼，地方豪绅，凡有呼召，不敢不来，喝酒淫乐，百般贱辱。雍正元年（1723年）三月二十日，监察御史年熙上奏折，请销除乐籍。朱批：“此奏甚善，该部议奏。”经礼部议覆，命销除乐籍，准其为良民。
二说堕民。浙江绍兴等地，有宋朝将领焦光瓒部众因叛宋被斥为堕民，后裔子孙，身份不变，他们穿的衣服、戴的帽子，妇女穿的裙子等，都不能同常人一样。他们以捕龟、捉蛙、逐鬼、演戏、抬轿等为业。这些人“丑秽不堪，辱贱已极”。废除乐籍三个月后，两浙御史噶尔泰也上奏折，请求废除绍兴地方堕民丐籍，但经礼部议驳。雍正帝认为给堕民丐户销籍，“此亦系好事”——这也是好事，命“将原本发回，著再议具奏”。随后就批准执行。
三说伴当。安徽省徽州府（今黄山市）有“伴当”，宁国府（今宣城）有“世仆”。经安徽巡抚魏廷珍调查，对年代久远，没有文契，或已赎身的伴当等，命将其身份改为良民。
雍正帝受到佛家“众生平等”和儒家“仁爱”理念的影响，图为其学佛时编印的《御选语录》
四说丐户。江苏常熟等的丐户，闽赣的棚户等，也都被视为贱籍。雍正帝都下谕准许他们列入编户，恢复为良民。
五说蜑户。主要在广东等地方，《岭外代答》记载：“以舟为室，视水为陆，浮生江海者，蜑也。”他们被视为贱民，不许登岸居住。雍正帝指出，蜑户本属良民，不可轻贱摒弃，而且蜑户输纳渔课，与齐民一体，不得使之飘荡靡宁。因此，雍正帝令广东督抚通行晓谕，凡无力之蜑户，听其在船自便，不必强令登岸。如有力能建造房屋及搭棚栖身者，准其在近水村庄居住，与齐民一同编列甲户，不得借端欺凌驱逐，并令有司劝谕蜑户，开垦荒地，播种力田，共为务本之人。
雍正帝把乐籍、堕民、伴当、丐户、蜑户等，看作是良民。这说明雍正帝关怀社会弱势群体，有生民平等的观念。他为什么会有“生民平等”观念呢？因他在做雍亲王时，学过佛经，并编印《御选语录》，就是他学习和摘选的佛经语录，受了佛家“众生平等”理念的影响，也深受儒家“仁爱”理念的影响。
但是，贱民主要是受土豪劣绅控制与践踏的对象，雍正帝革除贱民贱籍，损害了不法豪绅的利益，他们中有人暗中阻挠，也有人公然反抗。雍正十二年（1734年）有个名叫葛遇的世仆，带领十多人到北京鸣冤告状，请求开户为民，在政府干预下，他们实现了心愿。
后来又规定，贱民入籍后，准其入学，入籍二十年以上，有田庐坟墓者，应准其各在居住州县一体考试。
雍正帝为什么要废除贱民呢？
一、雍正帝认为贱民存在是前朝弊政，他做出改革，显示新政新风，表明他是一位行“仁政”的君主。
二、贱民与豪强是对立的，雍正帝废除贱籍，让贱民感恩，也借以抑制乡绅豪强势力。
三、贱民因备受欺凌，有不满情绪，易引发社会问题，而不编保甲的贱民又不便稽查，雍正帝让他们成为编齐良民，利于社会治安。
雍正新政，雷厉风行。成绩显然，气象一新。前朝积弊，受到清刷。但是，八旗痼疾，未能改革，日积月累，汇成后患。