对“小明王”，他遵循“缓称王”的策略，一直保持着形式上的隶属关系，缩小了自己的目标。直到公元1363年，朱元璋在一切准备妥当之后，才调动大军，用了四年的时间，将江南的陈友谅、张士诚、方国珍等割据势力扫除，基本上统一了江南。公元1364年，朱元璋认为无人敢和他抗衡，便在应天宣称“吴王”。公元1365年，他表面迎“小明王”到应天就位，但在渡江时有意将渡船沉没，把韩林儿溺死。
公元1367年十月，朱元璋任命徐达、常遇春为征虏大将，率兵25万讨伐元朝。公元1368年七月，元顺帝闻讯大惊，弃城北遁上都。八月，北伐军开进大都，统治中国97年的元朝终于被朱元璋推翻。正当徐达兵克山东时，朱元璋于公元1368年正月宣布在应天称帝，国号大明，建元洪武。昔日云游四海的乞丐僧，经过17年的浴血奋战，终于登上皇帝宝座。在派兵北伐的同时，朱元璋又派兵南下，陆续平定浙东、福建、广东和四川。洪武十四年（公元1381年），傅友德、沐英、蓝玉奉命进攻云南，第二年攻破大理，至此基本完成了南方的统一。
洪武二十年（公元1387年），朱元璋又命冯胜、傅友德、蓝玉平定辽东，最后完成了中国的统一大业。
得失之间元末农民起义，结束了元朝腐朽政权的黑暗统治。但二十年战争的破坏，也使新生的明王朝劳动力严重不足，田地荒芜，税收减少。为了迅速改变这种状况，朱元璋告诫各地官吏说：
“现在天下刚定，百姓财力困难，如初飞小鸟不可拔其羽；新栽之树不可动其根，应让其休养生息，万不可扰害百姓。”“士农工商四民之业，算农民最是辛苦。他们终年勤劳，难得休息。遇到丰收，还可足食，碰上水旱灾害，则全家挨饿。我穿件衣裳吃顿饭，都想到种地织布的劳累。”他下令免除了不少地区几年的租税徭役，并采取移民屯田、开垦荒地、兴修水利、种植桑棉、官方给耕牛、种子等一系列措施，使农业生产迅速得到了恢复和发展。为了促进手工业的发展、朱元璋还下令减轻工匠的劳动负担。这不仅改善了手工业者的地位，提高了他们的生产积极性，而且对商品市场的发展、工艺技术的交流和改进，也都起了促进作用。朱元璋除实行“各安其生”的休养生息政策外，还采取了一系列的措施，加强封建专制主义统治，对明清几百年的政治制度、士宦心态和社会风尚产生了深远的影响。
首先，朱元璋改革了中央和地方的政权机构。明初在政治制度上因袭元朝，在中央设中书省，在地方设行中书省，分别统管全国和地方的军政、民政、财政，权限极大。这对于中央集权，尤其是对权力欲极强的朱元璋来说，无疑是一种潜在的威胁。朱元璋总结了长期治理国家的实际经验和元朝统治的成败教训，对国家机构进行大刀阔斧的改革。在中央，废除中书省和丞相，分相权于吏、户、礼、兵、刑、工六部，直属于皇帝，解决了在中国历史延续了一千多年的皇权、相权间的矛盾。在地方机构中，废行中书省，在全国设十三布政使司（俗称省），实行“三司”制度，将行中书省的权力一分为三，即民政使管民政、财政，按察使管司法、刑狱，都指挥使管卫所军事。三司互不相统，属中央。在乡里加强乡村政治建设，通过户口调查和土地丈量，编制黄册和鱼鳞册，政府即根据黄册和鱼鳞册来限制人民的迁徙和进行赋税徭役的剥削，并在此基础上施行了里甲制和关津制，把人民牢固地束缚在土地上。为加强对国人的监督和控制，朱元璋还设立了由皇帝亲自掌握的特务机关——锦衣卫，实行特务政治。改革以后，全国的军政司法大权都集中到中央，最终统归皇帝一人掌握，封建专制主义的中央集权制度发展到了高峰。
同时，朱元璋还严厉整顿吏治。他认为吏治是治国之本，元朝所以速亡，就是因贪官污吏特别多，百姓没路可走，只有铤而走险。他对大臣说：“从今日起要严立法禁，凡贪污害民之吏决不宽恕。”为了整顿吏治，严惩贪官，他制订了各种法律章程，对各级官吏的职权、任务以及应当遵守的事项，都作出详细的规定，对官吏的违法乱纪行为也定了具体的惩处办法：凡贪污赃银60两以上，处以枭首示众、剥皮实草之刑；发现贪赃枉法行为者，充军北疆荒地，自食其力；官吏卸任乘公船公车者，除带随身衣服以外，不可多带私人物品。如有发现超10斤受笞刑20；重者受杖刑60。朱元璋对官吏的惩治史所少见，中央、地方都设监察机构监督官吏。对犯官有五种处罚：廷杖、下狱、罚苦工、屯田及剥皮实草。各州府县衙都设皮场庙，把处死剥皮实草的贪官，悬挂堂门两侧，使官吏出入惊戒。结果，整个洪武期间，对违法乱纪、贪污受贿的官吏，除去平常的零星打击，还进行几次大规模清洗，先后杀了十几万人。即使是朱元璋自己的亲属和权贵之家，也不饶恕。驸马都尉欧阳伦是马皇后亲生女儿安庆公主的丈夫，因为贩运私茶触犯刑律，即被朱元璋赐死，“一时守令畏法”，吏治整肃。
在严惩贪官污吏的同时，朱元璋对为政清廉的官吏大加表彰。一次，朱元璋易服私访，到南京城外一大臣罗复仁家看看他的表现，正好罗复仁爬上梯子刷墙壁。他见罗穷到如此地步，很受感动，就在城内赏他一所大房子。济宁府方克勤，为官清廉，不苛苦百姓，任职三年后“户口增数倍，一郡饶足”，但自己过着简朴生活，一件布袍十年不换，每天只食一餐有肉的菜。他进京述职，朱元璋特赐宴表彰，并重新把他送回济宁留任。
朱元璋的这些措施，加强了国家的统一，缓和了社会矛盾，使政治局面逐步安定了下来。但他希望这种安定的局面能够长期保持，因此，每天黄昏，他便派专人在道路上敲着木铎，高喊：“和睦乡里，教训子孙，各安生理，毋作非为！”五更时，又派专人吹起号角，高声唱道：“创业难，守成又难，难也难！”
朱元璋出身低微，又是造反起家，因此，在做了皇帝后，对自己的出身经历特别忌讳，“稍有触犯，刀锯随之”。在思想文化领域推行文化专制主义。一方面推崇程理学为正学，排斥异端；另一方面，他大兴文字狱，堵民之口，在历史上开了以文字杀人的先例。
朱元璋识字不多，疑虑心重，常从文章或表奏中挑剔毛病，许多人因文句被误解而莫名其妙地惨遭杀害。杭州名士徐一夔，为朱元璋作一贺表，其中有“光天之下，天生圣人，为世作则”。这本是恭维之语，但朱元璋听后大怒，说：“生者僧也，说我当过和尚；光者剃发也，讽刺我剃发为僧；则者贼也，骂我做和尚不老实偷东西。”便下令将徐一夔斩首。
御史张尚礼作《宫怨》诗，诗云：“庭门沉沉尽漏清，闭门春草共愁生。梦中正得君王宠，却被黄鹂叫一声。”朱元璋疑心他能道出宫女心事，遂将张尚礼杀死。
刀兵威胁、思想专制、科举摧残，使明初文化一扫元末以来诸子争鸣的学术空气，思想文化重新归于一统，出现了“非朱氏之言不尊”的奇异现象。文化的整个机制陷入了保守僵化的境地。
洪武三十一年（公元1378年）五月，71岁的朱元璋在病床上躺了三十天后安静地离开人世，葬南京钟山下，名曰孝陵。谥高皇帝。
【作者点评】
中国历史上的开国之君，由贫苦和尚创世立国的只有朱元璋一人。他出身贫苦，识字不多，但他了解民情。创业过程中，表现了他的勇敢机智。经过十七年的艰苦斗争，他终于削平割据，推翻元朝，建立起一个较稳固的大明帝国。建立明朝后，他注意减少对农民的剥削，劝课农桑，兴办学校，抑制豪强，派兵戍边，使百姓得以安宁；尤其他整顿吏治，反对贪官污吏，使王朝威信大增。他所制定的政治、经济制度，不仅稳定了当时的政治局势，而且也为明朝中后期的经济水平的进一步提高打下了雄厚的基础。因此，毛泽东对他评价较高，认为他之所以能得天下，在于“取得民心”。
史书上称他“太祖以聪明神武之资，抱济世安民之志，乘时应运，豪杰景从，戡乱摧强，十五载而成帝业。崛起布衣，奄奠海宇，西汉以后所未有也。惩元政废弛，治尚严峻。而能礼致耆儒，考定礼乐，昭揭经义，尊崇正学，加恩胜国，澄清吏治，修人纪，崇风教，正后宫名义，内治肃清，禁宦竖不得干政，五府六部官职相维，置卫屯田，兵食俱足，武定祸乱，文致太平，太祖实身兼之”。
但在稳定政权之后，他用官心疑，常以私访及派遣锦衣卫特务方式侦察吏民，使君臣离心。
他不经查实，妄杀功臣，屡兴文字大狱，甚至一怒之下株连万家。尤其他以酷刑驾驭臣僚，达到了残暴无德的程度。这些只能堵塞政治言论，于施政不利。（詹全友）