1997年7月1日和1999年12月20日，香港和澳门分别回到祖国的怀抱。这标志着西方对港澳的统治完全结束，邓小平的“一国两制”构想已经变成事实，香港和澳门从此进入了高度自治的新时代。
早在香港和澳门的过渡期，为了保证政权的顺利交接和将来的长治久安，中央政府就会同港澳各方面人士和专家分别起草香港、澳门两个特别行政区基本法。基本法是全面体现“一国两制”的法律文件，是特别行政区设立后实行各项制度、政策和法律的依据，所以特别重要。1987年4月，《香港特别行政区基本法》尚在起草过程中，邓小平便明确指出：“我们的‘一国两制’能不能够真正成功，要体现在香港特别行政区基本法里面”，“这个基本法很重要。世界历史上还没有这样一个法，这是一个新的事物。”1990年2月，当《香港特别行政区基本法》起草完毕时，他又高度评价基本法是“一部具有历史意义和国际意义的法律”，“是一个具有创造性的杰作”。
1990年4月，在广泛征求意见的基础上，七届全国人大三次会议通过了《中华人民共和国香港特别行政区基本法》。《基本法》共10章160条，另有序言和3个附件。基本法序言指出：为了维护国家的统一和领土完整，保持香港的繁荣和稳定，并考虑到香港的历史和现实情况，国家决定，在对香港恢复行使主权时，设立香港特别行政区，并按照“一国两制”的方针，不在香港实行社会主义的制度和政策。《基本法》第一章总则也规定：香港特别行政区是中华人民共和国不可分割的部分。全国人大授权香港特别行政区依照本法规定实行高度自治，享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。香港特别行政区的行政机关和立法机关由香港永久性居民依照本法有关规定组成。由此可见，中央通过基本法授予香港特别行政区的不是一般权力，而是高度自治权。
1993年3月，《澳门特别行政区基本法》也由全国人大通过，同样授予了澳门高度自治权。以上两个基本法，奠定了特别行政区制度的法律基础。
香港和澳门回归前，曾有许多人担心港澳将会在共产党的统治下失去自由，从而移居海外。回归以后，这些悲观的预测都一一落空。香港、澳门回归后，中央政府始终坚持“一国两制”、港人治港、澳人治澳、高度自治的方针，严格按照两个基本法办事，大力支持特别行政区政府依法施政，从不干预其自治范围内的事务。中央人民政府所属各部门、各省、自治区、直辖市也从未干预过特别行政区政府根据基本法自行管理的事务。在这种情况下，香港和澳门原有的经济、社会制度没有变，生活方式没有变，港澳居民仍享有广泛的自由和民主权利。甚至连一向对香港前景悲观的民主党主席李柱铭也承认：香港回归后是出乎意料的好。新闻自由及游行、请愿的自由亦如过往一样，没有人基于政治理由被捕，完全没有收紧。台湾“中央社”也报道说：香港回归后，涉及敏感的新闻自由、人权呼声、民间的怨诉等言行依然如故，“左右意识形态的人或出版物都能找到自己的地盘，互相对垒，抨击共产党的言论随处可见可闻，百花齐放、百鸟争鸣的情况一如既往，大体上展现了‘马照跑，舞照跳，股照炒’的社会不变表征。”
与此同时，香港的司法独立和终审权也受到充分尊重，各级法院独立行使司法权，未受干预。
中央政府坚决执行“一国两制”的政策和特区政府的正常运作给香港人留下了深刻印象，港人对香港前途的信心大大增强。据香港大学近年来所做的民意调查资料显示，香港回归后港人爱香港爱祖国的信心日益增强。一些移居海外的香港人也因看到了希望所在，陆续回流，出现了许多“凤还巢”现象。据加拿大媒体2005年的统计，1997年前从香港移民加拿大的20万人中，大约有三分之一又重新回到香港定居。国际社会也逐渐认识到基本法和特别行政区制度的可行性和优越性。2007年6月，欧盟发表声明承认，香港回归后，“一国两制”总体上得以成功实施，香港仍是“成功之地”。这份声明还表示，欧盟支持《中英联合声明》和《中华人民共和国香港特别行政区基本法》规定的对人权和个人自由的尊重，特别是有关对行政、立法和司法机构自治和独立的规定。欧盟相信，联合声明和基本法所确定的香港高度自治将继续保持下去。
回归以后，中央政府还一直支持香港特别行政区开展政制改革，并通过全国人大常委会释法和决定，推进香港民主在基本法轨道上循序渐进地向前发展。香港自开埠至1997年的一百五十多年，港英的立法和行政两局议员都由港督委任，历届港英政府中的高级官员也几乎都是英国人，华员大多只能担任一些低层的官员。1985年，港英当局开始启动所谓“代议政制改革”，但它并未在立法机关成立时引入“直接选举”议席，而是引入了“间接选举”和“功能组别”两类议席。对于这一问题，1990年颁布的《香港特别行政区基本法》第四十五条和第六十八条明确规定：回归之后，行政长官和立法会的产生办法根据香港特别行政区的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达至普选的目标。这表明中央政府认为经过有步骤的过渡，待时机成熟时，行政长官和立法会最终均将由普选产生。尽管对究竟何时可以实现普选，基本法没有规定，但其在附件中说明：2007年以后行政长官和立法会的产生办法如需修改，须经立法会全体议员三分之二多数通过，行政长官同意，并报全国人大常委会批准或备案。中央政府之所以做如此说明，规定在2007年之后才有落实普选的可能，就是想维护香港回归祖国后头十年政制改革步伐的稳定，同时也是遵循从实际出发、循序渐进的原则。
但中央政府的这种良苦用心却长期不被香港民主派所体谅。他们以自由、民主、人权为旗帜，一再要求尽快推行“双普选”，即立即普选行政长官和立法会，从而在这一问题上与中央政府和基本法处于对抗状态。2004年，全国人大常委会对基本法做出解释，否决了2007年和2008年进行普选的要求。同年，香港政府成立了政制改革专责小组，研究如何推进选举的民主成分。2005年，特区政府推出了第一份具体的政改方案，建议2007年负责选出行政长官的选举委员会，人数由800人增加至1600人，2008年的立法会议席则由60席增至70席，直选和功能组别议席各增5席。但由于这份政改方案没有提及双普选的时间表及路线图，受到了民主派的抵制和否决。
为了推进香港政改，全国人大常委会经过反复权衡和深思熟虑，于2007年议决特区政府可以分别于2017年及2020年落实行政长官和立法会的普选。在此基础上，香港立法会于2010年以超过三分之二的多数票，通过了2012年行政长官和立法会产生办法的修订议案，多年来一直胶着的香港政改终于获得了实质性的进展。这个政改方案，分别对2012年特区行政长官和立法会的产生办法做出修改。其中，对特区行政长官产生办法的修改内容包括：行政长官选举委员会人数由800人增至1200人，由工商界、金融界，专业界，劳工、社会服务、宗教等界，特区立法会议员、区议会议员的代表、乡议局的代表、港区全国人大代表、港区全国政协委员的代表，共四大界别人士组成，每个界别300人，不少于150名的行政长官选举委员会委员可联合提名行政长官候选人等。对特区立法会产生办法的修改内容包括：立法会议席总数由60席增至70席，其中功能组别和分区直选议席各为35席，功能组别新增的5席由区议员提名，经300多万香港市民选举产生。
香港2012年政改方案通过后，国务院港澳事务办公室发言人发表谈话称：这一结果符合香港公众的普遍愿望，也是中央政府乐于看到的。我们对香港特别行政区政府、立法会和社会各界人士为此所作出的努力表示赞赏。这表明中央政府是充分尊重和支持香港的自治权的。对此，香港特别行政区长官曾荫权表示：“在今次政改的过程中，我和香港市民亦深深感受到中央对香港的信任，而且是有最大的诚意和决心支持香港民主发展，落实基本法所承诺的普选。”2012年3月25日，香港特区行政长官选举举行，梁振英最终当选第四任香港特首。