万贵妃还想除去眼中钉朱佑樘。可是她也不是那么容易下手的。周太后为了保护孙儿，命宪宗将佑樘交给她，放在仁寿宫抚养。不久，朱佑樘被册立为皇太子。一天万贵妃请佑樘到她宫里去玩，周太后知道她不安好心，叮嘱孙儿，去了之后不要吃任何东西。到了贵妃宫中，贵妃劝佑樘吃饼，佑樘回答说，已吃过饭了。贵妃又劝他吃羹汤，机灵的孩子反问她：“这羹中有毒吗？”气得贵妃半晌说不出话来。
“这么小的孩子就如此防备我，记恨我，将来他一旦登上皇位，我不就死在他手里吗？”她觉得非下决心逼宪宗易储不可。
这以后，她一有机会，就向宪宗吵闹，要求废掉皇太子朱佑樘，另立邵宸妃的儿子兴王朱佑杭。尽管此时万贵妃已年近六十，可宪宗对她又亲又怕，根本离不开她，怎敢不听从她呢？太监梁芳等人勾结万妃，大肆侵吞内府钱财，害怕将来太子即位后会惩治他们，也帮着万贵妃一起攻击太子。宪宗只得答应了。
第二天，宪宗找司礼太监怀恩商量，怀恩连连说不可，惹得宪宗很不高兴，竟把怀恩贬到凤阳去守皇陵。正想再召集群臣们商议废立之事，忽报东岳泰山发生地震，钦天监正据天象所测，说此兆应在东宫，宪宗以为废太子会惹怒天意，不再提易储之事，这才保住了太子的地位。
万贵妃费尽心机也无法动摇太子的地位，不免肝火攻心，不久便得了肝病于成化二十三年春死去。万妃一死，宪宗好似失了主心骨，凄然说道：“贵妃一去，朕亦不久于人世了！”他主持贵妃的葬礼一如皇后之例，并辍朝七日。这年八月，郁郁寡欢的宪宗果然也得了重病，追随万贵妃而去。
万贞儿以一个卑微的宫女，半老徐娘之身，竟一举夺宠，宠冠后宫，做了二十多年无名有实的皇后。个中缘由，无人能晓。至于宪宗的两个皇后吴氏和王氏，一个是新婚伊始便守活寡，一个是当了一辈子的傀儡。
据清代张廷玉等人所修《明史》记载，经历丧子之痛，万贵妃开始对其他怀孕的妃嫔或已经降生的皇子大加谋害，而宪宗却对这个女人无计可施，未加责罚，相反却是一再的退让。
宪宗凭啥这么纵容万贞儿？他跟万贞儿之间究竟有着怎样的情缘？她又为什么会得到宪宗的旷世恩宠呢？究其原因，主要有以下几种：
一是朱见深具有强烈的俄狄浦斯式的恋母情结。据正史记载，朱见深自两岁开始就由万贞儿带着。英宗土木堡之变之后被困瓦剌，朱见深的叔父趁机抢去皇位并罢免他的太子职位，从此他便跟随万贞儿住在后宫，直到英宗卷土重来。在这段最艰难的日子里，朱见深和万贞儿相濡以沫，在他最落魄的时候万贞儿一直守护在他身边。由于古代主子和侍女之间的特殊关系，万贞儿在他心目中就有了多角色的朦胧的定位——母亲、姐姐兼情人。
总之，朱见深倾其一生都对这个女人有特殊的依恋，不论她做得多么过分，他都能忍让、退避。他离不开这个女人，这个女人就是他生活的支撑，没了她，他的世界也将溃然崩塌。《明史》中记载：“帝每游幸，妃戎服前驱”，也就是说宪宗每次出游，万贵妃总是戎装侍立在旁，这给宪宗一种安全感。另据沈德符在《万历野获篇》中记载，“妃怒挞一宫婢，怒极气咽，痰涌不复苏”，“讣闻，帝不语久之，但长叹曰：万侍长去了，我亦将去矣”，“于是挹挹无聊，曰以不豫，至于上宾”。也就是说，听闻万贵妃死后，宪宗很长时间没有说话，只是长叹一声：万贵妃去了，我也快要去了。宪宗对万贵妃的爱很容易让人联想到唐明皇对杨贵妃的爱，但两者本质是不同的。杨贵妃是四大美女之一，有惊人的美貌，而万贵妃，得宠的时候已经35岁，已经是半老徐娘。所以宪宗对万贵妃的爱应该着重在一个“情”字上，或是亲情，或是友情，或是爱情，总之是一种错综复杂的情。或者宪宗真有某种心理或人格障碍，而这种障碍唯万贞儿才能解除，故而离不开。
二是万贞儿善用心计，想方设法笼络宪宗。她是陪伴朱见深时间最长的女人，对朱见深的弱点颇为了解，可以轻易地玩弄他于股掌之中，利用他来达到自己“擅宠”的目的。《明史》中记载：“先是，宪宗居东宫，万贵妃已擅宠。后既立，摘其过，杖之。帝怒，下诏曰：‘先帝为朕简求贤淑，已定王氏，育于别宫待期。太监牛玉辄以选退吴氏于太后前复选。册立礼成之后，朕见举动轻佻，礼度率略，德不称位，因察其实，始知非预立者。用是不得已，请命太后，废吴氏别宫。’”也就是说，万贞儿擅宠之后，醋意大发的吴皇后凭借优越的地位和超凡的自信指责万贞儿的过错，并亲手杖打了万贞儿，结果引起宪宗大怒。宪宗一怒之下下诏“废后”，并将吴皇后打入冷宫。《明史》里面对这件事是这样评价的：“宪宗年十八即位，妃已三十有五，机警，善迎帝意，遂谗废皇后吴氏。”一“迎”一“馋”，说明万贞儿心计颇深。
也就是说，她凭借宪宗的宠爱，趁机大讲吴皇后的坏话，并提议废后，宪宗一“怒”一“疼”，竟从其言。时至今日，由于史料有限，且无第三人在场，历史事实中的万贞儿究竟有没有这么做，已无从可考，但可以证实的是，万贞儿并没有在宪宗面前为吴皇后说情，这也是为什么《明史》会把“废后”这笔账算在她头上的一个佐证。之后上台的王皇后对她已是忌惮三分，只能忍气吞声。《明史》还记载：万贵妃“母以子贵”的梦想破灭之后，为了达到“擅宠”的目的，开始千方百计迫害未出生的皇子，通过买通太监给怀孕的妃嫔灌药，导致“饮药伤坠者无数”。所幸的是，一个跟万贞儿长得很相似的宫女纪春红怀孕之后，太监张敏感叹宪宗无子，动了恻隐之心，私自将堕胎药量减半，竟保住了孩子，即为孝宗。《明史》中也有记载：“孝宗之生，顶寸许无发，或曰药所中也。”从这件事来看，这个女人心计太重、心机太深。因为她知道宪宗知情，也知道宪宗不会把她怎么样，因为她是宪宗最需要的女人。
宪宗很小的时候，偶然知道万贞儿有一个情人叫杜箴言。在宪宗十一岁那年，因为嫉妒和自私，他派人把杜箴言杀了。万贞儿偶然得知这件事，大受伤害，就开始了漫长的有爱有恨的报复过程，对宪宗时而若即若离，时而嗔怪冷落，而这恰恰抓住了宪宗不容易得到的才是最好的心理，于是对万贞儿越加痴迷。在后来的漫长岁月中，万贞儿腰上一直戴着虎符玉佩，这就提醒宪宗，她心里还想着那个赠玉的人。万贞儿也有心计，虽然有意无意地让宪宗意识到这一点，却又把握分寸，让宪宗产生淡淡的醋意，而又不至于惹得他恼羞成怒大开杀戒。不管怎么样，万贞儿是个非常有心计的女人这一点是肯定的，她巧妙地利用了宪宗从小对自己产生的依赖心理，并将这种依赖化解和转换为男人对女人的爱慕，中间又夹杂着母性和亲情的魅力，这让宪宗无法自拔地爱上了万贞儿。而宪宗自身又是一个弱势内敛的皇帝，喜欢留恋过去的岁??和时光，这与万贞儿的细心谋划正相吻合，从而造成了万贵妃独享恩宠20年。