伊凡雷帝最关心的是审判诺夫格罗德和普斯科夫的那些所谓的同谋者。沙皇的心腹阿达纳斯·维西赞姆斯基突然受到怀疑，有人指控他通风报信。伊凡雷帝先把他召进宫来，与此同时下令洗劫了他的府邸，将全体奴仆斩尽杀绝。这位善于执行此类密诏的亲王回府见此情况，还相信在适当时候一定能向君主表明自己的一片赤胆忠心。但是，当天晚上他就被捕入狱了，在狱中他与沙皇的另外几位宠臣相遇，虽然他们都曾极力表明自己是无辜的。
在克里姆林宫广场上，沙皇命人竖立起17个绞刑架，柴火堆上架起一口盛满水的大锅和一个与人身体大小相同的平煎锅，还有可以将人体锯成两半的绳锯。
1570年9月25日，盛大的血腥节目开始了。那些特殊的刑具把莫斯科的居民吓住了，没人敢到刑场来。
街上也空荡无人，人人都怕沙皇像对诺夫格罗德城居民那样对莫斯科居民进行报复。
这场表演首先是宣布赦免。百余名诺夫格罗德的囚犯保住了性命。随后，一位枢密院的书记官打开一张羊皮纸，宣读了死囚的名单，每个人都有不同的死法。首犯是伊万·维斯考瓦第亲王，他的罪名是里通外国。亲王听到宣判后，仰望天空抗辩说：“这是诬蔑，我想辩解也没用，只有上帝知道我是清白的。”禁卫军一拥而上，堵住了他的嘴。
四个小时内，有200多人被禁卫军处决。然后，沙皇来到被斩首的国库总监伏尼考夫的寡妻家中，她年轻美貌，是阿达纳斯·维亚赞姆斯基亲王的妹妹。沙皇要这位夫人供出她丈夫埋藏财宝的地方。她发誓说一无所知。于是沙皇当着她15岁女儿的面，把她剥得一丝不挂，强迫她骑在一条绷紧的绳锯上，慢慢地拉动锯索，对她用刑。
大处决之后，伊凡雷帝休息了三天，以便让人埋葬死尸，清扫广场。这之后，另有80名女囚被溺死在莫斯科河里。此时，这些女囚的丈夫的残缺不全的尸体仍然横陈街头，在七月的酷暑中开始腐烂，散发着熏天臭气。莫斯科的野狗在将近一周内互相争食死者的烂肉，连广场上的尘土都染成殷红色。居民走出家门，恍如来到一个露天停尸场。
有一天，伊凡雷帝在晚宴后去观看刑讯，有一个囚犯夺过他的手杖，想刺死他。这时，沙皇长子疾如闪电，推开杖锋，用匕首刺死了那个囚犯。伊凡雷帝对他非常满意：有这样一个勇敢、敏捷、刚毅的儿做皇储，可保江山永固。这一父一子沆瀣一气，同样嗜血成性。有时父子二人看到广场上有些人在休憩，为了寻开心就把几只激怒的野熊放到人群中去。
伊凡雷帝暴死之谜
1584年3月18日，俄国历史上的第一位铁腕沙皇伊凡雷帝在下棋的时候猝死，享年54岁。其实以他当时的年龄来说，突然去世也应该属于正常范畴，但他的猝死却在当时的俄国引发了种种猜测和议论，以至于官方出面对伊凡雷帝之死做了正式的说明。
伊凡雷帝在位51年，在他执政期间，对外疯狂地实施侵略扩张政策；对内高压恐怖，排除异己，残酷地镇压大贵族们的反抗，结了很多仇家。因此，伊凡雷帝是自然死亡还是他杀？自然而然地成为人们心中的疑团。
皇后突然生病去世，对伊凡打击很大在伊凡雷帝猝死两个月后，他的儿子费多尔·伊凡诺维奇继位加冕。
在加冕仪式上，费多尔向他的子民们郑重宣告：按照上帝的意旨，我们的父亲、已经仙逝的伟大沙皇、全俄罗斯的大公****的君王伊凡·瓦西里耶维奇留下了地上的王国，领受了天使的圣像升入天国。而他自己也以自己统治全俄罗斯诸王的名义给他的儿子以祝福。
这无疑是向世人宣布，伊凡雷帝是自然死亡。为了比较充分地说明自然死亡的理由，人们对伊凡雷帝的猝死原因进行了分析说明。具体解释认为：伊凡雷帝的猝死，是因为心理压力太大造成的。
伊凡雷帝3岁登基，过早地目睹了宫廷的黑暗，在尔虞我诈、血雨腥风的环境中学会如何保全自己、防备他人，心智一直处于高度紧张的状态。17岁正式加冕以后，连年的战争，耗费了大量的财物，使得国库亏空、财政危机，伊凡雷帝的威信也直线下降。沙皇直属军团的成立，虽然在一定程度上巩固了沙俄帝国中央集权的统治，但不间断的恐怖暗杀使得国内怨声载道，政局动荡不安。再加上晚年痛失爱子和疾病的折磨，伊凡雷帝身心皆惫，神志恍惚，身体和心理的承受能力都处于崩溃的边缘，随时可能撒手归西。
但更多的人们似乎并不满足这样的解释，这样的解释对有“雷帝”之称的伊凡之死似乎过于平淡，甚至有些遗憾。于是，对伊凡雷帝死因的探究一直在继续着。
1963年，在修复莫斯科克里姆林宫的阿尔罕格尔斯克大教堂时，人们趁机打开了伊凡雷帝和其他一些贵族的陵墓，并对伊凡雷帝的遗骸部分进行了化学分析。
分析结果表明，在伊凡雷帝的遗骸里残存着大量的水银分子。据法医分析论证：“不能完全排除是有人用药物一下子，或缓慢地毒杀伊凡雷帝的可能。”据此，一位研究伊凡雷帝的专家首次提出他杀的看法：伊凡雷帝并非自然死亡，而是被他自己的两个宠臣——波·别伊斯基和波·戈杜诺夫害死的。但由于这种说法缺乏确凿翔实的史料证明，并未被更多的人接受或进行更详尽的研究。
近几年，有关伊凡雷帝猝死之谜的史料不断地被发现，这些史料提供了伊凡雷帝非自然死亡的依据。如：“伊凡四世比人们预料的要死得更早，他虽身患重疾，身体一天比一天更衰弱，但还看不出濒临死亡的迹象”，“沙皇伊凡死得很快”，“波·戈杜诺夫收买了给伊凡雷帝治病的英国医生后，谋害了伊凡四世。因为，如果不抢在沙皇之前，他自己就会和其他显贵一样被处死”等等。
据此推断出伊凡四世是被波·别伊斯基给他的一份由医生配置、里面放进了毒药的饮料毒死的。一时间，伊凡雷帝死于宫廷谋杀之说吸引了所有人的注意力。
根据史料分析，波·戈杜诺夫的嫌疑最大，因为他对沙皇早已怀恨在心。伊凡雷帝在年过半百、身患疾病之时，还正式向英国女王伊丽莎白一世的侄女求婚，这对身为贵族的波·戈杜诺夫及其亲属构成严重威胁。一旦伊凡四世和英国王室联姻，将对戈杜诺夫·伊琳娜的丈夫、****费奥多尔·伊凡诺维奇极其不利。据说，有一次，暴怒的沙皇不知为什么事情要严惩****，波·戈杜诺夫想替****求情，没曾想竟也被雷帝一同痛打，致使波·戈杜诺夫在家躺了好多天不能到王宫去，还请了医生进行治疗。而雷帝不仅对此事不感懊悔，反而对他有了猜疑。此外，雷帝还对伊琳娜有过非分之举，也使波·戈杜诺夫对雷帝产生了仇恨心理。
以上种种使得****周围那些最亲信的大公和贵族们，也就是戈杜诺夫家族对此感到受辱并产生怨恨。他们在寻求一些秘密措施，企图消除伊凡四世的联姻意图，推翻伊凡四世已达成的协议和阴谋。
至于别伊斯基的作案动机，则与沙皇冷酷残暴的性格不无关系。据说，伊凡雷帝在晚年的时候变得非常脆弱，他非常害怕自己在没有忏悔、没有领受圣餐礼的情况下突然撒手人寰。因此，他从全国各地招募来六十多名巫师和巫医，由卫队严加看管。每天，雷帝都派别伊斯基去巫师和巫医那里了解他们的占卜、预告情况，然后回来向自己汇报。可是女巫们居然告诉别伊斯基，天上最强有力的星宿都反对雷帝，并且他们还预测出了雷帝的死亡日期。别伊斯基哪敢向雷帝汇报这些啊！
他隐瞒了事实。可是雷帝还是知道了占卜和预言。
伊凡雷帝暴跳如雷地叫嚷，他要在预言他死亡的那一天把巫师和巫医们统统烧死，把隐瞒预言的别伊斯基推出去砍头！别伊斯基真正被沙皇逼上了绝路。于是别伊斯基和戈杜诺夫联手，把他们自己的死期变成了雷帝的死期。
不难看出，上述说法多为推理、判断，缺乏详尽、可靠的史料依据。既然没有定论，伊凡雷帝之死也就成为一个未解之谜，有待后人的进一步考证。
在种种打击下，伊凡的精神已经近乎崩溃因为杀死自己亲生儿子而失魂落魄的沙皇，做出了他一生中最不寻常的举动。他决定对所有奉他之命被处决的、有背叛行为的失宠朝臣昭雪。此举是出于预感行将就木前的不安？还是想要拯救自己的灵魂？抑或基于清醒的思考，企图借此一举同僧侣与贵族和解，以便改善新的皇位继承人太子费多尔的处境？很难断言。
伊凡雷帝命令司书们编造出所有遭禁卫军屠杀的人的花名册，花名册连同大量金钱一起被送往全国一些最大的教堂。银子犹如雨点洒落在僧侣们的头上。根据粗略估计，僧侣们在一两年的时间里得到了几万卢布。给遭贬黜的人们死后恢复名誉，是一个不仅有道德意义，而且有政治意义的举动。沙皇事实上是承认了自己长期进行的、反对贵族叛变的斗争完全徒劳无益。恢复名誉，在贵族们看来是贬黜和迫害不会重演的某种保证。新方针在一项谕令中得到了确认。此项谕令规定凡诬告者严惩不贷，凡凭空指控主谋造反者格杀勿论。同时还规定：
诬告自己主人的家仆，也要绳之以法；小告密者，处以笞刑，并流放边远地区。
太子伊凡·伊万诺维奇死后，智能低下的费多尔就成了皇位继承人。据宫廷司书季莫菲耶夫讲，由于尽人皆知费多尔无能治理国家，大家左右为难，都为此而苦恼。贵族们都怀疑费多尔是否有在战时驾驭国家的能力。
伊凡雷帝使出了他惯用的伎俩，来挽救皇朝的未来。
在隆重安葬皇太子之后，伊凡雷帝在缙绅会议上发表演说，一开始就承认长子之死是他的罪过，接着便是引咎逊位。当众臣都不同意时，他就提出是否可将权力交给幼子。他请贵族们考虑：除费多尔之外，在国家中还有谁适合继承皇位。
沙皇说这番话的真实意图在于确立幼子为皇位继承人。贵族们都十分明白其他任何一个皇位觊觎者和敢于替他说话的人将会招致什么后果。因此，他们诚惶诚恐地请求沙皇在国事未安排妥当之前，打消去修道院过安谧生活的念头。他们甚至还信誓旦旦地宣称：除了雷帝的儿子，他们不希望任何别的人充当自己的国君。
沙皇并不十分信任他们，因而暗中做好了一旦遭遇不测就将家室送往英国的准备。他怕事情走漏风声，对自己最亲近的人都加以隐瞒，而把去伦敦谈判的重任委托给一个无名小卒——英语翻译。
伊凡雷帝自从亲手杀死太子之后，每夜只能睡几个小时的觉。他离开了亚历山大罗夫自由村的行宫，回到克里姆林宫，因为行宫的阴森墙壁总使他想起太子的弥留之际。一天晚上，侍从上奏说莫斯科天空出现了一颗彗星，尾部呈十字架形。雷帝穿上暖和的皮袄，命人抬他到外面去看。雪白的京城银装素裹，他仰望苍天，长时间凝望那颗闪着淡红色光芒的彗星，然后喃喃自语道：
“这是朕归天的预兆！”
从1584年初起，雷帝的体力日渐衰退。御医们说他患的是血液变质、内脏腐败病。他全身浮肿，皮肤一片片地脱落，发出一股难闻的臭气。即使涂上香料，仍不能驱散这股臭味。
雷帝害怕夜色降临，因为它带来的是一片日暮途穷的凄惨景象。每天夜里，他在若明若暗中恍惚看到儿子的形象：有时服饰华丽，笑容可掬；有时面容愁惨，额头带一个血洞。这个幽灵同他谈话，雷帝还回答，然后他突然大叫一声，跳下床来。侍卫们跑进来，照料他重新入睡。但有时他不肯再睡，让人把教士找来，鸣钟做弥撒。到天明时，他已经精疲力竭，茫然若失，无法临朝理政。
御医的药剂和教士的祈祷都不能医好他的疾病，雷帝又开始求助巫术。占星家、占卜者和巫师从全国各地云集莫斯科。巫师在宫殿附近的一间房屋里闭门不出，求神下界，保沙皇平安。巫术大师们这样大规模汇集一堂，真是前所未有。沙皇的亲信别尔斯基亲王每天来询问他们，但他们的看法仍是悲观的。各种天象都一致表明，君王晏驾已为期不远。别尔斯基将术士们的结论秘不上奏，以免惊动沙皇。
虽然臣属多方面封锁消息和百般安慰，都不能改善雷帝的心情，他自知已病入膏肓。身上的臭气日益浓烈，****肿大，疼痛难忍。伊凡雷帝认真考虑了帝位继承问题，并在贵族们面前口授圣旨，立费多尔为帝位继承人。
伊凡雷帝叮嘱费多尔要施仁政，避免同基督教国家进行无益的战争。为了辅弼这位昏庸无能的幼主执政，他任命了一个护国委员会，由五位贵族组成，他们是战功卓绝的伊丹·舒伊斯基、瓦西里三世侄女的儿子伊凡·穆斯迪斯拉沃斯基、第一位皇后安娜·斯塔西亚的弟弟尼塞塔斯·尤利耶夫、雷帝的两个亲信波格达内·别尔斯基亲王和鲍利斯·戈杜诺夫亲王。在这五个人当中，鲍利斯·戈杜诺夫最为干练，他的妹妹伊琳娜嫁给了费多尔。
伊凡雷帝自知死期将至，变得懦弱而温情，他称五位护国委员为“朋友”、“战友”。他命令释放波兰和德国战俘，并减少捐税。雷帝再一次向众臣抱怨说：“朕一生中迫于贵族们阴谋篡位，才不得不违反本性而用重刑。”
伊凡雷帝即使在表示这种天使般的仁慈时，还不免偶尔流露出本性的残忍。由于有人不慎失言，使他得知占星家们为他测定的死期是1584年3月18日时，他就愤愤地说：“如果他们测得不对，就把他们都活活烧死。”