但在广州国民政府和国民党内部的右派和军阀却抵制孙中山的反帝政策，主张与商团和帝国主义妥协，迫使孙中山借江浙战争之机北伐时，把大元帅府从广州移到韶关。广州只留汉军和粤军一部。商团利用孙中山的这一动摇，在10月10日下午制造暴乱事件，打死打伤示威群众数十人，到处张贴“孙文下野”等标语，广州陷入白色恐怖之中。
在此关键时刻，孙中山接受苏联顾问团建议，在中国共产党支持下，决定采取断然措施。10日晚，成立了镇压商团叛乱的指挥机关革命委员会，孙中山亲任会长。13日，孙中山率北伐部队回师广州。14日，下令解散商团。15日凌晨，工团军、农民自卫军、黄埔学生以及湘、豫、粤各军，分兵五路包围商团武装，摧毁其构筑的街防堡垒，经数小时战斗，商团军被打垮，据点被摧毁，除少数首要分子外，都缴械投降，广州及广东大部又回到国民政府控制之下，帝国主义的侵略势力受到沉重打击。
广州国民政府旗帜鲜明地反对帝国主义的立场，也引起英帝国主义的蓄意报复。6月23日，广州的工人、学生、市民、黄埔陆军学校学员、军官共七万余人为抗议“五卅惨案”，会后举行示威游行。当游行队伍行进至沙面租界区对岸的沙基路时，英租界军警猝然向隔河手无寸铁的游行群众开枪射击。法租界军警闻声也参与屠杀，泊于珠江的葡萄牙军舰也发炮轰击。毫无戒备、退避不及的游行群众一时死伤惨重，还殃及路人，造成一起死52人、伤117人的惨案。沙基惨案发生的当天，广州国民政府广东省长胡汉民致英、法、葡领事照会中，斥责这次暴行是“灭绝人道之蛮横举动”，揭露“此种残杀，亦系事前之蓄意阴谋”。6月25日，胡汉民省长又发出致英、法领事第2次照会。严正指出：“综合当时在场男女学生所申述目击情形，其为沙面方面首先开枪，杀伤我巡行群众，证据确凿。况沙面所用系属机关枪，猛烈射击诸人，伤口洞成巨穴，枪弹迥异寻常，尤为惨无人道。”照会最后提出5项要求。包括“此案各有关国家派员向广东省政府谢罪，惩办有关官长，除两通报舰外，所有驻粤各有关国的兵舰一律撤退，将沙面租界交广东省政府接管，赔偿此次被毙伤的华人。”照会提请英、法驻穗领事将以上要求转呈各自驻华公使并本国外交部查照答复。同时，广州国民政府请苏联驻华大使向各国公使代为说明沙基惨案的真相，并代为转达广东省政府和工人群众对帝国主义暴行的强烈抗议。广州国民政府对英国的暴行采取了坚决抗争态势。
在沙基惨案发生之前，为了支持“五卅”反帝爱国群众运动，中华全国总工会已通令全港工人罢工声援上海工人兄弟。全总负责人邓中夏、苏兆征等已进行省港大罢工准备，分头前往香港组织并在广州筹备呼应。6月19日，省港大罢工正式开始。香港海员、电车和印刷工人首先行动，接着洋务、装卸、煤炭以及各业工人相继响应，半个月内香港全体工人总罢工，参加罢工者达25万人。6月21日，广州沙面租界区洋务工人3000人宣布罢工。沙基惨案发生次日起至月末，仅一周内陆续转回广州的香港各业工人即达10万人。7月初，香港工团联合会总会与中华全国总工会、广东总工会的代表联合组成省港罢工委员会，苏兆征任委员长兼财政委员长。7月2日，省港罢工委员会发布坚持罢工的通告。第二天，全港工团委员会向港英当局提出罢工要求条件。其中强调：“不平等条约一日不废除，则中国人民生命之安全绝无保障……非俟上海工商学联合会所提出要求条件完全达到，决不中止我们对帝国主义之反抗行动。”痛陈居港华人受尽不平等条约的残酷待遇，蒙受民族歧视的耻辱。为此，全港工团委员会向港英当局郑重提出：政治自由、法律平等、普遍选举、劳工立法、减低屋租和居住自由等6项合情合理的要求。
对沙基惨案发生后形成巨大影响的省港大罢工，广州国民政府首先在外交上予以支持。7月4日，广州国民政府确定对省港大罢工的基本方针是以所有外国军舰撤出珠江为前提，与美国和德国进行接触，争取在外交上赢得各国的同情和支持。经美、德驻穗领事与各国驻穗外交代表研商，决定建议英解除沙面租界的战斗态势，就沙基惨案向中国公开道歉。英国惟恐引起国际公愤，又不敢漠视美国的建议，虽将军舰驶离珠江，对于道歉与否却未明确表态，这种蛮横无理的态度更加引发广东、香港人民的反英怒火。
广州国民政府在财政上全力支持省港大罢工。财政部长廖仲恺拨罢工委员会280万元巨款，将政府没收被闲置的赌场和鸦片烟馆，临时充作回省香港罢工工人的食宿场所，国内各进步组织和人士、海外华侨、广东省工商业者也纷纷解囊捐资，其总额达135万元。加上因香港封锁而拍卖没收的英货款40万元以及政府拨款等项，较雄厚的财政支持是省港大罢工持久不辍的重要原因之一。8月16日，广州国民政府颁布“旨在孤立英帝国主义的据点香港和报复日本帝国主义势力”的《沿海航行规则》，其中规定：第一，除英、日外，各国船舶准许出入各口岸，但不得出入香港；第二，凡进港所有轮船，均须先受纠察队检查；第三，凡本地粮食、原料不许出口。广州国民政府还颁发特许证给除英籍船舶及装载英货外的各国船舶，允许持证船舶可不经香港转口直接驶广州。因此，广州港泊船骤增，泊位不够使用，这不仅有利于广州的经济发展，所得收入也可用于支援省港工人大罢工。
这就是广州国民政府发动的封锁香港、对英经济绝交事件（又称怀葛事件）。此后，英国经济上损失极为惨重。9月，香港的电力、煤气已经停供，交通断绝，商店关闭，香港陷入完全的窒息状态。省港大罢工深入持久地进行，罢工委员会决定选拔部分优秀的罢工工人组建工人自己的纠察队，由黄埔军官学校的学员负责训练。11月4日，省港罢工委员会纠察队委员会成立宣言中，宣布纠察队的任务是维持秩序、截留粮食、严惩走狗和镇压工贼。纠察队为确保东起广东汕头、西至广西北海的800里海岸线的安全，昼夜巡逻执勤，受理英国货物的汉奸商人受到罢工委员会法制局的严厉审判。广州国民政府的这些措施给了英国殖民势力以沉重的打击。
1925年3月12日，孙中山在北京逝世后，广州国民政府里的国民党内左、右两派的分化逐渐显露，以军方为背景的右派代表人物蒋介石指使暴徒于8月20日暗杀左派代表人物廖仲恺。廖仲恺坚决执行孙中山晚年联俄、联共政策，积极参与征讨陈炯明等地方反动军阀势力的军事斗争，对帝国主义侵略罪行坚决斗争并热情支持广东的工人、农民运动。他的去世使广州国民政府的领导权逐渐被右派蒋介石集团所掌握。
广州国民政府和国民党的分裂使各派系军阀势力有隙可乘，一度交战的直系军阀吴佩孚与奉系军阀张作霖，乘机于1925年秋至1926年初联手攻击国民党和广州国民政府，使广州国民政府处境困难。港英当局见状亦趁势宣布今后不再与罢工委员会进行任何关于解决罢工的对话，并非法没收参与抵制英货活动华商的所有财产。于是，又有约1万香港工人放弃工作回到广州以抗议港英当局的暴政。
1926年7月26日，参加北伐的10万国民革命军开出广州北上。北伐开始后，省港大罢工仍在继续中。10月10日是辛亥革命武昌起义15周年纪念日，罢工委员会决定发布停止罢工宣言，同时发布关于停止对香港封锁及撤回纠察队的布告。
历时16个月的省港大罢工为世界工人运动史上所罕见，大罢工显示了初登历史舞台的中国工人阶级的伟大力量，大罢工使英帝国主义受到了空前的打击，为中国工人也为中国人民伸张了正义和志气。
在大罢工进行之中，广州国民政府已决心北伐统一中国，然而仍持续进行的省港大罢工毕竟是北伐军出师的后顾之忧。7月15日至24日，广州国民政府与香港市政厅进行了5次对话，但在对沙基惨案的道歉和赔偿问题上存在严重分歧。
中方认为，怀葛事件的直接起因是英制造的沙基惨案。因此，必须首先澄清沙基惨案的是非，接受广州国民政府提出的五项条件，才谈得上解决该事件。英方则反对中方意见，认为先要解决怀葛事件，无需再议沙基事件的是非曲直，并反诬沙基事件是广州的无赖之徒先开枪所造成的。7月24日第5次谈判，英代表一开始便说，中方所提各项要求，需回香港向港督和英政府请示，随即退会，会谈中断。英方代表回去后就完全推翻了中方所提各项要求，使谈判无法进行。广州政府在9月18日和10月6日通知英领事和驻粤各国领事，宣布从1926年10月11日起对于进口货品加征2．5％特别税，奢侈品加征5％，用这项收入抚恤罢工工人，终止对香港实行一年有余的经济封锁，让工人开始复工。各国领事很长时间未置一辞，往来货物照章纳税，实际上是默认。后在11月8日，由葡萄牙驻广州领事以“领袖领事”名义致函抗议，但被广州国民政府外交部长陈友仁以各国既未承认国民政府，也无权提出所谓国民政府“完全违反条约”的理由，把这份抗议顶了回去。
1926年12月，广州国民政府迁往武汉。