三、冯段府院之争
伴随着北洋军在湖南的失利，此时的北京又开始了新一轮的府、院之争。
冯、段作为北洋系的两大领袖，在开始时碍于情面，还能互相忍让，但是真正涉及到权力问题就不能敷衍了。到段祺瑞向湖南用兵时，冯、段之间的分裂表面化了。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁，这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。因此当湖南战事发生后，北京政府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”后来迫于段的压力10月22日，冯终于同意褫夺了刘建藩和林修梅两人的官职和勋章，并且予以通缉。
从性格上讲，段祺瑞比较强势，刚愎，有主见，而冯国璋就显得软弱、庸碌一些，但他不同于黎元洪，自己有地盘，有兵权，而且在北洋系中有大批的支持者。所以这两个人在一起共事，要么事事由段做主，冯委曲求全；要么最终决裂，因为一山难容二虎。
段的主张是武力统一，而冯主张和平统一，又没有第三条路，政见不合，只好分道扬镳。
其中段祺瑞的军械借款一事使冲突达到顶点。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途，当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入，段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的迷梦，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长，曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国就是这一期间铸成的。日本为了对中国贷款，乃以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，后来就是有名的“西原借款”。
综合民国六七年间，中国向日本的贷款为数极钜，现在把这些贷款项目分述于次：
（1）善后续借款第一次垫款日金一千万元。民国六年八月二十八日财政总长梁启超，与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年利七厘，以盐余担保。
（2）交通银行借款日金二千万元。民国六年九月二十八日曹汝霖、陆宗舆与日本特殊银行团代表缔结，借款期限三年，年利七厘五，以交通银行所有国库券二千五百万元为担保。
（3）吉长铁路借款日金六百五十万元。民国六年十月十二日曹汝霖、梁启超与南满铁路代表缔结，借款期限三十年，年息五厘，以吉长铁路之财产及收入为担保。
（4）第一次军械借款日金一千八百万元。民国六年十二月三十日北京陆军部与日本泰平公司缔结，双方皆严守秘密，不将契约发表。由日方交付军械，以作现款。
（5）善后续借款第二次垫款日金一千万元。民国七年一月六日财政总长王克敏与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年息五厘，以盐余作担保。
（6）无线电台借款五十三万六千余英镑。民国七年二月二十一日海军部刘传绶与三井物产株式会社代表缔结，借款期限三十年，年息八厘，以无线电信局之收入为担保。
（7）有线电信借款日金二千万元。民国七年四月三十日曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限五年，年息八厘，以全国有线电讯之一切财产并其收入为担保。
（8）吉会铁路垫款日金一千万元。民国七年六月十八日曹汝霖与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息七厘半，以吉会铁路财产及收入担保。
（9）第二次军械借款二千三百六十余万元。民国七年七月三十一日由陆军总长段芝贵与日本泰平公司代表缔结。由日方付军械，以作现款。
（10）金矿森林借款日金三千万元。民国七年八月二日农商总长田文烈及曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限十年，年息七厘五，以吉黑两省金矿及国有森林与其收入作担保。
（11）满蒙四路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结满蒙四路（开原海龙至吉林，长春至洮南，洮南至热河，洮南热河间一地点至海港）预备借款契约，借款期限四十年，年息八厘，以四路现在将来之一切财产及其收入作担保。
（12）济顺高徐二铁路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息八厘，以二路之财产及收入作担保。
（13）参战借款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与朝鲜银行代表缔结，借款期限一年，年息七厘，以中国将来整理新税中收入，作为偿还财源。
上述借款总额高达2。2亿日元。段祺瑞为求财政上的充裕，贯彻其武力统一的迷梦，不惜饮鸩止渴，断送国权，让日本假借款以夺取中国之利益，而中国因西原借款所损失的有：
一、吉长铁路、吉会铁路及满蒙四路均被抵押。
二、无线电台、有线电信事业管理权的让与。
三、吉林、黑龙江两省金矿及森林的让与。
四、山东济顺、高徐二铁路的让与。
五、山东问题换文的损失。
六、中国参战军必用日本军官训练。
同时，日本政府建议中日合办凤凰山铁矿，中日各投资2500万元，中国资本可以由日本代垫，并提出在浦口建立钢铁厂，聘用日本技师，以陆宗舆为督办。这个消息首先由北京的英文《京报》登出来，段派军警逮捕了《京报》主笔陈友仁，接着把《京报》查封。这一来，便成了一件中外轩然大波的事件，各方遍传：“中国军械将由日本管理，所有各省兵工厂、煤铁矿亦由日本控制。”于是全国人民和各种团体，一致反对军械借款和凤凰山采矿合同，要求段内阁宣布真相。同时美国公使抗议中日军械借款，亦要求公布凤凰山采矿合同，英国公使则认为长江流域是英国势力范围，不能容许日本染指。
段相信这个秘密条约是总统府方面故意泄漏的，同时相信冯国璋有意推波助澜，纵恿反对。因为江苏督军李纯在南京召集了秘密军事会议，会议结果，不但提出了取消军械借款的要求，还提出了改组内阁的要求，因为他们认为内阁中有亲日分子，所以需要改组。不止是江苏督军李纯在反对，直系的其他督军如：江西督军陈光远、湖北督军王占元都电请政府明白表示。10月28日，段内阁和日本方面拟订了凤凰山开矿草约。李纯又来一电，指出凤凰山是江苏辖境，事关地方问题，应先征求地方当局意见才能签约。语气中含有即使内阁签订开矿条约，他也不会允许日本人前来开采铁矿。
段决定一意孤行，不理睬反对声浪，当这个合同签定前送到农商总长张国淦桌上，照理要由农商总长批准和签字，可是张国淦竟拒绝签字。正当段焦头烂额的时候，湖南前线的北洋军竟然发出停战议和的通电，江苏督军李纯又来电建议总理不兼陆军总长、解散临时参议院、派唐绍仪为北方议和总代表、迅速召开南北和议。
11月16日段被迫提出辞呈，同时发出“正密”铣电痛论北洋派团结的必要，以及自己不得不辞职的苦衷，电云：
“祺瑞自五月罢职以后，久已厌绝人事，闭门谢客，国变再出，大违初衷。就任以来，赖诸君子群策群力，共济艰难，私冀发挥我北洋同袍之实力，统一国家，奠宁宇内，庶几人民得以安堵，法治乃能设施。此次西南之役，……迭经阁议，询谋无间，既非私心自用，又非黩武佳兵，耿耿此心，可对同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，军无斗志，删日王汝贤、范国璋等通电传来，阅之痛惜。不意我同袍中，竞有此不顾大局之人，干纪祸国，至于此极也。……今日中国，盗贼盈途，奸人恣肆，纲纪日夷，习俗日敝，所谓护法护国，有名无实，徒供欺诈者诪张为幻之具。……环顾国内，惟有我北方军人实力，可以护法护国。果能一心同德，何国不成，何力不就。辛亥癸丑之间，我北方军人，人数不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能统一国家者，心志一而是非明也。近来南方党徒，亦知我北方军人，宗旨正大，根底盘深，非彼西南势力所能兼并，乃别出阴谋，一曰利用，二曰离间，三曰诱饵，昌言反对者，固为彼所深仇，即与之周旋，亦是佯为结好；无非启我阋墙之争，收彼渔人之利，始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快。王汝贤为虎作伥，饮鸩而甘，抚今追昔，能无愤慨，湘省之事，非无收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩篱，落彼陷井也。王汝贤等不明大义，原不足惜，我不忍以王汝贤之故，致今同室操戈，嫌怨日积，实力一破，团结无方，影响及于国家也。我北方军人分裂，即中国分裂之先声，我北方实力消亡，即中国消亡之朕兆。祺瑞爱国家，不计权力，久荷诸君子深知，为国家计，当先为北方实力计，舍祺瑞辞职之外，别无可以保全之法，决计远引，已于昨日呈中乞休，既非负气而去，又非畏难苟安，大势所趋，宜观久远，倘能达我愚诚，北方实力得以巩固，艰难时局，得以挽回，则祺瑞今日之辞职，实为万不可缓之举。……自北以往，伏愿诸君子……时时以北方实力，即国家实力为念，团结坚固，勿堕彼辈阴谋之中，以维持国家于不敝，此祺瑞鳃鳃愚衷所祷祈以求者也。临别之赠，幸审存之。段祺瑞。铣印。”
11月18日，直系四督直隶督军曹锟、湖北督军王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远发表联名巧电，主张停战。长江三督忽然变成直系四督，声势大震，对段来说可算是制命之伤。同一天，段祺瑞奉命免兼陆军总长，遗缺由王士珍继任。
曹锟虽是直系，以前并未加入长江三督的主和集团，且一向与皖系保持良好关系，被称为直、皖二系的两栖督军，因此当时颇有举足轻重之势。直、皖两系都极力拉拢曹锟，他则一直不作左右袒，他当时在北洋派中实力最大，又是清朝时的北洋大臣地位，他的一举一动，对北京都有严重影响。
11月22日，冯下令准段辞职，派汪大燮代理国务总理。汪不过是一个过渡，11月30日，王士珍继任总理。
冯国璋既然免了段祺瑞的总理职务，就想乘机完成总统的大权独揽，因此第一步是恢复袁世凯时代的大元帅统率办事处，不过把名目稍微改一下，称为军事办公处，这个机构在黎元洪时代称为军事幕僚处。黎有心无力，没有完成这个计划，而冯也无法实现，因为皖系军人纷纷通电反对，所以军事办公处的招牌只挂了两天，就取了下来，仍然恢复军事处老招牌。
但是段祺瑞是不甘心失败的，他的辞职时为了避免同冯国璋公开决裂，而且以退为进有些时候更容易达到目的。
在皖系核心人物徐树铮的拉拢、策划下于12月2日在天津召开了由直隶、山东、山西、奉天、黑龙江、福建、安徽、浙江、陕西九省和察哈尔、热河、绥远三个特别区的军阀代表，以及上海卢永祥、徐州张敬尧都有代表参加的天津会议。
这次会议以曹锟和张怀芝为首，督军们和督军的代表齐集天津孙家花园。其规模和声势，不下于当年的徐州会议，除了西南各省和长江三督没有代表参加外，这等于是又一次的督军团会议。不过地点和领头的人物改变了，地点从徐州搬到天津，和北京近在咫尺，领头的人物由张勋换了曹锟。
会议的主题是对西南作战，和对付北洋派中的主和派。这个会议中，皖系机关报透露了一个惊人的秘密，据说西南方面在梧州会议中曾有下列各点建议：（一）迎黎元洪复任总统。（二）促冯国璋下野。（这两点是打击冯国璋的攻心之计）。（三）惩办战争祸首段祺瑞、梁启超。（四）恢复旧国会。（五）复任谭延闿为湖南督军。梧州会议早在11月10日举行的，而且根本没有这些决定，可是皖系智囊利用天津督军团会议时公布这些莫须有的条款，是有意激起督军们的同仇敌忾。
果然天津会议的与会人士见到这些条款，大为愤激，认为西南方面欺人太甚，认为冯国璋不知死活，还要对西南主和。曹锟慷慨激昂地说：“我愿意率兵平南，战至最后一人亦所不顾。”会议决定三项：（一）各省分别出兵，自筹军费。（二）推直鲁两省督军为主帅。（三）排斥长江三督，用兵路线决定分两路进攻湖南，第一路由曹锟为主帅，率领军队由京汉铁路南下通过湖北进攻湘北；第二路由张怀芝为主帅，率军由津浦路南下，通过江西进攻湘东。关于各省出兵的分配，由直隶、山东、安徽各出一万，奉天出两万，山西、陕西各出兵五千。
会议并推举段芝贵进京向冯国璋摊牌，他们表示一点婉转的意见，如果南军退出湖南和解散非常国会，就可以谈和，这是谈和的起码条件，如果总统不采纳，督军团将以对付黎前总统的手段对付今大总统——各省宣布脱离中央而自主。
天津会议后督军团的声势比前次由张勋率领的还要大，公推第一个老实人曹锟做大哥，第二个老实人张怀芝做二哥。不过真正幕后领导人则是段祺瑞，段以团结北洋派做为他的号召，骂主和派是汉奸。
主战派以苏督李纯为目标，因为他们不便明显地攻击冯国璋。天津会议中决定以到会的全体名义质问李纯为什么要阻止冯玉祥旅“援闽”？这所谓的“援”字，就是进兵的意思。原来十六混成旅旅长冯玉祥奉命援闽，开到浦口时，李纯授意他顿兵不进，该旅参谋长邱斌通电骂冯，是转眼无情、恩将仇报的小人，冯玉祥免了邱的职，以张树声继任。同时，主战派还问李纯能否与各省采取一致行动？
李纯在主战派强大压力下发表表明心迹的江电（12月3日），否认阻止冯旅援闽，并且承诺催促冯即日由浦口开往上海，再由海道开往福建。李纯表示服从北洋派的公意。为了证实自己不是北洋派的叛徒，因此李径电陆荣廷质问梧州会议为什么作出数点决议之事。陆荣廷于12月5日微电回答说：这完全是无稽之言。李把陆复电转北方各省。
12月6日，曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡由、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等十人联名通电，请北京政府颁发讨伐西南的命令。而曹锟不待冯国璋对于讨南问题如何决定，即通电誓师南下，命其弟曹锐代理直隶督军。
主战派这次倒不是摇旗呐喊，光念不动，而是有真实行动。决定南征后，北方军阀们截留税款、扩充兵力、夺取地盘。这时的全国报纸被主战的通电填满，杀伐之声不绝于耳。北洋派颇有大振旗鼓的中兴气象，甚至有人主张让老段亲自任征南统帅。
12月15日冯国璋邀请段祺瑞和王士珍到总统府举行会议，这北洋三杰面和心不和，冯希望大家能取得一致意见，避免北洋派分裂。段祺瑞表示除了下讨伐令而外，别无他法。王士珍则两面敷衍，不作左右袒，完全打高空。冯本以为在会议中可以联合王士珍说服段祺瑞，怎知王士珍太滑头，结果反被段所吓倒。
12月16日，冯国璋发表电令，派曹锟、张怀芝为第一、第二两路总司令。这个人事命令，不以命令发表，而以电令发表，是冯避重就轻的办法。冯认为总统命令不能出尔反尔，而电令则随时可以变更。这样便可以敷衍主战派，而南方也可曲谅。其实不下讨伐令而派出两路讨南的司令，真可算做大笑话。
冯的电令发表后，曹锟和张怀芝立刻要求发给南征军费200万元。各省军阀也在对南用兵的大帽子下纷纷催索军饷，截留税收，招兵买马，以扩大自己的武力。冯对主战派逐渐让步，6年12月18日又特派段祺瑞为参战督办，特任段芝贵为陆军总长。同一天并下一道手令，以后关于参战事务均交参战督办处理，不必呈送府、院。冯的私意这样一来便和段划分了势力范围，对外问题交段处理，对内问题由他主持，希望彼此各得其所，和平相处。段为什么乐意做参战督办呢？因为他深知督军团是一种利害结合，张勋复辟前车可鉴，如果他自己无可用之兵，则一切是空的，做了参战督办，就可暗中建立自己的军队，利用日本军械和借款。
段祺瑞就任参战督办后，督办公署正式成立，以靳云鹏为参谋处处长，张志潭为机要处处长，罗开榜为军备处处长，陈箓为外事处处长，卫兴武为副官处处长。并聘各部总长为参赞，次长为参议。这个督办公署是内阁以外的一个政府，事实上段并不是对出兵国外作战有兴趣，而是想利用出兵之名编练一支可以由他自己控制的参战军。正好像当年袁世凯在洪宪时期编练模范军作为自己的新建武力，今天段想编练参战军乃是为自己建立嫡系部队。要知道，中国对德国是宣而不战，世界上岂有先宣战，然后才训练参战军的？
至于冯国璋本意是要把段祺瑞的权力限制在对外问题上，可是结果适得其反。参战督办并不隶属内阁，他的一切决定可以直接发交有关各部办理，对内可以发号施令调动军队，对外可以凭借这个机构直接取得外援。结果依然抓住了军政大权。因此自这个参战督办公署成立后，内阁便名存实亡，冯想剥夺段的权力，和逐段下台的一切努力都化为乌有。
很明显，新一轮的府院之争冯国璋大败亏输。