自从民国建立，最严重的问题莫过于财政了。袁政府成立以来，各项收入微乎其微，而独立各省几乎再不向中央解款，百废待兴的局面到处都需要钱。在唐绍仪任总理时即已罗掘俱尽，非借款无法维持。唐阁垮台，又拖了多月。周学熙出任财政总长后，变成了借债总长，起初借200万、100万，后来则借几十万，最后乃至几万甚至1万都在借，甚至1万的小数目都无法借到，政府中能抵押的东西都在抵押，如自来水公司押了4万。诸如此类，不一而足。可是政权要存在下去，没钱是不行的。于是只能找到六国银行团。
清朝末年列强曾组成了一个四国银团，统一和垄断了中国的借款，这个银团是英美德法四国组成的，其后日俄两国也参加。中国有识之士一直想打破这个财团的独占性，唐绍仪组阁时就决心要冲破这个“蛛网”，于是他径行向比国财团签约借1000万镑（南京临时参议院只核准借500万镑）。这个借款合同签订后，四国银团大哗，一方面施外交压力对袁政府，一方面用种种手段胁迫比国，使这个借款合同流产。脆弱的北京政府怎经得起这种国际压力，因此唐绍仪面对银行团的抗议，一方面表示歉意，一方面应承取消向比国借债合同，然后硬着头皮与六国银行团商谈借款的事项。银行团的条件太苛刻，几次谈判都不欢而散。
就在这个时候，上海发生了宋教仁被刺案。袁世凯为了对付国内的反对行动，必需大借款成功，使财政上得到支援，于是便再恢复和银行团交涉。
在六国财团中，美国态度尚属公允。美国政府对于银行团要求中国财政的监督权认为不当，训令美国银行代表退出银行团，同时奖励个别对中国的投资，因此其他五国政府受美国行动的刺激，态度为之一变，谈判遂较过去容易进行，借款条件亦较过去略为让步。
总之，这时的袁政府对大借款事实在是一剂急需的救急药，非用不可，明知借款丧权辱国，但不借款几乎日常开支都难应付。何况宋教仁被刺后，国民党若发动革命，袁政府没有这笔借款便无法应对。同时还有一个重要意义就是大借款签字，便可让袁政府和列强连接在一块，列强各国不止是事实上承认了袁政府，而且还非支持袁政府不可了。
这笔善后五厘金币借款，美国没有参加，所以只有英、法、德、日、俄五国财团贷借，代表的银行是英国的汇丰银行、法国的东方汇理银行、德国的德华银行、日本的横滨正金银行、俄国的华俄道胜银行。借款总额2500万英镑，换算各国货币是：德国51125万马克，法国63125万法郎，俄国23675万卢布，日本24490万元。借款的利息是五厘，发行价格九扣，实收八四扣。
这笔贷款成立，使中国盐政权落入外国人之手，可说是中国财政史上的一大痛事，至于借款数额虽然是2500万英镑，听起来数字很大，可是债券九折出售，八四实收，实际借到不过2100万英镑。再扣除四国、六国、比国以前的各项垫款，以及五国银行团、各银行所借的款，共600万镑，各省向五国银行团所借的280万镑，及革命期间各国损失赔款200万镑，真正拿到手的借款，不过债面40％，而借款47年的利息合共是4285万镑，本利合共是6785万余镑。借款前谈判期间受尽了折磨，借款后七折八扣，拿到的那么少，保证手续那么苛刻，结果还钱要还这么巨额的数字，实在是一副毒药。
可对于袁世凯来说，只要不是马上被毒死，便毫不犹豫的喝下去。因为大借款成功有几个重要含意：（一）是解除了财政上的困难。民国成立后，政府最严重的困难便是财政方面，大借款虽然有各种限制，可是毕竟在许多方面的支出可以依赖这笔钱了；（二）民国成立后，迄未被世界各国承认，大借款签署后，袁领导的政府便和各国有了事实上的往还，袁可以骄傲地对国人说，外国人是相信袁世凯的；（三）有了钱就可以对付政敌，宋案虽下不了台，可是政治上是要讲实力，袁有了钱就可以收买军火、收买刺客、收买议员、收买军队，换句话说，就可以放手对付反对他的人。
民国2年4月26日，中国和银行团正式签订了善后五厘金币借款条约。
对国民党来说，袁政府所签订的借外债条约，当然损失利权很大，何况袁事前既不与国会筹商，事后复规避国会质问，玩国民于股掌，视议会如寇仇，清朝专暴所未敢出者，竟见诸于袁政府。尤其在刺宋案中得到洪述祖给应桂馨电称：希望大借款成功，可以执行替袁锄除异己的证供，所以反对得尤其激烈。其中皖督柏文蔚，赣督李烈钧，粤督胡汉民，湘督谭延闿的反对通电最为引人注目。
这四位都督是国民党全部实力所在，他们都已经认识了袁世凯的真正嘴脸，于是暗中准备老袁的武力进攻。其中驻扎临淮关的一旅和省城安庆的部队以剿匪名义向皖北方向开进。主战最强烈的赣督李烈钧在九江上游瑞昌境内驻扎重兵，部署炮兵阵地，以控制长江。
袁世凯的军事部署更是紧锣密鼓，甚至弄出了笑话。早在4月7日，北京参谋部曾密电山东都督周自齐和驻鲁辫子军统帅张勋，吩咐他们作好动员准备，以供必要时的调遣。这个命令都附带一笔是绝对保密，不可向其他人等泄露。张勋奉到命令后，就立即把若干客车和货车扣留下来，周自齐部见到辫子军擅扣车辆，以为辫子军要造反，也匆忙地拆毁了一段路轨以阻止辫子军南下。辫子军又错误地认为山东军是他们用兵的对象，乃加以监视，双方防区的接近地点竟发生了局部开火，消息传到北京，参谋部急忙打电报分别解释，双方才知道是：“大水冲了龙王庙，自家人不认得自家人。”
四五月间，袁世凯连续召开数次军事会议，制定平南方略。首先是李纯的第六师，五月中旬自原住地河南信阳秘密开至湖北蕲春、武穴、田家镇等处，分段驻防，以控制九江和安徽方面。之后是第二师王占元部于五月底自保定南下，进驻湖北孝感，为第六师之后援并监视湖北形势。湖北的黎元洪举足轻重，但他一直为国民党人所轻视，自张振武案后，更为国民党人所不谅，因此，在这两大势力之间黎必须选择一条路。由于张振武案他已入了袁的网罟，所以他在这战云弥漫时，向袁递上一道降表，中有：“元洪惟知服从中央，长江下游，誓死拄搘，决无瞻顾，倘渝此盟，罪在不赦！”袁给黎回电，极尽敷衍：“世凯若有欺天下之心，利一姓之见，罪亦不赦。”
这一对冤家，后来又变成了儿女亲家，现在则互相发誓以强化互相勾结。袁、黎两人的勾结对于袁这次用兵的成败，是一个大关键。因为湖北居中国要冲，是南北战争的枢纽地带，黎元洪的倾向可以成为双方胜败重要关键之一，黎元洪既然敞开大门让北洋军进入湖北，所以第六师得以安全迅速地通过武胜关，一步一步移动到“长江之腰”的田家镇，矛头指向江西。
袁世凯为了逼迫国民党首先开枪，以争取政治上的主动，于5月15日取消黄兴上将头衔，6月9日免江西都督李烈钧职，6月14日免广东都督胡汉民职，6月18日令粤汉川汉铁路由交通部直辖，准督办岑春煊辞职，6月30日免安徽都督柏文蔚职。在6月9日袁撤免李烈钧的江西都督时，就同时发布命令，以黎元洪兼领江西都督事，以欧阳武为江西护军使，升授中将，以陈廷训为江西要塞司令，加中将衔。欧阳武和陈廷训都是江西将领。
袁的这道命令相当狠毒，用黎兼领江西都督，不但是眼前的借刀杀人计，而且也是未来的调虎离山计。因为目前这么做，使国民党更恨黎元洪，黎势必只有一面倒向袁的怀抱，待经过一段时间后，便可再发布一道人事命令，命黎专任江西都督，而免去其湖北都督的兼职，使黎离开他的根据地武昌。黎虽号称老实人，可是在对他自己有切身利害时，他是看得很清楚的，因此他坚决不肯“兼领”，并极力保举欧阳武继任江西都督。
北洋军按照计划分两路南下：第一军军长段芝贵统率第二师师长王占元、第六师师长李纯两部担任湖北、江西之线；第二军包括冯国璋、张勋、雷震春等部，由冯国璋统率，沿津浦路南下进攻南京。这都是北洋军的嫡系。段芝贵和冯国璋都是袁的心腹大将，袁心目中的两个重要棋子，袁心中内定段芝贵是湖北都督，冯国璋是江苏都督。
李烈钧是国民党四个都督中最有实力的，袁最嫉恶李。李被免职后，孙中山派居正、白逾恒、吴铁城前往南昌慰问，并劝李不受乱命，宣布独立。李颇踌躇，认为：“被免了职才起兵讨袁，人将以为恋栈挟嫌，岂能言顺。”所以决定离江西至上海谒孙中山再作计较，于6月15日经安徽至上海，下榻斜桥路60号。柏文蔚是主张使用武力的，且打算首先在安徽发难，曾密赴上海向孙中山请示。孙因为安徽逼近北方，且可拱卫南京，似不宜先动，最好由湖南、广东、江西各省先行独立，迨袁出兵，安徽便可截击，所以劝阻了柏。柏被袁免职即赴南京升平桥小住。
李烈钧在上海分别见到了孙中山、黄兴、陈其美等，反复会商今后对袁应付策略，深感袁当时作法是斩尽杀绝的毒招，既不可理喻，又难以感化，当前只有一途，就是举兵反抗。黄兴这时已派人在南京运动军队。李激于义愤，愿任首难之责，遂于7月7日自上海轻装潜返江西，7月8日抵达湖口，召集旧部第九、十两团，及辎重工程两营，于7月12日占领湖口炮台，檄告中外，宣布独立。并发布讨袁檄文：
“民国肇造以来，凡吾国民，莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为。灭绝人道，而暗杀元勋；弁髦约法，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买！禄位无限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之！”
李烈钧湖口倡义后，湖南都督谭延闿亦宣独立，福建方面师长许崇智亦宣布起义。福建都督孙道仁犹存观望，在许逼迫下孙不得已乃勉强加入讨袁军。安徽方面柏文蔚交卸都督后，本已至南京小住，当李烈钧返江西后，柏文蔚亦于7月17日返安徽宣布独立，以响应江西，不幸安徽军师长胡万泰已被袁世凯收买，反戈对付柏，深夜勒兵围攻都督府，柏文蔚不及躲避几乎遇险，乃出走芜湖。胡万泰联合海陆军进攻芜湖，柏力战不支，惨遭失败。
南京方面，黄兴觉得戎伍之事非孙中山所长，乃自告奋勇请缨，于7月14日赴南京，临行急促甚至连其夫人均未通知，直到抵南京后才致书夫人。黄抵宁后，即召集驻南京的第一、第八两师军官会于八府塘李鸿章相府，决议组织讨袁军，响应江西。当时南京驻军中，要塞司令吴绍璘，讲武堂副长蒲鉴，要塞第二团教练官程凤章均为袁党，持反对态度，黄乃捕杀之。遂以江苏都督程德全名义宣布独立，并任命黄兴为江苏讨袁军总司令，组织总部，他委任章士钊为秘书长，黄恺元为参谋长，何成浚为副官长，赵正平为兵站总监。因第1师师长章梓为文人，不会打仗，即调任都督参谋长，任命洪承点为第1师师长，任命马锦春为要塞司令（未就任），坚请柏文蔚出任安徽讨袁军总司令，赴蚌埠部署军事。同时令冷遹率第3师向驻韩庄的北洋军立刻发动进攻；令第8师骑兵团团长刘建藩率该师第29团附机关枪连及骑、炮、工兵各1营，组成混合支队，开赴徐州前线支援第3师；第1师第1旅旅长戢翼翘率该旅随后跟进；周应时率第1师第2旅开赴临淮关，协助安徽讨袁军进攻北军倪嗣冲部；派洪承点进驻蚌埠，节制第8师的混成支队和开赴徐州、临淮关一带的第1师的部队，并负责组织徐州以南沿铁路线的防御；第1、8师的其余部队，负责在南京四周的防御。
7月15日黄兴于南京慷慨誓师。
上海方面则由陈其美策划部署。先是袁世凯派海军中将郑汝成统率警卫军1300名驻守高昌庙兵工厂，又派海军司令李鼎新率黄浦江军舰协同保护。陈其美宣布独立，屡劝郑汝成让出高昌庙兵工厂，郑不答应，陈乃命蒋中正率所部及钮永建之一团分道进攻，相持数日，讨袁军因子弹接济不及，遂告败北，其后回兵进攻吴淞，也因众寡不敌，未能获胜。
广东由都督陈炯明与胡汉民联合于7月18日宣布独立，本拟出兵援赣，但因广西都督陆荣廷、巡防统领龙济光为袁收买，广东受广西牵制，乃不能出兵。
四川方面川军第三师长熊克武于8月4日组织讨袁军，宣布独立。
二次革命战事遂拉开帷幕。主要战场集中在江西、江苏。
时江西军队共有陆军个两师，外加方声涛一个旅及一个独立营。第一师师长欧阳武驻省城，所属第一旅旅长林虎，驻德安、瑞昌；第二旅旅长余维谦，第三团团长伍毓瑞率二、三两营驻九江，第一营担任都督府卫队，第四团原驻南昌训练，后掉赴吴障岭布防。第二师师长刘世均驻九江，所属第三旅旅长赵复祥第五团团长王振群驻德安；第四旅旅长蔡森所部原驻赣州、吉安，后第七团调驻乐化；混成旅旅长方声涛所部第九团、第十团、独立营（只有两个连兵力，营长陈铭枢、连长蒋光鼎）驻湖口，该部为赣军骨干战斗力最强，其中第十团团长李明扬兼湖口炮台总台长。
部署尚未完成，北洋军第六师李纯部已根据黎元洪的密令，派遣第12旅吴鸿昌的第23团附机关枪一连，由圻春开往九江。李纯随后率第11混成旅旅长马继增部继续向九江挺进，并进驻九江，占领了入赣的战略要地。李烈钧将部队分为左右两翼，任命林虎为讨袁军左翼司令，指挥一、二、七团攻击德安之沙河、十里铺一线敌军；任命方声涛为讨袁军右翼司令，率三、九、十团攻击九江城南金鸡坡炮台敌军；任命何子奇为湖口守备司令。
由于李烈钧起事太过仓促，对旧部也太过信任，在尚未摸清属下反袁态度的情况下匆匆进军，可谓不知己亦不知彼，不败何待！其时，九江镇守使刘世均已接受袁氏任命，悄悄将枪口对准讨袁军。湖口要塞司令陈廷训也早已投降，只待北洋军接近便乘机反叛。
7月12日拂晓，林虎兵分两路，一路向沙河镇挺进，一路出右翼袭击十里铺的北军。北洋前线指挥官第6师师长李纯，一面命驻沙河镇的吴鸿昌团阻击，一面命驻十里铺的肖安团向沙河迂回前进，抄袭赣军后路。肖团于途中同林虎派出的部队发生遭遇战。激战竟日，讨袁军初战获胜，占领沙河镇，迫使敌人退守瓜子岭。当林虎部队在沙河一线投入战斗后，方声涛所指挥的部队从姑塘向九江城东侧进攻，因水路木船运输困难，行动阻滞，没能同林虎部同时发动进攻，到13日夜才进入阵地，士气激昂，一个个磨拳擦掌，打算入九江城吃早饭。但通讯联络不畅，方声涛听沙河方面枪炮声已停止，误以为是攻不上去，便下令部队退回原地。部队接到退回原位的命令，士气沮丧，官兵都躺在路上睡觉了。严重影响战局的发展。
在九江城的赣军团长伍毓瑞、李定魁协谋趁北洋军增援部队未到前线之前，迅速消灭北洋军驻在城内的部队，然后率部开赴德安，从翼侧攻击九江以南的北洋军，配合林虎作战。但是由于李定魁违约按兵不动，伍毓瑞见事态暴露，情况突变，独自逃离九江前往湖口，所部2个营，1个营转移湖口，1个营投附赣军驻九江城内的第2师师长刘世钧。李纯在沙河战役受挫后，急忙调整部署，集中大部分兵力向林虎部反扑，他集中3个团的兵力向沙河镇一线猛烈进攻。林虎率部奋勇抵抗，激战9个小时，不支，向蓝桥方面撤退。李纯因援军未到，后路空虚，浔城赣军时有袭击十里铺之警报，不得不令北洋军保持现状。这时驻德安的李定魁团1营营长郭懋修策动叛变，虽经林虎发觉，立予平定，但军心动摇，从此无力出攻。
黎元洪致电驻孝感的北洋军第2师师长王占元，要他迅速将该师驻湖北的各部开赴九江，进攻湖口，并配合李纯进攻德安。王占元立即派驻汉口附近的两个团开赴九江。第2师其余部队，拟等北洋军援军开到湖北接防后，再向九江集中。
袁世凯任命段芝贵为第1军军长兼江西宣抚使，统一指挥前线作战部队，段归黎元洪节制。
林虎左翼军进攻失败后，右翼军司令方声涛率第9团和机关枪两连，以及新从湖口前来增援的伍毓瑞团的两个营，右翼军共计5000余人，分左右两路，由姑塘向九江东南的金鸡坡炮台发起进攻。在这场相当激烈的战斗中，赣军第9团团长周璧阶身先士卒奋力冲杀，不幸阵亡。周璧阶阵亡后，军心有些动摇，已被戈克安、陈廷训收买的第9团营长龚星胜，于撤退途中，带领两个营及炮队、机关枪队，偷过六把桥、琵琶湖的赣军前哨绕道金鸡坡，向北洋军投降。方声涛的右翼军兵力大减，失去了进攻的能力。
7月20日，段芝贵率拱卫军8营抵达九江。海军次长汤芗铭也指挥舰队配合北洋军进攻。段芝贵以李纯为左司令，王占元为右司令，命李纯一部驻守十里铺同林虎部相持，以掩护北军右翼安全外，其余各部会同海军军舰队进攻湖口。
北洋军分3路向湖口一线进攻。一路由第6师22团团长张敬尧率所部从金鸡坡出发，经新港、灰山、回峰矶，攻占西炮台。张部在新港遇赣军3000人极力抗拒，甚为猛悍，经激烈战斗后将新港占领。尔后，张敬尧乘黑夜在灰山、回峰矶设伏。次日晨，张部经4个小时的激战，攻占了三面临水一面依山的灰山和回峰矶，接着占领了西炮台。
北洋军的另一路由第2师鲍贵卿旅为主力，于夜间乘船从官牌夹出发，沿长江东进，偷渡鄱阳湖口，利用浓雾于湖口以东抢滩登陆，在汤芗铭的四艘军舰配合下，向东炮台开炮轰击。赣军湖口守备司令何子奇指挥炮台守兵装弹开炮。但湖口炮台的射程不过六七千米，而敌舰的炮火射程却达万米以外。军舰摸清情况后，把军舰开至炮台炮射程以外，向炮台开炮。7月25日，湖口终于被北洋军攻陷。李烈钧率守军从水路退守吴城。驻守在姑塘一线的方声涛部，又遭到北洋军第三路王金镜旅的猛攻。方部伍毓瑞所率领的第3营，同由南昌前来支援的独立营，以及一个连，同北军在狭市激战一昼夜。7月26日，方声涛放弃坚守多天的姑塘，率部退往吴城。
北洋军攻占湖口、姑塘后，段芝贵令李纯率第6师及第1师一部，向驻守在瑞昌、蓝城一线的赣军林虎部发动攻击。林虎鉴于蓝桥地形开阔，易招敌迂回侧击，便稍加抵抗后撤离蓝桥，退守老黄门。老黄门三面环山，一面山口险狭，铁路穿山而过，是易守难攻的险要之地。林虎在此构筑阵地，组织防御。北洋军两个团轮番向老黄门进攻。林虎指挥部队顽强抗击，使北洋军遭到沉重的打击。敌主力1连仅剩8人。李纯连夜休整后的22团乘火车来老黄门支援。北洋军分3路进攻赣军阵地。林虎旅奋力抵抗，终因寡不敌众，弃守老黄门，经德安退往建昌。北洋军攻占老黄门后，又不战而下德安。8月7日起，北军以南昌为目标，分路前进，一路由陆路攻建昌，一路由水路攻吴城，然后合击南昌。林虎军在众寡悬殊情况下，不待敌人进攻，即放弃建昌，退守山下渡，林虎本打算联络南昌守军，凭险力战，以待湘、粤援军，可是，南昌复失，友军无踪迹，回顾徘徊，只得经奉新退往湘赣边界。
李烈钧在吴城命方声涛整顿撤回部队，负责防务。北洋军马继增部70余人化装成难民模样。乘民船数艘，利用夜雾大风直驶吴城东岸，驻守望夫亭的炮兵营长刘棱受其蒙蔽，没有发炮阻止。北军一跃登岸，发枪攻击，守军仓卒抵抗，陷于混乱。北洋军马继增部随后进抵吴城，赣军不支，吴城失陷，李烈钧退往南昌。
欧阳武见李烈钧失陷吴城，即将回到南昌，他便逃离南昌，赴青山，自称止戈和尚。欧阳武的两营护兵为宪兵司令廖伯琅控制。廖伯琅和警察总监阎思荣有叛变企图。李烈钧到达南昌城，廖闭门不纳。李烈钧打电话责问廖伯琅，并命士兵越城而上，打开城门，始得入城。
李烈钧入都督府后，廖伯琅来见，被卫兵剥下衣服押着进来。李烈钧见到他，便叫人把军服、军刀交还给他，叫他穿好军服，并不责怪他，只是怪自己无用，打了败仗。廖伯琅回去后自觉不安，逃往赣州。李烈钧重整军队，任命伍毓瑞为南昌卫戌司令，在南昌东北20公里的樵舍、南昌北16公里的乐化一线，部署防线。在牛行附近选择据点，布置第二道防线，同时架设浮桥，以便交通。李纯军进攻樵舍，伍毓瑞率领4、5营兵力，抵抗李纯1师之众，众寡悬殊，经过激烈战斗后，放弃樵舍，退守牛行防线。伍毓瑞又在南昌近郊与北洋军战斗，终不能敌。伍毓瑞率所部向进贤撤退。途中，将部队解散。伍经浙江、上海、转赴日本亡命。
李烈钧在南昌失陷前，看到李纯军势方张，湘粤援军久不至，赣苦战，弹尽力疲，难以继续坚持。湘督谭延又来电劝他赴湖南，部下何子奇、李明扬、卓仁机等亦劝他去湘；伍毓瑞向他报告前线败退情况，劝他先行撤退。于是，李烈钧同何子奇等人乘坐两艘快轮，经樟树镇，向赣、湘边境撤退。李烈钧到萍乡后，与唐蟒率领的湘军援赣部队会合。又在袁州同林虎研究赣军的善后问题，然后带领少数亲信和随员，乘火车去长沙。
李烈钧9月2日到达长沙时，谭延闿虽然已经宣布湖南取消独立，但并不打算同革命党人断绝关系。他害怕公开接待李烈钧，被袁世凯知道抓住把柄，特安排一乘大轿，将李抬到日本驻长沙领事馆，在那里同李会晤。在他安排下，由日本领事馆掩护，经上海去日本。林虎所部则由谭延闿电请袁世凯同意，由湖南收缴枪械，按退伍的办法出资遣散。林虎本人也在日本人的帮助下，辗转流亡日本。
袁世凯以李纯为江西护军使，李廷玉襄办江西军务，旅长马继增升第六师师长。
袁军攻入南昌后，军纪之坏，和洗劫南京大同小异，南昌富室均被指为国民党，劫掠其财物，****其子女，尤以第六师十一旅旅长兼南昌卫戍司令张敬尧所部，一如辫子军张勋所部一样，入南昌的第一天就横尸1000余具，其惨状可以想象。南昌危急时，江西都督欧阳武自称罪人，到吉安青源山为僧，号止戈和尚。9月中旬北洋军已完全占领江西后，江西水巡局长倪占魁，把他从山上解到南昌来，李纯命予以优待，发交军法处收押。他写信给南昌商会，有：“祖母九旬，老父七十，为武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。”商会乃代为求情。9月27日解北京，判处二等有期徒刑八年，10月30日获特赦。
南京方面战事极富戏剧性，但是主要领导人信心不足，以至于军心涣散，功败垂成。
第三师师长冷遹回到徐州，立即收拢部队。未待全师集中，就率部向徐州以北30公里的利国驿方向运动，并拆毁韩庄以南的铁路数处，占领徐州电报局，断绝南北交通和通讯。北洋军第5师师长靳云鹏闻讯，立刻致电袁世凯说：“徐州军队既经叛变，应乘其尚未集中，迅速突击。第5师现经分扎，猝难集合。张勋军队聚驻铁路沿线，可否饬令星夜进攻。陆军集中后即行继进，以赴事机。再韩庄支队至今未见报告，焦甚！”袁世凯复电靳云鹏说：“五师严守准备，未可轻进。望向韩庄确探军情再夺。”冷遹的第3师冒雨向驻守韩庄的方玉普旅的两营北军发动进攻。方率部坚守待援，多次打退冷部的进攻。
张勋接到方玉普求援急电，不待袁世凯行令，立刻派他的义子武卫前军左路统领张文生，带步炮3营赴韩庄助战。张文生的3营辫子兵和从兖州开来的田中玉的巡防营，先后到达韩庄前线、加入战斗。冷遹部遭到北军左右夹击，被迫退守利国驿。北军团长潘鸿钧率部从济南冒雨赶到韩庄参战，炮团团长郑士琦也从济南率步兵一营、炮兵一连赶到前线，将利国驿车站轰毁。冷遹部被迫撤出利国驿，退守徐州北20公里的柳泉。
8师混成支队在刘建藩的率领下到达柳泉前线，从铁路两侧向敌猛攻，激战一昼夜，包围敌军右翼。敌军急调第5师的两个营投入战斗，才得突围后撤。讨袁军1师第1旅赶到前线，与3师、8师刘建藩支队并力再度反攻，将北军赶回利国驿一线。讨袁军前锋一度追到运河。
在讨袁军节节取胜的时刻，黄兴听说驻杨州的徐宝珍的第4师叛变，将从六合进攻南京，急电刘建蕃支队撤离前线，回守六合。刘队的撤回大大削弱了利国驿前线的兵力。
黄兴幻想利用张勋忠于清室、不满袁世凯愚弄旧朝的情绪，动员张勋倒戈。他致电张勋说：“兖州张军统鉴：江西、江苏先后独立，皆袁世凯自开衅端，过为已甚。……世凯本清室权奸，异常显诈。每得权势，即作奸慝。戊戌之变，说者成为寒心。前岁光复，世凯复愚异旧朝，盗窃权位，继以寡妇可欺，孤儿可悔，假其名义，以御民军，旋乃取而代之。自入民国，世凯更无忌惮，阴谋满腹，贼及太后之身。贿赂塞途，转吝皇室之费。世凯不仅民国之大憝，且清室之贼臣，无论何人，皆得申讨。公久绾军符，威重于内。现冷军已在徐州方面，与袁军接仗，公率一旅之众，直捣济南，则袁氏丧胆，大局随定，国家再造，即由我公矣。”黄兴对张勋这个臭名昭著的封建余孽策反，无异与虎谋皮。张勋不仅不理，反而派出骑兵，绕道台儿庄经涧头集，配合新抵前线的袁军向讨袁军进攻。已被袁军收买的大土匪李扒子（李已被冷军击毙）余部，也抄袭冷军的后路，使冷军腹背受敌，力不能支，退回徐州。冷军刚退还徐州，又遭到受敌军收买的冷师骑兵团团长张宗昌骑兵的突然袭击，以致军心大乱，被迫退出徐州。
讨袁军撤出徐州后，高级将领斗志消沉，无意部署节节抵抗。不久，第1师被调回南京，第3师师长冷遹脱离部队回南京，3师由旅长伍崇仁率领移驻凤阳。
袁世凯任命冯国璋为江淮宣抚使兼第2军军长，负责统一指挥江苏方面的作战。冯国璋将北军主力集中在徐州一带，准备向南推进。袁世凯命令张勋率全军由运河水路南下杨州，会合南京叛军徐宝珍的第4师进攻镇江；命令冯国璋率第4、5两师沿津浦路南下，速取临淮关，再趋浦口，与张勋联合，会攻南京。同时要求冯国璋注意与安徽的倪嗣冲联络，配合作战。北军一路势如破竹，连下宿州、蚌埠、临淮关，8月10日前锋抵浦口。
南京方面因战事不利，黄兴心灰意冷，于7月28日发表声明：“我军饷胥弹药均缺，或当不免一败。虽我方有各省响应，同具决心，可破全国，非袁世凯所能抵御。然兴以此实不徒无益，反而有害；我如奋斗到底，将使大好河山遭受破坏，即获胜利，全国亦将糜烂，且有被列强瓜分之虞。”第二日即出走上海，后转日本。第八师师长陈之骥，代理第一师师长周应时宣布取消独立。8月8日激进的国民党人何海鸣第二次宣布独立，但随即被陈之骥逮捕。12日何海鸣说服看守士兵，将他释放，于是召集旧部，再次宣布独立。第八师是国民党的唯一精锐部队，受党人影响甚深，何海鸣振臂一呼，群情激昂，立即驱逐陈之骥，并控制第一师。于是讨袁军军势复振。
北洋军方面，冯国璋虽名义上是第二军军长，统辖张勋、雷震春等部，其实张勋并不愿听他指挥，我行我素。张勋为报南京辛亥之仇，所部定武军一直打前锋，8月12日，已经过江进抵龙潭。冯国璋乐得张辫帅替他冲锋陷阵，主力部队糜集浦口，只有炮兵不停向南京轰击，声援张勋。14日拂晓，张勋部主力及一部江苏部队，偷袭紫金山，守军不战而降。但不久第八师闻讯出城反攻，又一举夺回。16日张勋部又佯攻雨花台，暗袭天保城，旋得旋失者数次。又有原江苏第三师张宗昌部投降北洋军，并偷袭下关，为守军击溃，损失大半。浦口冯国璋之炮队与城内狮子山炮台相互炮战，一时间南京城内外，炮声隆隆，弹下如雨。
19日张勋再次组织力量猛攻太平门、洪武门，被击退三次，仍旧声势不减。正好退至芜湖的安徽讨袁军总司令柏文蔚率千余人赶来支援，张勋部攻势才稍稍被遏止。柏文蔚一进城就被革命士兵推举为江苏都督兼第八师师长，军民士气为之一振。但是21日天保城终于五次易手而被张勋攻占，南京形势岌岌可危。
24日冯国璋眼看大功将被张勋独占，于是在海军掩护下所部主力渡江参战。26日北洋军全力攻城，张勋部马队一度突入朝阳门，张宗昌之第三师一部攻入神策门，但由于城上火力猛烈，不得不又退出城外。冯国璋到底是北洋三杰之一，一眼便看清了南京城防的形势，命令各军先占领外围制高点，然后再进攻城垣。又命倪嗣冲之安武军，攻占上游的芜湖。29日张勋、徐宝山部攻朝阳门；第三师攻神策门；第五师靳云鹏部攻太平门；雷震春第七师杨善德第四师一部协攻雨花台；第四师主力扼守秣陵关要道；海军控制长江。至此南京城屏障全失，成为一座孤城。
31日晨，北洋军发起总攻。激战一昼夜，无甚进展。9月1日凌晨太平门守军一部投降，张勋所部乘机用地雷炸开太平门至朝阳门间的一段城墙，北洋军遂蜂拥入城。讨袁军绝大多数人死战不降，继续巷战。至中午时分，北军第三师、第五师等部也都进城，何海鸣率一部在钟鼓楼、内桥、鸽子桥一带顽强抵抗。翌日弹尽，被迫退往雨花台，北军追至，所部星散。
从9月1日入城直至3日，张勋放纵士兵任意地****抢劫，他于9月4日才进城。洗城的那三天中，雷震春军在南门，张勋军在北门，好像划分势力范围一样，挨家挨户地烧杀抢掳，上自天花板，下至阴沟都不放过。许多妇女投秦淮河自杀。由于讨袁军总司令黄兴是湖南人，坚守南京的部队也绝大部分是湖南人，因此张勋对湖南人恨得最厉害，湖南会馆先被查封，湖南人被杀的也不计其数。在抢劫过程中，城内大街小巷出现了各式各样的怪现象，有些兵士脱下军衣，把步枪当作扁担来搬走他们的“战利品”，有的强迫人力车替他们搬运，有的则因抢夺赃物而互相枪击。张勋虽然打了一次胜仗，可是等到士兵们归队点名时，却少了很多，这些士兵不是战死而是失踪，他们为什么失踪呢？原来他们打完了仗，老总们都饱掳满载，发了一笔不小的财，于是他们便开小差回家去享福了。
南京之战甚为悲壮，讨袁军以寡敌众，可歌可泣。当时讨袁军名义上有第八、第一两师之众，而实际上第八师只有二十九、三十两团及炸弹队一部（不足一营）；第一师仅第三团加第一、第二团之一部。又临时招募一批新兵，但缺乏训练，不足为恃。后来加上柏文蔚的千余卫队，全军不过万人。
而北军单是进攻南京的主力张勋所部就有二十三营之众，建制超过一个师。冯国璋第二军辖三、四、五，三个整师，此外还有雷震春之第七师，徐宝山之江苏第四师。如果算上外围的倪嗣冲安武军和海军，北军整整是讨袁军的十倍以上。
袁世凯在击溃了革命军后，颁发了大批勋章和晋级命令。张勋得到勋一位和江苏都督。袁的本意是要把江苏都督给他的亲信冯国璋的，可是这次南京之战，首先攻城的，是张勋所统的辫子军，为了表示大公无私，和嘉奖有功，便不得不改变计划，把江苏都督给了张勋。因此，冯国璋在收编南京城内外的讨袁军残部后，便一声不响地率领他的部队渡江而去。
上海方面因南京革命军失败，亦功败垂成，袁命第四师师长杨善德为松江镇守使，郑汝成为上海镇守使，海军总长刘冠雄为福建都督。
广东和四川两地解决得最快而不吃力，7月27日袁派龙济光、龙觐光兄弟为广东正副镇守使，8月3日龙济光升上将继任粤督，8月5日陈炯明出走。四川方面熊克武虽于8月9日宣告独立，但为时只一月就解职下野。
湖南独立的局面，主要受湖北的压迫，以及广东独立失败的影响，遂使湘督谭延闿和湘军师长赵恒惕功亏一篑。8月12日湖南为环境所迫取消独立，9月17日袁令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰驶入岳州，派第三师曹锟部进驻岳州，又以袁系的卅九混成旅旅长伍祥祯为岳州镇守使。这样一来，湖南便完全落入袁的掌握中。袁仍然施借刀杀人计，命黎元洪兼领湘督，黎当然不会中计，敬辞大命；袁乃请黎荐人自代。黎自然不会推荐与袁无关的人，他觉得汤芗铭是袁的死党，又是湖北人，黎和汤的长兄汤化龙又是老朋友，因此顺水推舟保荐了汤为湘督。10月7日汤芗铭赴长沙晤谭延闿，10月24日袁发表人事命令，免谭，以汤继任都督，王瑚继任民政长，王未到任前以汤兼署。并命谭即日入京，同时令将师长赵恒惕解往北京听候处分。袁的军队于11月15日入驻长沙。
黎在湖南人中，以对谭和赵最好，谭下野后，黎打电报给袁说：“谭的独立非出自愿，乃系被迫，曾仰药以求解脱，元洪敢力保其无他。”谭是个书生，见到黎为他解脱的电报，立即加以否认，他发出一则通电，大意是说：黎副总统心存爱护，力为解免，难道我不知感激，可是我并未仰药，亦未受迫，我为都督，发号施令俱自己为主，要治罪，一身甘当云云。二次革命后，各省取消独立，浮起一片骂孙、黄声，但谭却始终不骂；各都督多诿称独立时系被迫，或被冒名，谭则独任其咎。
北京陆军部判谭四等有期徒刑，黎再出头说项，乃于12月12日下令特赦，仅褫陆军上将衔“以示薄惩”。黎同时又代赵说情。赵亦因之免难，议处三等有期徒刑四年，褫夺少将衔。这是民国3年4月22日的事了。后赵获蔡锷力保，3年9月13日亦获特赦。
上海、南京两地的讨袁军相继失败后，8月2日孙中山乃乘德轮约克号离沪，本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯乱命，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至香港，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项600元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。
孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。这时各地的讨袁军都相继失败，孙乃转去日本，不料袁已要求日本拒绝孙上岸，幸孙得船长的掩护，以及国民党在日本的负责同志丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知的协助，才得在神户秘密登岸。这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络。
9月6日北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要，以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。
我曾经在上文说过，二次革命选择的时机实在是不好。辛亥之后，人心思治，而国民党发起的这场战争反而给了袁世凯一个树立权威统一南北的好机会。袁世凯虽然身为大总统，但他对地方上实际上是无法加以控制。正如旅美历史学家唐德刚说的，“当时的全国各省基本都被当地的土军头所盘据，应缴中央的各种地方税收，统统都被借口扣留了，袁氏的中央政府对他们，可说是毫无办法，既不能行文，更不能动武，结果弄得中央政府分文不名，只有靠举债度日”。
战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九，其政权也日趋稳固。至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及。由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了。