国民党的二次革命也称赣宁之役、癸丑之役，也是民国以来的第一次南北战争。自此之后民国历史进入了内战时代，不仅严重消耗了微薄的国力，而且整日忙于战争，争权夺利，政局动荡，根本谈不上国家的发展。积贫积弱，以至于后来差一点亡于东洋倭寇。
袁世凯于民国元年3月8日在北京宣誓就任中华民国临时大总统。
这之前双方经过数论艰苦谈判，你来我往，终于达成妥协。但是双方都觉得自己吃了亏，于是在民国成立之后仍旧斗争不已，只是改变了策略，先是从政治上，经济财政上，最后实在谈不拢，兵戎相见了。
开始南京革命党方面要求袁世凯到南京就职，以便控制。袁世凯老谋深算岂会上当？正好北京发生了兵变，给他不能南下制造了借口。革命党人只好退而求其次，由临时参议院把一部《中华民国临时约法》起草完毕。原来当南京临时政府刚成立时，是根据《中华民国临时政府组织大纲》组成的，其后根据《临时政府组织大纲》加以修改，成为《临时约法》。自民国元年2月7日起，至3月8日止，经过一个月的会议，终将全案通过，3月11日公布。这个《临时约法》和《临时政府组织大纲》最大不同的地方是，《临时政府组织大纲》采取总统制，《临时约法》则采责任内阁制。目的很明显，通过责任内阁制限制削弱总统的权力，国家行政由总理直接对议会负责，而总统只是形式上的国家元首。
袁世凯在满清王朝里做了二十多年的官，虽然曾经号称是新派人物，但他并不真正懂得什么是民主国家，也没有法制意识，南京方面制定的《临时约法》在他内心里也根本没当一回事。所以他的施政行为完全是按照自己主观思维方式进行。换句话说就是我的地盘我做主，什么责任内阁制，什么议会，什么民主不过是糊弄老百姓而已。
3月13日，袁世凯正式向南京参议院提名追随自己二十余年的老部下、老朋友唐绍仪为内阁总理，南京参议院予以同意。在他看来总理不过是宰相而已，管你采取什么制度，最后都得总统说了算。
提名总理时还出现了一个小插曲。袁已宣誓就任临时大总统，接着就需要忙着组织内阁，属于同盟会的安徽都督孙毓筠通电主张推孙中山先生组阁，非同盟会的广西都督陆荣廷立即附和。这时也有人主张请黄兴组阁，可是袁自己早已胸有成竹，他心中的人选是他的老朋友和外交方面的重要帮手唐绍仪，唐在被派为南北和议时的北方首席代表时，袁就已安排了他未来角色的伏笔。因为唐和南方革命党人相处甚洽，又深通洋务，和英美关系都搞得不错，所以在袁系中，唐是个能够被中外接受的理想人选。为了取信与革命党人，唐绍仪还要求加入同盟会，孙、黄欣然同意，并作为唐的介绍人。
唐绍仪就不一样了，他是满清最早开办洋务运动时首批赴美留学的幼童，从少年时就系统接受过西方民主教育。现在成为中华民国首位责任内阁总理，他很想按照真正的民主法治的形式来履行责任。
于是袁、唐二十年的友谊终于走到尽头。
民国政府的第一届内阁只干了三个月就垮台了，原因很简单，权力问题。唐总理很是认真负责，他把责任内阁当真了，同袁世凯大权独揽的行政模式发生严重的冲突。唐加入了同盟会，而且积极调和党争，弥合南北分歧，真心想和平建设国家。然而这一举动又使北洋诸公误会他投降了孙、黄，携同盟会以自重。一次袁、唐争执，袁世凯竟然说：“少川，我老了，你来当总统吧。”猜忌，不满溢于言表。后来因为王芝祥事件而彻底决裂。
王芝祥，直隶通县人。举人出身，清末曾任广西布政使，武昌首义后，广西响应，被举为副都督。南京临时政府时任陆军高等顾问，第三军军长。临时政府北上，孙中山曾要求由王芝祥带兵一万护送，后为袁世凯所拒绝，但王就此留在了北方。临时参议院欲借唐绍仪之力推荐王芝祥为直隶都督，其用意很明显，王若能掌握直隶的军事力量，对抑制袁世凯将非常有作用。唐老实巴交的商之于袁世凯，袁表面没有拒绝，唐于是答应了直隶谘议局之推荐。可是等到王芝祥到北京来上任时，直隶各路北洋军队突然发出通电，声讨谘议局诸人受贿，坚决反对王都直。唐绍仪最后弄得里外不是人。同时袁世凯又任命王芝祥为南京宣慰使，前往南京帮助黄兴解散军队，还给了他一笔远远超过实际用途的经费。这一切都未事先告诉唐，更别提副署了。唐绍仪至此万念俱灰，辞职而去。袁、唐从此分道扬镳。
革命党人对此十分不满，此后不管是第二任陆徴祥的“超然内阁”，还是熊希龄的“名流内阁”，他们都通过议会的权力，多方掣肘，一度令袁世凯头痛不已。
恰好民元8月份发生的张振武事件，使袁世凯将南方阵营的副总统黎元洪拉到自己一边。张振武是湖北罗田人，原名尧鑫，字春山，更名竹山，曾留学日本早稻田大学，研究法律政治，且入体育会练习战阵攻守诸法，后由湖南人刘彦介绍入同盟会联络部，担任组织湖北革命机关之责。武昌首义时，众军拟拥黎元洪为都督，黎再三推辞，张振武对吴兆麟（工程第八营左队队官）说：“这次革命，虽将武昌全城占领，而清朝大吏潜逃一空，未杀一个以壮声威，未免太过宽容。如今黎元洪既然不肯赞成革命，又不受同志抬举，正好现在尚未公开，不如将黎斩首示众，以扬革命军声威，使一班忠于异族的清臣为之胆落，岂不是好。”这一番话后来当然传到黎元洪耳内，因此，张对黎固然意存轻视，而黎对张亦颇有戒心，彼此嫌怨日深，未能化除。北京临时政府成立，袁世凯邀武汉首义诸豪杰入京，黎亦希望调虎离山，除去这些眼中之钉。于是张被袁邀入京，受隆重款待。
张振武应召入京后，袁世凯派他为蒙古调查员，他未置可否，便再回到武汉。黎元洪对张本有疑忌，好容易调虎离山，把他送到北京，他竟又折返，可见他对武汉是有野心的，因此，更加猜嫌。这时，全国各地由于欠饷和裁兵，游勇无归，所在谋变，此起彼伏，如驻宁的赣军、苏州的先锋营、滦州的淮军马队、洛阳的清军、芜湖的卢军，及通县、滁州、浦口、景德镇各地的驻军，以及奉天、山东、安徽各省会的防兵，均陆续哗变，幸立即剿抚，才告平定。湖北为革命首义之地，喜动恶静，辛亥革命有功官兵，部分恃功而骄，甚难节制。如襄阳府司令张国基不服编遣，攘杀调查专员。祝制六、江光国、滕亚纲以改革政治为号召，企图推翻湖北军政府。武昌起义著名的楚望台军械所守兵亦发生兵变，在这次兵变中，据说黎元洪查到主谋人是张振武和湖北将校团团长方维。
这时袁世凯聘张为总统府顾问。黎元洪劝张入京就职，张亦慨然允诺，束装启程，于民国元年8月8日抵达北京。同行有武昌将校方维等13人，及随从仆役30余人。
就在8月13日黎元洪自武昌给袁世凯一封密电：
“张振武以小学教员赞同革命，起义以后充当军务司副长，虽为有功，乃怙权结党，桀骜自恣。赴沪购枪，吞蚀巨款。当武昌二次蠢动之时，人心皇皇，振武暗煽将校团，乘机思逞。幸该团员深明大义，不为所惑。元洪念其前劳，屡予优容，终不悛改，因劝以调查边务，规划远漠，于是大总统有蒙古调查员之命。振武抵京后，复要求发巨款设专局，一言未遂，潜行归鄂，飞扬跋扈，可见一斑。近更盅惑军士，勾结土匪，破坏共和，倡谋不轨，狼子野心，愈接愈厉。冒政党之名义以遂其影射之谋，借报馆之揄扬以掩其凶横之迹。排解之使困于道途，防御之士疲于夜，风声鹤唳，一夕数惊。赖将士忠诚，侦探敏捷，机关悉破，弭患无形。吾鄂人民胥拜天赐，然余孽虽歼，元憝未殄，当国家未定之秋，固不堪种瓜再摘，以枭獍习成之性，又岂能迁地为良。元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷，伏乞将张振武立予正法，其随行方维系属同恶共济，并乞一律处决，以昭炯戒。此外随行诸人，有勇知方，素为元洪所深信，如愿回籍者，请就近酌发川资，俾归乡里，用示劝善罚恶之意。至振武虽伏国典，前功固不可没，所部概属无辜，元洪当经纪其丧，抚恤其家，安置其徒众，决不敢株累一人。皇天后土，实闻此言。元洪藐然一身，托于诸将士之上，闒茸尸位，抚驭无才，致起义健儿变为罪首，言之赧颜，思之雪涕，独行踽踽，此恨绵绵。更乞予以处分。以谢张振武九泉之灵，尤为感祷！临颖悲痛，不尽欲言。”
袁世凯是何等机警之人，一眼就看穿了黎元洪借刀杀人的用意，于是将计就计，电询黎，是否确属黎本人意思。15日得武昌复电，据称13日电确属黎本人主意，袁世凯才决定逮捕张、方两人，立予正法。其命令云：“查张振武既经立功于前，自应始终策励，以成全之。乃披阅黎副总统电陈各节，竟渝初心，反对建设，破坏共和，以及方维同恶相济，本大总统一再思维，诚如副总统所谓爱既不能，忍又不可，若事姑容，何以慰烈士之英魂？不得已即着步军统领、军政执法处处长遵照办理。”在此令中末句“遵照办理”，办理何事？就是黎所请求将张、方二人正法。袁这一句伏笔，表示杀张、方二人只是应黎之请也。
张振武案震动全国，革命党人义愤填膺，纷纷致电袁世凯讨要说法。袁无奈将黎元洪密电公之于众。黎本意是“移祸江东”，请袁杀张，自己不必蒙杀张之名。可是出乎他的意外，袁并不替他保守秘密，在宣布张、方两人罪状时，把黎的密电一字不漏地录了进去。袁的意思很明白：“你想借刀杀人，我就把一切罪名都卸在你的头上。”并且：“国人都以为我老袁是一代枭雄，现在请你们看看这份仁厚长者黎元洪吧！他的毒辣手段亦不在枭雄之下。”黎对这事无法抵赖，因为袁接了黎的密电后，还复电询问是真是假，黎回电是真，袁才执行的。袁这么做实在很高明，因为这样一来，黎和同盟会的关系便更趋于恶化，因此便如此这般地把黎糊里糊涂地逼到北洋派来了。
几度交锋，革命党人都没占到便宜，孙、黄认识到自己没有在最高行政权力上挑战袁世凯的实力。于是改弦易张，扬长避短，凭借自己组织好找能力强，及在议会中的多数地位，在宋教仁的主持下由同盟会联合统一共和党、国民共进会、国民公党、共和实进会组成一个新的政党——国民党。如能确立议会第一大党，就可以达到组阁行政的目标。袁世凯对政党及其政治作用不甚了了，并未在意，乃将目光转移到南京方面的军事力量上。
南京方面由黄兴任南京留守，同时担任民国政府的参谋总长。当初成立留守府的主要目的，在整编和裁撤南方各军，同时又须顾及和保全革命实力。当时南京驻军的番号，共有七个军，26个师、51个旅。号称30万人，但编制不一，名号各异，情形非常复杂。一个师的兵力有1000人的，有几百人的，师长们均自认对革命有功，日日奔走留守府，索饷索械，甚至使用手段勾引他师营连长来归，下级干部遂致朝秦幕楚，以士兵为个人资本。这一切令黄兴头痛不已，但是这位伟大无私的革命家任劳任怨，积极工作，不知不觉走进袁世凯的圈套。整编和裁军是需要大量金钱的，而黄兴口袋空空，向中央政府请领，自然遭到百般搪塞拒绝。最后弄得不少部队哗变，溃散而去。焦头烂额之际，黄兴不得不自请裁军，并撤销留守府。于6月14日通电解职，由江苏程德全接收。南京临时政府残存下来的军事指挥中枢就这样轻易丧失了，原本就很松散的革命武力连一根脆弱的纽带也消失了。
继江苏之后，广东、湖南、安徽、湖北相继大规模裁军，只有江西在都督李烈钧的坚持下，扩充了力量，编成陆军两师。此时的革命力量已经大大削弱，已无力同北洋军抗衡了。
黄兴在留守任内曾编组了一支模范军“第八师”，欲以这支部队为革命基干。第八师由赵恒惕所部和广西巡防军合并改组而成，本拟派赵恒惕为师长，因为需要敷衍北方，所以改派冯国璋的女婿陈之骥为第八师师长。
参谋总长一职黄兴既坚决不就，袁又欲以之予南京卫戍司令徐绍祯。徐是个好好先生，也表示不就。袁乃请副总统黎元洪兼任，黎虽答应，却不肯离开武昌，于是黎便在武昌遥领副总统和参谋总长。陈宦则以参谋次长职代行参谋总长职务。
与此同时，袁世凯开始整顿北方的军队。老袁是以军队起家的，不论何时绝不会放松对军队的控制。当时全国军队约三十余师零五十余旅，一百二十余万人。其中北洋嫡系及其附庸约占一半以上，大多集中在直、鲁、皖以及东北、西北边疆等地。民元九月袁世凯下令各部队更改从前清沿用的名称，即镇改称师，协改成旅，标改成团，营仍称营，队改成连。并将北洋军由原来的九个师扩充为二十个师及十六个混成旅，各师人员装备充实，而且还暗中组建备补军五路（路相当于旅），拱卫军一师。拥有这些强大的军队做后盾，袁世凯对革命党人的政争越来越不能忍受了。
不过袁世凯在彻底解决革命党人之前还是想摆摆姿态，显示自己的包容大度，而且革命党人如果乖乖就范，那是再好不过了。于是致函邀请南方的孙、黎、黄进京共商国是。八九月间孙、相继进京，受到袁世凯超乎寻常的热情接待。袁本希望在民国元年******（即辛亥武昌起义周年纪念）于北京举行孙、黄、袁、黎四巨头会议，共同签署了一个施政纲领。因为民国《约法》早经公布，可是政府本身并无明确切实的施政纲领。不巧是黎元洪因张振武案不敢入京，四巨头只好改成三巨头会议。孙、黄、袁三巨头几番讨论，最后确定了大纲八条，用电报征得副总统黎元洪的同意，遂于9月25日由总统府秘书厅正式通告，宣布“孙、黄、袁、黎协定之八大政策”，全文是：
“民国统一，寒暑一更，庶政进行，每多濡缓，欲为根本之解决，必先有确定之方针，本大总统劳心焦思，几废寝食，久欲联合各政党魁杰，捐除成见，商榷救济之方，适孙中山、黄克强两先生先后莅京，过从欢洽，从容讨论，殆无虚日，因协定内政大纲，质诸国务院诸公，亦翕然无间，乃以电询武昌黎副总统，征其同意，旋得复电，深表赞成，其大纲八条如左：
（一）立国采统一制度；（二）主持是非善恶之真公道以正民俗；（三）暂时收束武备，先储备陆军人才；（四）开放门户，输入外资，兴办铁路矿山，建置钢铁工厂以厚民生；（五）提倡资助国民实业，先着手于农林工商；（六）军事、外交、财政、司法、交通皆取中央集权主义，其余斟酌地方情形，兼采地方分权主义；（七）迅速整理财政；（八）竭力调和党见，维持秩序，为承认之根本。”
根据这八大政策，又订定了实行手续四项协议：
（一）实行统一：各省军政府尚未取消者，电饬其限期取消。一面派员分赴各省调查情形，军事、外交、交通各司长皆由中央委任，一切事宜均直隶于中央各部，以期统一；
（二）整顿海陆军：拟筹集巨款，速组织陆军大学，并组织海军学校，饬由海陆军部选派人员，赴各国考察；
（三）兴办铁道：已归孙中山先生办理，请黄兴先生担任开矿事宜，于北京、南京两处建设钢铁工厂，以能达到全国军械皆出于自造之目的；
（四）资助国民组织实业银行，农林、工商诸事，官督绅办，以救政府不及之患。
上项协定和实行步骤，没有一项提到遵守《临时约法》，尊重国会和贯彻责任内阁的一些根本问题，条文有些抽象而不具体。袁当然是达到了目的，因为中央政府好像就是袁个人的中央，且从这个宣言中把一切大权抓到袁手里。让他主持军事、举借外债，国民党所主张把首都迁回南京的问题竟只字没有提到。只是孙中山被特授以筹划全国铁路全权，黄兴则被任为汉粤川铁路督办，很明显这是袁世凯用高官厚禄笼络羁縻革命者的手段。
但是国民党并未因此放松对掌握政权的追求。经过宋教仁的纵横捭阖之后，这个新党的影响和能量不久就在国会两院的选举中展露无疑了。民国二年二月，两院选举结束之后，袁世凯吃惊地发现：参、众两院的国民党议员人数都占到了半数以上。这意味着，要么国民党人以议会第一大党的地位组阁；要么他会作为最大的在野党在实质上制约内阁的行政，不与其合作的任何内阁都将倒台。陆徴祥就是前车之鉴，由于经常遭到同盟会控制的临时参议院的刁难杯葛，不足三个月，陆徴祥也托病辞职，改由赵秉钧组阁。这样，民国的头一年就换了三届内阁。
终于袁世凯忍无可忍了。
民国2年3月20日，宋教仁自上海动身赴北京。这时全国各省正式的参众两院议员已选出，纷纷北上，宋以国民党代理党魁身份，选举后变成了国会中多数党的领袖，如果按照形势，他必然成为责任内阁的阁揆。这是袁世凯最不想见到的，因为宋教仁不同于唐、陆、赵等人，以他的高才，作为总统根本无法驾驭，政治斗争更是他的强项。一不做二不休，与其等宋当上总理时同他斗争，还不如先下手为强，斩草除根，以绝后患。
宋教仁搭火车赴北京，他和送行的人们于3月20日晚10时许抵达上海火车站，这时车站上已有专为议员使用的接待室，他们就在接待室中休息。10点40分吴仲华来告，请宋上车，吴仲华先行，依次是拓鲁生、黄兴、陈劲宣、宋教仁、廖仲恺等，鱼贯而行。走至车站入口的剪票处，宋刚伸手去取收票员剪过的车票，突然一声枪响，宋就用手摸着他的腰，大叫说：“我中枪了，有刺客。”说时迟，那时快，只见一个穿黑呢军装的矮汉子，从人群中不顾一切地窜逃。宋这时神志还很清楚，他用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：“我痛得很，恐怕活不下去了，现在有三件事奉托：（一）所有在南京、北京和东京存的书，全部捐入南京图书馆；（二）我家很穷，老母尚在，我死后请各位替我照料；（三）请各位继续奋斗救国，勿以我为念放弃责任。”
黄兴、于右任等把宋教仁送至铁路医院，就要求医院医师会诊急救，院方乃请格尔本医师和比林哈斯医生共同诊视，认为伤势很重，必须开刀才能有望。为了争取时间，遂在12时30分送入手术室开刀，用钳子从小腹取出子弹，发现子弹有毒，虽然流血不多，可是却十分痛苦，呻吟辗转，凄苦之情，惨不忍睹。午夜2时，院方再集外科医生五人第二次开刀，把肠缝补涤洗，取出食物及污血，然后合口，几度昏厥，不过神智还算清楚，反复地说：“我为了调合南北，费尽若心，可是造谣者和一般人民不知原委，每多误解，我真死不瞑目。”
宋在病榻上曾托黄兴代拟一电，向袁世凯报告遇刺经过：“北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京敬谒钧座，十时四十五分在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有一毫权利之见存。今国本未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。宋教仁。哿。”
3月22日清晨，宋病势恶化，双手发冷，目睛仰翻，嘴里说：“我们要集中全国力量一致对外。”延至早上4点钟，已不能言语，只以黯淡的眼睛环顾四周，作依依不舍状。黄兴、于右任、陈其美、范鹤仙等均围侍病榻旁。黄在宋耳旁大声地说：“钝初，我们会照料你的一切，你放心去吧！”宋用力睁开眼睛，眼中泛起了泪珠，慢慢慢慢地断了气。黄兴、于右任等伏尸恸哭。陈其美捶胸跌足说：“不甘心，此事真不甘心！”
这位伟大的革命家，卓越的政论家，一代英豪，就这样与世长辞，他这时只有33岁，高才英年，如日中天，做梦也没有想到会这样不明不白地遭了暗杀。
宋教仁，字遁初，号渔父，湖南桃源人。6岁进入私塾读书，17岁升入桃源漳江书院，清光绪二十八年（1902年），他考入武昌普通中学堂。翌年入学，在校期间，由吴禄贞等人组织的革命团体在武昌花园山的聚会吸引了他，常与同学议论时政，并走上了反清革命之道路。是年8月，黄兴到武昌，两人相识并从此成为挚友。不久，黄兴因激烈的反清言论，被驱逐出武昌，回到长沙。随后，宋教仁也回到湖南，为成立革命团体到长沙、常德一带做联络工作。光绪三十年（1904年）二月，以驱除鞑虏，恢复中华的华兴会在长沙成立，黄兴任会长，宋教仁任副会长。同年12月13日，宋教仁抵达日本，在日本东京成立同盟会，成为同盟会的主要领导人。1910年底，宋教仁从日本返抵上海，任《民立报》主笔，以“渔父”笔名撰写大量宣传革命的文章。1911年7月，与谭人凤、陈其美等在上海组建同盟会中部总会，邀请或派人来往于上海、长江中下游各地，促进革命势力的发展。宋教仁堪称伟大的民主革命先行者、中华民国的主要缔造者，民国初期第一位倡导内阁制的政治家。曾任中华民国临时政府唐绍仪内阁的农林部总长，国民党的主要筹建人。
后来的治史者曾经就杀宋的元凶争论不已，其实完全是徒费口舌，因为当时的中国敢暗杀如日中天的国民党领袖者只有袁世凯！或曰没有直接证据，稍微读过几本史书的朋友都明白，政治斗争需要什么证据？就算有证据，又待怎样？当时的法院有多大胆子敢开庭审问大总统？还有人质疑国民党不应该借此武力反袁，应以法律途径解决宋案，以至于二次革命失败，助长了袁氏的气焰。其中老同盟会员梁漱溟，竟然在一次公开演讲中说：“现在很清楚摆在外面的，就是武人势力的局面。至于说到助长这种武人势力的原因，却不能不责备革命先辈，他们无论如何，不应用二次革命那种手段。二次革命实在是以武力为政争的开端。从此以后，凡是要为政治活动的，总要去奔走武人的门下，武人的威权从此一步一步的增长，到现在而达极点。”其实有两点他不明白，第一国民党的反袁是逼不得已，袁世凯已经举起屠刀，岂能甘做鱼肉？第二，二次革命的失败不在于选错了斗争的方式，而是选错了时机，当时国民党人太过轻信袁世凯，大举裁军，自毁长城，致使军事力量太过薄弱，同时没有军事领袖，内部意见不统一，形同散沙。以此拒袁，岂不败哉？
跑题了，书归正传。
宋教仁断气是在3月22日午前4时，于23日午后3时大殓，陈其美亲自替亡友去买棺材，化了200银元，同时请了相馆的人来给宋遗体拍照。拍照时黄兴主张让宋衣冠整齐，以符生平的光明正大，范鹤仙则认为宋氏遭此惨祸，不可不留一历史性的照片，必须把赤身伤痕也摄出来，于是拍了两张照片，一张摄赤身的，一张摄正冠礼服。
孙中山前于2月21日赴日本考察铁路政策，正在长崎，听到宋教仁被刺身死，极为悲悼，即由长崎致电北京国民党本部和上海国民党交通部，令党人合力查出宋氏被刺的真实原委，以谋昭雪。
宋教仁遇刺殉难，使已经是风雨欲来的时局，变成了大雷暴雨，也是刚满15个月的中华民国一件最耸人听闻、触目惊心的事。宋教仁遗体由国民党同志卜葬于江湾，出殡时由吴铁城等乘马前导，极尽哀荣，国民党上海交通部并订于4月13日在张园举行盛大的追悼大会，由陈其美主祭，居正赞礼，汪洋读祭文，黄兴因病未参加。大会首由陈其美报告开会追悼宋教仁之深长意义，继由居正、徐天复、吴永珊、于右任、沈缦云等发表悼词，极尽哀思。
孙中山有一副极沉痛的挽联：
作民权保障，谁非后死者？
为宪政流血，公真第一人！
黄兴的挽联非常迫真：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
龙阳才子易实甫的挽联，另饶意境：
卿不死，孤不得安，自来造物忌才，比庸众忌才更甚。
壮之时，戒之在斗，岂但先生可痛，恐世人可痛尤多。
宋的墓地在上海闸北，因为纪念他，所以就叫作宋园，墓前塑造了宋一座铜像，作支坐侧思状，下为石座，石座上有章太炎的阳篆“渔父”二字，于右任撰书刻铭：
“先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之，吾又何纪，为直笔乎？直笔人戮。为曲笔乎？曲笔天诛。嗟嗟九泉之泪，天下之血，老友之笔，贼人之铁。勒之空山，期之良史，铭诸心肝，质诸天地。呜呼！”
宋教仁之死，在全国掀起轩然大波，不仅是国民党，各界正义之士都一致声讨作恶元凶。袁世凯没想到影响会如此之大，也只好假惺惺的发出唁电，并下令缉捕肇事罪犯。然而令袁世凯做梦也想不到的是刺宋案只三四天就被破获。
宋死后的当天，黄兴和陈其美就联名致电上海的闸北警局和上海租界总巡捕，请其加紧侦探，缉捕凶手。当时上海电报局局长吴佩璜，是奉陈的命令担任情报工作的同志，陈令吴详查各方来往电报，发现了不少线索。同时有一个买卖古董字画的河南人王阿发前往四马路中央捕房报案，遂使这一骇人的政治谋杀案水落石出，真相大白。王在捕房说：
“十天前我在文元坊应桂馨的家里兜卖古董，因为应是我的老主顾，平素很熟，应这天拿了一张照片叫我在某时某地把这个人暗杀掉，许以事成之后给我一千元作报酬，我因为只懂得作买卖，从没杀过人，因此不肯承担这件事。当时我并不知道照片上的人是谁？今天我在报上看见宋先生的照片，正是应桂馨叫我去暗杀的人，我相信如果找到了应，便可找到凶手。”
上海捕房根据王阿发提供的线索，于3月1日派侦探到湖北路迎春坊228号妓女胡翡云（原名李桂红）的家中捉到了应桂馨。第二天继续搜查文元坊的应宅，又在宅内捉到了正凶武士英，就是他在车站开枪狙击宋的，同时又搜出应桂馨和内务部秘书洪述祖往来的密电本及函电多起，五响手枪一支，还有其他证据多件。从这些证件中证明：
杀人的主使者是大总统袁世凯，同谋犯是国务总理赵秉钧，担任联络的是内务部秘书洪述祖，布置行凶的是上海大流氓应桂馨，直接行凶的是失业军痞武士英。
刺宋案破获得如此迅速，主要原因由于案子发生在上海，不是在袁的势力下。而且宋教仁是赫赫有名的革命领袖，又是国民党的领导人，他遭暗杀在全国甚至国际上都会引人关注，租界当局自然是不遗余力。
由于宋案急转直下，不仅凶手被捕，而且铁证如山，足以证明袁世凯、赵秉钧都是主谋杀宋的人，使得袁、赵非常难堪。上海地方检察厅公然宣布要票传赵秉钧出庭，这一来可把袁和赵搞得很头痛，他们也妙，只好横了心黑了脸，宣布在北京破了一个暗杀组织，名叫“血光团”，黄兴是团长，北京法院也要票传黄兴。袁的嫡系报纸《北京国报》公然用大字标题“伟人造反”，说湖北季雨霖谋反，是黄兴主使。而国民党的报纸则大字标题“总统杀人”以做报复。
3月25日，孙中山自日返抵上海，距离他2月11日赴日考察，前后不过一个半月。孙登岸后即邀集在上海的国民党领袖在上海同孚路廿一号黄兴寓邸会商宋案应付办法，安徽都督柏文蔚也托词到上海省亲，参加了这个会议。这时袁向五国银行团进行大借款的消息也传到上海，国民党认为这是袁恃以发动内战的军费来源，更加愤慨。孙和戴传贤主张用兵。孙中山有“联日速战”的讨袁方略，主张国民党应该先发制人，通电各国阻止大借款，并由国民党控制下各省区组成讨袁军。黄兴对这个计划不赞成，他认为在国际方面中华民国还没有被任何一个国家承认，边疆形势日益险恶，如果国内再发生战事，中国岂不成为朝鲜第二；至于在国内的形势对比，国民党不敌北洋派，因为革命阵营中许多意志薄弱只想做官的人，都已经投向北洋派了，国民党控制的地区仅只有江西、湖南、安徽、广东四省，而这四省的内部也并不统一，国民党必需量力而行，知彼知己。各省都督都附和黄兴的主张，只有江西李烈钧，上海陈其美力挺中山，商议至此，武力反袁的是暂时只好不了了之。
袁世凯却毫不犹豫，开始着手准备武力统一了。自从坐上总统位子以来他都在等待，忍耐，现在终于可以放手大干了。为什么呢？因为有钱了！