北京政变后，国民军三军按照国民军总体战略部署，集中了在京的全部兵力（仅一团另二营），及临时招募的百余人，由徐永昌率领乘火车南下，攻占琉璃河、涿州后逼近保定。直系留守保定的第十一混成旅曹世杰部（辖二个步兵团、炮兵、工兵各一营），因不明了时局而军心混乱，略加抵抗后就于11月5日向国民军投降。
保定是直系后方军需总站，存有大量的军械弹药，使三军意外地发了一笔横财，从而有了大肆扩军的物资基础。11月7日，黄郛内阁下令免去张福来河南月督理职务，派胡景翼前往办理军事收束事宜，并以孙岳为河南省省长。孙岳派何遂为大名镇守使兼第十五混成旅旅长及前敌总指挥。何仅带幕僚及一炮兵营、一补充营，便匆匆离开石家庄南下。11月24日，他在大名将旧巡防营编为两个团，连同所率的二营一起扩充为混成旅。
当时，国民军二军在豫北京汉线上与直军残部对峙。何遂率部从冀南进攻滑县、道口。12月4日，国民军二军占领彰德时，何遂已进驻开封，并以代理省长的名义发布告示，还收编了直军残部陈文钊、王为蔚两个旅（扩编为第三师、第四师，后又改属于国民军二军）。胡景翼对此大为不满。孙岳随即将何召回直隶。
12月26日，李景林被委任为直隶督办后，以谋直隶行政统一为借口，要求段祺瑞执政府令国民军三军退出保定、大名两地。国民军三军占据上述地区数十个县，并有井陉煤矿及铁路收入（仅井陉煤矿就月收入20余万元），足可立脚，故不肯让出。为此，孙岳急调入豫部队回冀南，以之抵制。
孙岳原本就是冀南镇守使（据大名），其所据地处京汉铁路直隶段，与河南紧密相联，地理位置对国民军是极其重要的。两地若失，国民军将失去对京汉路的控制，并使三个军互不接防，在战略上将处于非常不利的地位。所以，冯玉祥直接对段祺瑞施加压力，要求他任命孙岳为直隶省长。但是，此议为奉方拒绝。段祺瑞为此还曾向张作霖疏通，但奉方不为所请，国民军无奈，求其次要。求任孙岳为直隶剿匪督办，但奉方仍不答应。段祺瑞在此时对国民军三军有想法，企图将其收归己用，极力想将其安置在直隶。（1924年11月，何遂去天津拜访段祺瑞，段以孙岳及何都是自己学生为由，送何十万元。此举有明显收买意图）。因此，他又提出让孙岳任濬河督办，但孙岳又不肯屈就。
1925年1月15日，段祺瑞任命孙岳为豫陕甘剿匪总司令。
这是他屈从于奉系压力的结果。给孙此名义，则意味着国民军三军只能开往豫陕甘三省。段祺瑞怕由此而引起国民军及孙岳的更大不满，于22日又下令任命郑金声为暂编陆军第三师师长（国民军一军），三军何遂部升格为师，番号为暂编第四师师长。徐永昌、庞炳勋、刘廷森、王允恭为暂编陆军第一、二、三十五混成旅旅长，并令国民军三军的上述师旅为中央陆军部直辖，答应中央每月给孙岳32万元，由李景林给军饷32万元。这是他对国民军，尤其是对国民军三军安抚的表示。国民军三军有了上述正式的军队番号，在理论上是国家正式在编的部队，在名义上已属名正言顺了。
此时，胡景翼与憨玉琨关系急剧恶化。段祺瑞令孙岳赴豫调停。国民军三军只得在此时与李景林签定妥协条件。其要点是：孙岳将保、大两属交直隶管辖；保、大两属之道尹、县知事悉由直隶委任充任；孙岳饷项按月由直隶省财政厅协济24万元。然后，国民军三军主力开往河南，将总部设在郑州。
此时，国民军三军已编有两个师（第二师，师长为叶荃；第四师，师长为何遂）、四个混成旅、两个补充旅，总兵力已达三万人。
此外，原孙岳部下史可轩、胡德辅部在入豫途中各编为一个旅。史可轩部并入到了国民军二军，胡德辅虽然名义上隶属三军，但自驻信阳，形同独立。由察绥而来的武勉之骑兵支队也与胡一致。与此同时，孙岳还委任在陕北的杨虎城部以国民军三军师长的名义。但是，河南一省之地已容纳不了国民军二军，哪里还有国民军三军就食之所，所以，攫取一省稳定的地盘是其当务之急。就当时的形势而言，国民军三军的发展方向只能是陕西、甘肃。国民军三军的领导人也是抱此战略意图入豫的。孙岳先极力反对段祺瑞政府任命憨玉琨为陕甘剿匪副司令，继而同意入豫调停胡憨之争，最后决心助胡驱憨，其根本动机全在于此。甘肃督办陆洪涛及陕西督办刘镇华等均是段祺瑞的同乡或亲信，段及其左右极力警惕国民军三军染指陕甘；但又认为国民军三军队伍基本是刚刚组建，战斗力极弱；陕西地方****；甘肃遥远偏僻；其根本不可能到达陕甘，故才让去“剿匪”。这为孙岳提供了进入陕西的合法借口。
刘镇华、憨玉琨失败后，冯玉祥代胡景翼致电段政府，请任命孙岳督陕。此时，段祺瑞及其左右才认识到事情的严重性，极力阻止孙岳入陕。4月24日，段祺瑞令孙岳着速就任河南省长一职。这实际上是明令禁止孙岳再图陕西。此时，为处理好国民军二、三军的关系，岳维峻与孙岳在郑州召开会议并议决，所属各部分别驻守，财权、政权俟省长就职日一律收回省属；团结二、三军团体；豫西二军全部移驻京汉铁路沿线；开封三军一律移驻陇海铁路沿线；共同出兵肃清刘、憨残部。尽管如此，国民军三军还是很难在河南继续驻扎。所以，孙岳虽然一再为段逼迫，但迟迟不就任河南省长，先请假十天，后又请假一个月。与此同时，孙岳却在其他问题上采取了与段祺瑞合作的态度。4月8日，山西人景定成（字梅祺）通电全国，宣布已受同志委托任国民军第六军军长，建军宗旨“意在扫除”障碍，扶持平民自治，并于本月3日刊布关防就职，设办公处于洛阳。这是山西反对阎锡山政治力量所拥立的。4月12，孙岳遵段祺瑞的命令，派兵包围了其所建办事处，逮捕了景定成以下60余人，解送郑州。章炳麟、冯玉祥、于右任、李烈钧等人闻讯，均电孙请速释景。次日，岳维峻在开封会见孙岳，请他将景送到开封。孙岳遂回郑州，将景释放。景与孙岳、徐永昌等均是老朋友，但为人狂放。当时，因批评国民军三军的某些所为，得罪了孙岳与国民军三军某些人。孙岳此举本不会对景有太大的伤害，却在某种程度上可取悦于段祺瑞。
当时，孙岳的处境十分困难，急于寻求就食之地。段祺瑞不许他赴陕。如果用武力夺取，自己又没有信心。5月1日，段祺瑞下令免去刘镇华本兼各职，特任吴新田为陕西军务督办，刘治州为陕西省长，孔繁锦为陕西边防督办，再一次断绝了国民军三军的去路。但是，国民军仍不死心。冯玉祥致电段政府，主张刘治州与孙岳对调。岳维峻也致电刘，要他勿就陕西省长。在陕的国民军二军，对刘也不表示欢迎。然而，冯的建议又遭到段政府的拒绝，认为这有损中央威信。但是，刘治州手中没有一兵一卒既不敢就职，又不敢辞职。此时，陕局处于一片混乱之中。6月8日，陕西省议会致电段政府，报告刘镇华残部柴云陞等由河南窜回陕西镇安、兴汉一带，沿途奸杀烧掠，村落十室九空。游匪也乘机蜂起。为此，国民军三军又提出进陕剿匪，但也遭到段政府的拒绝。6月25日，孙岳以政府发饷不足半数，有匪不许进剿，通电忿辞陕甘剿匪总司令职。这是他向段政府示威的表示，也是决心用武力夺得陕西的舆论准备。
但是，国民军要夺得陕西也非易事。国民军二军李虎臣部驻潼关，冯玉明部占华阴，田玉洁部驻渭南。李、田二部均号称万人，也有染指陕督，省长的野心，对国民军三军入陕态度暧昧。吴新田的第七师驻潼关、西安一带，素以能战著称。对此，孙岳顾虑重重，本人身体不好，又有嗜好，迟迟下不了最后的决心。国民军三军一些将领则主张先全力对奉，不同意西进。所以，其主力在河南陕州停留达一个月之久。主张西进最坚决的是何遂及徐永昌。但是，他们要夺取的是甘肃。当时，正值“五卅”运动高潮。冯玉祥曾致电国民军三军，称“沪案关系，暂从缓进，奉图豫急，宜注意”。7月3日，孙岳电告徐永昌，说据天津确报，奉军将分四路攻河南，得手之后由李景林督豫，鲍贵卿督直，岳维峻也电催孙岳，要国民军三军急速西进，以早定陕局。他从战略考虑，想借国民军三军之力，扩大国民军二军在陕的势力，使自己有退身之处，以备豫局不测。因此，在陕的国民军二军诸部才对国民军三军入陕改持合作态度。
7月8日，孙岳发通电，称病入华山休养，其所职辖由何遂代，并主张恢复曹锟自由。实际上，国民军三军在此时已大举入陕。徐永昌第一混成旅及胡德辅第一混成支队为前队，叶荃第一师，何遂第二师及其他诸部为后援，此外，杨虎城部也在陕西接应，总兵共计4万人，并于是日进入潼关。国民军二军李云龙也紧随其后进军，姑且不论它真正意图善否，这也壮大了国民军三军的声势。
国民军三军是以“剿匪”的名义进入陕西的。吴新田对此大为恐慌，于10日、11日连连向段祺瑞告急，并派人堵截，战争随之爆发。段祺瑞对此极为愤怒，几欲免孙岳豫陕甘剿匪总司令之职，于14日致电责问。孙岳接电后，即通电辞职，声称：“今陕西发生匪患，而中央谓不可剿，匪即不能剿，剿匪总司令名义尚有何用？”徐永昌在进入华阴后，与何遂发通电称：“豫匪纠股西窜，于9日提兵西进，驱除群丑……使三省剿匪之军，名实相符”。
7月15日，国民军二军李虎臣部也在灞桥（踞西安20里）投入战事。吴新田不知国民军虚实，16日率部逃往风翔、宝鸡，并于7月22日向段祺瑞辞职。徐永昌部顺利占领西安，李虎臣也随后入城。此时，段祺瑞还让秘书厅电诘徐永昌，是“无端入秦，擅越边疆，殊属藐视法纪……”与此同时，国务院还严电孙岳约束所部，不得自由行动。这纯属马后炮，只是显示一下中央的权威而已。
此时，奉系与段祺瑞争夺江苏、安徽的矛盾斗争也到了白热化的程度。段祺瑞任命的皖督郑士琦、省长吴炳湘在奉系的策划下不能到任。奉系则对段施加压力，要他任命姜登选为督办，倪道烺为省长。段祺瑞以各种借口拒绝，并让曾毓隽调停。他本来对孙岳就十分气恼，在此情况下，更决心不任命孙岳为陕督。冯玉祥让薛笃弼等人去说项，也被拒绝。冯玉祥认为国民军对段祺瑞处处都持拥护态度，今让他追加一道任命孙岳的命令都不肯干，只得表示消极。段祺瑞闻此讯又感到不安，在无奈之下又向冯讨价还价，让他再一次明电保荐，但遭到了冯的拒绝。段祺瑞在奉系与国民军系的两面高压下一筹莫展。
8月29日，段祺瑞被迫任命孙岳为陕西军务督办，李虎臣为军务帮办，刘定五为省长。与此同时，他还任命冯玉祥兼甘肃军务督办，杨宇霆任江苏督办，姜登选为安徽军务督办。段祺瑞在与奉系、国民军系的斗法中输个精光，他的亲信没有得到（或保住）一个省的地盘。由此，世人也看到了段祺瑞在复出后的傀儡真相。但是，国民军三军只是在名义上取得了陕西，实际所控制地盘仅是西安及周围数县而已。吴新田仍占领着陕南。国民军二军占据着关中大部分县份。因此，国民军三军很难在陕西真正地立足与发展此外，徐永昌等人图取甘肃的想法不仅没实现，更因已为国民军一军占领而不可能了。所以，徐永昌、何遂等人对冯玉祥产生了强烈的不满，认为他不讲信义。
但是，国民军三军的实际战斗力很弱，决无取甘的实力。冯玉祥对能否得到甘肃也没有十足的信心与把握，怕与西北实力派马福祥发生冲突，只是马到张家口与冯会商并表示合作之后，才下了进兵的决心。孙岳到西安后身体更差。国民军三军大多将士也不安心居陕，均希望重返直隶。这也与国民军力图夺取一个海口的意图是完全一致的。不久，孙传芳发起反奉战争。国民军三军又离陕赴豫，准备图直。