萨迦寺坐落在萨迦县城，距日喀则143公里。萨迦寺有南北寺之分：仲曲河北岸的叫北寺，南岸的叫南寺，通常人们说的萨迦寺是指萨迦南寺。
1073年，萨迦派创始人昆·贡觉杰布在仲曲河北岸山上建了一座白宫，因山石呈灰白色，故人们用藏语“灰白土”——“萨迦”命名。岁月流转，萨迦北寺早已只剩下破壁残垣，现在正在大力修复。
1268年，萨迦南寺在八思巴的授意下建立。南寺像一座城堡，墙高而厚，东西长约214米，南北宽210米。墙四角置碉堡，四面有门楼。寺墙涂有红、白、灰三色，分别象征文殊、观音和金刚手。
历史上萨迦寺在完成祖国统一、巩固疆域方面，作出了不可低估的贡献。公元13世纪初期，以成吉思汗为首的蒙古部落兴起，用武力统一了中原。1240年蒙古太子阔端进兵西藏前，召见在西藏各教派中声誉较高的萨班贡噶坚赞。1244年，萨班率侄子八思巴去凉州（今甘肃武威）与阔端会谈，1247年，他写信说服西藏各派高僧和贵族接受元朝的对藏条件，使西藏正式纳入了祖国的版图。元朝中央政府建立后，忽必烈封八思巴为“帝师”，赐玉印，命管理全国佛教事务，并协助中央政府管理西藏，统领西藏十三万户。八思巴遵忽必烈嘱托，在西藏清查户口，制定法律，于1268年在萨迦正式建立起与中国其他行省相同结构的地方政权。八思巴成为隶属于元朝中央政府的西藏地方行政长官，萨迦派势力达到鼎盛时期。以萨迦为基地的萨迦王朝，成为当时全藏政治、经济、文化和宗教中心。
萨迦主殿面积约6000平方米，高约10米，内有40根红漆大柱直托殿顶屋架，中间四根尤为粗大。其中最粗一根柱子直径1．5米，叫“皇帝送的柱子”。传说是忽必烈皇帝送的，因路途遥远，八思巴为运输发愁。忽必烈把柱子扔到东海里，晚上它就在萨迦附近的湖面浮上来了。于是柱子被郑重地安放在主殿里。大厅可容纳近万名喇嘛诵经，内供三世佛、萨迦班智达及八思巴塑像。大殿这种厚重的风格是受元代建筑的影响以及政治的需要，因为历史上这里曾是西藏地方政权的所在地。现在寺内保存有大量珍贵的历史文物、藏文典籍和壁画，因此萨迦寺又有“第二敦煌”之称。
萨迦寺里卷帙浩繁的经典卷册，堆积如同城墙一般。哈着腰穿越主殿中一个小小的通道后，直起身来，你会惊讶地发现，神佛们的背后隐藏着一个秘密的所在：有如幽深的时光隧道，壁立而起的，是一面硕大的经墙！这面墙全由一格一格的经书堆砌而成，粗粗测量一下，高约9米，宽约60多米！想象一下，一千年的时间，就在萨迦寺里，一代又一代的僧人虔诚地翻译着经书，然后持笔蘸着金汁或墨汁，用梵文或藏文一笔笔抄写下来。后人站在这里，怎么能不肃然起敬——这面经墙掩埋下了多少智慧与情感啊。
这些经卷中，有一部长1．34米、宽1米、厚0．67米的巨书，是世间罕见的《布德甲龙马》大藏经，它对西藏的宗教、历史、哲学、文学、农牧等都有论述，内容十分丰富。萨迦寺还存有不少历史档案，据说其中有萨迦派执政时期的重要文件，其它多系乌拉差役、税收、民间诉讼之类，是研究西藏封建农奴制度的珍贵资料。
寺内还珍藏着国宝——贝叶经。贝叶经是佛教兴起时及以后弘扬和传播佛教的经书（也有历史、诗歌方面的贝叶经），经文用梵文写在贝叶上，每副叶片绘有四幅佛教彩色插图。贝叶经原有100多部，每部一二百张，现存21部，3600多张，是极其珍贵的稀世珍宝。
萨迦寺还保存着历代皇帝赠送萨迦法王的镀金佛像、瓷器、玉器和盔甲、宝刀、法器、龙袍、皇靴、盔冠、印章等。这些礼品使人想到600多年前萨迦地方政府与元朝的密切关系。萨迦寺的镇寺之宝是当年忽必烈送给八思巴的一个黑木匣子，匣中有一只硕大的白海螺。寺中僧人视其胜于生命，只有宗教吉日才开启木匣，捧出海螺由高僧吹奏。
从大殿出来，经廊道而至前院，再沿数十级长梯，即可到大殿顶层。平台的西、南两面有宽敞的长廊，廊墙上绘有珍贵壁画，南壁绘有萨迦祖师像，西壁绘有大型坛城。萨迦寺壁画色彩鲜艳、形象生动，除了宗教内容外，壁画还记录了八思巴来往内地和西藏、在北京受封等场面。此外，萨迦寺存有3000余幅唐卡，据鉴定，宋、元、明时期的珍贵唐卡有360余幅。
萨迦王朝当政时期是政教合一的地方政权。因此，萨迦寺除了具有规模宏大的寺院外，还有一些官署府邸之类的建筑。1265年八思巴回萨迦寺时，为自己建立了一个“拉章”（原指西藏宗教领袖的住所，后演变为宗教领袖办理政教事务的机构），专门管理他的私人财物和有关事宜。八思巴死后，至14世纪前半期，萨迦昆氏家族分裂为4个“拉章”，以父子相承，而萨迦法王的宝座则由这4个“拉章”轮流继任。其中一个是原萨迦王朝的政府所在地，一个是八思巴圆寂的地方，在大经堂右侧城堡内，有三楼一顶，高与大殿差不多。
萨迦寺每年都举行多次法事活动，其中规模较大、独具特色的要算夏季和冬季金刚神舞法会。萨迦寺夏季神舞法会在每年藏历七月进行，冬季法会在十一月二十九日开始。神舞表演时，舞者都戴着萨迦寺护法神和各种灵兽面具。神舞用简单的故事情节，形象地反映了藏传佛教密宗灭杀魔鬼的基本内容。每年逢这两个法会时，成千上万的远近僧俗群众都要赶到萨迦寺朝拜观瞻，祈祷神舞能给人间带来幸福和吉祥。
藏传佛教在历史的演变中形成了多种教派，其中最主要的有格鲁派、宁玛派、萨迦派、噶当派和噶举派等几个派系，萨迦寺是萨迦教派中最大的寺院。与其他教派不同的是，萨迦教主的传承并不通过寻找转世灵童完成，而是世袭的，因而萨迦教主可以结婚生子。现任教主萨迦仁波切有三个儿子，一位将继承教主之位，可以结婚；另两位将终生供佛，不能结婚。还有，其它寺院里僧人的帽子都是黄色的，萨迦派僧人的帽子却是红色的。此外，寺院的院墙也涂有红、白、灰三色相间的色带，所以萨迦教派又被称为“花教”。除了寺院的颜色，这里民房外墙的颜色也多是以三色涂成，这些都是您到萨迦寺要重点注意和参观的。