不久，河南道试御史傅应祯以尖刻的措词上疏言弹劾张居正，指责皇帝对余懋学的处罚太重。结果傅应祯的下场比余懋学更惨，严刑拷打至重伤后，被押送浙江定海充军。巡按辽东御史刘台见状，写了一篇题为《恳乞圣明节辅臣权势疏》的长文，指名道姓地弹劾张居正，说他斥责言官、植党行私、动摇国本，要求神宗抑损张居正的权力，以免滞事误国。
刘台本是张居正的得意门生，是新党的重要成员，如今竟然公然攻击张居正，令这位首辅异常难受。张居正跪在神宗面前，痛哭流涕，说：“刘台与傅应祯是同乡，无故对臣泄愤，希望通过弹劾辅臣，既可免于法责，又可赢得正直的名声。这就是臣被刘台诽谤的根由啊。开国二百多年来，还从没有门生弹劾老师的先例，如今却发生在臣的身上，真是无地自容，您就罢免我的职位，让我回老家做一个闲人去吧。”14岁的神宗连忙走下御座，亲自扶起张居正，动情地说：“先帝将朕托付给先生，您怎么能舍朕而去呢？先生尽忠辅佐朕，不辞辛劳，不图功利，苍天、祖宗尽知。请先生不必过虑，朕定当严惩刘台，以慰先生。”
很快，刘台被逮捕，受尽严刑拷打。神宗本来想对刘台施以廷杖，这是明太祖朱元璋定下的一种惩处朝臣的酷刑，即用大杖毒打，受刑之人非死即残。张居正虽然是对刘台恨之入骨，但考虑到影响，还是强压心头怒火，请求神宗对刘台免予廷杖，改为削职为民。
在神宗和张居正齐心协力的反击下，旧党掀起的政治逆流被暂时击退了。但是，围绕张居正变法而展开的新旧党争并未从此销声匿迹。旧党在经过短暂而无奈的沉寂后，终于因为张居正父亲的去世这一偶然事件的发生而再次叫嚣起来，酿成一场轰动一时的“夺情”风波。
三、夺情风波
公元1577年，张居正74岁的老父在老家江陵去世。按照礼法，张居正必须离职守孝三年，这叫做“丁忧”。但是张居正怕他一离开，正在进行的改革会受到影响，便与冯保等心腹党羽作了一番策划，决定竭力促成皇上“夺情”，只让自己的儿子前去奔丧，自己留在京城继续任职。
所谓“夺情”，是指在前线征战的将领，如果遇到父母去世，需要回家丁忧，但边关情况紧急不允许离开时，可以由皇帝指令不许辞职，这称之为“夺情”。此时的神宗皇帝虽然已年满15岁，大婚在即，但依然感到不可一日无张居正操劳国家大事，下诏“夺情”。
张居正的本意也是希望皇上“夺情”，但碍于祖宗旧制与舆论的压力，不得不做出一番姿态，一而再、再而三地上疏，向皇上“乞恩守制”。而神宗当然是对张居正的上疏坚定不移地驳回，坚持“夺情”，并派司礼监随堂太监偕张居正的次子一起赴江陵营葬。为了造成声势，张居正授意他的同党给事中陈三谟、御史曾士楚等大批官员纷纷上疏挽留，夺情之举终成定局，张居正在家举哀，在官守制。
然而，“夺情”遭到了旧党的强烈反对。恰巧这时天上出现了一颗彗星，旧党于是纷纷上疏，说天将降灾，就是因为张居正违反常规，不为父守丧所致。翰林院编修吴中行对神宗说：“张居正父子分别已经19年了，而今父亲长逝于千里之外，您不让张居正回籍奔丧，这不但违背人之常情，也违背了圣贤之训和祖宗法度。如果想不被后世谴责议论，只有现在不做出格的举动。”
吴中行的这番话算是十分平和的了，刑部员外郎艾穆、主事沈思孝就没这么客气了，联名上疏说：“父亲死了，张居正还厚着脸皮赖在职位上。如果赶上国家有大庆贺、大祭祀的场合，作为首辅大臣，若回避，则不符合君父大义；若参加，则不安于父子至情。不知道那时张居正又将如何自处。首辅大臣本应该是纲常的表率，如今置纲常于不顾，还谈什么社稷之安呢？张居正位极人臣，反倒不守平常百姓之节，将来何以对天下后世？”
旧党们上疏谴责夺情，不但说张居正违背了伦理纲常，还夹杂着对张居正改革的不满情绪。张居正怒不可遏，便想对吴中行等人施以廷杖，冯保知道后，便将这个意思转达给了神宗。消息传出，顿时人心惶惶。礼部尚书马自强忙到张居正府上为诸人极力辩解，但张居正只是匍匐在孝帷里，敷衍他说：“我在居丧期间，管不了外面的事，请马尚书原谅吧。”
神宗于是降旨，命锦衣卫将吴中行等人逮至午门之外廷杖。吴中行因为言词平和，杖六十下，发回原籍为民，永不叙用。艾穆和沈思孝就没这么幸运了，各杖八十下，发边充军，终身不赦。
吴中行等人被廷杖一事激起了一个人的愤慨，他就是年轻的万历五年新科进士、刑部观政邹元标。邹元标再次上疏，不仅反对夺情，还否定张居正的改革。邹元标的结局是可以预料：廷杖八十，发配极边卫所充军。神宗于是下令，再反对张居正留任的，一律处死。于是，这场震动朝野上下的“夺情”风波以新党的彻底胜利宣告结束，旧党官员大批挂冠离职，纷纷以身体衰弱或家人有故为名，请求休假或归隐。
张居正父丧“七七”(共四十九天)期满后，亲自入阁办事。神宗下诏考察京官，张居正借此排斥异己。在这次考察中，主张维持纲常名教的旧党官员统统被罢职了，旧党再次遭受重大打击。
此时的张居正，权势到达了顶峰。在参加了神宗皇帝的大婚盛典后，返回江陵老家葬父。张居正这次离京三个月，凡属重要文件，皇帝都派飞骑传送到江陵张宅，听凭张居正裁决。张居正此次回乡也是场面盛大，气势显赫。张居正的坐轿要32个轿夫扛抬，里面分起居室、寝室，还有两名书童在内伺候。随从的侍卫中还有一队鸟铳手，是张居正的亲信、蓟镇总兵戚继光派来的，鸟铳在当时还是很时髦的火器。张居正所过各地，地方官一律长跪迎送，沿途的藩王也出郊迎谒。
四、政治清算
张居正一直大权在握，渐渐长大的明神宗却闲得没事干。有一次，神宗喝醉了酒，无缘无故把两个小太监打得半死。皇太后知道后，马上拿来《汉书·霍光传》叫神宗读。西汉霍光辅政的时候，曾废掉过一个皇上。现在张居正的地位就像当年的霍光一样，神宗想到这里，吓得浑身哆嗦。后来张居正做主，把一些引诱神宗胡闹的太监全部赶走，太后还让张居正代神宗起草了罪己诏(皇帝责备自己的诏书)。这件事虽然过去了，但是明神宗对于张居正，渐渐从惧怕发展到怀恨了。
公元1582年，58岁的张居正终于没能抵得住死神的召唤，遗下他呕心沥血取得的改革成果和未竟的事业，溘然长逝。张居正的去世令新党为之震惊，旧党则私下额手相庆。神宗听到张居正病殁的消息后，下诏罢朝数日，并给予张居正最高规格的待遇：赐谥号文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，并遣官护丧，归葬江陵。
神宗亲政，原来对张居正不满的旧党大臣纷纷攻击张居正专横跋扈，张居正尸骨未寒，时局却已急剧逆转了。
清算张居正的运动是从铲除冯保开始的。张居正在世时，冯保与他串通一气，是后宫炙手可热的实权人物，极为嚣张，结怨甚多。张居正一死，冯保也就失去了靠山。司礼监太监张诚、张鲸开始拼命在神宗面前说冯保的坏话。无独有偶，山东道御史江东之、江西道御史李疏弹劾冯保的奏疏也相继出现。神宗于是下旨将冯保革职，发往南京闲住，并查抄家产。
宠宦冯保被打倒了，这给了旧党以极大的信心，纷纷上疏弹劾张居正。一时间，弹劾张居正劣迹的上疏如雪片般飞来，这使得张居正的形象在神宗的心中黯然失色。张居正总是对神宗说，做皇帝要节俭，但他自己的生活却极其奢侈，不仅积聚了许多珠玉珍玩、书画名迹，还蓄养了多位绝色佳人。而皇帝身为九五之尊，却被张居正限制到没有钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上，等待以后有钱再兑现。想到这一切，神宗不能不感到伤心，进而感到耻辱，渐渐认为以前对于张居正的信任完全是一种错误。公元1583年，神宗下诏取消了张居正的封号和文忠公谥号，斥其子为民。
随之，协助张居正改革的新党官员，如吏部尚书梁梦龙、礼部尚书徐学谟、兵部尚书张学颜、刑部尚书潘季驯、工部尚书曾省吾、蓟镇总兵戚继光、宁远伯李成梁等人被认为与张居正结党，全被罢官。而早先因反对张居正改革或得罪张居正而遭惩处的旧党官员们，则被一一平反起复。
为了彻底消除张居正的影响，不让改革继续下去，旧党开始为张居正罗织罪名，有一种说法竟是指责张居正生前有谋反篡位的野心，而总兵戚继光的精锐部队就是政变的后盾。历来，皇帝最怕的就是谋反两字，神宗随即下令，把张居正的官爵全部撤掉，查抄家产。张居正的改革，当然也遭到了破坏。在北京派来的查抄大员还未到达江陵之时，早已闻讯的荆州府和江陵县的官员就把张府的大门封了。等查抄大员到达，打开门一看，发现张家已经有十余口人被活活饿死。张宅被查抄一空，张居正的长子自杀，次子充军。
围绕着张居正改革而展开的这场惊心动魄的新旧党争终于烟消云散了，明王朝在改革的基础上的确有振兴之势，但新旧党争的愈演愈烈，神宗的中途转变，改革终遭失败。