在航班运行期间，他们随时监控九黄天气的演变趋势，减少及避免航班的返航与备降，当航班运行不正常时提前做好调配预案，合理进行航班调配，尽量保证后续航班正常。针对九黄机场新建，无历史气象资料的情况，签派人员与机场气象部门逐日统计气象资料，建立起了完善的样本，为安全运行做好前期准备。2004年7月10日，川航3U801航班放行前，由于九黄机场发报系统故障，签派员电话询问时得知低云、低能见度，预计10时左右才能好转。川航驻场签派员到达后，发现天气转好趋势较快，果断通知机组进场，航班于8时顺利落地后，其他公司航班才陆续进场。
由于运行控制和相关部门卓有成效的工作，川航被同行称为“全自动观测仪”，川航九黄航班起飞与否已成为其他公司的参考标准，成了九黄天路上名副其实的“航向标”。在2003年10月正式通航后的一年中，川航共执行九黄航班1738班，不正常650班，正常率为62.60%。2004年7月至9月，川航九黄航班正常率更是高达75.29%，高于全民航九黄航班正常率11.22%。
保障高原航线困难很多，其中安全是最大的难题。九黄通航之后，川航在九黄机场建立了指挥中心。该中心认真建立安全管理制度，完善安全生产责任制，签订安全生产责任书，编写《运行保障手册》，制定《安全飞行十条禁令》，组织全员培训，从多方面把好安全关。
九黄机场的天就像孩子脸，说变就变，加之地理环境限制，跑道只能单向起飞降落。指挥中心人员不得不细心观察，多方取经，及时总结，掌握低云、雨雪等天气特点，经过近一年的磨炼，他们个个都成了看云识天、观测风向的好手，积累了丰富的高原航线保障经验，川航人把他们尊称为“九指人”。
西藏拉萨多了一只矫健雄鹰
西藏1951年和平解放，1965年成立自治区，现辖6地区、1地级市、1县级市、71县，面积120多万平方公里，人口245万，是我国人口密度最小的地区，有藏、汉、门巴、珞巴、回等民族，其中藏族占90%以上。青藏高原海拔4000米以上，素有“世界屋脊”之称。高原南部喜马拉雅山脉高峻雄伟，中尼边境的世界最高峰珠穆朗玛峰海拔8844米。位于西藏自治区中部的首府拉萨市，是一座具有1300多年历史的高原古城，海拔3500米左右，全年无雾，光照充足，有“日光城”之誉。拉萨古迹众多，最负盛名的是依山建造的布达拉宫，还有著名的哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺、大昭寺、罗布林卡等。
西藏风景独特奇丽，吸引着世界各国的游客，但因缺少进出通道只能望而兴叹。成都—拉萨航线，自开通以来就是一条“黄金航线”，然而却被独家垄断达40年之久。多年来，多家航空公司都渴望并想尽办法开通，都因种种原因未能如愿。
川航从2000年申报以来，也一直被挡在门外。望着西藏高域湛蓝的天空，永不言败的川航人期待着梦想实现的一天。
条件逐步成熟，时机渐渐显现。川航经过充分准备，再次向中国民航递交了成都—拉萨航线营运申请。文件上报到北京，大家的心也随之而去。时任川航副总经理的南航委派干部慕新洪亲自带队，数次去北京到拉萨，争取多方支持。2004年底，在全国民航夏秋航班时刻协调会上，川航副总经理李海鹰和营销总监张会玉就申请之事向总局领导作了专题汇报。2005年上半年，中国民航总局传来支持川航开通拉萨航线的消息，使川航人取得该航线运营权的信心倍增。
虽然得到总局认可，但拉萨航线属于西南区内航线，必须得到地区局方航权批复。申请报告没有音讯，电话询问、登门拜访得到的回答几乎一样：“在研究，等等吧！”奇怪，是否遇到什么意外？经了解发现，在局方竟有厚厚一堆阻止川航飞西藏的“诉状”。
川航领导召集航班计划科同志开会，启发新的思路。张会玉鼓励他们：“泰山压顶不弯腰！继续起草报告，理由要更充分，态度要更诚恳！”科长朱锦和大家深入研讨，寻找解决方案。申请报告再次形成后，大家围在电脑桌前细细斟酌每个字、每句话。报告再次送到民航西南管理局。郭为民局长关心川航发展，力主川航开飞西藏，会议决定后又直接通知蓝新国前去，当面下达“同意”决定。事不遂愿，当天上午，川航飞机在攀枝花降落时提前接地，于是开飞西藏之事无奈被缓。经过3个月的安全整治和高原练兵，局方正式批复：同意川航运营成都—拉萨航线。
2005年8月20日，风和日丽。10时20分，川航银鹰由总飞行师周晓军、飞行部部长李延平、藏族飞行员冯军驾驶，以一个十分漂亮、十分标准、十分轻盈的落地动作，平稳降落在拉萨贡嘎机场。这瞬间的定格，将川航的飞行带向了一个新的高度，也使独家经营40年的格局一举突破。这是川航为西藏搭建的又一座空中金桥，更是川航献给西藏自治区成立40周年的厚礼！
在川航首航拉萨仪式上，西藏自治区副主席杨海滨，民航西南管理局局长郭为民，西藏当地党、政、军领导到场祝贺，杨副主席和郭局长还发表了热情洋溢的讲话。蓝新国在讲话中说：“川航首航拉萨意义重大，我们一定会以安全、正点的优质服务，给西藏人民一个耳目一新的印象。”
仪式结束后，蓝新国和众多领导一起，伴随着明快高亢的藏族乐曲，和川航乘务员们跳起了优美的舞蹈，热情奔放的表演队跳起了欢快的牦牛舞。在飞机舷梯上，乘务员们展开鲜艳的党旗和领导们合影，那鲜艳的党旗在蓝天白云下崭新的飞机面前显得格外鲜艳夺目。
拉萨航线因具有高原航线、西藏地区经济发展命脉等特殊性，一直是媒体和社会关注的焦点和热点，川航首航拉萨自然成为媒体争相报道的新闻事件。中央电视台、《人民日报》、《经济日报》、《文汇报》、《大公报》、《中国民航报》和四川电视台、《华西都市报》、《成都商报》等，都对川航首航拉萨进行了全方位报道。中央电视台更是在《新闻联播》等三档节目中分别播出。新华社、中新社第一时间将信息图文并茂地发布，被新浪、网易、搜狐等各大门户网站迅速转载。
民航西南管理局领导赵金钟，在首航飞机上感到由衷地振奋，即兴写下一段词，题为《贺拉萨开航》。词中写道：
拉枯摧朽跨世纪，天堑变通途。四十年，安全飞行，看拉萨。开天辟地第一回，通途新飞跃。数十载，西部建设，有川航。
川航集团公司罗忠坤在收看电视新闻后，满怀激情地写下一首诗，被刊登在《四川航空报》上。诗中写道：
雪峰，穿破云端/天空，就在指尖/生生不息翻飞的经幡/五彩祥云圣洁的高原贡嘎山的积雪/冻僵了多少朝圣者的足腱/唐古拉的雄峰/使布达拉显得遥不可攀
喜马拉雅，沧海桑田/雪域高原，盛情呼唤/一只海燕/用高原红涂染了尾翼/用酥油茶强壮了翅肩/用青稞美酒生成了血液/用洁白的哈达铺就了航线/沿着雅鲁藏布江/朝着圣地飞翔
格桑花绽放窗舷/长号悠悠响彻耳边/从此圣地拉萨/离我们不再遥远
随后，川航陆续开通了重庆—拉萨、西安—拉萨等航线。
2005年，川航首次承担成都—拉萨的军运任务，由于完成出色受多方赞扬。2006年10月12日，川航与成都军区签署协议，担当其成都—拉萨的军航值班机运输任务，这是民航担负军事任务的一种新型合作模式。川航精心准备，努力创新，突出特色，连年赢得“4个满分”，即“航班正点率、飞机完好率，行李无差错、官兵满意率”4项满分。军区首长留言：“美丽川航，军人之家！”
2009年4月13日，川航与纳沃斯公司签订了《拉萨机场RNP项目合作协议》。
2010年9月17日，川航第一架A319飞机圆满完成拉萨RNP程序验证飞行，这是川航成功引进此项航行新技术，在全球范围内首家使用配备THALES飞管计算机的空客机型在高原机场顺利完成RNP验证程序飞行。2012年3月29日再次完成拉萨A330机型RNP程序验证飞行。至此，川航已有14架空客A319、3架A330飞机完成改装。
重庆至香港航线“幸福”开通
2004年，川航国内航线网络日趋成熟和完善，然而在全国九大航空公司中，只有川航仍未开通国际和地区航线，航线网络上的短板，在一定程度上影响了公司知名度和美誉度。川航决定抓住契机，适时开通地区和国际航线，以适应川航快速发展的需要，满足市场需求。
他们的首选目标是地区航线——香港。
其实，川航在股份制改造完成不久，就把开通地区航线提上了议事日程。
他们分期分批地安排飞行员强化训练，选派20名飞行员参加南航地区航线带飞培训，取得了相应资格；对机组实力进行评估，对运行情况周密设想，制定了相关应对措施，如：《驾驶舱无线电通话代使用规定》、《运行各阶段检查单》、《机组搭配规定》、《机组对外行政管理规定》、《飞行员着装规定》等；组织机组培训，对《JEPPEN航图》、《ICAO紧急通讯程序》、《香港通讯规则》、《香港机场减噪程序》等组织专人编译和校对，并给机组讲解；对该航线长期运行制订总体规划，对首航验证飞行制订详细方案，组织该航线机组成员多次研讨。
客舱部在2003年就开始有序准备：安排人员赴南航学习，了解港、澳航线空乘应具备的素质等；完成29人次《国际中短/远程航线》培训，并考取局方国际航线执照；2004年9月还专门抽调人员到南航进行香港航线的实习带飞；当公司决定重庆首飞香港后，又选拔32名空乘到外培训，并获得合格证书。
2004年10月，在中国民航《关于执行内地与香港间新签备忘录的通知》中，允许两家内地公司经营重庆至香港航线。
时间紧迫，川航迅速委托中航港办南航分部向香港方面提出申请，同时通过互联网熟悉地区及国际航线航班申请程序，通过电话、传真和网上信件，掌握航权申请、时刻协调的相关程序和大量专业用语。市场部航班计划科更是将快速“充电”
作为工作重点，加紧熟悉国际航班时刻程序《WSG》、国际标准计划指南《SSIM》等相关标准，随身携带英文字典、金山词霸、航空英语教材，取消中午休息，推迟下班时间，周六周日也不休息。运行控制、飞行签派、机务保障、空地服务等部门从设项引机到运行规范、从论证项目到人员培训、从航班时刻到验证飞行等环节，精心准备，周密安排。川航重庆分公司围绕航线开通，加紧一切时间精心做好各方面的准备工作。
2005年5月12日下午，川航在重庆江北机场隆重举行首航仪式。重庆市副市长吴家农、赵公卿，市外经贸委、口岸办等领导前往祝贺。
16时20分，飞行部部长李延平作为责任机长驾驶空客A320飞机腾空而起，执行3U8791/2航班，于18时10分到达香港，19时10分再次起飞，21时10返回重庆，出色地完成了首航任务。此后，该航班为每周二、四、五、日4个班次。
2006年1月，川航丽江—香港航线成功开通；随后，成都—香港开航。