在上述种种恶劣的条件下，不管是来自日寇的飞机骚扰，还是物质生活上的艰难困苦，或是国民党反动派所制造的精神压迫，西南联大的师生们不畏艰苦，不惧强暴，以“刚毅坚卓”的精神，在教育事业上作出了巨大贡献。在这里培育出了许多光辉的爱国民主战士、共产主义者和具有真才实学的、享誉国内外的知名专家、学者。在学术研究方面，联大也结出了累累硕果。而且3校合并，彼此取长补短，将各校原有的民主自由、严谨求实、活泼创新的传统融为一体，形成了这一时期在教学和科研方面共有的一些特点。
3校集中，老师人数大增；人才荟萃，实力雄厚。8年中，联大曾先后聘任过的教师达778人，全校教师常年保持在350人左右，其中教授、副教授约占全校教师人数的一半，文理法各系的教授多在十几人以上。拥有如此强大的教师队伍，自然联大开设的课程也异常丰富，共约160O门以上。各系课程除按“部订”需求加以编排外，还参照各校传统，并发挥3校教授的专长，互相补充，分工开课。如历史系开设的国别史、断代史课程较战前任何一校都为齐全；化学系在原北大、清华的基础上吸收了南开化学系的特点，加强了实用性的专门课程，如《国防化学》、《药物化学》、《染料化学》、《酿酒化学》等等；其它系也都因3校合组，诸教授各展所长，开出了一些战前各校都未曾开过的新课程。
西南联大十分重视基础课教学，强调给学生打下宽厚、扎实的基础。全校共同必修基础课和各院系必修基础课的比重都很大。当时，一、二年级的学生，除了“三民主义”、“伦理学”、军训、体育外，不论文、理、法、工科都必须学习国文、英语、中国通史；理工科的学生还得必修1门社会科学课程，文、法科的学生则要必修1门自然科学类的课。加上各学院自己规定的共同必修科目，这样，一年级的课程几乎全部是校或院系共同必修课。如经济学系一年级必修课有9门，即国文、英文、中国通史、伦理学、逻辑学、自然科学（任意一门）、经济学概论、体育、军事训练，共40学分，俱为共同必修课。不但基础课程面广、量大，而且联大的基础课教师也多由学术水平高、教学经验丰富的教授担任。大多数系主任和知名教授除给高年级学生和研究生讲授专业课外，同时也都讲授共同必修课。如，为全校一年级学生开设的国文课，就由闻一多、杨振声、沈从文、浦江清、罗庸等教授讲读本，助教改作文。中国文学系为二年级学生开设的必修基础课程：中国文学史概要、历代文选、文字学概要、声韵学概要等，也都是由朱自清、游国恩、浦江清、罗常培、唐兰等人讲授。为一年级学生开设的共同必修课“经济学概论”，也是由经济学系系主任陈岱孙教授等来讲授的。理科也是如此，理学院院长吴有训，教授周培源、赵忠尧、郑华炽、张文裕等人都为一、二年级学生讲授过普通物理、力学、电学等基础课。化学系系主任杨石先、生物学系系主任李继侗也都为一年级学生讲授过“普通化学”、“普通生物学”等课程。这些基础课、必修课使学生获得了广博的知识，打下了宽厚坚实的科学基础。这一方面有利于学生进一步深造，进行专门研究；同时也便于学生毕业后能迅速适应社会多方面的需要，利于就业。
联大“学术自由”的气氛比较浓厚，课程安排也比较灵活。学派渊源和治学传统各不相同，学术观点和政治倾向大不一致的学者、专家云集，因此就出现了在讲坛上、在科学研究和指导学生课外活动中各派学术观点自成一家，各抒已见的“争鸣”局面。教授们讲课，大都是根据自己的专长，讲个人研究成果或心得，这也就常有1门必修课由几位教授同时开讲或由多名教授轮流讲授的情况。这些课程内容虽大体相近，但学术体系、重点、方法、甚至政治观点也是各不相同的。如共同必修课《中国通史》，曾分别由吴晗、雷海宗、孙毓棠和钱穆等教授讲授：吴晗主要讲制度演变史，用“纵法”讲授，系统性强；雷海宗的主要观点是历史循环论，用“横法”讲授，故事性较强；孙毓棠主要侧重于经济方面的讲授；钱穆则主要讲解他所著的《国史大纲》中的观点。联大的必修专业课也经常列出多种专题，由多名教授同时讲授，任学生在规定的范围内自由选择。比如，中国文学系文学组，高年级学生必修课《中国文学专书选读》中，共列有论语、孟子、诗经、左传、三国志、后汉书、水经注、史通、乐府诗、韩愈文十种，由闻一多、罗庸、许维遹、游国恩等教授讲授，每种课2至4学分，规定学生可以任选 4到 6学分。因而教学效果好的课就吸引了众多的学生来听讲。至于选修课，开设的门类更多，学生选择的余地也更大。本科学生在4年的时间里，一般学习30门左右的课程，其中约有2/5是选修课。学生选课，虽有教师指导并须经系主任签字，但只要符合有关规定，可不受院系限制，根据专业需要和个人爱好选修本系或外系的有关课程。有不少理科学生选修文科的课程，像中国文学史、中国哲学史、逻辑学等课程都受到一些理科学生的欢迎。甚至有物理系的学生因在听课过程中对文学发生了浓厚兴趣而转到中国文学系里读书的。
联大还经常举办定期学术报告会和不定期的学术讲座，也成为一种有效的教学方式。例如自1942年起，中文、历史两系共同组织的文史讲演会，邀请校内外的专家主讲，共举行了50余次，讲演文学、史学、哲学、艺术等方面的问题。在这些学术活动中，不同学派都可自由地充分阐发自己的观点，介绍自己的研究心得。西南联大灵活的课程安排和课外多种形式的学术活动，对开阔学生眼界、启迪学生思考问题大有裨益。不同的学术观点，不同的见解主张，也经常使学生议论风生，深入钻研，整个联大学术讨论的气氛相当浓厚。当然，也应当指出，在国民党对教育领域的严密统制下，在联大宣讲各派学术观点的“自由”，其程度也只是相对的，不但马列主义在联大讲坛上被完全排斥掉了。而且连一些进步教授发表的一些激进民主主义的言论，也遭受到国民党当局的非难。
西南联大对学生质量严格把关，要求甚严。录取的新生严格按照考试成绩来决定。入学后有严格的考试制度，以成绩决定升降级，淘汰率比较高。总计在联大受过教育的学生有8000人左右，而真正读到毕业的本科学生只有2000余人。排除应征入伍和生活困难被迫休学、退学等因素，由于成绩不合格而被淘汰的比例是很大的。联大实行学分制，学生在校期间，除党义（三民主义）、体育、军事训练的学分外，必须修满132学分。凡修满规定课程及学分，党义、体育、军训也都及格，毕业论文审核通过，学生方可毕业。联大学生考进时分系但不算入系，经过1年的学习，本系有关的必修基础课必须在70分以上，才能在本系继续学习，否则须转至他系读书。如果学生全年有1/3的课程不及格，就得留级；如果全年一半的功课不及格，即令其退学。不仅专业基础课如此，而且文化、体育等基础课程也同样严格要求。经济学系系主任陈岱孙教授在一次审批学生的选课单时，发现有个学生填了一门“国济贸易”，他用铅笔指着“济”字，说“改一改”，那个学生马上改为“暨”字。陈先生便用红笔把这门功课划掉，替这位学生填上了一门3学分的“大一国文”课程，本科4年中，每学年的体育课都为必修，体育课不及格，学分不够，同样不能毕业，这也就敦促学生边勤奋学习，用功读书，边刻苦锻炼身体，不致因身体状况而影响学业成绩。
西南联大给学生打下的坚实基础以及灵活而又严谨的教学方式，都给当年的联大学生留下了深刻的印象，使他们在以后几十年的工作中获益非浅。国际知名学者、诺贝尔物理奖获得者杨振宁、李政道都是西南联大的学生。 1983年杨振宁在回国讲学时谈到：“西南联大的教学风气是非常认真的。我们那时候所念的课，一般老师准备得很好，学生习题做得很多。所以在大学的4年和后来2年研究院期间，我学了很多东西。”“在联大我有了一个扎实的基础”，“对我后来的工作有决定性的影响。”
联大时期的教学和科研方面，除了上述的一些共同特点外，各院系还有其各自具体的研究成果。文学院各系的必修、选修课名目繁多，学术气氛异常活跃，因而学术成果也较多。许多学者利用当地的条件，因地制宜，开辟了一些新的教学和研究领地，像中文系教授罗常培的《汉藏语言调查》、王力的《汉越语研究》即属此类。其它如外国语文学系、历史学系、哲学心理学系的教授们也都各就所长，开出一系列的新课，丰富了广大学生的求知领域。闻一多随着政治思想上的进步，在学术研究方面的造诣也有所加深，写有《神话与诗》、《周易义证类纂》、《楚辞校外》、《尔雅新义》等多部专著；王力先后出版了《中国现代语法》、《中国语法理论》和《现代语法摘要》3本书，比较系统地研究了中国语法的规律；汤用彤《两汉魏晋南北朝佛教史》，金岳霖的《论道》和郑天挺的《清史探微》等著作也都是他们各自在联大时期的研究成果。理学院由于仪器设备缺乏，实验方面的教学和科研条件很差，但即使这样，理科各系的教学和研究工作仍取得了不少成就，在课程开设上，算学系华罗庚开设的《解析数论》、《连续群论》、《行列式》、《方阵》等课，都是结合自己的研究所得，反映了当时国内的最新学术动向；其它各系，像周培源的《流体力学》、《广义相对论》，王竹溪的《热力学》、《统计力学》，吴大猷的《原子与分子光谱学》，邱宗岳的《高等理论化学应用热力学》，张景钺的《植物生态学》和《植物解剖学》都是质量很好的课程，深受各系学生的欢迎。在研究方面的成果也不少。算学系的科研活动在理学院中较为突出，以华罗庚、江译涵、华宝騄、陈省身等为代表的一批数学界的骄子们8年中共发表论文127篇，其中很多已具有国际水准。辛勤的努力换来的是累累硕果，1941年，华罗庚的“堆垒素数论”，获教育部第一届学术审议会自然科学类一等奖；1942年周培源关于激流论的研究在教育部第二届学 术审议会上也获得自然科学类一等奖；其它如吴大猷、王竹溪、孙云铸、冯景兰、曾昭抢等教授们的研究成果也都频频获奖，在社会上获得广泛而一致的好评。工学院的教科书编著和进行的专题研究的合作工作也都很富有特色，联大期间出版的教科书有8种，而因印刷困难未能出版的则有14种之多，另外编译或翻译的教科书也有很多种；与资源委员会进行的专题研究合作工作虽然由于种种条件限制，成果不很显著，但也给工学院的教师们创造了动手实验的机会。法商学院和师范学院也都在教学和科研方面做出了很大的成绩，为西南大后方的经济发展和教育事业作出了一定的贡献。
应该说，在种种困难的条件下，西南联大的教学和科学研究工作能够正常进行下去，并且都取得了很大的成效，这是很不容易的。成就的取得，应该归之于广大联大教师的辛勤耕耘和忘我奋斗的精神，没有他们的努力，没有他们那种为祖国、为民族而拼搏奋进的意志，西南联大不用说能取得如此的成绩，就是它能否存在，都还可能是个疑问；成就的取得也应该归之于众多的学生的刻苦学习态度，他们不但把联大作为抗击日寇的后方阵地，而且以联大为家，在名英荟萃、教授云集的联大，充分利用现有的条件，汲取知识中的营养，自觉的塑造自己，完成了他们人生历程中的一个重大飞跃。不管是教师，还是学生，西南联大都给我们今天的学校做出了楷模。