抗法保台使刘铭传的英名在台湾近代反侵略史上写下了光辉的一页。在以后的岁月里，刘铭传的名字与台湾结下了永久的联系。刘铭传为保卫祖国的神圣领土——台湾，以及巩固祖国的领土完整、实现祖国的统一大业以至台湾的近代化开发都作出了巨大的贡献。抗法保台战争之后，刘铭传继续留在台湾，任台湾第一任巡抚，历时6年。抚台生涯是刘铭传一生中最辉煌的时期，在台湾的近代化历史上，写下了他个人官宦生涯中爱国主义的历史篇章。
台湾自古以来就是中国的神圣领土。早在公元230年，吴国孙权就派遣将军卫温、诸葛直率军到达台湾。隋朝时，隋炀帝又在607年至610年期间，3次派军经略台湾。1171年，南宋王朝派水军长期屯戍澎湖，这是大陆封建王朝第一次在台、澎地区正式驻军。1290年，元朝在澎湖设“巡检司”，管理台湾和澎湖的民政，隶属福建泉州同安县。自此，台湾和澎湖已正式成为中国行政区的一部分。
台湾位于祖国的东南方，四面环海，不仅地腴物博，资源丰富，而且战略地位十分重要。它东临太平洋，南接巴士海峡，与菲律宾诸岛国为毗邻；东北临琉球群岛，和日本国相望；西隔台湾海峡，与祖国闽粤两省沿岸互成犄角之势。台湾全区扼西太平洋航道的中心，是中国与太平洋地区各国联系的交通枢纽。正因为台湾具有如此重要的地理位置，中国历代的史学家、政治家、军事家称它是祖国的南洋门户，7省藩篱，东南锁钥。也因为如此，台湾成为外国侵略者所觊觎的地方，并成为中国爱国军民埋葬外国侵略者的沙场。
早在16世纪中叶，中国尚处在明王朝隆庆皇帝统治时期，由日本浪人组成的倭寇在骚扰中国大陆的同时，曾窜入澎湖和台湾，在附近的海面上拦劫商船，杀人越货。后来，由于明代抗倭名将戚继光、俞大猷等部的歼灭性打击，倭寇在大陆难以立足，其中一部分逃至澎湖、台湾，并据为继续进犯闽粤沿海的剿穴。1601年，倭船7艘又在闽粤沿海流动，被明朝官军击溃，逃入台湾。福建都司沈有容于公元 1602年春节前夕，率战船16艘，冒风渡海追击，进逼倭寇盘踞的台湾西海岸，击沉倭船6艘，斩首15级，救回被虏男女370余人。这是中国军队第一次从侵略者手中收复我国神圣领土台湾。公元1604年，当时亚洲最大的殖民帝国荷兰派舰首次侵入澎湖，同年被沈有容率军驱逐出境。公元1622年，荷兰人卷土重来再次侵入澎湖，并筑城据守，又被明朝官兵驱走。于是，荷兰侵略者转而侵占台南一带，并修筑城堡。
西班牙殖民者则于1626年5月，用武力占据了台湾北部基隆、淡水一带。1642年，荷兰殖民者以武力攻占了西班牙在台湾北部的据点。至此，台湾沦为荷兰殖民地。1661年4月，民族英雄郑成功率大军2万多人，分乘200余艘舰船，从金门料罗湾经澎湖向台湾进发。他们在台湾西路海岸与荷兰殖民者展开水陆两路作战，大获全胜。1662年2月1日，荷军被迫在投降书上签字，狼狈地撤出台湾。沦陷38年之久的宝岛台湾，重归祖国怀抱。自19世纪中叶起，世界进入资本主义列强国家掠夺殖民地高潮时期。英、美、德、日、法等国又以武力频繁地入侵中国台湾。从1840年到1885年短短的40多年里，外国侵略者进犯台湾达十数次，结果都被中国军民击退。外国侵略者的目的不仅仅限于掠夺台湾当地的资源，更为重要的是想以台湾为侵略基地和跳板，进而窥伺与它只有一水之隔的中国大陆。
但长期以来，清政府对台湾的战略地位却认识不足，它错误地以为“台湾乃海外孤悬之地，易为奸宄逋逃之薮”，“台湾之患率为内生”，故对台湾的海防一直持消极态度，执行的是“为防台而治台”的方针。正因为如此，台湾军事防御设施十分简陋，驻军兵骄将惰，军律废驰，为害乡民。
在法军撤退以后，担任处理台湾善后事务的刘铭传，在给清廷所上的奏折中，总结了近 40余年的历史经验教训，得出了“台湾为东南七省门户，各国无不垂涎，一有衅端，辄欲攘为根据”的结论。在1885年7月16日的奏折中，他诚恳地向清廷请求免去他的福建巡抚的职务，好让他专心筹划台湾海防及建设事务。他的这一请求，反映出他这一时期强烈的事业心和“舍安就危、舍逸就劳”的品质。
刘铭传在他几十年的军事戎马生涯中立下了赫赫战功，功成名就，按说他可以安安稳稳地做他的官，平平静静地尽享天伦之乐。但是在抗法保台战争中，台湾防务的薄弱给刘铭传留下了沉痛的教训。他曾明确指出：台湾大局虽然粗定，而“前车可鉴，后患方殷，一切设防、练兵、抚番、清赋诸大端，均须次第筹办”，其中筹设海防尤为台湾最重最急之需，不办好海防，难以抵御隔日之外侮。
在抗击外国侵略者的战争中，刘铭传强烈的爱国主义思想促使他放弃高官厚禄，而以国家民族利益为重，加强台湾近代化建设，以抵御时刻准备侵略我国台湾的外国殖民者。清廷于1885年10月20日颁旨，指出台湾为南洋门户，关系紧要，自应因时变通，以资控制，将福建巡抚改为台湾巡抚。台湾自此与福建分开，建立省置，正式成为祖国的一个省份。刘铭传则被委以第一任台湾巡抚。
刘铭传抚台6年期间，在台湾设防、练兵、抚番、清赋，积极改革，施实产业开发计划，使台湾的政治、经济、军事、文化教育等都有了空前的发展。刘铭传在台湾的这段抚台生涯是他爱国主义思想闪光的一页。刘铭传是保卫台湾的封疆大吏，是中华民族祖国统一的促进派，是台湾近代化的先驱者，也是一位悲剧性的历史人物。
刘铭传在“御外侮”的爱国主义思想指导下，克服经费匮乏等多种困难，以较快的速度兴办、整顿了几个较大的军事设施，使台湾的海防、陆防初见规模。具体措施有：
兴办军器局和军械所。1885年7月，刘铭传在台北府城北门外大稻埕处建造军械机器局一座，以记名提督刘朝干为总办，并聘请德国人彼德兰为工程师。同时，他还在台北府城偏西的地方建造了一座军械所。工程均于1886年3月前后完工。自此，台湾的军械有了储存的地方。到1888年8月，台湾大机器厂建成，台湾可独立制造和修理军械及枪炮子弹，解决了因敌封锁而造成的军备困难。此外，他还在大隆同设立火药局，以淡水所产的硫磺为原料，制造火药；又在基隆和沪尾两处，设置水雷局和水雷营，以管理和布设水雷。
兴筑新式炮台。在中法战争中，刘铭传痛感昔日台湾炮台脆弱，难以抵御外国军队的坚炮。于是在法军撤退后的1885年8月下令台湾各主要海口以铁水泥砌筑坚固的新式炮台，安置新式大炮。1886年2月，在基建材料运到后，各主要海口兴工砌筑，到1888年7月，共筑炮台10座，其中澎湖4座，基隆和沪尾两海口各2座。台南旗后原有炮台1座，又在大坪山添筑1座。安平的炮台也经过重新砌筑加固。1886年4月，刘铭传派人向英商议购31尊阿马士顿后膛炮，1889年，大炮运到台湾开始安置，其中澎湖4座炮台安置了17尊阿马士顿后膛炮以及若干加侬炮。每个炮台还配置了各种型号的碰雷、沉雷，火力因此大大增强。
重视澎湖防卫、添置兵轮。在设防的过程中，刘铭传对澎湖十分重视，认为它不仅仅是整个台湾岛的门户，也是南北洋的关键地带。要守卫台湾，必须首先守卫住澎湖，欲保卫南北洋，亦必须先保护住澎湖。因此，为了保护澎湖，必须建立一支海军。刘铭传曾向清廷发出这一极其有远见的建议，却被清政府以南北洋已设海军和经费困难为由不予采纳，不得已，刘铭传只好采取4个措施予以弥补。
一是上述澎湖各炮台配备17尊阿马士顿新式大炮，以增加澎湖的御侮能力。
二是派吴宏洛的训练有素的水师宏字3营驻扎澎湖，并将驻军的衔级由原来的副将级提升为总兵级，嘱令吴宏洛加紧训练水师。吴宏洛是刘铭传最信任而且具有相当军事才能的海口将领，刘铭传特意将吴宏洛授予澎湖镇总兵就是考虑到澎湖的重要作用。
三是将台湾当时唯一的一艘“海镜”号兵舰专供澎湖驻军差遣。
四是嘱令吴宏洛督厂在澎湖妈宫地方凭海依山建筑城堰，联络炮台，以助防御。城堰于1889年7月建成。此外，他还从有限的军费中抽出相当多的一部分，先后添购了“威利”、“威定”、“飞捷”、“架时”、“斯美”、“南通”“北达”、“前美”“如川”等兵舰商轮，以满足台澎防务和运输的需要。
整顿军制，严密陆防。在加强海防的同时，刘铭传还对台湾的陆防部队大力整顿，以适应反侵略战争的需要。在练兵上，他仿照欧式的训练方式练兵，在台北设立营务总处，台中、台南两路设营务处，掌握军队的整顿和训练事务。首先汰弱留强，将无用的绿营冗兵撤裁下来，让他们担任盐务、厘金、邮政、地方保甲局和开山凿路事务，然后将留下来的兵士编成35营，由高级官员带领驻守各重要地方口岸。部队全部改用洋枪，聘请教习，加强训练，并严格考核制度。刘铭传规定：1年内对带兵的统领考查两次，以枪法的精粗和军纪的好坏为赏罚准则。凡操练不利或染有不良嗜好者，不论军职高低，一律予以革职。
为使台湾将士安心守台，刘铭传还致力于部队的后勤改革，实行3种制度：
一是免费医疗制度。他曾于1886年创设官医局、官药局和养兵院，聘请外国人汉生等为医生，免费为官兵治病，定期给官兵疗养。
二是抚血制。凡老死、病死在台湾的官兵依照军职的级别给予抚血费。
三是“存饷”制。凡各营官兵每月发饷，依例扣除5天的薪水，等满3年后，发还各官兵，作为假期、探亲的费用。
以上各项措施，对于促进台湾守军军心安定、士气振作，起了良好的作用。
此外，刘铭传还委派林维源为团练大臣，在台北设团练总局，各府、县、厅设分局，各乡设团，规定团练平时维持治安，战时辅佐官军御战。经过刘铭传上述改革和整顿，台湾海防初见规模和实力。
刘铭传在筹设海防时，把重点设在台北地区，尤其是沪尾、基隆和台北府城3个地区。正如德国历史学家路德维希·里斯在其《台湾岛史》一书指出的那样：刘铭传经营台湾的思想和方法是要用最新式的工业迅速提高台湾北部的地位。由于法国选择基隆、沪尾两地进攻台湾，刘铭传智师台湾，主要精力用于防守台北并就地建了一些军事设施如水雷局、火药局等。法军撤退后，刘铭传抚台，理所当然要继续这些在战时未竟的事业。另外，台北基隆一带盛产煤矿，淡水火山汇地区素产硫磺。这些能源都是军事设施不可缺少的原料，就地兴办近代化工业很方便。
台北、台中一带与台南相比，开发时间相对迟缓。各种问题，特别是高山族土著居民问题很严重。为了使土著居民早日跟上较为先进的汉族经济、文化，杜绝外国传教士利用民族问题大搞分裂祖国的阴谋，必须把建设重点放在台北。
更为重要的是，刘铭传独具慧眼，他以敏锐的眼光看出了毗邻台北的日本国早有侵略台湾岛的野心。经过明治维新的19日本，它的经济建设步伐正以西方资本主义强国的速度飞速发展。日本是个小国，国内各种资源十分贫乏，而经济的突飞发展需要大量的能源。为了解决这一日益增长的矛盾，必须寻找能源，扩充势力，于是日本的扩张野心急剧澎胀。由于它毗邻台湾，吞并这个宝岛进而凭据它作为进犯中国大陆的跳板，已成为日本军国主义的国策。刘铭传从大量的报刊上及赴台经商人士的口中深悉此点。因此，在给同僚、亲朋的信中，曾多次表示“日本为台湾之患”的忧虑。鉴于此，刘铭传一面加强在台北的防御，一面聘请一位日本名士作他的顾问，时常与其闲谈、对弈，从中了解日本的政治、经济及风俗方面的情报，然后对症下药，作好防备。
1888年，当刘铭传得知，慈禧太后挪用海军经费修建颐和园而中断了中国海军建设时大为感慨：日本国正在加紧建设并日夜图谋我国，而清廷却放弃海军建设，建园享乐，这是清廷自己戳穿自己的屏障啊！这些军事上的预言和措施正是刘铭传爱国主义思想的体现。
其次，在经济领域中，刘铭传深感外国殖民者通过不平等条约，运进鸦片、棉织货等，而将台湾的硫磺、樟脑、茶叶、蔗糖等土特产运出，并推行买办制度，控制台湾的各种土特产的生产和贸易大权。于是，大量的财物就以巨大的商业利润形式，从台湾流向海外。台湾与祖国大陆一样，半殖民地化程度进一步加深。半殖民地半封建社会冲击着自给自足的中国经济结构。经济领域里残酷的斗争在激烈地进行着，一部分具有改革思想的知识分子发出“商战”的呼声。这呼声在封疆大吏刘铭传身上也激起了回响。刘铭传认为，中国人要自强必须要先致富，要致富就得经商，把商务作为一项政治策略，跟外国殖民者争夺经济利益；有了经济上的保证，才能取得政治上的权益。基于这种认识，刘铭传在抚台期间大力兴办和整顿各种实业，以谋求商战，与敌争利。
一是实行樟脑专卖和硫磺官办开禁。樟脑——向为台湾驰名特产，主要产在台北地区。1826年，清廷在台北艋舺设军工厂，并设军工料馆，兼办樟脑收购事务。1860年，台湾开港，外商纷纷来台。外商根据不平等条约，取得自行入出自行采买樟脑的特权，逐渐控制了台湾的樟脑业。1863年，台湾道陈方伯见外商每年在此项上获利甚丰，就设立脑馆实行统购统销。外商购樟脑必须通过官府“脑馆”，所获利润锐减。英、美、德等国商人见此项利润锐减都不死心，于是互相勾结，以走私的办法破坏这种制度。此后纠纷迭起，终于导致了樟脑战争。
1868年，英军挑起事件，炮轰安平，强迫台湾政府鉴定樟脑条约5条。条约规定废除台湾官府统购统销制度，外商可以自行入内地采脑，并可用预先付款的办法，在当地雇人制脑。从此，台湾樟脑的生产和购销大权均被外商控制。由于樟脑条约取消了官府的“脑馆”，派往产脑区起保护作用的军队也被迫撤走，致使产脑区因土匪横行而停止生产。台湾的樟脑输出量也由原来的1. 1万余担降到3担。
刘铭传为了重振樟脑业，于1886年设立官办樟脑总局，下设分局或转运站。山地所制樟脑全部由官办脑务局收购。在这期间，刘铭传也曾经将台北部分地区樟脑收购权包给中国商人蔡南生，而退还昔日德商公泰洋行的保证金，取消他们的包揽权利。把台湾中部彰化一带的樟脑收购权利包给林朝栋，以充实防务和抚番经费。