随着樟脑用途的增广，樟脑市价增至2倍以上。外商见利润丰厚，就又采取走私的办法破坏台湾樟脑专卖制度。德国兴瑞洋行曾多次勾结买办运售樟脑，刘铭传对此采取了严厉措施。他一面派人缉拿人犯，一面将私脑起出充公。这一严厉举措大大激怒了德兴洋行老板，他们与英国驻台领事联合起来照会台湾道陈鸣志，声称不发还原物，誓不罢休。刘铭传对英德两国的嚣张气势毫不手软，决不通融。刘铭传以瑞兴洋行勾结办违背樟脑条约为由，拒绝德国的条件，并以私熬樟脑、勾结外商的罪名击毙了买办彭牛、张云亮等。刘铭传严打外商走私的举措，打击了外国侵略者的嚣张气焰，瑞兴洋行自此退出台湾的樟脑业。
1890年6月，英国怡和洋行仗着本国在华雄厚的实力，公然蔑视台湾地方官禁令，走私樟脑700余担，偷运到海上，10月又私运540担，均被刘铭传饬令没收充公。英国驻台湾安平领事对此咆哮如雷，照会刘铭传立即归还，被他驳斥回去。但由于英国公使联合各国公使到总理衙门交涉，要求撤消台湾的樟脑专卖制度。腐朽的清王朝立刻妥协，指责刘铭传的过激作法，并诏令立即撤消官办，刘铭传迫不得已于1891年1月25日宣布自2月起，撤消台湾樟脑官办机构。这个台湾有史以来最具规模的樟脑官办机构，就这样在帝国主义和清政府的共同压制下被取消了。在它存在的 4年多时间里，台湾的樟脑产量逐年上升，4年多来所得利润异常丰厚，有力地支持了抚番，设防事业。
刘铭传在重振樟脑业的同时，也在硫磺业上与日本争夺市场。台湾自古以来就以出产硫磺著称，主要产地在台北平原的大屯火山汇地区。由于硫磺的主要用途是制造火药，因此长期以来被清政府禁止开采。清同治（1862—1874年）及光绪（1875—1908年）两朝年间虽有开禁之议，但均归官府使用，不准贩运，造成大量硫磺积压。日本商人抓住这个机会，将本国的劣质硫磺运至香港，然后转运到中国江南、天津一带供民间使用，年销售量极大，利润可观。刘铭传从振兴实业、谋求商战的思想出发，上奏请求开禁，指出：台湾硫磺与日本相比，质量高出很多，因此不能听任日本在我国推销它的劣等硫磺，并认为只要加强管理，就不仅不会出事，而且能以硫磺的利润补充抚番、设防等经费之急需。清廷批准了刘铭传的开禁请求。获准后，他就在1886年10月在台北设立磺务总局，并在其它地方设分局。为使硫磺能畅销祖国大陆各地，并在市场上与日本争利，刘铭传命令在沪尾设立一个硫磺厂，将初级产品进行再加工以提高质量；同时还于1887年1月在上海设立驴沪台磺局，专门经理与祖国大陆各地的业务接洽事宜。自此，台湾的优质硫磺经过上海被分送到祖国各地。从此，日本硫碘一统大陆的局面被打破了。从1886年12月到1890年1月，台湾共采硫磺1223900斤，扣除成本及局用经费外，每年尚赢利三四千两，不仅沉重打击了日本的商业侵夺行为，而且为设防，抚番事业增添了一笔费用。
此外，刘铭传还在茶业、盐业和蔗糖业方面与敌争利。以茶业为例，为了打破外商一统台茶的局面，刘铭传抚台以后采取两手整顿茶业。一方面发动本国茶商组织一个名叫“永和兴”的团体在台北大稻埕（Chéng）设立茶行，通过订立章程，认真较验，统一经营等措施，迅速提高台湾茶叶质量，大稻埕也成为本国茶商的集散市场，形成了与洋商对抗的一股力量。刘铭传还特别鼓励大陆赴台的茶商经营茶业。另一方面，刘铭传命令当时经营抚番垦务的林朝栋率兵辟田林木，在乾溪万斗六山建立茶田，加入本国茶商同洋商对抗的行列之中。他还从印度请来师傅，引进先进的种植和制作技术，以提高台茶商战的能力。
为振兴实业，谋求商战，刘铭传对台湾的商务也做了很大努力。台湾自开港以后，外国商轮就接踵而至，其中英国的邓特公司的猛浪号，怡和洋行的文达斯克号常往来于安平、淡水、厦门、汕头、香港之间。以后英商开办德意利士公司，吸收怡和、嘉士、德记洋行的投资，成为集资百万的大股份有限公司，拥有轮船四、五艘，经常往来于香港、汕头、厦门、安平之间经营航运，垄断海上业务，而台湾本地商人依旧以木船航运，根本无法与外商的先进轮船竞争。很明显，外商独揽了台湾海上业务。
刘铭传抚台以后，针对这种情况，决定振兴台湾海上防务。于1886年6月14日在台北创办商务局。10月又在新加坡设立招商局，并派专人负责。他们一面考察南洋各地的商务，一面向华侨招募商股。华侨积极投资，献计献策，并派代表以所募36万银两到英国认购了“驾时”、“斯美”两艘商船。这两艘商船都是质量好、载量重、速度快的船只。于是，刘铭传又在台湾商务局下设了一个“轮船公司”，并先后从德国和香港定制了6艘轮船。这8艘汽轮，航行于台湾、澎湖、上海、香港之间，还远至新加坡、西贡、吕宋等地。从此，台湾轮船公司成为可与外商轮船公司相抗衡的力量。由于加强了海上装备力量，台湾商务大振。自1886年至1890年，在祖国各地贸易出现每年约2600海关两的入超逆势下，台湾却一直独保出超地位。与1885年相比，台湾贸易出超额以每年30%的比例增长，到1890年出超额已达3633497海关两。这个数字，在台湾近代史上是罕见的，与祖国大陆内地相比，更是绝无仅有的现象。正如台湾史学家连横所说：刘铭传抚台后，台湾贸易出入足以相抵，且有溢过，故能百事俱举，民户殷庶，假使长此以往，台湾之富不可估量。显然，取得这样巨大的成就与刘铭传的“与敌争利”的各项措施密不可分。
刘铭传抚台期间，曾积极致力于加强台湾与祖国大陆各方面的联系。重点放在招抚居住在深山老林里的高山族。其目的除维持清王朝对他们的统治，还在于打破外国侵略者利用民族矛盾搞分裂祖国的阴谋，巩固祖国的统一。刘铭传是巩固祖国统一的促进派。
台湾是祖国的东南前哨，战略地位十分重要，故一向为各国列强所觊觎。随着中国半殖民地化程度的加深，各外国列强对台湾的野心除表现在频繁的武装侵略，企图使它成为殖民地外，更阴险的是企图在政治上使台湾脱离中国的版图，建立独立政府，制造分裂中国的阴谋。例如：美国的拉毕雷就曾建议美国先派兵夺取台湾，然后扶植一个受“美国保护”的独立政府。为实现这种阴谋，各外国列强就派遣传教士作为先锋，在台湾各地，尤其吸引山内少数民族部落中的“社棍”以社番为同宗，引诱他们入教。而这些社棍，绝大多数都是一些精通“番语”的汉族败类，不少人是受通缉的土匪、奸民、鸦片走私者等罪犯。
台湾长期以来就是汉族和少数民族杂居的地方。少数民族可分为泰雅、夏赛、布农、阿美、雅美等9族。其中大多数人都深居山内，与汉族人不相往来，也不通汉语，被称为“生番”。与此相反的“熟番”，则是指少数居住在平地者，他们与汉人交往较多，也服从当时地方官统一治理并纳税服役。但是，不管是“生番”还是“熟番”，统称为“高山族”，他们都是中华民族的后裔，是我们的骨肉同胞，同为中国大家庭中的一员。但是在相当长的时间内，清政府实行一种“省事为为政之要，诿事为便己之方”的消极政策，对在深山内结社而居的“生番”部落以“世隶化外，罔知法度”为由，采取简单的“弃”、“剿”的政策，即不许归附，放弃治理；若有反抗，痛加征剿。而对“熟番”则施以大汉族主义政策，百般压榨、欺凌，迫使他们逃至深山，揭竿而起，反抗清廷。外国传教士及社棍们正是利用这些清政府的消极政策大搞分裂阴谋，或引诱他们入教，或煽动民族之间的相互仇杀。显然，这对于祖国的统一事业是不利的。刘铭传抚台后，深感清政府对台湾高山民族的消极政策的危害，开始积极认真地进行高山族居民的招抚工作。
首先是抚番。针对清廷昔日消极政策的两个方面：“弃”和“剿”，刘铭传制定了“以抚为主，攻心为上”的新方针。刘铭传在1885年法军撤退后，就上《条陈台澎善后事宜折》，其中关于高山族居民问题提出了以下几点真知灼见：一是台湾番族，以前多在外山，由于官府怂恿垦民侵占番地，迫使他们挤归内山。一些土匪、奸民常常侵占番民的土地、钱财，使得争斗不止。二是由于清政府歧视番民，所以土匪、奸民与番民争斗后，获利的多是土匪、奸民，而番族常受冤枉而无处伸诉，不免心怀仇恨。这种情况很容易被外国传教士所利用，煽动民族仇恨，分裂国家。三是台湾战略地位十分重要，外国列强随时有可能侵占台湾，如果不思谋招抚番族的政策，有可能由内患引起外患，从而导致祖国的分裂。为此，刘铭传认为必须对高山族部落采取以抚为主、攻心为上的新政策。
刘铭传首先建立了严密的垦抚组织。在确定抚番政策以后，刘铭传就于1886年创办全台抚垦总局，自任抚垦大臣，以台湾本地人林维源为帮办大臣。各府、县、厅设置抚垦局、抚垦支局，并将全台划分为三个区域，若干小片，实行专职分工，组成一个严密的抚垦网。同时，慎选抚垦官吏。所有抚垦委员及通事均由政府慎选，并加以严格约束。刘铭传鼓励他们学习“番语”，熟悉“番俗”，通晓“番情”，关心“番民”疾苦，为番民排忧解难。而对于欺凌高山族番民的抚垦官吏、通事，一经发现，刘铭传毫不留情，立即给予革职处罚。自此，台湾出现一个较为严密的抚垦系统。
此外，刘铭传还实行“优抚番民，善待番目”的积极政策。刘铭传下令：凡高山族居民下山到局联系接洽事务时，抚垦局都要设宴招待。对于出山的高山族居民，不论是否就抚，都要给一定的银两作盘缠。对“番社”头目，更加予以优待，凡归抚者，每季都发给衣服、粮食。其中一年不滋事者，还给予六、七品功牌，以资鼓励。对于未抚的番社头目，刘铭传则采取一种既往不咎，奖励日后的政策。比如：白阿歪社头目马来诗昧曾在昔日的仇杀中，一月杀死19个制作樟脑的汉族工人。后来他表示就抚，“誓不复叛”。刘铭传从大局考虑，不顾幕僚的反对，坚持赦免并设宴款待了他。马来诗昧对刘铭传的宽容大度作法感激不已，果然，他不负厚望，不久就说服了数十社番民前来“就抚”。
刘铭传还明令禁止对高山族“番社”采取报复行动，对执行不利的官员给予严惩，以缓和长期形成的民族结怨。与此同时，刘铭传在“抚番”期间还大办“番学堂”，吸收高山族番社头目的子弟入学，普及文化知识，学成以后回部落作为头目的接替者，以更好地沟通民族之间的联系，加强汉族和高山族之间的团结，以利统一大业。
为了加强高山族部落与外界的联系，打破长期闭塞、不相往来的沉默局面，刘铭传积极组织辟路垦荒。由于台湾山地居3/5，山高谷深，溪流直下，乱石泻谷，致使道路不畅，对番族与外界的联系极为不利。刘铭传抚台时，下决心开辟山地道路，两三年的时间里，共开辟十几条山路，东西海岸连成一片，距离大为缩短。长期居住在深山老林里的高山族部落开始走出山内，与外界互相联系，从而加速了他们接受汉族先进经济和文化的步伐。随着山路开辟工作的迅速发展，刘铭传一面饬令各地抚垦局加紧教授高山族居民垦荒耕种的农业知识，一面以免船票、助垦费的优惠待遇，从福建沿海地区招来大批贫苦农民到台湾深山老林里辟荒，以加快高山族的经济开发。在刘铭传抚台的几年里，汉族和高山族两族人民在朝夕相处的岁月里，加深了解，互通婚姻，传播先进的汉族经济文化。
由于以上新的政策和措施，台湾的抚番事业出现了历史上从未有过的新气象。到1887年，后山各路共招抚“番社”部落218社，“番丁”5万余人。前山各路260余社，“番丁”近4万人，垦荒达10万亩。到1889年元月，全台湾高山族部落“番社”全部就抚。刘铭传的抚番新政策和新措施，对加强民族团结，促进高山族居民接受汉族先进经济、文化等方面起了积极的促进作用，对外国侵略者的阴谋也是一个积极的抵御。
此外，刘铭传还积极架设海陆电报电线，创设邮政事业，以加强台湾与祖国大陆的联系，为巩固祖国的统一大业作出了贡献。
1874年，福建船政大臣沈保祯鉴于日本侵台事件的发生，从军事角度上认识到电讯的积极作用，曾准备在台湾设立电报局，架设水陆电线。但由于种种原因，没有成功。1877年，丁日昌任福建巡抚，又旧事重提，并获清廷批准，在台南架设了两条陆路电线，这是台湾最早的电报线路，但只限于台南一隅，既不能畅通台湾各地信息，更不能沟通台湾与祖国大陆的联系。
刘铭传抚台后，深感无论从政治、军事，还是经济等方面来看，都亟需加强台湾与祖国大陆的联系。而架设水路电报线正是这种联系的最好方法，此事刻不容缓。基于这种认识，他于1886年在台北设立电报总局，任命张维卿为总办，并指示台北的通商委员李彤恩与外国有关公司交涉架设的事宜。同年6月和9月，李彤恩分别与德国泰来洋行和英国怡和洋行签订了架设台湾与祖国大陆之间的海底电报线路和制造巡船的合同。刘铭传十分重视海底电报线的架设工作，虽然这一合同签订的时间稍迟，但刘铭传发出指示，必须早日完工。结果，海底电报线路先铺设成功，两条海底电缆横穿台湾海峡；把台湾与澎湖，台湾与祖国大陆联系起来。一条自台北沪尾海口至福州川石山（即闽江口的芭蕉岛），长217公里；另一条自台南安平海口至澎湖的妈宫，全长196里。自此，台湾水陆电线衔接，不仅省内便捷，而且与祖国大陆息息相通。
接着，刘铭传于1887年底将台湾旧式驿站全部撤掉，于1888年1月在台北创设邮政总局，仿照欧洲邮政章程办理台湾邮政事务。全台南共设邮政分局43个。于2月22日正式对外营业。邮政总局自行印制邮票，以国产薄纸制成。图案是绘一条龙，表示大清帝国国徽，下绘一匹马，象征邮政，合起来表示中国邮政。新的邮政局与原来的驿站根本不同的是为私人收寄信件和包裹。台湾与祖国大陆之间的往来邮件，主要由台湾邮政总局与上海、福州、厦门等地海关内邮政组织取得联系，专备“飞捷”、“南通”两轮船定期运送。当时祖国大陆内的邮政，还在海关内试办未获正式批准。而刘铭传却在台湾创设了较为完备的邮政体系，这可以说是一个伟大的创举。它不仅开创了台湾民用公共事业的先例，而且促进了台湾与祖国大陆的联系。