长沙城解围之后，张亮基欣喜异常，立时申报朝廷：一是请朝廷立刻拨来兵饷，偿还借长沙城里豪富的12万两银子；二是赶紧向朝廷起草奏章，向朝廷邀功请赏。在叙录守长沙的功劳时，左宗棠由知县升为同知直隶州。
太平军放弃长沙之后，向西行进，经宁乡攻占了益阳。在洞庭湖边，他们得到了数千条民船，使之回过身来越过洞庭湖占领了岳阳。在洞庭湖畔，数千船民、纤夫踊跃加入起义队伍，组成了太平军水师。
1852年底，太平军水陆两路，沿江而下，连克湖北重镇汉阳、汉口，攻占武昌。
1853年2月，太平军在武昌停留不到一个月，放弃武昌，由太平军首领洪秀全、杨秀清亲自统率大军，浩浩荡荡蔽江东下，以摧枯拉朽之势，连克江西九江，安徽安庆、芜湖、当涂等地。3月，太平军兵临南京城下，水陆连营，一望无际。19至20日，太平军攻破南京外城和内城，占领南京。太平军随即以南京为都城，改称天京，正式建立了与清王朝对峙的农民政权。
在这段时间里，张亮基接旨到山东做了巡抚，左宗棠又回到他的湘阴柳庄隐居起来。
1853年5月，大平军为了巩固和发展军事斗争的胜利成果，分兵北伐和西征。西征一开始，太平军就开始了争城夺地的战争。首先在安徽占领了安庆、合肥，在江西同清军激烈地争夺南昌，随后撤围北上，占领九江。1854年，太平军又进入湖北，再度占领武昌。同年，再次攻入湖南。
接替张亮基做了湖南巡抚的骆秉章，几次亲赴湘阴柳庄，请左宗棠再次出山。左宗棠不好意思一驳再驳巡抚大人的诚意，再次出山，入巡抚骆秉章的衙署做了幕僚。
左宗棠为人忠直，不避嫌疑，即已答应了骆秉章，就把衙门内的公事视作自己的当然责任，事事过问，桩桩关心。凡左宗棠经手的事情，件件有落实，有条不紊。骆秉章倚重他为左右手，事事征询他的意见。幕僚们在议论军事时，都要问：“季高（左宗棠）先生是怎么说的？”因此，尽管左宗棠在衙门里只是个幕僚身份，却在同僚中享有极高的声望。
朝廷同太平军的战争还在继续，筹兵筹粮筹款一直是地方政府的大事。湖南虽然是鱼米之乡，但除了要对付进攻湖南的太平军，还要应付临近几省兵事所需，使偌大一个湖南省，兵饷的缺口也很大。同时，百姓的税赋日益沉重，怨声载道。当时的湘潭县，税政收入一年就得4000两，整个湖南省的情形也就可想而知了。
左宗棠经过认真的调查研究，把他所学的经世致用之学拿出来实践，写出了整顿财务的意见书，得到骆秉章的首肯。左宗棠实行了减漕粮，定军需、公费等章程，使农民减轻了赋税数百万两，长沙藩库却增加了上千万两的收入。在左宗棠的经营下，仅两年多的时间，长沙藩库从存银22万两到3000千两出头。左宗棠的官职也由此升至在籍四品卿衔兵部郎中。
左宗棠的改革，断绝了一些贪官污吏的财路，引起了他们的愤怒，不仅妒忌的人日益增多，诽谤的议论也从四面八方传出。况且左宗棠心高气傲，为人耿直，是个从不掩饰感情的人，情绪一上来，就不顾一切。入官场前的多年，他一直以一个旁观者的身份，对朝廷的腐朽、官场的丑恶和那些官僚们的无能，看得非常清楚，并且深恶痛绝。因此，左宗棠快刀斩乱麻、敢做敢为、不避嫌疑的工作风范，终于激起了一场官场风云。
1856年，建都南京的太平天国发生内讧。领导集团内部的分裂，导致了太平军内部的一场大屠杀。
首先，太平天国领袖们之间的关系逐渐疏远，宗派色彩日益明显。洪秀全“僻处深宫，从不出户”，脱离了太平军广大将士。东王杨秀清、北王韦昌辉和翼王石达开等各自通过家族、亲戚、部属等关系，结成自己的小集团，并各自控制了一部分军队。随着个人权势的上升，杨秀清的骄傲专横日趋膨胀，竟然逼洪秀全亲自到他的东王府，封他为万岁。洪秀全表面答应了杨秀清的要求，却秘密下令要在江西督师的韦昌辉和在湖北督师的石达开火速返回天京。韦昌辉返回天京后，趁此机会下毒手杀死了杨秀清及其眷属、部下2万多人，在天京开始了血腥屠杀。石达开返回天京，责备韦昌辉的滥杀，石、韦之间的矛盾又公开化。在太平军广大将士的要求和石达开所率部众的进逼下，洪秀全杀死了韦昌辉及其心腹200多人。经杨韦事件后，洪秀全对石达开也心有疑忌，与石达开的矛盾公开化，迫使石达开离开天京，率部独立作战，转战于湖南、广西、湖北、云南、贵州一带，后进入四川。
湖广总督官文接到皇上旨令，奉旨派永州镇总兵樊燮入川剿灭石达开所率的太平军。樊燮入川路经长沙，在巡抚衙门拜见骆秉章时吹牛皮说大话，与左宗棠起了言语冲突。樊燮是满清贵族官文的姻亲，他添枝加叶向官文告了左宗棠一状。打狗还得看主人，官文不分黑白，给皇上写了一个奏章，状告左宗棠为“劣幕”，说他把持湖南，为非做歹。
文宗皇帝接到这个奏章，大为吃惊，随即在奏章上批道：“若果有不法情事，可就地正法。”
消息传到武昌，左宗棠的好朋友、湖北巡抚胡林翼急忙信告郭嵩焘和曾国藩等人，设法在京城打通关节和底下营救。
消息传到长沙，左宗棠愤恨交加。他不顾骆秉章的再三挽留，以赴京会试为名，辞别了巡抚衙门，回湘阴小住几天之后，带着一个仆人，冒着严寒，乘船赴京，躲避长沙官场是非之地。
郭嵩焘也是湖南人，与曾国藩、胡林翼、左宗棠等都是至交好友。当时他正在京城南书房供职编修，就请与他共事的最有名的翰林探花潘祖荫执笔上书皇上。
潘祖荫才华横溢，文采极好。当他听郭嵩焘原原本本地道来官文状告左宗棠的始末，不由怒从心起，十分恼火满清权贵妒贤嫉能的那般嘴脸，立时挥毫写下一篇折子。
潘祖荫从“湘勇立功本省，援应江西、湖北、安徽、浙江，所向克捷，虽由曾国藩指挥得宜，亦由骆秉章供应调度有方，而实由左宗棠运筹决策”写起，洋洋洒洒，一气呵成，最后写下了“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”传颂千古的佳句！
潘祖荫的折子送达咸丰帝手里后，曾国藩、胡林翼的回奏折子也抵到皇上手中。曾国藩、胡林翼二人均夸左宗棠“精熟方舆，晓畅兵略，战胜攻取，调度有方，为人臣刚明耐苦，忠于职守，名满三湘”，劝皇上以国家为重，起用左宗棠这一将帅之才。清王朝围剿太平军已经10年有余，绿营军溃败无遗，朝廷正值用人之际。曾国藩领导的湘军已成为清朝廷镇压太平天国倚重的力量，光复失地的希望只能寄托在曾、胡、左等人的身上。咸丰帝下诏左宗棠以四品京官侯补，随同曾国藩襄办军务，回湖南募勇，建立新军。