天京内讧和翼王出走两个事件给太平天国带来的恶果，到1858年初更加明显了。4月，清军占领雨花台，再次围困天京，江北交通断绝。5月，湘军分两路互为策应，一路由李续宾从九江攻皖北，一路由水师攻安庆。
为扭转兵败如山倒的不利局面，太平军在陈玉成、李秀成率领下进行了一系列战役。9月，陈玉成联合捻军在安徽滁州与李秀成会师，向东南挺进，在浦口一举打垮江北大营，歼灭清两个钦差大臣德兴阿、胜保所率清军1万多人。这时湘军主力李续宾部自九江攻入安徽，连陷太湖、潜山、舒城、桐城，安庆外围据点都被湘军占领。10月，湘军又猛攻三河镇。三河在庐州西南50里，是太平军的粮草军火基地。陈玉成立即率军西上，并令庐州守将吴如孝会同捻军张乐行部南下，又奏调李秀成前往会战。太平军各路大军十多万人很快齐汇三河，切断湘军的退路。11月14日，陈玉成首先发动攻击，次日湘军反攻，冲过三河附近的金牛镇。陈玉成趁天有大雾，率军从敌人后面杀出，李秀成也从附近白石山引军到达，三河的太平军守将吴定规乘机从里面杀出。太平军把湘军团团围往，李续宾部几乎全军覆没，李本人和曾国藩弟弟曾国华被击毙。围困安庆的清军仓惶逃走。太平军乘胜追击，收复太湖、潜山、舒城、桐城。李续宾部是湘军中“威望冠诸军”的精锐部队，这次被歼，使湘军大受挫折。曾国藩在给乡人的信中承认：“三河之败，歼我乡人殆近六千，不特大局顿坏，而吾邑士气亦为不扬”，可见湘军所受打击之重。
1859年3月，陈玉成攻破六安，活捉安微巡抚李孟群。6月，洪秀全封陈玉成为英王。9月，封李秀成为忠王。
太平军自从在浦口与三河取得了对敌人的两次决定性的胜利以后，军事形势开始好转。1859年洪仁玕（gān）来天京以及他所进行的革新，使天国的政治局面也有改进。由此，太平军在1860年至1861年取得一系列军事胜利，太平天国事业又再现了一个高潮。
洪仁玕于1859年4月来到天京，洪秀全大喜过望。5月即封其为千王，总理朝政。
洪仁玕是洪秀全的族弟，本是拜上帝教最早的成员。金田起义时，他因在外地而未能参加。接着为躲避政府追捕而避居香港。在那里他接受了不少西方思想的影响。他看到太平天国政涣人散等问题，决心改革。几个月后，他向洪秀全提出改革蓝图——《资政新篇》。
洪仁玕在《资政新篇》中的改革主张主要是：
在政治方面，加强中央集权和上下沟通，反对结党营私、拥兵自重。措施是严明赏罚，设立不受一般官员节制的新闻纸（报纸）、暗柜（检举箱）、新闻官（类似监察官）。
在经济方面，学习资本主义经营方式和先进技术。发展交通，开办工厂，发掘矿藏，创设银行、邮局、保险业。
在文化和社会改革方面，兴办学校、医院和慈善机构，废除庙宇，禁止溺婴、喝酒和鸦片，改革文风。
在外交方面，提倡中外自由通商和开展文化交流，在国际交往中去掉一切夜郎自大的词句，但不许外国干涉中国内政。
上述主张试图使太平天国赶上时代的潮流，在当时是进步的，它是中国历史上要求向资本主义学习的第一个比较系统的纲领性文件。
洪秀全除了对其中设新闻纸、暗柜和废死刑条表示现时不能实行，其它条均批上赞同的意见，并下令全文刻印，颁行全国。这表明洪秀全、洪仁玕等先进的中国人向西方寻找救国真理的热情。但《资政新篇》没有触及广大农民最关心的土地问题，没有切实有效地打击天国政权内部滋长起来的封建主义，再加上当时的战争环境，因而实际上近于纸上谈兵，不能真正解决天国后期存在的弊端。
为了摧垮江南大营，解除清军对天京的威胁。洪仁玕提出“围魏救赵”之计，即太平军攻击湖州、杭州，江南大营必派兵去救，那时再乘机迅速击之。
按照这个计划，1860年3月，李秀成、李世贤两路大军开始长途奔袭作战。3月5日占领浙江长兴后，李世贤攻湖州，李秀成则率谭绍光等率轻骑6000人，用清军旗帜、衣帽伪装自己，直奔杭州，3月19日一举入城，浙江巡抚罗遵殿自杀。这时，江南大营果然中计，急调1万多人，由张玉良率领去救杭州。3月24日，李秀成见清军已到杭州，便留下旗帜作为疑兵，将主力悄悄撤走，迅速由浙西进入皖南，在建平各军将领会合。陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清、刘官芳等10多万人，分5路向天京进发。5月2日，太平军向江南大营发起总攻，城内太平军也乘机杀出。5月5日，陈玉成首先突破天京西南的清军长濠，毁敌营50余座。当天歼敌数万，江南大营被摧垮，残部退到镇江。
天京解围后，太平天国领导人又商议下一步的作战计划。陈玉成主张立即倾全力去援救安庆，那里正被湘军围困。洪仁玕主张先易后难，即先乘胜东下攻取苏州、常州，再回师西上救安庆。李秀成附和洪仁玕。最后，洪秀全批准洪仁玕的计划，令陈玉成、李秀成东下，规定以1个月为限，然后即返师西上。
陈玉成、李秀成大军于5月15日从天京出发东征，19日攻克丹阳，歼灭江南大营残部约万人。之后，陈玉成奉命渡江夺取扬州，东征战事由李秀成部进行。
李秀成率太平军于5月26日攻克常州，30日攻克无锡，6月20日攻克苏州和江阴。这样，东取苏、常的任务提前完成了。但李秀成不顾洪秀全1月为期的时限，擅自决定进取上海。他统率大军6月15日克昆山，接着攻占太仑，嘉定、青浦，7月1日攻克松江，兵临上海城下。这时，苏南除上海一地，全归太平军掌管。盘踞在上海的外国侵略者一片惊慌。
英国公使卜鲁斯、法国公使布尔布隆，于5月26日悍然宣布保护上海，阻止太平军的前进。6月2日，在苏松太道吴煦、买办杨坊等的支持下，美国退伍军人华尔招集一批外国人组成“洋枪队”，帮助清军对抗太平军，于7月16日夺取了松江。不久，洋枪队改由中国人为兵，外国人为官。8月18日，李秀成以3000兵力进攻上海，尽管他事前向外国驻上海官员通知进攻日期，请他们不要干涉，但结果遇到英、法军队的面对面阻挡。李秀成缺乏思想准备，便放弃了上海，带大军去嘉兴，到9月才回苏州。这时，还超过洪秀全规定的回师时限三个月，严重贻误了西线的战事。
在江北、江南大营再次被摧垮后，清廷不得不全力依靠曾国藩，1860年8月任命他为两江总督，并任钦差大臣，督办江南军务，节制大江南北水陆各军，事权划一，湘军的势力从此膨胀起来。