在太平天国努力克服因内部动乱而造成的政治、军事危机时，它所面对的敌人却变得强大了。1861年北京政变后，西太后控制了清政府，她不惜出卖国家主权以换取侵略者的支持，在“借师助剿”的口号下，与外国侵略者实行军事合作，共同镇压太平天国革命。外国侵略者在第二次鸦片战争后，通过《北京条约》从清政府手中攫取了中国的大量权益。现在侵略者已完全确信，扶植清政府，帮其镇压农民起义，是完全符合殖民主义利益的。
1861年8月，“洋枪队”改组，以欧美人为军官，中国人为士兵，这样兵源扩大了，这支军队很快扩充到2000余人，并配备了当时最新式的西洋火器。英国驻华侵略军司令何伯正式检阅了这支中外合作的反动武装。在改组洋枪队几个月后，英法侵略军也从天津调往上海组成了一支1700余人的外国干涉军，由何伯与法国海军上将卜罗德指挥。
清政府也相应加强了在上海和浙江战场的力量，1861年11月任命曾国藩节制苏、皖、浙、赣四省军队，又命左宗棠援浙江，李鸿章援上海。1861年9月，李秀成从武汉东退，率大军又进入浙江，12月底攻克杭州，次年1月初，太平军第二次进军上海。何伯率英法军，华尔率洋枪队，配以新式炮船，对高桥太平军阵地进行猛烈轰击，随即发起疯狂的冲锋。结果太平军在敌人优势火力攻击下退出高桥。此后2月至4月间，太平军和外国侵略者又进行了几次激烈的战斗，太平军损失严重，向上海的进军受到挫折。清朝封建官吏、豪绅欣喜若狂，把洋枪队誉为“常胜军”，扩充到4000余人，昼夜训练。
5月6日，英、法、俄侵略军及华尔洋枪队攻击青浦。12日晨，青浦城被攻破，守城的太平军全部惨遭杀害。同时，外国干涉军还侵占了太平军驻守的嘉定、奉贤等地，并大肆抢掠屠杀。
李秀成得知前线失利，便率领万余精骑，从苏州火速增援太仓，目的是击溃围攻太仓的敌人。于是，使太平军转败为胜的战役——太仓之役，在5月中旬爆发了。经过两天激战，敌军全线崩溃，摧毁清军30余座营盘。与此相呼应，太平军又在奉贤南桥战役中击毙了法国干涉军司令、海军上将卜罗德，太平军乘胜追击，再次攻克嘉定、清浦、南翔等要地，并活捉常胜军副统领法尔斯德，大长了中国人民的志气，大灭了侵略者的威风。在太平军的一连串沉重打击下，侵略者不可一世的样子不见了，龟缩在上海不敢出战。
李秀成虽然在上海周围取得了一些胜利，但湘军对天京的围困却愈来愈紧。洪秀全一日三次派人到松江告急，命李秀成火速回师援救天京。1862年6月，李秀成遵命撤围回天京，在上海的清军和侵略军得到喘息之后，立即进行反扑。太平军留守部队在慕王谭绍光的领导下，击退了敌人的进攻，并一度迫近上海近郊。
在浙江宁波战场，当1861年太平军向宁波进军时，英国公使卜鲁士即写信给何伯，要求英军协助清军防守宁波。英国海军“遭遇号”舰长亲自帮助宁绍台道张景渠制订具体的防守计划，法国驻中国的陆海军军官出也亲到宁波活动。但他们的布署尚未完成，太平军已迅速迫近城郊，干涉者只好在太平军规定的时间内撤出了宁波城。1862年5月，英、法侵略者又提出无理要求，要太平军撤出宁波城，在遭到拒绝后，就出动军舰6艘、陆战队400余人，和清军一道进攻宁波。太平军坚决予以还击，给侵略者造成重大伤亡，击毙了法国舰队司令耿尼和英国舰长。在大量杀伤敌人之后，太平军撤出宁波。
侵略者在遭到重创后深感太平军不好惹，亲自出马并不能占多大便宜，便仿上海洋枪队成例，组织了“绿头勇”（中英混合军）、“常捷军”（中法混合军）。这样，中外反动派又在浙江战场上组成了联合武装体系，即外国干涉军、清军、中外混合的洋枪队。
由于李秀成率太平军主力回援天京，江、浙地区防御力量减弱，侵略者和清军加紧从西侧进攻苏州、杭州。守城的太平军毫不畏惧地抗击围攻。英国驻宁波领事夏福礼普公使向鲁斯报告说：“太平军将领宣称他们丝毫不怕我们，并且在准备和我们打一仗，以决雌雄。”
1862年9月，在慈溪战役中太平军击毙了恶贯满盈的华尔。接任“常胜军”统领的是美国人白齐文。1863年3月，改由英国军官戈登为统领。英侵华军司令士迪佛立与李鸿章就“常胜军”有关事宜订立了“协议十六条款”，规定该军的调遣、作战、人选等重大问题，均须取得英、法两国同意。这样，英、法侵略者就牢牢控制了“常胜军”。英籍军官大批参加这支混合军。戈登是个穷凶极恶的家伙，他与李鸿章淮军联合，对太平军发动反扑，从1863年5月起，陆续攻陷太仓、昆山、吴江，继而进犯苏州。戈登参加过英、法侵略军进攻北京和抢劫焚毁圆明园的暴行，在江苏带领“常胜军”与太平军作战时，腿部被打伤。这个身带枪伤的殖民主义分子，后来跑到非洲苏丹，在镇压当地人民起义时被打死。清政府赏赐他的“黄马褂”，至今还保留在苏丹博物馆，成为殖民者罪行的见证。
1863年初，镇守常熟的太平军将领骆国忠叛变，向敌人献城。于是，苏州就成为敌人的重点进攻目标了。
苏州太平军在慕王潭绍光的领导下，尽力固守苏州的外围据点，同时在苏州修建坚固的城防工事。在外围据点的争夺中，“常胜军”头子戈登不得不承认太平军“打得很好，他们坚持抵抗到最后”。在保卫苏州城的战斗中，潭绍光英勇善战，指挥守军多次打退敌人的猛攻。敌人损失惨重，苏州依然在太平军手中。
然而，堡垒最容易从内部攻破。守将纳王郜永宽等8个将领却对太平天国前途失去信心，准备叛变投敌，献出苏州城。1863年12月4日，谭绍光通知纳王郜永宽、康王汪安钧等人到慕王府开会。会议中，身藏匕首的汪安钧霍然拨刀而起，慕王惊愕，问他想干什么。汪安钧冲到慕王面前，往他颈上猛刺一刀，慕王倒下了。第二天，叛徒们将谭绍光首级送到清营，献城迎接清军，使敌人轻易得到苏州城。
李鸿章并不怜惜太平军叛徒，12月6日，他在军营大摆宴席，招待8个降将，席间将他们当场斩首。接着李鸿章又下令大规模屠杀8降将的部下，二、三万无辜的太平军被屠杀，城内居民被赶出苏州，商铺民财被抢掠一空。
苏州丢失后，太平天国在东线只有常州、湖州、嘉兴、杭州等据点，而常州是其中枢要道，李秀成派护王陈坤书率太平军精锐据守。1864年2月，李鸿章请来戈登“常胜军”“助剿”。戈登出谋划策，先取宜兴、溧阳“切断太平军北援常州之路”，使常州孤立无援。戈登率“常胜军”攻陷溧阳、宜兴后，于4月中旬会同10多万清军向常州发动进攻，连毁太平军城外营垒20多座。“清军曾经三度在常州城下被击溃，虽然其中两次是在外国炮兵分遣队和教练军（即常胜军）的帮助下攻城，但守军英勇抵抗，仍旧屡次解除了常州之围”。
相持到4月24日，李鸿章和戈登联合发起总攻，用火炮轰开城墙。太平军冒着炮火，殊死堵截，斩杀甚多，敌人被迫退却。第二天，“常胜军”又组织新的攻势，炮火更猛，“戈登军全线呐喊，清军鼓噪应和，两处冲锋部队迅速冲了上去。英军分遣队第三联队发动了突袭，英军第六十七联队温斯丹莱率旗手执军旗冲上缺口，其他军官们率士兵聚到他们的周围与守军白刃肉搏。在这紧急的时刻，护王身先士卒，作殊死之战。这个勇敢的首领重新鼓起士气，他率领着全部没有负伤的兵士奋战，攻城军开始废弱下来，终于被迫退回。此时，攻城军停止了进攻，抬回伤亡将士，其中包括27个欧洲军官，400个英军分遣队士兵和1500名左右的清军”。5月11日常州失守，护王陈坤书指挥巷战到最后，“敌人把他击倒在地，可是在他倒下去之前，许多敌人已死在他那柄大刀之下，他仍旧与自己的命运相抗。”5月30日《中国邮报》报道说：“（敌军）十个兵士捆住了他（护王）的手，他才被擒。他被押到抚台面前时，拒绝投降，拒绝对抚台表示任何恭顺，他说：‘嗯！要是没有教练军（常胜军）的帮助，抚台的全部军队也不能从他手中攻下这座城市’。”
常州战役是天国后期一次规模宏大、杀死杀伤侵略者甚多的保卫战，显示了太平军在洋枪洋炮洋鬼子面前决不屈服的民族英雄气概。
在浙江战场，太平军在绍兴打死“常捷军”头子勒伯勒东后，1863年3月退出绍兴，集结在杭州。10月，闽浙总督左宗棠湘军1万多人与“常捷军”1500人，联合进攻杭州。1863年底，“常捷军”头子德克碑用炸炮攻打凤山门，城塌3丈，太平军以肉搏战挡住“常捷军”冲击。这次战斗杀死杀伤洋鬼子几百人。杭州太平军坚守孤城半年，粮草弹药耗尽，军心涣散。叛徒比王钱贵仁带1000多人投降清军。1864年3月31日，杭州失守。汪海洋率一部分守城太平军出杭州武林门，退守德清。1864年上半年，浙江战场已经瓦解，太平军除一部分坚守湖州，大部分退入江西境内。清政府以提督衔赏德克碑，表彰他屠杀中国人民的“战功”。
外国侵略者和清朝统治者联合一起绞杀太平天国运动，说明中外反动派是一丘之貉，说明外国侵略者是中国腐朽落后势力的帮凶，是追求幸福自由进步的中国人民的死敌。而太平军将士与外国侵略者的浴血搏斗，揭开了近代中国人民反帝反封建斗争的辉煌篇章。