1856年上半年，太平天国西征取得很大胜利，军事上进入全盛时期，这当然是与杨秀清的指挥分不开的。可是杨秀清却被胜利冲昏了头脑，权力欲望恶性膨胀，已不满足于一人之下，万人之上的地位，急于夺取洪秀全的宝座，而洪秀全则表面敷衍，背地则调兵遣将抢先下手，这场天国领袖间的内讧使太平天国元气大伤，从此走了下坡路。
杨秀清对太平天国运动的发展有突出的贡献。金田起义前，他是个农民，在农闲时烧炭换钱，经历过极贪穷的生活，为人刚毅坚强。参加拜上帝教活动后，成为骨干分子。在冯云山被捕、洪秀全去广东的情况下，他机智地自称“天父”附身，传言会众，稳定了队伍。事后，洪秀全看到这套“下凡附身”的办法已为群众相信，并可以用来鼓舞士气，便予以承认。但这样一来，在神权上杨秀清高于洪秀全，因为“天父”（皇上帝）是拜上帝教的最高权威，洪秀全不过自称是“天父”的次子。洪、杨矛盾的隐患便埋下了。
在初期，杨秀清借“天父”诏旨，宣布洪秀全“出一言是天命”，即要太平军将士无条件听从洪秀全的话，洪秀全的话是代表天说的。注意维护洪秀全的最高领导人地位。
杨秀清还借天父下凡，清除内部敌人。如1851年秋借天父诏旨杀动摇军心的黄以镇，冬天又托天父下凡，审讯叛徒周锡能。杨秀清的这些活动，把洪秀全宣传的“神妖对立”、“天父万能”思想，进一步通俗化、具体化，把拜上帝教的信仰和现实斗争更紧密的结合起来，使群众可以理解和接受。
这些都说明，杨秀清代天父传言是与洪秀全的想法、愿望相配合的。
但定都天京以后，情况改变了。洪秀全明诏众官说：“尔为官者，须知尔东王所言。即是天父所言也，尔等皆当欣遵。”这就是说，杨秀清即使不借天父下凡，他说的话也是天父的意旨。而杨秀清再假托天父附身时，是意在树立自己的权威，贬低洪秀全的权威。1853年12月，为了天王府有4个女子在雨雪中挖塘之事，杨秀清假借天父下凡，要杖责洪秀全40。显然是有意让洪秀全难堪，在众官面前表明洪秀全虽贵为天王，但却要受制于自己。1856年8月中旬，杨秀清又借天父下凡，召洪秀全到东王府，要洪秀全封自己为“万岁”，儿子也为“万岁”，这就等于要洪秀全让位。
洪秀全岂肯拱手让位。他当面欣然同意杨秀清的要求，并说在杨秀清生日（阴历八月二十五日）那天正式举行封典。暗地却密诏当时在江西的韦昌辉、在湖北的石达开、在镇江的秦日纲潜回天京杀死杨秀清。
9月1日深夜，韦昌辉与秦日纲率兵包围东王府。次日凌晨，韦、秦带随从入东王府，杀死尚在睡觉的杨秀清。
由于杨秀清长时间位高权重，部属亲随众多。韦昌辉为不留后患，竟残忍地发动一场骇心听闻的大屠杀。先是将东王府内的男女老少不分清红皂白统统杀死，接着又设毒计，将天京的杨秀清部下各级文武及其家属残杀。大屠杀持续两个月之久，被杀者达二、三万人，天京到处是血腥气。
9月中旬，石达开回到天京，指责韦昌辉滥杀。韦昌辉对石达开又起杀心，石达开连夜逃出城。韦昌辉将城内石达开的家属全部杀死。石达开回到安庆，调集精兵4万，宣布讨伐韦昌辉、秦日纲，要求洪秀全处死韦、秦，否则大军回京靖难。洪秀全袒护韦昌辉，韦昌辉也积极备战。但石达开平息内乱是正义行为，代表了绝大多数太平军将士的愿望，归附石达开的人越来越多，韦昌辉越来越孤立，成为众矢之的。洪秀全见人心不可违，终于答应下诏诛韦。韦昌辉不甘束手就擒，又率队围攻天王府。天王府全体人员都动员起来投入战斗，激战中难分胜负。王府宫女扮成男装。吹起冲锋号，杀声震天。韦昌辉不明虚实，撤离天王府。这时全城戒严，到处搜捕，韦昌辉无处藏身。不出两天，韦昌辉终于在内桥栅口落网。韦昌辉及党羽、亲属200人被处死。秦日纲被擒押回天京处死。石达开于 11月底回天京主持政务，历时两个多月的内讧方告结束。
在这场内讧中，表面上是洪秀全胜利了，他保住了天王宝座，亲自掌握了政权，达到预期目的。但实际上他也是失败者，为太平天国——，他全部心血、理想的寄托，从此由盛而衰。他所宣传的天父、天兄，已无人再相信了，人心涣散，将士离心倾向严重，他虽耗费了心机，但仍指挥不灵。
由于杨秀清2万多精兵强将死于内江，造成天国人才枯竭，战争形势由主动变为被动，天京重被清军包围。