在日本3个月后，章太炎又回到了国内。他谢绝了各种邀请，径直回到了家乡，准备写一部60万字左右的《中国通史》。但他僻居乡里的这段时间，实际上并没有写什么《中国通史》，而是花费了极大的精力来修改《訄书》。
前面已经说过，“在某种意义上说，《訄书》一书的修订编排，堪称是章太言思想的晴雨表。”《訄书》在章太炎的一生中曾多次修订，而其中最有影、最具有革命色彩的版本就是这次僻居乡里所修订的。
这次实际上是章太炎第二次修订《訄书》，较之1900年初刻本，这次篇目由原来的50篇增至63篇，首尾篇都有所变动，更重要的是内容有了极大的变化。大段地删掉了改良主义色彩的文章，而加上许多革命倾向比较明显的文字。
总的说来，这部《訄书》虽然是一部论文集，但可分为4个部分，即前13篇可称得上是一部中国学术思想史，次17篇是哲学论文集，再次 25篇为典章制度篇，后 8篇为史书编著及人物评价。这部论文集最为典型的特色就是其浓烈的反对满清封建统治、反对帝国主义的革命思想，而且文章的论述充满了唯物主义思想和进化论的观点。可以说，这是一部极为重要的宣传革命的论著，是投向满清和帝国主义的一把匕首。后来在章太炎坐牢时，他的一条主要的罪状就是作《訄书》，由此可见《訄书》的革命效果。
但令人十分遗憾的是《訄书》的文字艰深玄奥，生冷怪僻之字满篇皆是，且一句数个典故，令人看后十分难解。其深奥到什么程度呢？举个例子吧，鲁迅是人人皆知的大文豪，并且还是章太炎的学生，但即便博学如鲁迅，对于章太炎的《訄书》也是蹙眉不已，认为读不懂，甚至于到底应该怎样句逗都弄不清，此书的艰深由此可见一斑。文字总是要让人读的，尤其是宣传文字，不让人读懂，或者说，不让人很轻易地读懂，其社会影响的实际效果自然受到影响。据当时人回忆，《訄书》出版后，销路很不好，就是明证。章太炎的博雅是他的长处，也是他的短处，每到提及这一点，不免令人感到几分遗憾！章太炎的斗士之笔本来可以发挥更大的作用的！
1903年春，章太炎受蔡元培的邀请，来到上海，到蔡元培创办的学校——爱国学社担任国文教员。
爱国学社是一所新型学校，充满了强烈的资产阶级民主色彩，洋溢着时代的新气息。在上课之余，每周都在张园举办一次时事讲演会，章太炎自然是其中一位极为重要的讲演家，不可或缺。每当章太炎演讲，都是大声疾呼革命，下面便是如潮般的掌声。
章太炎激烈地鼓吹革命，对于那些激进的革命青年自然也是倍加爱护和喜欢，尤其是对邹容、章士钊、张继这几位少年英豪，更是情投意合。这4位经常在一起相聚畅谈，情意相投，后来在章太炎的提议下，结为了异姓兄弟。其中章太炎年纪最大，邹容年纪最小，而且这两人虽然年龄相差了接近20岁，却是最为相得，邹容曾戏称章太炎为“东帝”，自称为“西帝”。
邹容早在日本的时候就开始动手写《革命军》一书，到上海后写成。全书虽然只有2万字，但文字通俗易懂，极具感召力。书中充满了资产阶级民主自由的气息，称革命是天演之公理、世界之公理，得之则生，失之则死。怒斥清朝列帝为“独夫民贼”、“无赖之子”。指出当时的清朝已经成为了列强的奴隶，而汉人则沦为奴隶的奴隶。必须彻底推翻清王朝的统治，建立一个独立、民主的“中华共和国”。全书如犀利出鞘的钢刀，将满清封建的统治剥得体无完肤，以其饱蘸（zhàn，把东西浸入水中，引申为以液体沾染他物）热情的笔喊出了“中华共和国万岁”的时代最强音！
邹容将刚脱稿的《革命军》送给尊敬的老大哥章太炎，请他过目并润色加工。章太炎仔细读过，被书中迸发的革命激情所深深感动，主动提笔为此书作序。序文中，章太炎充分肯定了《革命军》写作的特点，即言辞激烈，慷慨激昂，通俗易懂，是回响在昏昧世界中的振聋发聩的雷霆。读了这本书，哪怕是再糊涂的人，也会悔悟觉醒。如果以《革命军》作为反清革命的“先声”，必然会收到万众一心的动员效果，尤其是此书是如此的通俗，对于那些没有文化的粗人，更能收到其它著作无可比拟的启蒙教育作用。
1903年，《革命军》印成了单印本，并在倾向革命的《苏报》上连续发表了章太炎、章士钊等人的推荐文章，称之为“国民教育之第一教课书”。《革命军》迅速地在上海不胫而走，广泛流行。
章太炎为《革命军》做了序言，积极推荐这样一本令人读后“拔剑起舞，发冲眉竖”的好书籍的同时，他本人也对以康有为为代表的保皇派展开了猛烈的攻击，以他那支沉雄博雅的巨笔，搅起了革命群众心中的波潮，扫除保皇派的蛊惑的余毒，再度掀起了革命的汹涛。
义和团运动的失败使得绝大多数的人都由此看清了清政府卖国求荣的帝国主义走狗的丑恶嘴脸，尤其是慈禧为首的清政府无耻地宣称：“量中华之物力，结与国之欢心。”更是暴露了其真实面目，唤起了人民群众，使得许多人屏弃了改良主义的道路，进而转向追求革命，整个国内寻求革命的形势空前的高涨。
尤其是那些原来信奉康有为的学说、追随康有为忠心保皇的保皇派内部也产生了分化，甚至于像康有为的学生梁启超、徐勒这样的中坚分子也开始动摇，有了一些寻求革命的倾向。南北美洲华侨中的一些保皇会会员写信给康有为，向他述说了忠心保皇却惨遭杀戮的苦衷，并提出了向往革命的想法：“事势如此，不如以铁血行之，效华盛顿革命自立，或可以保国民。”
面对这样的形势，原来在戊戌变法中曾超过积极作用的康有为竟仍然死抱着光绪不放，坚持走保皇的改良的道路，竭力反对走革命的道路。不仅如此，这位在海内外有着巨大影响的领袖人物还利用自己的号召力，在1902年，康有为连续发表了《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立》及《答南北美洲诸华侨论中国只可行立宪不可行革命书》，竭力劝说那些已经倾向革命的人回转头，再走回头路。康有为以保皇派的党魁和海内著名文人的双重身份，再加上门徒遍天下，这两封信又写得十分有蛊惑和欺骗性，对当时的革命浪潮起了极为不良的影响，严重阻碍了资产阶级民主革命的发展。为此，章太炎义不容辞地与康有为展开了论战，以他那如椽（chuán）的巨笔，写下了著名的惊世之作——《驳康有为论革命书》。
康有为的信中，首先指出要将慈禧太后为首的顽固派——后党与光绪皇帝区分开来，并且分析了后党必将失去政柄、光绪一定复辟，并竭力论述了中国不可实行革命的四大理由，即革命残酷，中国国情特殊，革命必然招致外国干涉以及光绪享有天命，足以能变法以强国等。在信中，康有为还闭着眼睛说瞎话，说什么满汉早已平等，并大肆攻击革命派反满是“大怪不可解”。最后，康有为得出结论是中国只有实行立宪，绝对不能实行革命。
1903年上半年，章太炎写下令《驳康有为论革命书》，针对康有为信中所阐述的，逐条地加以驳斥。
文章开头，章太炎一针见血地指出了康有为所鼓吹的“只可立宪，不可革命”，绝非是为了国家和人民，而是为了自己的升官发财。如此欺骗性的言论出自自称“圣人”及“教主”的海内名士之口，必须加以驳斥。
首先，章太炎以铁的事实揭露了清王朝统治下的满汉矛盾的尖锐，并列举了从清初的“扬州十日”，直到前几年的捕杀戊戌变法的维新志士的血淋淋的事实。章太炎直截了当的指出，甚至于你康有为不也亲身遭受清廷迫害而流亡海外吗？如此还说什么满汉已经平等，岂非是昧着良心的反动言论！
其次，章太炎深刻地分析了光绪皇帝之所以能赞成维新，无非是为了保住自己的皇位，增加与慈禧抗争的筹码而已。并驳斥了康有为所鼓吹光绪的所谓“圣仁英武”的观点，指出，将来光绪如果一旦上台，也必定是一个残杀维新党人的独裁暴君。
再者，章太炎指出在当前这样的形势下，即使实行所谓的“立宪”，也不能解决民权问题，仍是封建专制的天下。 因为在这样的体制下，上院的控制权必然是掌握在满清贵族的手中。
对于革命要流血的问题，章太炎予以了正面的回答。他辩证地分析了立宪与革命的难易问题，指出革命是免不了要流血的，但若实行立宪，必然是流更多的血，而绝非是康有为所说的不流血，那是天真已极的幼稚之言。而康有为所竭力鼓吹的光绪有天命纯粹是无稽之谈，何况革命是靠人力而非那无稽的天命。推说中国国情特殊而拒绝革命是不明中国历史的谬论，革命是一个不断进化的学习过程。当然，革命必然要与外国发生冲突，但我们可以利用自己国家的有利方面，与之抗争；而且外国也是势得的很，革命稍有成功，外国也必然要承认中国的现实。
逐条驳斥了康有为的谬论之后，正告康有为：20余年来，你围绕着“富贵利禄”，经常改变自己的政治主张，你的那一套已经蒙混不了人了。如果悬崖勒马，赞助革命，还会造就非凡的功业；否则，必将名实俱失，为天下人所耻笑！
应该指出，《驳康有为论革命书》是一篇极为重要的政论文，精彩至极！它闪烁着资产阶级民主革命的耀眼光芒，是对已往的革命思想理论的总结和集大成之作，更为今后革命的发展吹响了进军的号角。可以说，它在资产阶级民主革命史上，是一篇与邹容的《革命军》相媲美的姊妹篇。
这篇文章，不仅气势磅礴，思维敏捷，条理慎密，观点鲜明，立论坚实，而且旁征博引，时而激昂痛斥，如决泻之大河，奔腾千里；时而娓娓劝说，如潺潺的小溪。文笔之生动犀利，感情之充沛激昂，理论的深邃精深，的确非常人可比！具有极其强烈的感染力和说服力。
这篇文章写好之后，章太炎特意着人将它带到香港，要交给康有为，但未能如愿。1903年6月，《驳康有为论革命书》与《革命军》同时付梓刊行，不到一个月，就被抢购一空。当月，《苏报》又以《康有为与觉罗君之关系》为题，摘录发表了章太炎的《驳康有为论革命书》一文，更是扩大了此文的影响范围。在全国引起了极大的反响。
这篇文章之所以取得了如此巨大的成功，而非如《訄书》一样滞销，固然有此文极其鲜明的针对性及深邃深刻的革命理论的因素，还有一个原因就是此篇文章的写作风格有所突破。
与章太炎历来的风格，诸如《訄书》等文字有所不同的是，这次所写的《驳康有为论革命书》是一篇十分精彩的散文，一反其玄奥难懂、生冷怪僻的文风。这可以说是章太炎的一次突破，更是一次辉煌。柳亚子曾称赞章太炎：“悲歌叱咤风云起，此是中国玛志尼！”将章太炎比做意大利著名的资产阶级革命家、民族解放运动中民主共和派的领袖——玛志尼，这个比拟一点都不过分。此时的章太炎的确用他手中的如椽巨笔，奋袂攘臂，叱咤风云，横扫浮云，将沉睡的中国唤醒。
《驳康有为论革命书》的发表，如重磅炮弹一般，轰得改良派的阵营大大分化与动摇，引起了极大的反响。特别应该指出的是：章太炎的这篇文章对于那些向来不接受和反对革命的封建士大夫的震动尤其巨大。这里有当年同盟会的会员汪东的一段回忆文章，可以清楚地看出章太炎文章的巨大影响力及实际宣传效果：
尤其太炎的文辞渊雅，立论以经史为根据，这样就使当时的士大夫在思想上发生了很大震动。我记得我十几岁的时候，跟着祖父住在镇江训导衙门里。我祖父已将近80岁了，常常严厉教训我们不要为革命“谬论”多鼓惑。我却从别人手中弄到一本登载《驳康有为书》的《国民报》，偷偷地把它放在祖父桌上。祖父看见了，仔细地读了一遍，便问我：“这是你拿来的吧？”我一口承认了，原准备大受责备，谁知祖父却笑着道：“这篇文章很有道理。”于此可见文字宣传，要针对不同的对象，因人说法，收效才大。（汪东《同盟会和（民报）片断回忆》）
从某种意义上说，虽然邹容的《革命军》与章太炎的《驳康有为论革命书》同为宣传革命的代表之作，但他们是代表了不同的针对面的。邹容的《革命军》以其通俗易懂更易为广大民众所接受，而章太炎以其深厚的功底和深邃的哲理，而对那些比较顽固的分子有着更强烈的说服力，这是《革命军》一书所无法企及的。