蔡元培是各种恶势力的敌人，同时又是革命者的朋友。他对恶势力充满无限的恨，对追求真理、勇于献身的革命者与爱国者又充满无限的爱。被他拯救、保护过的革命者与进步人士同样是很多很多。
1930年10月，毛泽东的亲密战友和夫人、共产党员杨开慧，因叛徒告密，被湖南长沙警备司令部逮捕，在狱中受尽酷刑，坚贞不屈。她60岁的老母亲以及哥哥、嫂嫂在上海找到蔡元培，希望他帮忙营救。蔡元培立即联合了几位社会知名人士，联名打电报给湖南军阀何键，希望能保释杨开慧。但是，反动透顶的何键收到电报后，竟采取阴险狠毒的手段，决定立即枪杀杨开慧，然后复电，推说电报来迟了。同年11月，著名学者罗隆基因为批评国民党，在上海被逮捕，蔡元培想法设法将他救了出来。第二年初，胡也频又在上海被捕，文学家沈从文赶到南京，找到正在出席会议的蔡元培，请他设法营救。不久，胡适从北京来信，告诉蔡元培：“胡也频事，承营救，他的朋友都很感谢，但他已被枪毙了。”8月，邓演达遭被捕，蔡元培同样进行了营救工作。像这样的营救工作，蔡元培真不知做了多少，虽然有些没有成功，但蔡元培是尽了力的。在这样的工作中，蔡元培深深感到，中国政治与社会的黑暗面太多，应该团结、组织起来，同各种黑暗势力做斗争。
民权保障同盟成立后，蔡元培不再是单枪匹马，而是同他的同志们一起，开展了营救左派政治犯以及因要求抗日而被捕的进步分子的活动，并派代表视察各地监狱的情形。他们先后营救过共产国际驻中国工作人员牛兰夫妇，共产党人和爱国民主人士廖承志、陈赓、罗登贤、许德珩、侯外庐、丁玲、范文澜、潘梓年、马哲民、陈藻英、余文化等著名人士。这是非常不容易的。
1933年3月14日，是马克思逝世50周年纪念日。蔡元培与陶行知、李公朴、陈望道、黄炎培、章乃器、叶恭绰等100多人在上海发起纪念会。由他领衔发表的纪念会缘起说：“50年中，马克思之学说所给予世界之影响至为重大，而50年来世人对于马克思，无论其为憎为爱，为毁为誉，而于马克思之为一伟大之思想家，为近世科学之社会主义之始祖，则殆无人否认。近年来我国以反对共产党之故，辄联而及于马克思之思想与学说，寝且言者有罪，研究者亦有罪。此种观念，亟应打破。”直接宣传马克思主义理论的科学价值。同一天，上海青年会举办科学社会主义讲座，蔡元培带头主讲“科学的社会主义概论”。1934年12月，他为《社会主义新史》一书作序，指出：该书“使读者公认此种运动，为人类普遍的要求，而决非一学派之所杜撰。”在当时国民党实行文化专制主义，桎梏思想，禁止宣传与“三民主义不相容之主义”的形势下，蔡元培带头发起纪念马克思的活动，宣传社会主义，是非常了不起的。
在共同的反帝反封建的斗争过程中，蔡元培与伟大的文学家、思想家和革命家、国民党反动派的眼中钉鲁迅结下了亲密友谊。“四·一二”政变后，鲁迅由广州流亡到上海租界，蔡元培聘请他做大学院特约著作人，使鲁迅有固定的生活收入。中国民权保障同盟成立的时候，蔡元培邀请鲁迅参加，并推举鲁迅做上海分会委员。1936年10月19日，比蔡元培小13岁的鲁迅不幸病逝。蔡元培不顾个人安危，担任治丧委员会主席，并亲自执绋（fú）送殡。在墓地举行葬礼，蔡元培致悼词，他说：“我们要使鲁迅先生的精神永远不死，必须担负起继续发扬他精神的责任来。”“我们要踏着前驱的血迹，建造历史的塔尖。”他撰写《挽鲁迅联》，写道：“著作最谨严，非徒中国小说史；遗言太沉痛，莫作空头文学家。”随后，他还出任鲁迅纪念委员会主席，积极支持出版鲁迅全集，并为《鲁迅全集》作序言，称鲁迅是中国“新文学的开山”，“蹊径独辟，为后学开示无数法门。”著名文学家郭沫若曾经评价说：“影响到鲁迅生活颇深的人应该推数蔡元培先生吧！这位有名的自由主义者，对于中国的文化教育界的贡献相当大，而他对于鲁迅始终是刮目相看的。鲁迅进教育部乃至进入北京教育界都是由于蔡元培的援引。一直到鲁迅的病殁（mò），蔡元培是尽了没世不渝的友谊的。”这是对两位伟人亲密友谊的恰当评价。