同各种恶势力展开顽强斗争，无私无畏地维护国家与民族的利益，维护人权，是蔡元培生命历程中的闪光一页。他所与之斗争的恶势力，既有国外的帝国主义者，也有国内的军阀反动派，以及蒋介石、国民党等各种反动人物与党派。
（一）向军阀开战。
蔡元培特别痛恨军阀，认为好端端一个国家，全让军阀们给糟蹋了。所以，只要有机会，他便同反动军阀进行顽强斗争。
1922年1月，工人领袖黄爱、庞人铨因为领导劳工运动，被湖南军阀赵恒惕杀害，他愤然写了《黄庞流血感言》一文，号召国人“完成两先生没有做成的事业”，“替两先生复仇”，“应该把赵恒惕来偿命”。他并且说：“我们后死的人，第一责任，是在劳工会里大大的尽力，叫每个劳工都有两先生的精神，使他们杀人的知道拔去一二个眼中钉，反增加了无数。”
1923年1月，北洋政府教育总长彭允彝借口金法郎案，非法要求逮捕无罪的财政总长、北京大学兼职老师罗文干。蔡元培对这种践踏人权的行径非常愤慨，当即发表《不合作宣言》，并提出辞职，表示：不能与干涉司法独立、践踏人权的教育当局再有任何关系。他当天就离开了北京，然后经上海去了欧洲。
类似这样的事例，还有许多许多。
（二）向帝国主义者开战。
蔡元培在国外多年，对帝国主义者的本质了解得比较清楚。他对帝国主义的仇恨，可以通过他在五卅运动之后的表现反映出来。
1925年5月15日，上海日本纱厂的资本家枪杀工人、共产党员顾正红，打伤工人10余人，激起工人、学生和市民的愤怒。30日，上海学生2000余人在租界内宣传声援工人，号召收回租界，被英国帝国主义逮捕100多人。随后，群众万余人，集中在公共租界南京路巡捕房门首，要求释放被捕者，高呼“打倒帝国主义”等口号，英国巡捕开枪屠杀，打死群众10余人，伤无数，造成震惊中外的“五卅惨案”。蔡元培在国外听到消息，愤怒的火焰填满胸膛。6月下旬，他致电北京大学及全国各团体，表示对运动“深以不能亲自参加为憾”，指出：应该立即废除帝国主义强加给中国的各种不平等条约。接着，他在德国汉堡撰写了《为国内反对英日风潮敬告列强》一文，并翻译成英、法、德3国文字，分送欧洲各国报刊发表，揭露帝国主义压迫、剥削与屠杀中国人民的事实真相，警告帝国主义不要干涉中国内政。后来，他还撰写了《五卅殉难烈士墓碑文》，高度评价五卅运动这一反帝爱国壮举，指出：运动使“英人在华之商业一蹶不振，中国被压迫群众对帝国主义者之肉搏，亦由此开始。中国民族在国际上之独立运动，五卅烈士，实开其端。”
（三）向国民党反动派开战。
国民党本来是孙中山先生领导的革命政党，为中国的旧民主主义革命作出过伟大贡献。蔡元培是国民党的元老之一，在党内具有崇高地位。1924年1月，中国国民党召开第一次代表大会。经孙中山提名，蔡元培被选为候补中央监察委员。对这一职务安排，孙中山解释说：“蔡孑民先生在北方的任务很重大，北方的政治环境与南方大不相同，他对革命的贡献是一般人所不易了解的。本党此次改组，不提他参加中央亦不好，使他在中央的地位太显著，对于他的工作反为不便。”尔后，在国民党历次代表大会上，蔡元培均被选为中央监察委员。
当蔡元培被选为国民党候补中央监察委员的时候，他正在国外。但是，他时刻没有忘记自己的政治责任，依旧积极支持并配合国内反帝反军阀的艰苦斗争。所以，1926年2月，他一回到国内，立即参加了讨伐军阀的北伐战争，在江浙一带从事组织工作。由于他刚刚回国，时间很短，对国内复杂的政治斗争形式缺乏深入了解，加之蒋介石的反动本性还没有完全暴露，所以，他对以蒋介石为首的国民党中的反动派也不太了解，曾经抱有希望，希望他们能使国家强大起来。1927年，蒋记国民政府在南京成立，他以元老身分授印。蒋介石与宋美龄在上海结婚，他又是证婚人之一。此外，他还担任了大学院院长、监察院长、代理司法部长、中央研究院院长等职务。
但是，南京政府成立后，对内大搞专制独裁，肆意屠杀共产党人；对外则妥协退让，成为帝国主义的走狗。其所作所为，很快就使蔡元培觉醒过来，对蒋介石也不再抱任何幻想，并开始分道扬镳（biāo）。他不同意国民党当局的对外政策，特别反对其残杀异己的特务政治，与之展开了不屈不挠的顽强斗争。
1932年12月17日，蔡元培和宋庆龄、林语堂、杨杏佛（名铨）等人在上海发起组织了进步团体“中国民权保障同盟”，并设上海分会与北平分会，公开与国民党反动派的法西斯统治对垒。宋庆龄任主席，蔡元培为副主席，杨杏佛为总干事。成立同盟的目的，就是为了反对国民党反动派的迫害，反对摧残法制、蹂躏民权的法西斯专制，保障人权，援助革命者，争取言论、出版、结社、集会等自由。蔡元培在中外记者招待会上说：“我等所愿意保障的是人权。既同是人，就有一种共同应受保障的普遍人权。”他表示，人权保障，第一没有党派的成见，第二没有国家的界限，第三对所有的人都一视同仁。
民权保障同盟的活动，很快被反动派视为眼中钉、肉中刺。污蔑、压制、威胁、迫害，接连而至。他们先是对宋庆龄、蔡元培发出警告，污蔑同盟是“非法组织”，又接二连三地向宋、蔡、杨等人投寄恐吓信，以暗杀相威胁。蔡元培顶住了这些压力，断然驳斥同盟是“非法组织”的谬论。不久，1933年6月18日，反动派果然下了毒手，在上海将杨杏佛乱枪打死。
杨杏佛被害后，蔡元培痛哭失声，悲愤交加。1小时后，他即来到出事现场视察，随即趋车转往广慈医院看望遗体。2小时后，他召开会议，商讨善后事宜，直到傍晚才散。第二天，不顾劳累，为杨杏佛主办了一切丧葬事宜，并亲自撰写祭文。杨杏佛入殓的当天，大雨滂沱，乌云滚滚，国民党法西斯放出继续杀人的风声，企图阻止蔡元培参加葬礼。但蔡元培没有害怕，没有屈服。他置个人生死于不顾，毫不犹豫地毅然来到万国殡仪馆，亲自主持吊唁与祭奠仪式，表现出正气凛然的大无畏气概。致悼词时，他老泪纵横，咽不成声。事后，蔡元培竭力妥筹对杨杏佛遗孤的抚恤工作，并推动中央研究院成立“杨铨社会科学纪念奖金”，作为对战友的纪念。但是，杨杏佛之死却使得民权保障同盟不得不停止活动。
血的教训使蔡元培由一位国民党元老，转变成为国民党反动派的反对者与批判者。他曾经对人发誓说：“从此不再进南京城了。”