伯颜是蒙古蔑儿乞部的贵族，一直得到蒙古草原宗王贵族的支持。他拥立元文宗，对稳定大都政局起到了很大的作用，因而一直在朝中有举足轻重的地位。后燕帖木儿家族败亡，朝政完全由伯颜所把持。
1335年，元顺帝宠信伯颜，又将年号“元统”改为“至元”。伯颜在最初担任丞相的时候，一心辅佐元顺帝，遵循旧章，提倡农事，并减轻杂役赈济饥民。但自从燕帖木儿家族败亡，伯颜专政之后，就开始了贪暴的行径，收受贿赂。
伯颜仇视汉人，自从专政之后就极力排斥汉人官员以及汉文化。尤其在专政之后，伯颜日益骄纵，引起了元顺帝的不满。伯颜的弟弟马札儿台早年跟随武宗和仁宗。元顺帝即位之后就任命他为太保，镇守北边。马札儿台有个儿子脱脱，自幼被伯颜所收养，在元顺帝即位之后任同知枢密院事。脱脱与一干大臣取得元顺帝同意后，于1340年封锁京师城门，驱逐伯颜。后伯颜在被贬途中病死，蒙汉之间的矛盾也越来越尖锐。
在元顺帝与脱脱等人除掉伯颜之后，马札儿台受封太师，继任为中书右丞相，脱脱则任职枢密院事，脱脱的弟弟也帖木儿则为御史大夫。马札儿台父子自此总揽军政大权。马札儿台在执政半年之后，被儿子脱脱以老病为由迫使辞职。1340年，脱脱任右丞相，宗正札鲁忽赤帖木儿不花为左丞相。在脱脱执政的期间，改变了伯颜的排汉政策，提倡文治和经史，从而争取到汉人官僚的支持。但蒙古贵族内部的争斗仍然在持续发展中。
1343年，原中书别儿怯不花为中书左丞相，与脱脱不和，1344年，脱脱受封郑王，辞去相位。阿鲁因成为新的右丞相。1347年，别儿怯不花成为右丞相，并陷害马札儿台，将其贬官，脱脱随父亲同去。到11月，马札儿台病死后，元顺帝再次召回脱脱。
1348年，元顺帝任命脱脱为太傅，次年恢复他为中书右丞相。在脱脱恢复相位后，对反对过他的官员进行了大肆报复，元朝廷中的臣僚们相继陷入互相的争斗中。
元朝廷的动荡和官僚的贪污使得元朝的统治不可避免地走向衰亡。自成宗以来，蒙古贵族间争夺皇位和争权夺利的斗争就从未停止，政治也极度黑暗，官场中贪污勒索成为公开的事情。并且自从世祖以来，元朝的财政问题一直都无法得到解决，而随着社会经济的破坏以及蒙汉贵族官员的贪婪挥霍，元朝的财政危机到元顺帝时期已经到了难以挽救的地步，元顺帝和脱脱企图用改造钞票的办法来挽救危机，但结果却反而加速了经济的崩溃。除此之外，元朝的军队由于军官按照惯例由贵族子孙世袭，而这些贵族与汉人杂居在一起，天长日久染上了许多坏毛病，日益沉迷声色，饮酒讴歌，一心只知道剥削敛财，甚至都不能够挽弓骑射，更别说领兵打仗了。
黄河的水患也是威胁到人民生计的重大问题，自1342年以来，黄河就连年发生水患，进而发生饥荒。河南、河北和山东等地方的灾民已经迫近死亡的边缘。朝廷发动十五万民工修治黄河水患，导致人民的负担更加沉重。虽然元朝成功地治理了黄河水患，但同时也加速了农民起义的到来。
农民大起义与元朝的溃亡
元朝末年爆发的大规模农民战争是从1351年颍州红巾军起义开始的，此次起义的发动者是白莲教的领袖韩山童。
韩山童被称为韩学究，以文人的面貌进行秘密的传教工作，并以白莲教作为联络工具来组织农民进行暗地活动，并作起义的准备。
这次起义作了周密的组织，并且也作了充分的舆论准备。自从隋唐以来，民间就流传着来自佛教净土的弥勒佛出世的传说，并且成为人民反抗朝廷统治的一个思想武器。韩山童也是利用民间广泛流传的传说来号召人们联合起来，推翻元朝的统治，并立新王。
韩山童和刘福通等人提出了恢复宋朝的口号，刘福通等还倡言韩山童是宋徽宗的八世孙，这让韩山童充当起义领袖的理由更加充分了，并且也为韩山童铺垫了充足的出任新皇帝的根据。和此前多次农民起义一样，韩山童、刘福通和杜遵道等人在起义之前也充分制造了谶语，并四处传播，提出“天下反”的口号。除了组织白莲教的教徒以外，还鼓动广大人民进行全国大规模的起义。韩山童和刘福通等起义者们头缠红巾作为标志，并高举赤旗，故而也被称为红巾军，或红军、香军等。
1351年，刘福通等三千人在颍州境内聚会，准备起兵造反，结果由于泄露了消息，导致官兵前来追捕，韩山童被捕牺牲，其妻儿逃走。由于计划遭受意外的破坏，刘福通和杜遵道等立即起兵，攻下了颍州城。红巾军声势浩大，各地民众也相继起来响应，形成了江淮地区红军遍地的蓬勃局面。
同年8月，刘福通攻下颍州向河南一带进军时，徐寿辉和彭莹玉等人也在蕲州起兵，起义军将徐寿辉推举为皇帝，邹普胜为太师，并建号天完，年号“治乎”。徐寿辉等人所领导的天完起义军也同样以红巾为标志，与刘福通和杜遵道等人所领导的起义军共同成为农民军中的重要力量。
在刘福通起义之后，萧县人李二，人称芝麻李，与赵均用等人歃血为盟，在徐州发动了武装起义，得到了迅猛的发展，农民军占据徐州对于元朝政府构成了极大的威胁。邓州王权，人称布王三，则在1351年底与张椿等人发动起义，攻陷了邓州、南阳，进而攻占了唐、嵩、汝等州，被称为北琐红军。襄阳孟海马等也发动起义，攻占了襄阳，并进军荆门、房州、均州、归州和峡州等地，被称为南琐红军。濠州郭子兴是当地白莲教的首领，也于1352年领兵起义，攻占濠州。濠州钟离县，一个当时看起来极其普通的农家子弟就在1352年郭子兴起兵时参加了红巾军的队伍，这个人就是朱元璋。
在刘福通和杜遵道等人发动起义之后，仅仅数月，各地的红巾军都先后起兵，队伍不断壮大。垂死的元朝统治竭尽全力开始调动蒙汉诸军，对起义军展开了大规模的反攻战。各地地主豪强为了扞卫自己的利益，也纷纷组织武装起义配合朝廷对农民进行武装镇压。
1351年，元顺帝派遣大军对起义军进行镇压，红巾军打击了元军势力，但随即却遇到另一支强劲的敌军——颍州沈丘的地主察罕帖木儿。察罕帖木儿于1352年组织了地主武装，并与信阳的汉人地主李思齐的武装组织相联合，共同出击红巾军，攻下了刘福通所占领的罗山。元朝授予察罕帖木儿汝宁府达鲁花赤，李思齐则任职汝宁府，察罕帖木儿地主武装日益壮大，成为红巾军的重大威胁。
1352年，元顺帝派兵进军徐州，镇压李二所领导的红巾军。徐州城破，李二被俘，其军中领袖彭大和赵均用率领着残余部众去往濠州，与郭子兴等部会和。元军成功镇压了徐州的农民起义后，继续攻打濠州，但未成功。濠州解围之后，彭大自称鲁淮王，而赵均用则称永义王。1353年，元朝调动了各路兵马对天完红巾军展开了大规模的围剿，天完红巾军几乎全军覆没，只有欧普祥部仍然占据袁州，与元军相抗衡。
在1352年和1353年间，元朝廷和各地地主武装相互联合，大举镇压了农民起义，各地的起义军都遭到了严重的挫折。元军和地主武装集团的奋起反扑使得农民起义不得不转入低潮。然而起义却并未因此而湮灭，而是酝酿着新的高潮。
1354年，张士诚在高邮建立了政权，自称诚王，国号“大周”。1354年，元朝廷出兵围攻高邮，大败，张士诚占据高邮，把住要冲，成为元朝的心腹大患。元顺帝随即抽调攻打徐寿辉的军队转而攻打高邮，濒临失败的徐寿辉部得到了解围，从而重整旗鼓。同年9月，丞相脱脱集合了大军亲自率部攻打高邮，围困张士诚军队三个月，张士诚军中开始议论出降。元顺帝却在此时突然下令罢免脱脱，战局再次出现了新的变化。
脱脱被罢免缘于朝廷长期以来的内部纷争。脱脱在1349年恢复相位之后就对旧怨进行了打击报复，并与中书右丞哈麻不和。元顺帝第二位皇后奇氏与哈麻合谋想要立自己的儿子为太子，遭到了脱脱的反对。在奇氏、太子和哈麻的弹劾下，元顺帝终于1354年11月罢免了脱脱的官职，次年又将脱脱流放云南，也帖木儿流放四川。后哈麻派遣使者毒害脱脱，自己成为丞相。
攻打高邮的军队原本是脱脱从各地调集而来的，在脱脱被罢免之后就纷纷离去了，一部分没有地方投附的军士甚至倒戈加入了红巾军。结果，元军在即将胜利之际却迅速瓦解，而起义军在面临失败之际，竟反而很快走向复兴，原本处于低潮的农民战争又形成了新的高潮。
1354年，郭子兴的部将朱元璋攻占了溆州，自成一军。彭大和赵均也攻下了泗州，郭子兴乘机从濠州发动进攻，次年便攻下了和阳。朱元璋曾陆续收并了各地的地主武装，并改编成为起义军。此后朱元璋又合并了巢湖红巾军的水师，廖永安和俞廷玉等人也都投靠了朱元璋。朱元璋又得到了儒士夏煜、杨宪和孙炎等十余人作为谋士。在攻下集庆之后，朱元璋将集庆改为应天府，并以此为中心发展了一支强大的军事力量，但名义上依旧尊奉着大宋旗号。随着军队的壮大和发展，朱元璋逐渐独立成军。
农民起义风起云涌，而元朝的统治集团却并未因此而团结起来，统治集团的内部依然纷争不断。
在元顺帝罢黜脱脱之后，哈麻得势，哈麻的弟弟雪雪也担任了御史大夫一职，哈麻兄弟得以操纵朝政。1356年，哈麻密谋要拥立皇太子为帝，逼迫元顺帝退位为太上皇，结果有人告密，元顺帝免除了哈麻兄弟的官职，并将其赐死。在哈麻兄弟失败以后，曾跟随脱脱镇压徐州红巾军的搠思监得势，后被罢相，总领山东兵抵挡大宋农民起义军。
而皇室中，元顺帝自从即位开始就怠于政事，到农民起义大盛，元朝危在旦夕之际，也依旧沉迷于宫廷享乐之中。奇皇后和太子则朝夕密谋着篡夺皇位，而朝中的大臣们为了自己的利益无休止地进行着斗争和厮杀，元朝的统治日益腐败，回天乏力。
衰败的元朝不得不改变排汉的政策，鼓励和倚靠汉人地主的武装前去镇压起义的农民军。这些与农民起义军为敌的地主武装，一类是由官府所领导的，编入了军中；另一类是地主豪强自行率领的武装力量。前一类中的主力是答失八都鲁所率领的官军。后一类中的主力是察罕帖木儿和李思齐所领导的军兵。
1356年，天完军在汉阳重建新都，丞相倪文俊迎徐寿辉为皇帝，但是背后却又想要杀徐寿辉自立为帝。1357年9月，倪文俊谋杀徐寿辉的阴谋失败，率领部众逃走。倪文俊的部下陈友谅乘机杀了他，兼并了其部众，自称平章政事。
1357年6月间，刘福通等人在农民起义军胜利的情势下指挥全军北上作战，掀起了北上灭元的战斗高潮。农民军以灭元复宋为号召，一时之间，巴蜀、荆楚、江淮、齐鲁、辽海以及甘肃等处都响应号召，拥宋灭元。
就在起义军北上作战之际，东南的张士诚却突然投降了元朝，并展开了为元朝镇压农民起义军的活动，成为大宋农民起义军的又一个敌人。当元军主力被吸引在北方战场和北上的农民起义军抗衡之际，徐寿辉等的天完农民军和朱元璋所领导的农民军在江淮地区有了喘息的时间，能够继续发展壮大。但同时，农民起义军各部之间的斗争也开始逐渐激化，逐步形成了互相厮杀的局面。
陈友谅出身渔家，父亲是个普通的渔民，很可能也是白莲教的信奉者。1358年，陈友谅带领兵马攻下了安庆、龙兴、瑞州等地，此后又相继攻下了建昌、赣州、汀州、信州和衢州等地，取得了重大胜利。后徐寿辉有意打算迁都龙兴，但陈友谅不同意。1359年，陈友谅伏兵杀了徐寿辉的部众，只将徐寿辉一人引入城中。1360年，陈友谅和徐寿辉攻打朱元璋，陈友谅乘机杀死了徐寿辉，自称皇帝，建号“汉国”，徐寿辉等领导的天完军覆灭。
1363年，陈友谅与朱元璋经过数次战斗后，朱元璋的军队战胜了陈友谅，次年正月，朱元璋在应天称吴王，李善长为右丞相，徐达为左丞相，常遇春、俞通海为平章政事，此时的朱元璋依然沿用大宋龙凤年号及红色旗帜，表示其继承了红巾军的传统。此后，朱元璋多方经营，不断扩充实力，并集中兵力攻打张士诚。到年底的时候，朱元璋南征北伐两路大军都取得了胜利，中书右丞相李善长率领百官奏请朱元璋正式称帝。次年正月，朱元璋在应天府即皇帝位，妻子马氏为皇后，世子标为皇太子，建国号大明，年号“洪武”。朱元璋终于开创了一个新的王朝。
明王朝建立之后，朱元璋决意乘势攻取大都，灭亡元朝。元顺帝见大事不妙，与太子和妃子们仓皇北逃，朱元璋军队进入大都，宣告了元朝统治的灭亡。其后，朱元璋改大都为北平，以应天为南京。元顺帝出逃后立即对明军发动了反攻，未能成功，最后于1370年4月病死。朱元璋的胜利，揭开了时代的新序幕，明朝登上了历史舞台。
五、宋辽金元时代的文化——从学术到科技
宋辽金元时代是中国历史上各民族共同创造历史的典型时期，在此期间，农耕文化与游牧文化由冲突走向融合，不同民族、不同社会的文化由破碎再走向创新。无论是学术，还是科技，都走向了一个新的境界。
经学、哲学和理学
中国封建经济发展在宋代进入了一个新的阶段，相对应的经学和哲学也发展到了一个新的阶段。唐朝的孔颖达撰写《五经正义》结束了汉魏以来的儒家经学。唐朝以前的经学被称为“汉学”，宋以后的经学被称为“宋学”。
宋学的产生有很多原因，其中最主要的还是因为宋学最适合当时封建统治的需要，既能让统治阶级更好地剥削人民，又能提供有利的政治条件。另一方面也是因为汉学发展到唐代已经陷入了无法继续发展的困境。
唐朝末期，五代战乱，经学的研究已经长期中断，佛道二教仍然在南方诸国流行。宋太祖、宋太宗既尊崇佛道，也尊崇儒学，用于争取士人，稳定宋朝的统治，与学术无关。宋太祖时期校订孔颖达的《五经正义》，由国子监刻板印行。宋真宗笃信道教，但却也倡导儒学，命国子监祭酒邢禹撰成《九经疏义》颁行。大抵宋初至宋真宗的五六十年间，主要是在恢复唐朝的一统经学，以维护宋朝的中央集权的统治，在学术上并没有什么新创。
宋仁宗时期，科举只取前十名的制度已经培养出一批儒士，宋朝统治的矛盾开始渐渐暴露出来，各方名士都开始寻找改革方案，在学术方面也展开了新的探索。
孔子的原始儒学是统治者为政之术和修身处世之道，哲学思想极其贫乏，这种情况在汉学中并没有得到改善，直到汉学演变为宋学才变得哲学化，出现了理学。