在明宣宗时期，明朝对北边的军事部署主要以防御为主，求得边境的安宁。为此，在蒙古瓦剌与鞑靼的战争之中，虽然双方都希望得到明朝的支持，但明朝却一直保持中立，只给予两方安抚，却不直接介入。此后，瓦剌在战胜了鞑靼一族后日益强大，使得明王朝开始面临着新的威胁。
抗击外敌与皇位更迭
明宣宗在位不到十年就病逝了，遗诏传位给九岁的太子，即明英宗。明英宗奉诏即位，改明年年号为“正统”。由于明英宗年纪尚幼，群臣请太皇太后垂帘听政，但太皇太后不肯坏祖宗章法，故而将朝政委托给了内阁诸臣。
在太皇太后信任老臣子，并限制宦官外戚干政的政策下，小皇帝即位之后的政局得以保持稳定，但与此同时，南北边境却相继发生了战事。
明太祖时期，在平定云南之后，设置了麓川平缅军民宣慰使司。在明英宗即位之后，思任发继任为宣慰使，自己称王后南侵缅甸，1438年，进一步侵略了云南腾冲、孟养等地。思任发节节胜利，后于1440年7月派遣使者向明朝廷进贡。对此，朝臣们持两种意见，阁臣杨士奇和刑部侍郎何文渊等主张宽赦，与思任发休战；英国公张辅则认为，如果不诛灭思任发，就是向边境的各个部族示弱。最后明朝廷派兵征讨麓川。
1441年末，思任发逃往缅甸，明军班师回朝。明军班师后，思任发又返回云南。1442年，明英宗再次派遣大军讨伐思任发，次年，思任发再次败走缅甸。1445年，云南千户王政偷偷贿赂缅甸，缅甸将思任发交给王政带回云南，思任发在途中绝食而死。
在明英宗期间，朝廷中对于麓川和蒙古的对策有两种不同的主张。杨士奇和何文渊等人主张宽待麓川，主要防御蒙古，而张辅和王骥等人则主张重点集中兵力去攻打麓川。1442年，太皇太后病死，东宫太监王振开始日益干预政事，其势力也日渐强盛。对于麓川和蒙古的问题，王振极力主张南征。明朝的宦官干政就是始于王振，操纵锦衣卫杀害大臣也始于王振。在王振的极力主张下，明朝廷在北边的防务开始日渐虚弱。而此时，在瓦剌脱欢死后，其子瓦剌也先承嗣其位，并一步步准备侵犯明朝。但此时，明英宗君臣一心放在南征麓川上，对也先的侵犯完全不加防范。
麓川在思任发死后，其子思机发依然贼心不死，在缅甸掠夺牛马财物。1447年，明军再次征伐麓川，次年，思机发败走。此后，思机发不知所踪，有传说他已经死于乱兵之中。1449年，明军班师回朝。
就在南征战争刚刚结束之后，蒙古瓦剌一族发动了对明朝的大举进攻。1449年，瓦剌也先以明朝曾许嫁公主却失信为由，对明朝发起进攻。明英宗率领五十余万大军从北京出发迎击瓦剌军，两军在大同交战，明军败走，后在土木堡再次与瓦剌军混战。混战之中，明英宗被也先军俘虏，明朝英国公张辅、驸马都尉井源等五十余人战死，明朝遭遇了建国以来最为严重的危机。
明英宗被俘后明朝廷无主，孙太后命明英宗的异母弟弟郕王朱祁钰负责监国，各地的军兵也陆续赶来，京师人心逐渐得到稳定。朝廷中依然有两派主张，翰林侍讲徐珵倡等主张南迁避难，而兵部侍郎于谦等人却坚决反对，太后与郕王采纳于谦意见，并命他备战，准备抗御瓦剌。于谦在当政后首先清除了王振一党，稳定了局势，激励群臣同仇敌忾，朝野上下为之一振。
在郕王受命监国之后，孙太后又立明英宗三岁的儿子为皇太子。后群臣共同请求太后立郕王为帝，以安定人心。郕王避让再三之后终于在群臣拥戴下正式即位为皇帝，即明景帝，尊明英宗为太上皇，将次年年号改为“景泰”。在即位之后，明景帝重用于谦等大臣，积极筹划抗击瓦剌军。在明景帝领导下，明朝君臣上下一心，抗击瓦剌的战争屡屡获得胜利，士气更旺。明景帝和于谦所领导的明朝军队取得了胜利，成功地守御了京师，击退了瓦剌兵。
瓦剌兵退之后，明景帝封赏诸位大臣，加于谦少保，总督军务，石亨为武清侯，杨洪为昌平侯等。瓦剌汗脱脱不花则在辽东听说也先兵败后随即向明朝纳贡，而也先在此次兵败之后却依旧图谋再起事。1450年，也先率军攻掠宁夏，继而转向大同。后，大同总兵率军奋勇迎击，大破也先军队。6月，也先派遣使臣到京师和明朝议和，称愿将明英宗送还。此后，也先恢复了与明朝之间的贸易，依旧照例派遣使臣对明朝进行朝贡。
在明英宗回朝之后，以太上皇的地位居住在南宫。明景帝迎回明英宗后却无意让出皇位，对南宫严加防范，不准明英宗与群臣有所交往，而明英宗本人也因丧师辱国而没有颜面进行复辟。1452年，明景帝为巩固自己一系的皇权，将皇太子即明英宗的儿子废为沂王，另立了王子见济为太子。次年，见济病死，没有兄弟，皇储的册立又成为朝臣们关注的大事。后有朝臣上疏请求复立沂王为太子。明景帝大怒，将其严刑打入大牢。此后，明景帝对身居南宫的太上皇更加严密地监视和防范。
明景帝在位八年，挽救了危难中的明朝，使得政局大体上保持稳定，但对于皇位的继承始终不能做出妥善的处置。1457年，明景帝病危，但继承人的问题却始终没有解决。此时统领京营兵权的武清侯石亨等人见明景帝垂危，便与其他大臣密谋要让太上皇明英宗复位，以此还能得到功赏。随即，明英宗被臣僚太监仓皇从南宫拥簇而出，夺取皇位，病中的明景帝被废黜为郕王，迁居西宫，十余日后病死。而拥立明英宗的大臣们在明英宗复位之后，开始诛杀明景帝的近臣，进而再次争权夺利，明王朝再次处于动荡之中。
明英宗复位之后，随即就逮捕了于谦和陈循等明景帝的重臣下狱。后于谦被诬陷以谋立藩王罪而处斩，此后又进而诛除于谦的党人。而拥立明英宗复位的功臣徐有贞和石亨等人则开始了争权夺利。徐有贞在得掌朝政杀了于谦之后，由于得罪了石亨等人，而被贬为平民。而石亨等人则在除去徐有贞之后恃功自大，权势日盛，后被众臣弹劾入狱并死于狱中。
在明英宗复位之后，将其子复立为皇太子。1464年，明英宗病死，死前传位于太子，太子奉诏继承皇帝位，即明宪宗。明宪宗即位之后倚靠李贤等顾命旧臣，为明英宗夺门之变厘定是非，顺乎人心，稳定了新朝政的统治。但年轻的明宪宗依然倚重宦官来处理政务，此后，宦官的权势日益壮大。
明宪宗自从即位之后，朝政的事情多是依赖当时的名臣李贤，1466年，李贤病死，此后明宪宗所倚靠的亲信则是宫中的万贵妃。万贵妃命其父兄都任职锦衣卫，从而控制了朝官。明宪宗在位数年间，怠于政事，耽于享乐。万贵妃对内控制宦官，对外交结阁臣，又有父兄操控着锦衣卫，实际上控制了朝廷的政局。
早在明英宗年间，明朝就先后爆发了多次农民起义。明宪宗即位后，也依然面对着广大的农民起义队伍。而此前被明朝击败的瓦剌蒙古由于内部纷争而逐渐衰落，与此同时，被瓦剌所击溃的鞑靼一族则在明宪宗时期得到了复兴，雄踞大漠，成为明朝北边的新强敌。
在明宪宗初即位之际，广西大藤峡各族人民就举行了大起义。1465年，明朝廷派军前往广西进行镇压，起义军三千二百余人战死，七百八十余人被俘。次年，大藤峡人民再次举行了起义，明朝廷再次派兵镇压，起义一直延续到1472年，才遭到镇压而失败。
在1465年，湖广行省荆州府和襄阳府地区的众多流民，在刘通和石龙等人领导下举行了大规模的农民起义。后起义军被明军镇压，明军残酷杀害了起义群众及其家属。在起义失败之后，仍然有流民源源不断地涌入荆襄山区。1470年，流民们再次在李原和小王洪领导下发动了起义。次年，李原被明军俘虏，小王洪率众五百人转至均州，此后也被明军所俘虏。
在明宪宗时期，北部的蒙古各部在鞑靼一族达延汗领导下又达到了统一，但达延汗着力于稳定蒙古内部，并无意南下对明朝进行侵犯，起初明朝廷不明形势，曾在西北边境与蒙古爆发过战事，但双方的政局都没有受到太大影响，故而暂且相安。直至孝宗时期，吐鲁番部入侵哈密，明王朝才一再出兵，为收复哈密而进行了连年的战争。
明宪宗在位23年，长期不召见大臣，政事都经由宦官来进行处理和传旨，而宫廷的诸多事情则多倚仗万贵妃。1487年正月，万贵妃病死，同年8月，明宪宗病死，遗诏太子佑樘继承帝位。
1487年9月，十七岁的孝宗正式即位，倚靠宦官怀恩和覃吉扶持，起用了东宫读书的师保和有声望的旧臣来建立其统治。怀恩和覃吉是明宪宗晚年时候主要依靠来传旨的太监，两人在朝中均有美誉。在孝宗即位之后，臣下们都称誉说世道太平无事，于是仍然依据明宪宗的先例，从不召见大臣来议政，而是继续依靠内宦来处理。在位数年之后，明孝宗逐渐倦怠政事，开始崇信道术。明朝的统治在太平的表面下，掩盖着重重的矛盾，而朝廷的种种弊端也持续发展着。
在宦官怀恩死后，明孝宗开始宠信太监李广。李广以道家符篆和烧炼丹药等来取悦明孝宗，并从中接受贿赂，引荐官员，恃权谋私。后有人弹劾李广，李广畏罪自杀。在李广死后，仍然还有人为他请赐祠额，明孝宗虽知道他的种种罪状，却仍然命人撰文赐祭。
虽然明朝廷的种种弊端日益尖锐，但在明宪宗和明孝宗所统治的四十年间，政局基本上还算稳定，社会经济也从而得到了发展，号为“承平”。
农民对明武宗的反抗
1505年，明孝宗病死，遗诏太子朱厚照继承帝位，即明武宗。明武宗嗣位于承平之事，政事荒废，沉湎淫乐，朝政日益腐败。明武宗即位之际，大抵能够依靠的力量，一是前朝旧臣和东宫官属，二是东宫的宦臣。明武宗即位之后先后将阁臣刘健、李东阳和谢迁等加封柱国尊号，东宫官属太常寺卿兼翰林学士张元祯为吏部左侍郎，左春坊大学士杨延和为少詹事。其他入值东宫的学士、侍读学士、左右谕德、侍读等均进封官爵。但明武宗在即位之后并未能像他的父亲一样迅速稳定统治，而是由于偏倚宦官而导致朝臣与宦官之间争斗不断。
明武宗重信宦官，而宦官们也十分能迎合明武宗，在宫中大肆引导玩乐。大学士刘健曾上书请求裁汰宫人，行使新政，但明武宗不予施行。后明武宗又任命太监韦兴分守湖广。此后吏部尚书马文升因奉明孝宗遗诏裁汰传奉官七百余人，后于1506年遭到宦官诬告，后又被御史弹劾，最终请辞出朝。明武宗就这样终日和宦官在一起嬉戏玩乐，荒废政事。
刘健等大臣密谋决意除去以太监刘瑾为首的宦官八党，宦官王岳向明武宗陈奏了此事，并表示支持。后刘瑾得到此消息，带领八人连夜去见明武宗，伏地哭泣，并反诬告宦官王岳勾结阁臣限制皇帝的行动。明武宗听闻后大怒，连夜逮捕了王岳。朝臣见情势有变，刘健、谢迁和李东阳等三人上疏乞休。明武宗即位一年有余，前朝旧臣多被罢退了。
刘瑾战胜刘健之后，更得到了明武宗的宠信，成为明武宗的亲信。在得势之后，刘瑾开始积极准备排除异己。明武宗则沉湎淫乐，政事的处理也越来越依赖于刘瑾，宦官的权势更加强大了。刘瑾权倾朝野，1508年他曾发现了一封状告自己的匿名信，当即便下令百官跪伏奉天门下，严加责问。后刘瑾听闻此信是宦官所写，才释放百官，当时正值盛暑，一些官员因不耐热中暑而死。
明武宗在将朝廷政事等交付给刘瑾和一干宦臣处理之后，在宫中多方享乐，挥霍无度，甚至公然卖官鬻爵，来筹集银两供给自己挥霍。明朝廷逐渐走向动荡。
1509年，刘瑾派御史到各地清理屯田，御史等官多迎合虚报，派往宁夏的大理寺少卿周东，甚至以五十亩为一顷来进行收租，勒令租户多出租，而多征收到的亩银则用以向刘瑾行贿，引发了当地民众和兵卒的极度怨愤。驻守宁夏的藩王安化王乘机起兵，发动了争夺皇位的叛乱。
安化王的曾祖父是朱元璋的第十六子，1492年，承嗣祖爵为安化王，宁夏卫生员孙景文和孟彬等人一直劝安化王以诛杀刘瑾为名起兵夺位。1510年，安化王起事，由于事前过于仓促，安化王等起事历时十九天就失败了，但此次起事攻击的目标直指刘瑾，暴露了刘瑾的诸多罪状，震动了朝野。
明武宗处死安化王之后，赐宴慰劳平乱功臣，其中就有与刘瑾不和的宦臣张永。张永在刘瑾退席后献上了安化王讨伐刘瑾的檄文，上面列出了刘瑾多项不法的事迹，并奏报说刘瑾激变宁夏，心存不轨，明武宗连夜逮捕了刘瑾，次日便交由朝臣来议罪。
明武宗的荒怠和刘瑾的擅权将明朝廷的统治一步步推向昏暗，而皇室的挥霍无度更是日益加重着农民群众的负担，导致社会矛盾也不断激化。在刘瑾得势的时候，1508年四川地区就爆发了农民的武装起义。而在刘瑾伏法之后的1510年，河北地区又爆发了由刘六和刘七所领导的农民起义，其规模甚至严重威胁到了明王朝的统治。大约此际，江西各地的农民也先后举行了起义，给予了明王朝沉重的打击。
在江西农民起义也走向失败之后，各地的农民仍然不时会聚集反抗官府，人民对此时明王朝的统治越来越不满。
宁王宸濠是明太祖第十六子朱权的后裔，在明武宗即位后，宸濠随即就向刘瑾行贿，得以在1507年恢复护卫。后刘瑾伏法之后，他的护卫又再次被革除。后又于1513年在故友兵部尚书陆完帮助下得以恢复护卫。群臣屡次报奏宁王不法事，但那明武宗却一直不曾过问。1519年，宁王正式起兵谋反，此次谋反历经四十三日，后宸濠及其子，以及追随他的多人被擒，此次反叛彻底失败。
1520年，明武宗在南京设广场，祝贺这场胜利。后自南京返回北京的过程中，沿途依然多方作乐。1521年，明武宗病死，年仅三十一岁。
明世宗的新政及内阁的演变
明武宗纵欲身亡后，没有子嗣来继承皇位，明王朝再次面临藩王夺位的危机。皇太后和宦官及内阁大臣们谋议要册立新皇帝，其中权位最重的内阁大臣大学士杨廷和倡议迎立明宪宗的孙子，即明孝宗之侄朱厚熜来嗣位，即明世宗。
明世宗对于继承皇位全无准备，明武宗在位时期怠于政事，荒乱淫乐，宠信宦官，使得宦官与朝中大臣之间矛盾重重，明世宗就是在这样的情况下即位的。明世宗即位之后，朝中没有阁臣可作为依靠，又没有藩府旧臣追随辅佐。明世宗只身入京师，前途是非常艰险的，使得他不得不对周围的势力都心存戒备，又要极力维持皇权统治，避免沦为被人操纵的傀儡。