农民起义与英国的海上骚扰
1796年，嘉庆帝宣告即位，湖北枝江和宜都等地随即就爆发了白莲教徒所发动的农民起义。
乾隆帝在退位前曾对白莲教徒进行过严厉的镇压，但此后白莲教继续以其他的名义在民间秘密传播。1788年，刘松与弟子刘之协以三阳教的名义进行传教，次年与收元教的首领宋之清联合，仍然称为三阳教。后宋之清与刘之协不合，另立西天大乘教在川、楚、陕、豫等地广泛传播。后西天大乘教和收元教都被清军所破，刘松等人均被捕，刘之协逃脱。
1795年，三阳教首领刘之协与各路教首约定日子同时进行起义，并派出传教师到各地进行组织筹划。次年，即嘉庆帝登基为帝之际，起义军在湖南境内发动起义，并迅速发展壮大到数万人。此后，四川的白莲教领导人也响应湖北，迅速发动了起义。四川的起义军之间都有所联系，并和湖北起义军相互声援。此后，陕西的白莲教徒也发动了起义。
在起义爆发之后，嘉庆帝马上诏令湖广总督毕沅和西安将军恒瑞镇压湖北起义军，陕甘总督宜绵镇压陕西起义军，而四川地区的起义军则先后由总督福宁和英善所镇压。此后又陆续调遣八旗兵及各省绿旗兵增援，集中兵力对三省起义进行镇压。农民起义军与清军战斗的三年之中，已经发展成为二十万人的大军。农民起义军在一些战役中遭到清兵的镇压而陷于失败，但清政府却依然难以遏制农民起义的继续发展壮大。
1799年，乾隆帝病死，嘉庆帝随即采取了几项重大措施，希望能通过这一系列的举措来消灭起义，其中首先就是诛杀和珅。
在乾隆帝死后第五日，嘉庆帝就下令将和珅革职拿问，随后又下令命臣下举报和珅的种种罪状。后嘉庆帝援引康熙帝诛杀鳌拜的例子，令和珅自尽。和珅死后，成亲王永瑆奉旨查抄和珅家产，其庞大的财富数目震惊朝野。虽然和珅是清政府中贪官污吏们的总首领，但朝廷之中的贪污风气早已上行下效，弥漫全国。嘉庆帝希望把种种罪状归咎于和珅一人，以铲除和珅来缓和人民的反抗，显然是行不通的。和珅被诛灭，但不代表大小官员们能够随即消除弊端，摆正风气，人民的反抗浪潮自然也不会因此而平息。
在乾隆帝时期，满洲八旗兵已经日益腐朽，战斗力也日渐衰弱。原本战斗力优于八旗兵的绿营兵也在乾隆帝末期日益腐化。以至到嘉庆帝时期，面对白莲教农民起义的时候，基本上朝廷已经没有强大的军队可以用来镇压农民起义了。于是，嘉庆帝开始逐渐倚用汉人地主武装来配合官军共同镇压起义。1798年，四川招募武装力量达三十七万人，湖北也达到了三十六万六千余人。次年，嘉庆帝令各州县居民进行团练，与官军配合作战，抗击起义军取得了卓越成效。自1800年以来，农民起义军面临清军的重兵围剿，日益陷入困境之中，并逐渐走向失败。
清政府为抗击白莲教起义而倚用团练乡勇，但战后清军由于粮饷有限，不得不对所招募的军队进行裁汰。1803年，清政府先后遣散各营随征乡勇，这些被遣散的人为清政府厮杀数年，结果战后却无家可归，全都愤愤不平，后一部分投靠了起义军的残余势力，转而抗击清朝，使得起义军的队伍再次得以壮大，直至1804年，起义军才彻底败灭。
此次白莲教起义波及川、楚、陕、甘、豫五省，从1796年发动一直到1804年败亡，前后延续了九年，给予了清政府沉重的打击，同时也鼓舞了各地被压迫的农民。在此次起义失败之后不久，其他地区的农民起义却又随之而兴起。
在白莲教起义期间，英国的船舰开始在中国海域进行侵扰。
在乾隆帝时期，英国就已经开始了海外殖民，企图向东方扩展其势力。后在嘉庆帝即位之后，1799年，有三艘英国军舰从印度驶来，闯入了中国境内。1808年，英国又以防备法国侵占澳门为由占据了澳门炮台三处。后在清政府威胁下退出。后1814年，英国兵船在老万山群岛附近抢劫了一艘美国商船，清廷向英属东印度公司提出了强烈抗议，并决意停止与英国商人之间的贸易活动。次年，英王派出以阿美士德为首的使团来中国进行交涉。但最终清政府和阿美士德使团因为礼仪上的纠纷而未能进行此次商谈。清王朝斥退阿美士德使团，同时也失去了与英国商谈正常贸易的机会。
早在明朝时候，荷兰和葡萄牙商人就曾把少量的鸦片作为药材贩运到中国。鸦片是从罂粟中提炼出来的一种麻醉性毒品，抽吸后不容易戒绝。清朝初年，英国与清朝的贸易中出现严重的贸易逆差，每年需要支付大量白银。于是到雍正时期，英国开始经营鸦片交易，从中牟取暴利。到嘉庆帝即位之际，英国东印度公司每年向中国输入的鸦片已经多达四千箱左右。虽然清政府一再下令禁止鸦片输入，但却始终没有什么成效。鸦片的大量输入使得朝廷白银大量外流，正常的商业发展受到重大影响，而官吏将士以至满洲贵族们则因为吸食鸦片而更加混乱腐败，军队的战斗力也因此大幅削弱。清王朝的社会经济政治都面临着严重的威胁。
在延续九年的白莲教起义失败之后，东南沿海随即爆发了由蔡牵所领导的武装斗争，此后又相继爆发了由林清和李文成等领导的农民起义，再次猛烈冲击着清王朝的统治。
浙江、福建和广东沿海地区没有土地或拥有土地少的农民大多依靠海上活动来谋生，他们往往不堪官府的敲诈勒索而自发结成团伙来进行自卫互助。清政府将这些团伙和劫掠海上的盗匪看作一路人，统称其为海盗或者洋盗。浙江、福建海域的团伙就是以蔡牵为首。
蔡牵是福建同安人，家境贫寒，因饥荒而下海成为盗寇，曾于1802年率领船队攻打厦门海口的清军炮台。次年，蔡牵在浙江普陀海面遭到清军袭击，向闽浙总督玉德诈降，此后乘机扬帆而逃。1805年，蔡牵率领船队攻打台湾，得到了台湾起义军民的支持，后蔡牵被推举为镇海王，率领船队进入台湾。清政府急忙调遣军士进行镇压。1807年春，清军在广东海上大败蔡牵军。次年，蔡牵军经过休整后回到广东海域。第二年，蔡牵率领部众驶入福建沿海，与清兵发生激战，后遭清军围击，寡不敌众，与妻小部众一同沉海而死。其余部众在福建海上投降清朝，蔡牵所领导的海上船民武装反清斗争遭到失败。但同时也再一次地震撼了清王朝。
在白莲教起义及蔡牵的海上斗争相继失败之后，紧接着直隶、河南及山东等地区又爆发了天理会起义。
天理会又名白阳教龙华会，是白莲教遭禁之后形成的一个支派。林清于1806年加入了天理会，并被推举掌管直隶坎卦组织，并自称弥勒佛转世。李文成是南震卦教首，此前曾与师傅梁建忠争做教首，后李文成在林清扶植下取得胜利，顺利成为教首。1812年，林清和各地教首秘密集会，商议反清起义的组织和计划。次年，林清趁嘉庆帝去热河避暑，指挥京城教徒攻打皇宫，李文成选派了一千名精兵进京予以协助，并于同日在滑县率众起义来响应林清。
起义打响后，直隶长垣、东明，山东曹县、定陶等地的天理会教徒和农民也都纷纷起来响应，起义军东西相连，声势浩大，后因遭到直隶总督、河南巡抚及山东巡抚等派兵加防进行阻拦而无法按计划到达北京，支援京城的起义。京城林清的起义队伍按照计划攻打皇城，后由于得不到支援而寡不敌众，行动遭到失败，林清也被清军逮捕。嘉庆帝返京之后，立即对起义军展开了镇压，派遣陕甘总督那彦成为钦差大臣，与提督杨遇春、副都统富僧德以及总兵杨芳等一同攻打起义军。李文成等人在清军猛烈攻势下失败，李文成与战友数十人自焚而死，拒不投降。随即，直隶南部开州以南的各地起义军也相继遭到镇压而失败。而起义军主力尚有二万余人驻守在滑县，由牛亮臣和宋元成等所统领。后宋元成战死，牛亮臣等人被俘不屈，被押送京城处死。
这次起义前后持续了三个月，起义者联合满汉人民攻入了皇宫，虽然很快被清军镇压而失败，但这却是此前极其罕见的情况，极大地震动了清政府的统治。
1820年，嘉庆帝在热河避暑山庄突然发病，次日立旻宁为皇太子，随即去世，享年61岁。旻宁回到京城之后继承皇帝位，改年号为“道光”。
封建经济的衰落
清王朝发展到乾隆帝和嘉庆帝时期，已经是一个疆域辽阔的大国，而此时的中国也已经处于封建社会的末期，这个社会的经济制度已经极其腐朽，再不能适应社会生产力向前发展的要求。但清朝统治者却一直力图维护这个早已腐朽不堪的经济制度，以此来巩固自己的统治。在这样的“故步自封”之下，代表新的生产力和生产关系的资本主义萌芽受到了严重的阻碍，整个社会的经济陷入了发展迟缓、甚至日渐衰落的状态之中。尤其在此时，西方的一些国家已经先后进入了资本主义社会，并试图进入中国市场。清王朝为了抵制西方的侵入，加强了对外贸易的限制和管理，但却只是让自己更加落后于世界的发展水平，陷入更加危险的境地。
在清朝初期到嘉庆约二百年之间，农业生产几乎处于停滞状态，没有太大的变动。在进入封建社会末期的过程中，清王朝在土地制度上依旧保留着人身依附相当严重的租佃关系，数以亿计的佃农除了要负担租税以外，还必须承担各式各样肉体以及精神上的痛苦。
清朝统治初期，为了巩固自己的政权，获得广大农民的支持，曾在土地政策方面采取了一些形式上有利于农民的措施，其中最为主要的就是招垦政策。招垦政策即是鼓励农民对荒地进行开垦，而那些无主的荒地经过开垦之后就能作为农民自己的产业。其次就是建立更名田，即将明朝一部分藩王拥有的土地分给原先的佃农进行垦种。但实际上，一般来说，在这些荒地被开垦之后，往往会有地主出来认领，从农民手中夺取劳动果实，农民的权益其实并不能得到真正的保障。并且，官僚地主们兼并土地的进程也是不容小觑的。清朝的官员高士奇原本是个只能勉强糊口的穷苦儒生，进入官场之后很快就成为拥有巨资产业的富翁。还有大官僚孙玉庭也是，原本家产微薄，做了一任总督之后就得以兼并了大量土地，迅速成为占有田地三万余亩的大地主。这些官僚之所以能够迅速兼并大量土地得以致富，并不单纯地依靠其俸禄，最主要的还是倚仗其特权地位，得以贪污索贿，巧取豪夺。
清朝时期，佃农和地主的关系是农业生产关系的主要内容。实际上清王朝统治时期，广大佃农们依然处于农奴的地位。虽然清王朝的统治者们曾颁布过一些书面的限制，来为佃农争取一定的权利，但实际上，这些律法却不一定都能够实现。但清朝时期的农业租佃关系在清朝末期开始有了一定的松动，例如在封建社会后期出现的永佃制，就在清朝有所发展。但广大农民的地位却始终没有发生实质性的变化。
清王朝在建立之后，曾为了巩固自己的统治而在经济和财政上给予过农民一系列的优待，即所谓的轻徭薄赋和与民休息。随着生产力的发展，清王朝的财政收入一直有所增长。在开国初期每年大约为一千四百余万两，到顺治帝后期增加到了近两千万两，康熙帝时期则已超过三千万两，到乾隆帝时期突破了四千万两。但是清王朝实际的开支却远远超过这些数字。到顺治帝后期的时候，朝廷赋税收入还不到两千万两，但兵饷支出却已经约为二千四百万两，国家财政入不敷出。
清王朝的各项税收之中，田赋占据了大约四分之三，盐税、关税以及其他杂税等收入大约占四分之一。随着清王朝财政的虚空，统治者们开始变相压榨广大劳动人民，采取了财政加派的行动，对整个社会产生了十分恶劣的影响，加重了人民负担的统治对国民经济也造成了严重的影响。漕粮的征课就是其中一个很好的例子。清王朝征收漕粮，还需要将这些漕粮运送到北京和通州等地，所以除了漕粮正项费用之外，还需要加上一些附加项目，如随漕正耗，随漕轻齐，行月钱粮，等等，大量的苛捐杂税应运而生。1806年，嘉庆帝时期所编纂的《两淮盐法志》之中，正纲课目以外的各种杂项浮费就达到了九十二种之多。最终承担财政赋税的人，除了广大的农民以外，还有一批为数众多的劳动者，主要是矿丁、灶丁及运丁等从事开矿、制盐以及漕粮运输等事宜的手工业劳动者。
随着社会的发展，封建的自然经济也开始走向解体，但是清王朝却为了巩固其统治，对工商业的发展设置了许多政策上的限制，使得工商业的发展远远不足以打破封建主义的樊篱。但商品经济的发展却已经开始孕育资本主义的萌芽，但这种萌芽在所有制和雇佣关系以及分配关系等方面都保留着较多的旧痕迹，呈现出了新旧混合的色彩。
在清代的手工业中，个体的小手工业一直占据主导地位，但随着商品经济的发展，开始出现简单协作的作坊以及有场内分工的手工工场。一般来说具有规模较大的手工作坊和工厂的手工业主要是铁器铸造业、棉布染织业、粮食加工业、制茶业、制糖业、造纸业以及木材加工业，等等。此外，还有一些属于地方特产的传统手工业也有为数众多的作坊，例如以制瓷着称的景德镇等。
在清朝初期至嘉庆帝时期，清王朝对于工商业基本上是采取重农抑商的态度。但是随着社会生产力的发展，为了顺应时势，也不能够不发生一些变化。清王朝所制定的所有工商业的政策都是以维护其统治，凡是不利于朝廷统治的政策都被冠上各种借口加以摒弃。但即使如此，阻碍经济发展的政治权利却不能够堵塞经济发展的道路，政治上的种种限制开始呈现出逐步松弛的趋势。
西方在工业革命之后急速进步到资本主义社会，急需开拓海外市场，西方殖民主义国家开始以所谓的开放贸易为手段，企图侵入中国这个广大市场。而清王朝在面临西方的威胁之下，却采取了禁海闭关的政策，企图以此阻挡西方殖民主义国家的入侵。鸦片战争以前，1655至1684年间清朝的禁海闭关政策比较严格，1717至1727年间清王朝对南洋一度禁海，1764至1784年间中俄贸易曾经三次禁止。此外，对外贸易基本上是开放的。但这个政策作为加强国防、防止外国入侵的手段却一直贯彻始终。