9月25日(旧历八月十日)，诏命荣禄即刻来京，后党废黜光绪的阴谋开始启动。另一方面，袁世凯告密的正效应也开始显现。首先，荣禄进京，诏命袁处理直隶总督和北洋大臣的事务，相当于临时总督，而这没有荣禄的首肯是不可能的，表明荣禄已非常信任他了。其次，荣禄进京的第二天，就奏请协助袁世凯创设同文、炮兵、步兵、骑兵四座武备学堂的监督段祺瑞，其真实意图是为袁做铺垫。再次，担任军机大臣的当天，“一再有人问荣相说：‘袁世凯曾奉有密诏吗？’回答说：‘有。’‘诏中可曾有杀公的话吗？’回答说：‘有的。’(于是)说：‘那么袁世凯先前是个同谋者了，既同谋又检举，首鼠两端，此人也无足可取嘛。’荣相说：‘袁乃我的人，无所谓首鼠两端。’”“我的人”，是官场上至今沿用不衰的典型用语，荣禄对袁下这种评语，说明他已将袁划入了自己的政治圈子。作为促成训政的核心人物，荣禄备受太后倚重，进京大用，政治上正在走红，与荣禄结成的这种更为紧密的关系，将成为今后袁世凯仕途上的有力保障。
9月26日(旧历八月十一日），清廷下达政令，把新政的各项举措一风吹掉，全面复旧。戊戌新政缺乏思想和社会基础，加之推行速度过快，不仅收效甚微，而且怨声载道。慈禧看到了这一点并加以利用，在抓捕维新派要员的同时，慈禧也在对新政进行清算。作为经验丰富的执政者，她很重视并善于利用“合法性”、“民心”这类东西。本日，她连颁几道诏令，封闭言路、停止将庙宇改设学堂、恢复被裁撤的衙门等等，从而大得“人心”，既得利益者们欢欣鼓舞，奔走相告说：“数月来寝不安，食不饱，今日始有命了，非我皇太后(做主)如何得了啊”。同时为了稳定京城和全国的人心，除继续缉拿在逃的康、梁、文(廷式)、王(照)，清廷宣布除在押和通缉的人犯外，对于其他维新派人士，“概不深究株连”。皇帝已被控制起来，康、梁等已逃亡海外，维新骨干基本上被一网打尽，足以起到杀一儆百的作用，对于其他新政活跃分子，以行政手段撤换就可以了。本日上述稳定局势的举措一反几天来紧张、恐怖的气氛，是荣禄进京后才有的新气象，反映出朝政开始趋向理性与务实。自本日起，军机处、刑部和都察院连续三天对在押的维新派进行了三堂会审，都审出了什么，不得而知。但从9月28日被处死的“六君子”来看，杨锐、刘光第实际上是改良派，并非康、梁急进派的成员，也未参与反政变密谋，其被杀只因名列密诏。康广仁、谭嗣同、林旭是密谋的参与者，谭、林也名列密诏，康广仁则是首犯康有为的弟弟。杨深秀也未参与过密谋，他的被杀是因为在太岁头上动土，上折责问皇帝被黜的缘由，并要求太后退位，在顽固派看来简直是胆大包天、怙恶不悛。所以整个审判的中心应该是密诏及由之而来的杀荣禄，围颐和园的密谋，从参与密谋的毕永年和钱维骥等人事后并未遭到追捕来看，密谋中杀慈禧这个内容并未泄露。但仅上述事实在专制时代就已经构成谋逆大罪，“六君子”遂于9月28日(旧历八月十三日)以“大逆不道”的罪名在菜市口处斩，“观者人山人海”，戊戌变法运动最终在血腥中落下了帷幕。
关于袁世凯告密一事，还有另一种说法，出自张国淦。张国淦(1876-1959)，字乾若，湖北蒲圻人。晚清时历任内阁中书、宪政编查馆馆员等职。辛亥革命时曾作为北方代表唐绍仪的随员参加南北和议；民国时历任国务院秘书长、总统府秘书长、教育总长、农商总长、司法总长等要职，解放后出任历届全国政协委员。他熟悉民国掌故，着有多种晚清、民国时期的回忆录。他认为，袁世凯告密“地点在北京而不在天津，日期是八月五日”。他的这个结论据说是得自袁世凯写给其兄长袁世勋的家书：
弟屡遭慈亲(指母亲)的亡故，以至于销假到京，困难丛集于一身。全是因为皇上急于变法图强，擢用康有为、梁启超等一班维新之士佐治改革；康、梁于是设立保皇党以资号召，知道我统率编练新军，诱引入党，密奏皇上将我破格超升投职为候补侍郎。我想保皇本是臣下的天职，慨然允诺入党。其党纲以革除腐败老臣，施行维新政策为宗旨。不料太后在颐和园得此消息，立召荣相并满汉大臣商议，想要废皇上为庶人，另立端王之子溥仪以承大统。事机不密，为康、梁所探知，急奏皇上，降下密旨命我提兵围困颐和园，将太后软禁，荣禄等一班奸党一律逮捕监禁。弟接旨后颇觉进退两难，不奉诏是欺君逆旨；若提兵软禁太后，是助君为不孝；逮捕荣相，是以怨报德。自问天良，弟无荣相特保，怎能有今日的权势地位？若派他人杀之囚之，弟可以不问；由我卒兵捕捉，天理人情全都不合。此中的委曲，后世的明眼人自能谅解。弟彷徨终夜，这种重大机密又不能与幕友磋商，直到天明，决意提兵入京，见机而行。及到达不师，屯兵城外，只身入宫，面见皇上，授我密诏，捕拿太后党羽，荣相列第一名。我只得唯唯而退。快到宫门时，正遇到荣相入宫，拦路问我为什么带兵来此，弟被逼的没话说，只得以实情详告。荣相立刻带弟入颐和园面奏太后。此非兄弟卖君求荣，实在是因为荣相是我的恩师，遂使忠君之心被天良所战胜，断送维新六君子之生命，弟之过错啊。皇上于是遭到幽禁，荣相入京掌理朝政，保弟护理直隶总督兼北洋大臣。但弟资格太浅，断无真除之理。如此反复图功，必受后世的唾骂。然而若是拘囚太后，后世又将责备兄弟助君为不孝之事了。
从信中所述分析，此信当写于9月25日至28日之间，荣禄25日奉召进京，28日裕禄被任命为直隶总督，在他接任前，袁世凯虽然担任直隶总督和北洋大臣十几天，但只有在总督人选未定之时，他才有可能说自己资历浅、决无可能真被任命为直隶总督这样的话来。短短三天时间，我们必须设想，袁世勋在北京得知袁世凯护理直隶总督的消息后，立刻发信，此信到达天津，最快也得一天时间，而袁世凯在接到信后，必须马上回信，这已让人觉得勉强。这封信中的口气不大像袁世凯。特别是信中所提到的事情、时间、地点颠倒错乱得厉害。因为初三夜间袁才从谭嗣同处得知密谋，如果像他信中所说，天明方下决心回小站提兵，他无论如何也不可能在第二天清晨赶回北京请训。况且，太后已于初四傍晚回到大内，荣禄又怎么可能初五带他到颐和园去告密呢？所以，此信如果不是出于伪造，就是有意撒谎，就事实而言，不值一笑。
简略说一下维新派诸入的结局。
政变发生后，康有为、梁启超逃到日本。谭嗣同与“通臂猿”胡七、大刀王五拟救光绪，因宫内戒备森严，未果。胡、王劝谭也去日本，被他拒绝：“各国变法无不从流血而成。今日中国未闻有因变法而流血者，此国所以不昌也，如有，请自嗣同始”。说罢，闭门不出，等待缇骑来捕。“四京卿”中另一位人物杨深秀同样“不识时务”，京城维新派闻讯纷纷逃避之际，“独深秀抗疏，清太后归政”，并诘问光绪皇帝被废的原因，自然难被朝廷容忍。康广仁是康有为的胞弟(也是光绪的英文教师)。林旭是康有为的弟子，早已列入捕杀名单。杨锐原是张之洞的得意门生，由湖南巡抚陈宝箴推荐进京参预新政(同时推荐的还有刘光第)，与林旭同列一班，遇林旭所拟签语激进时，必强令改换，不料朝局变动也随之遭祸，张之洞营救不及，遇难。以上六人被杀于北京菜市口刑场，史称“戊戌六君子”。
张荫桓是戊戌政变中的一位关键人物，他是京城惟一懂洋务的政治家，是清廷最高统治集团中的低级成员(户部左侍郎)。但他所扮演的角色却极其重要，是光绪皇帝最为倚重的一名重臣。政变事发后，张荫桓还来得及转移家中主要成员和细软，销毁了部分书扎、文件。他在锡拉胡同的房子，归为以操纵赌博着称的粤商刘学询所有。慈禧太后原来是准备将张荫桓与“六君子”一起处决的，后因英国公使窦纳乐的干预以及日本署使林权助、伊藤博文的警告，英日方面通过李鸿章经荣禄说服慈禧，晓以利害。慑于列强的威吓，慈禧不得不改变主意，改判为流放新疆。张荫桓性格狂狷，恃才傲物，目无余子。谪戍新疆时，沿途仍然有官员按送，张荫桓嘻笑谑称：“老太太跟我开玩笑，差我到关外走一回”。把慈禧称做“老太太”，吓得地方官面无人色。庚子年，八国联军来犯，新疆巡抚饶应祺(湖北恩施人)不知就里，以为处理外交正需要张荫桓，乃上书请求开释，谁知道这一提醒反误了卿卿性命，慈禧太后怕张荫桓为洋人所用，明旨下令就地斩决。
“戊戌政变”抓捕维新派后，慈禧亲笔批文“斩立决”的第一个人是徐致靖。李鸿章有心援救，又觉不妥，便求助于太后的红人荣禄帮助。不料太后听了荣禄求情的话后大怒，责怪他不该为维新派开脱。荣禄跪在地上申诉：“徐致靖是个书呆子，根本不懂新政，只是混在里头唱唱昆曲，玩玩围棋，自从升任礼部右侍郎，皇帝连一次也没接见过他”。太后派人一查，果然没有皇帝召见徐致靖的记录，这才由死刑改判死缓，保下了徐致靖的一条命。实际情况是，徐致靖50岁以后患了一场耳疾，耳聋得厉害，因此光绪召见变法人士的名单里没有他。
长子徐仁铸时任湖南学政，也属维新派，同时是个大孝子。徐致靖被捕后，他给朝廷上书要为父亲顶罪，未被理睬。
徐致靖一直在牢中直到庚子年间。八国联军打进北京，太后、皇帝西狩，清政府机构已经瘫痪，大牢里的犯人差不多都跑光了。可是徐致靖仍认为自己是大清国的犯官，不肯走出监狱半步。当时管监狱的司官乔树楠是徐致靖的年侄，亲自跑到大牢里告诉他，明天狱中不开饭了，徐致靖这才跟着前来接他的儿子回了家。出狱后徐致靖依然“待罪京师”。两个月后，得到朝廷恩准，离京去了杭州，居住在姚园寺巷，改名徐仅叟，意思是“六君子”之外仅有的一名老头子。
除了两个儿子徐仁铸、徐仁镜外，徐致靖还有个女儿，嫁给苏州才子许直庵，生子名许姬传。徐致靖晚年经常与幼孙姬传为伴，教他读书、习字、演唱昆曲。许姬传后来成为京剧表演大师梅兰芳的秘书，着有《许姬传七十年见闻录》和《忆艺术大师梅兰芳》等书。