面对日益严峻的形势，中国人感到了亡国灭种的危险。所以清王朝不得已便向列强“宣战”，同时对义和团“招抚”，上谕下达后，本来安定的山东闻风而起，纷纷以“扶清灭洋”、“奉旨灭洋”、“奉旨灭教”为号召，如火如荼地发展起来。原有的拳会、大刀会组织复起，更多的群众参加这个行列。特别是直鲁交界，发展迅猛，全省106个州，到处都是。人数多达3万人，有些组织严密，武器也有所加强。而袁世凯面临着这防不胜防的严重局势，他是自有一套“好办法”。
面对这样的局面，袁世凯大开杀戒，以武卫右军先锋队为主要力量，辅以捕勇、民团向义和团展开了大捕杀。他认为：“不亟用重典：不能纾巨祸”。而诛杀拳民首领又是他的重点策略，他认为：“能多杀几名首要，即可少聚几股土匪”。当6月30日，他收到清廷26日关于招抚团民是“剿抚两难，徐图挽救”之策的上谕。这份上谕表扬了李鸿章、刘坤一等剿团和洋的主张，“诚老成谋国之道”的词句，西太后的意向开始转变，袁世凯已经窥测清楚了。于是，他放心大胆地向义和团展开了猛烈打击。他宣称：“真正的义和团民已赴天津抗战，留在山东的只是土匪而非团民”。这样通过文字游戏，避免了与招抚团民上谕的旨意相矛盾。他杀的是土匪而非义和拳民。从而命令所属文武官员：“当此匪势方张之时，亟须力主剿办”，而“预为剿捕，不能不以（直隶)预为借鉴”，“现在办法总以不牵动东省全局为第一要义；而欲不牵动全局，则非先弭患不可”，“以土匪而冒充拳民，仍以严禁惩办为是”，否则“大局糜烂，不可收拾”。他鼓励各地放手屠杀，不要有后顾之虑。6月14日天津沦陷以后，又颁发与采取了一系列措施与指令，原来规定每十天一报剿杀情况，改为一日一报；通令各村庄开具拳民姓名，遇有拳民即行痛剿，擒获者就地正法。与此同时，严厉惩办镇压团民不力之官员。据《筹笔偶存》记载，从7月22日到9月15日之间，颁发告示9种，给予其部文武官员杀拳立功受奖者90余人次，惩处包括记过、摘顶、撤职者30余人、斥责者9人。据袁世凯于9月底电告张之洞说，他“先后诛戮四千人，现颇安静”。当时，镇压基本结束，拳民活动基本平息，因此，这个诛戮数字是可靠的，即使后来还有少量屠杀，估计总数也不会超过4500人。
袁世凯是直接指挥武卫右军先锋队和地方勇丁团练对义和团进行屠杀的。特别在直鲁交界地区，团民遍地皆是，“此拿彼窜，倏散忽聚，办理实棘手异常”。拒捕、戕官、占据县城等屡屡发生，如济阳一役，候补知县查荣绥；聊城一役，署任知县曹和浚，均被拳民击毙。德州一役，拳民夜袭官兵，毙伤官兵100余人。阳信县城和蒲台县之关厢，均一度被拳民占据，其他，如海丰、平阴等县城均被拳民围困过。袁世凯指挥武卫右军先锋队与地方勇丁相互为用，前者对成群拳民队伍进行跟踪追击、围剿、务期歼灭而后已，后者剿杀本地或溃散后的拳民。他让主力张勋、孟恩远、龚元友、曹锟、吴风岭等部往来于海丰、乐陵、德州运河两岸，截断山东拳民和直隶拳民及其往来联系之路，使直鲁拳民不能结合，然后进行大围捕。其中，仅流动作战的张勋，大小十余战，击毙拳民达1000多人。副将王世清、同知雷震春、统领裴家兴等则于滨州、青城、蒲台、新城、临邑一带进行剿杀，被他们击毙、击伤的拳民达1000余人。其余州县拳民也陆续被其捕灭。后来张勋又越过山东境界，进入直隶地方消灭拳民多股。由于袁世凯凶狠毒辣，从6月下旬到9月三个月之间，就把不下10万之众的拳民瓦解了。
此外，袁世凯对外也自有一套方法。袁世凯以防德军入侵，派遣武卫右军驻防胶澳周围。还谋求和德国驻青岛殖民当局的“互保”，“和平”相处。对于两国之间未了事宜进行了结，即制定胶济铁路及开矿章程。根据1898年3月6日订立的中德《胶澳租借条约》之规定，中国允准德国从青岛到济南修筑胶济铁路，以及在铁路沿线三十里之内，允准德商或德华合资开设矿厂。这是一个掠夺中国主权的条约。从条约订立之日起，各地人民特别是胶澳附近州县人民激烈反对，阻止修建铁路。毓贤多次交涉与镇压均未了结。大大小小的案件，一直纠缠不休。1899年7月，毓贤与德国青岛“租借”当局议订了《筑路善后章程》，也未付诸实施。
袁上任后，人民群众反对筑路风潮迄未停息。他一方面劝导与镇压反对筑路的群众，一方面积极与德方交涉，议订章程。他奏请调派记名副都统荫昌来鲁，委以帮办山东交涉总理路矿事宜，与德方驻青岛总办山东铁路事务锡乐巴进行会议。双方会议20余次，稿凡八易，于1900年3月21日，由袁世凯、荫昌与德方官员签订了《胶济铁路章程》与《山东华德矿务公司章程》。这两个章程是《胶澳租借条约》附件。章程签订后，袁世凯发布告示说：“倘使有聚众阻挠等情事，一经察觉后，即从严拿究不贷”。与此同时，对于高密等沿线群众的合理要求，也答应了某些部分，如邑勘察道路线，再三修改，减少了农田水利的损失；地价也作了明文规定，计每亩售价大钱3万，杂费3000；移棺费2两。对于高密群众争执最激烈的一条河道，由清政府拨款5000两进行疏浚治理。因阻路前后被捕的群众也陆续释放，继续反抗者被强迫解散停止活动。6月下旬以后，各地拳民纷起，波及铁路、矿山的修建，袁世凯为了避免纠葛与德方商定，先在租借地内施工，其他地段从缓至1900年底动工。
“互保”平安可以说是袁世凯在对待青岛租借地德国当局的一个遵循规则，用他写给青岛德国“总督”叶世克信上的话说，就是“本部院与贵大臣议办交涉以来，彼此均以力敦辑睦，永笃邦交为宗旨，处处和衷商办，共事愈久相信愈深；迭次札饬环界附近州县亦均以力敦和睦，永笃邦交为勖”。这封信表明了袁世凯的态度，真心实意维持德国及不平等条约所取得的权益。他的措施根本的一点，就是安抚、镇压人民群众反对筑路风潮，与德国胶澳当局和平相处。他根据《东南互保》精神与德方约定，在德国租借地内，由德军负责维持治安。附近州县则由袁世凯负责处理，对于肇事者，“不分首从，就地正法”，“以维大局，而靖海疆”。他严厉告诫其僚属说：“但能禁约愚民不妄挑衅，彼自无隙可乘”，“彼知我遇匪即拿，即可不致从中干预”。他认为：如果不镇压义和团，势必将“根本动摇”《辛丑条约》的谈判。因此，袁世凯命令他们凡“遇匪徒，务即实力剿捕”，“务将所有拳厂概行查封，若有拳匪概行拿办”。在这一方针指导下，在胶澳周围，大杀拳民，并容忍德军杀戮无辜。择其重大者，略举数例：
7月1日，杀害为营救反抗修筑胶济铁路首领孙文的雷步云等数十人。
2日，杀害被关押的孙文。
27日，德军在青岛东园子铁路沿线，以搜捕拳民为由，杀死我百姓30人。
28日，德军在高密又杀死平民4人，袁世凯不闻不问。
30日，德军20余人侵入即墨城，县令闭门不纳，德军竟然枪毙一人，爬入城墙内，大肆劫掠。可是袁世凯事后却责备该县令说：“此次既系止马兵20余人，其非有意寻衅可知，自可毋庸关城。譬之宾客至室，既无喧嚣夺主之势，遇之以礼，自是交际之常”，今“闭门不纳，未有不损交际而生嫌隙者”。结果，袁世凯向德赔礼道歉，说是“该县失于款待，以致误会，甚属可惜”，并且赔偿军费2000两。
8月30日，德军在胶州营房村以搜捕拳民为由，按户查抄数次，杀害居民，居民财物大半被毁被抢，袁世凯不但不抗议德军的暴行，反而斥责地方官“不加管束……驯致家破人亡，同归于尽，未免太不智矣”。
9月5日，德军20余人在即墨县城附近的栗村，以搜捕拳民为由，毙伤农民三四十人，并凌辱即墨知县。袁世凯对这一惨案，也不敢向德方抗议、交涉。反而说，这是上次德军侵入即墨城，闭门不纳的后果，并指责该知县“办理不善，已属咎无可辞，而于该地方内又不能认真弹压……驯至德兵驰往栗村自行查办，击毙华民多名，仍是该县令偏执因循，酿成此祸，其身受凌轹，更属咎由自取”。结果，赔偿德军兵费4000两，即墨县令撤职。
上述事例，说明袁世凯对德国占据青岛当局，一意迁就，委曲求全，乃至以人民的生命、财产为代价去维持所谓的“互保”、“友好”。
其他，如法国驻烟台领事认为平度知州，“不保护教民，反与之为难”为名，要求将知州革职。袁世凯立即罢免该知州。凡此种种，不一而足。
一句话，袁世凯与德国占领青岛当局、烟台各租界之间推行的“互保”，虽说袁世凯获得了“保境安民”的桂冠，但人民的生命财产，却在这顶桂冠之下被吞噬了。
《辛丑条约？议和大纲》签订后，由于人民阻止德国修筑铁路、矿山使德方蒙受的损失，袁世凯予以一一赔偿。在议结之前，他已先把破坏的部分机器修配完整，将散失民间的失物搜获，一一发还德方路局和矿山。随后议结向路局赔款11万两，向矿山赔偿1．2万两了结。路局、矿山的赔偿交涉，具体工作是由山东洋务局总办唐绍仪经手的。
从1882年到1901年的19年间，袁世凯在官场之中要风得风，要雨得雨，甚是得意，而且升迁之快令人吃惊。从职位低下的中书科中书到直隶总督、北洋大臣。在他担任直隶总督期间，把直隶治理成新政的“圭臬”之地，权势显赫，并形成了以他为祖师爷的北洋军阀集团，使北洋成为继李鸿章之后的“第二政府”。出现了当今政府，是袁世凯说了，奕匡去做。朝廷中的大政策，全部要由军机处去问北洋集团如何办理，方能决定。他的影响还不限于统治阶级，立宪派人，甚至革命党人也一度把他作为国家栋梁、开明官僚对待，留日革命派学生还曾慕名请求他支持抗俄爱国运动。
谈到袁世凯显赫的权势，从外表上，我们摘录当时军机章京高树所写的《金銮琐记》一书中两首诗的描述可以说明。一首诗云：“卫士持枪似虎熊，桓温入觐气何雄；玻璃窗内频探望，暗暗心忧两相公”。其下注文说：“项城在颐和园入觐，卫士如虎如熊，有桓温入觐之概；王文韶、瞿鸿机两相国在玻璃窗内观之，凭几而坐，默默不言者良久”。第二首：“怒马锋车孰敢当，舍人奔避入朝房；偏言海外真天子，内监谰言亦大狂”。注文说：“西苑当值下班，项城卫士驱逐行人，山人与徐博泉奔入朝房，行道者摇首曰：太凶猛；有一魁梧内监高声嚷于道曰：难道袁某非海外天子耶！”这两首诗是亲见袁世凯的气派写成的，它把袁与东晋末年权臣桓温相比，又称之为海外天子，可见袁世凯的气焰，确实是嚣张得很。他的好友荫昌也曾参劾他在“阅兵时以龙旗为前导，道路不许人行，与警跸相同，人人皆以为异。惟袁世凯权力甚大，访探甚多，恐无人敢于上闻者。臣念今日时局艰危如此，大臣举动又如此，忧愤所迫，谨据实再陈”。可以看出袁在外表上给人以十分跋扈嚣张的形象。确实有点像当今政府皆袁世凯“言之”，奕匡“行之”的气魄。从荫昌奏劾内容来说，算不了袁有什么过错，但因为他“权力甚大”，“举动又如此”，荫昌害怕他“功高震主”，将会造成尾大不掉之势吧！
有胆有识，坚韧不拔的精神，政绩显着这些均是袁世凯取得如此重要地位的原因。除此之外，还在于他有为人所不及的做人之道，当官的绝招，有能讨好上级、结交同僚、广结奥援、能取悦于文武下属的本领。他“权谋迈众，城府极深，能谄人又能用人”所致。
对于袁世凯逢迎上级，是有口皆碑的。1900年西太后从北京狼狈西奔后，袁世凯一马当先，率先敬献贡品，输送银两，为各省督抚之冠。1900年8月29日送上白银26万两。三天后，即8月31日，又进献中秋贡品一大批，仅水果就有40桶、绸缎160匹、袍褂40套等等。不只如此，他还把官绅募捐救灾的款子不讲来历用途，也一并呈送西太后，并且建议西太后向行在所在地山西富户借贷，他又电告各省督抚，请求他们赶速将应该解送的京饷，尽快押赴行在，俨然以西太后的“粮台”自任。为了保证进贡礼品不致遗失误时，他专派知县曹倜率军40人押送，确保路途平安。袁世凯最早送来贡品和银子，对捉襟见肘十分狼狈的西太后说来，是雪中送炭，欣慰难忘，感激不已。当曹倜押运贡品到达西安后，晋谒随扈的军机大臣王文韶时，王说：“各省饷银未到，山左首先解来，可称济急。所带物品尤为得用，两宫大为嘉许”。还说：“予初以为项城常人耳，今则五体投地矣，子回山左，为余道达诚悃”。曹倜返回济南复命时，传达王文韶的话，袁对曹极力赞扬与感谢。他说：“枢臣均与余洽，独王(文韶)相不然，今得子一言疏通，前后判若两人”。他这一手，不只讨得西太后的欢心，也讨得随扈的王文韶等王公大臣的满意。称得上是西太后的“及时雨”。之后，袁世凯对西太后的孝敬，除了一般礼规外，更是尽量搜括中外珍奇奉献。仅西太后70大寿就呈上寿银40万两，多于任何督抚。因此，袁世凯“最为太后所依畀，青蒲陈说，情若家人”，当与这种殷勤“孝敬”是分不开的。
袁世凯的发家，先后依靠吴长庆、李鸿章、李鸿藻、荣禄、奕匡诸人。他们之所以看重袁世凯，主要是察看他的才干和他的身世，钻营奉承当也起过某种作用。但由于早年财力不足和身份关系，袁世凯对于吴长庆、李鸿章、李鸿藻诸人，主要是靠嘴巴子“笔杆子”来奉承，很少大盘大盘地送礼。到了任山东巡抚与直隶总督时，财力充足，也就大把大把银子和珍奇货物，不时馈送荣禄。荣禄女儿与载沣结婚时，仅给荣禄女儿就送了数万银子的贺礼，还有不少珍贵首饰。
当1903年荣禄去世前后直到袁罢官时，袁世凯权势赫赫，这和他用银子贿事领班军机大臣、外务部总理大臣奕匡关系甚大，使奕匡成了他掌上的玩偶——代理人。当荣禄任领班军机大臣时，由于荣“工策划，富权谋，袁世凯对之犹心存畏惮”；到了奕匡以枢垣领袖当国，情况就不同了。奕匡除“贪婪外无所知，世凯遂用银子收买，把他玩弄之于股掌之上矣”。奕匡惟袁世凯之言是听，袁乃得大肆施展其伎俩，扩展其北洋系的军事、政治势力，并在军、政、财各界广布心腹，形成了他的北洋体系。
1901年11月，慈禧和光绪尚未回驾，在北京和洋人谈判的李鸿章突然病重，急电奏请奕匡回京继续和议。次日李鸿章病逝。
同日，慈禧和光绪两宫在河南荥阳行宫召见荣禄等大臣，宣布了几项人事任命：
一、王文韶着署理全权大臣。
二、直隶总督兼北洋大臣着袁世凯署理；来到任之前，着周馥署理。
三、山东巡抚着漕运总督张人骏调补。
究竟是什么人推荐袁世凯出任直隶总督兼北洋大臣的呢？有两种不同的观点：一种观点认为是李鸿章遗奏保荐，另一种观点认为是军机大臣荣禄向慈禧力荐。