为使士兵忠于自己，袁不仅经常教育他们要“尽忠报国，深明大义”“亲上死长”等，把这些编为四言白话韵文，刊发各营哨，令每一个士兵都熟背于心；而且还特别强调“事事以本督办为心”，想方设法树立个人威信，其中就包括利用封建迷信，编造出各种荒唐的故事，让士兵相信，他们的统领袁世凯不是凡人；他甚至让各兵营供奉他的牌位，把他奉若神明。为了让士兵心甘情愿替他卖命，他还令幕僚们编了许多顺口溜，让士兵背诵，灌输各种对他有利的思想，如《劝兵歌》中就这样唱道：“为子当尽孝，为臣当尽忠，朝廷出利借国债，不惜重赏来饷兵，一兵吃穿百十两，六品官俸一般同，如再不为国出力，天地神鬼必不容，自古将相多行伍，休把当兵自看轻。一要用心学操练，学了本事好立功……二要打仗真奋勇，命该不死自然生，……你若常记此等话，自然就把头目升，如果全然不经意，轻打重杀不容情”。试想，那些农民出身的士兵，本来就思想单纯，唱了如此通俗易懂、道理明白的歌，能不照此去做吗？再加上袁在军中也常常做一些关心士兵的小事情，并经常向他们施点小恩小惠，如亲自监督发放饷银，防止官员克扣和奴役下级等，恩威并施，收买了不少人心。以致于军中的士兵已到了“不知有大清朝，只知有袁世凯”的地步——而这一点正是袁刻意追求的目标。
对选拔军队的中下层军官，发现和培养一批骨干，袁世凯也有自己独特的办法。
在他的军中，培养选拔军官的方法，正好与袁自己在官场的做法相反，有关系、有来路的或者官宦家子弟，他一律婉拒门外。他任用的标准有三条：一是出身下层、能吃苦耐劳，二是有能力，三是对自己忠诚。他网罗的一大批军官，当时大都地位很低或不得志，不受重用，这样委以重任，结以恩遇，对方便会终身感敫，心甘情愿为之卖命。对军官的学识和能力，他也很重视，他在庆军中挑选了一批曾在朝鲜时作为他的部下表现出色者，又从北洋武备学堂毕业生和其他部队中物色了一批尖子，并找到他的大靠山李鸿章那里，请他推荐了一批有才干的军官——对李的眼光，他当然是一百个放心。而对自己忠诚不二则是他的最后一个也是最重要的一个用人标准，对那些稍有不忠迹象的人，即使其他方面再出色，他也决不用——这一点之英明果断。后来成为他的得力爪牙、帮凶、左右臂、盟友和部下的姜桂题、龚元友、段祺瑞、王士珍、冯国璋等一大批人，都是这个时候网罗进来的。袁世凯待他们是“面包加大棒”，恩威并施，使他们始终俯首帖耳，对袁是又敬重、又感激、又害怕。
袁世凯对部下的一种笼络，令后人“赞叹不已”，这个人就是阮忠枢。阮在此之前已在官场小有成就，所以，提拔重用对阮来讲，已是不够解馋。袁世凯稍一留心，便嗅出了他的另一大爱好——猎取女色。
一天，阮忠枢从小站溜到天津，到妓院里鬼混，一下子遇到一个名叫小玉的妓女，两人一见钟情，难舍难分。阮忠枢情急之下。当夜就搂紧了小玉。贴着耳朵向她保证，明天一早回去就着手准备，不日即进津将她赎出，娶回为妾。回到营中，将此事向袁统领汇报，请求恩准。此时，军营中已有不少人知道这事，于是袁便将脸一板，以有碍军誉为由，将阮狠狠斥责一通，驳回了他的请求。阮忠枢噎了一肚子气也不好发作，他气的是袁自己的大姨太沈氏就是从妓院娶回的，他不好发作，是因与军中颁布的纪律确实不符。气过一阵，两人不再见面，阮将此事也就慢慢淡忘了。
有一天，袁进津办事，叫阮同去，进得城中。袁不动声色地说：“带你到一个去处”。阮随袁进入一个大院中，只见大红灯笼高高挂起，一派喜气洋洋，阮只道是朋友家办喜事。及至进到堂屋，鼓乐骤然响起，早有人将一朵大红花戴在他胸前，不由分说拉进洞房，把一根红喜带子塞进他手中，让他牵着一个新娘，由众人簇拥着出来拜堂了。待他掀开盖头，才恍然大悟，竟是意中人小玉。原来，袁世凯明里驳回了阮的请求，暗地却悄悄派人将小玉赎出，并购置房舍和各项陈设，一切打点停当，才把阮带来入洞房。当下感动得阮忠枢未拜天地，倒是先给袁大人纳头便拜，从此对袁忠心耿耿。
袁世凯小站练兵的班底就这样以武备学堂出身的军官为骨干，加上淮军总兵姜桂题等老将和出使朝鲜时的家丁家将组成，这一支七千多人完全使用西洋新式枪炮，聘用西洋教官训练的新建陆军便是日后左右中国政局许多年的北洋军的雏型。
文华殿大学士李鸿章在北京贤良寺中隐居了大半年，忽然时来运转，奉旨出使俄国，庆贺俄皇加冕典礼，并考察欧美各国。1896年早春二月，他的把兄弟、兵部尚书荣禄来贤良寺为盟兄送行，荣禄道：“袁世凯出自淮军吴长庆门下，是中堂一手提拔的，听说他在新军中用了不少淮军老人和北洋武备学堂出身的人，淮军可谓后继有人”。
李鸿章讥讽地苦笑道：“鸿章败军之将，不足以言勇，怎敢以师门自居，今后要看袁大少爷的了，哈哈，等他的新军练成后，大概可以和日本一战了”。
袁世凯小站练兵一路顺风到了这年二月李鸿章出使欧美的时节，从各省挑选的步骑各兵两千多人已经陆续来津报到，各营统带、帮带和哨官等亦已配齐，并且设立了各兵种的随营学堂，洋教练和新式洋枪洋炮也到齐了，兵营修缮一新，正式建军那天，还请北洋大臣王文韶到营讲话，杀猪宰牛大宴将士，并且发了双饷，那俸饷也比旧军丰厚得多，各营统带月支薪俸白银一百两，外加公费银三百两，兵士月支薪饷四两五钱。(当时米价每石一两五钱左右)。
袁世凯正当沾沾自喜到处夸耀小站练兵成效的时候，徐世昌急匆匆来到小站，见了袁世凯，退去左右，神色严峻地说：“慰庭，监察御史胡景桂把你参劾了”。
袁世凯惊异道：“我这里办事认认真真，他参我什么？”
徐世昌取出奏折抄件递了过去，说道：“参了你好几大款哩，你自己看吧”。
袁世凯急忙拿过去匆匆翻阅，一边看，一边愤愤地骂道：“什么混账御史，拿老子开刀！”
徐世昌道：“他参得还不轻，说你胡乱杀人，又说克扣军饷，依他所参，只要沾上一条就麻烦了”。
袁世凯道：“哼！说我‘嗜杀擅权’！不错，我在《简明军律二十条》中规定了十八条斩罪，建军以来，确实杀了一些人，可是国有国法，军有军威，士兵有罪不杀还行吗？恩威并举严明军纪才能带好兵。至于克扣军饷，更是胡说八道，为了杜绝层层中饱，我命粮饷局派员把军饷直接发到士兵手中，克扣军饷从何说起？”
徐世昌道：“参折中说你擅杀了营门口卖菜的几名老农，天津士绅纷纷上告，说你专权跋扈，滥杀无辜，有这回事吗？”
袁世凯怒道：“我三令五申不许在营门口摆摊买卖，他们不听，我恼起来就把他们杀了，扰乱兵营还不该杀吗？”
徐世昌道：“这可是件麻烦事，老农罪不至死，就这一条便够得上处分了”。
袁世凯不觉软了下去，沉默半晌，叹口气道：“这个胡景桂我不曾听说过，他敢在我头上动土，不知是什么背景，我想去京城求李尚书出面把这份参折压下去”。
徐世昌道：“我的老弟，我在京中也向都察院的朋友们多方打听，据说这份奏折竟是高阳(李鸿藻直隶高阳县人)亲自授意的”。
“不要灰心！”徐世昌劝道，“古来英雄人物经营事业，往往出生入死，历经坎坷挫折，方有成就，哪有今天播种，明天便等收获的。不管这回参案查办结果，还是要继续坚持下去。皇上渴望推行新政，老弟仍须迎合潮流，才能博得皇上的青睐，但又不能得罪反对变法的王公大臣，处今新旧交替之时，识时务者，不能不瞻前顾后，左右逢源以明哲保身，这是在下数十年处世做人潜心揣摩的心得，老弟雄才大略，想必也有同感”。
“是啊，是啊！”袁世凯拱手道，“大哥机敏圆通，胸有百万甲兵，小弟一向佩服，多蒙指点，自当铭记在心”。
徐世昌回京之后，袁世凯每日里等待钦差查办，如坐针毡，五月初头，京中仍无动静，他提笔向徐世昌询问消息，信中写道：“两旬来心神恍惚，志气昏惰，所有夙志，竟至一冷如冰”。
信使当时带回徐世昌的复信，写道：“确悉，谕旨已下，以兵部尚书荣中堂为钦差，来津查案，此事或有转机”。荣禄是刚刚于4月23日入阁拜为协办大学士的。荣禄一到，袁极力巴结逢迎，命士兵认真操演。荣禄第一次目睹洋操，别开生面非常高兴，与随行幕僚陈夔龙议论，认为远胜旧军，遂作出保袁的决定：“此人必须保全，以策后效”。回京后，荣禄令陈拟复奏稿。陈因袁确实擅杀过营门外卖菜的老百姓，胡景桂所参各条仅有轻重出入，提出应将此案下部议处。荣禄说：“一经部议，至轻亦应撤差，此军甫经成立，难易生手，不如乞恩，姑从宽议，仍严饬认真操演，以励将来”。最后竟以查无实据复奏，请求“勿庸置疑”。不但如此，还大力夸奖袁世凯一番：“查该道员血性耐劳，勇于任事……于将领中间为不可多得之员”。由于荣禄的庇护，袁世凯不仅没有被问罪，反而受到朝廷的慰勉。6月24日上谕传来，希望他“存有则之无则改加勉之心，以副委任”。这场风险过后，袁世凯又振作起来，进一步投靠荣禄。
清廷把“新建陆军督练洋操”，视为“自强之关键”。西太后和光绪帝还打算去天津亲自检阅。1897年7月，清廷以袁世凯练兵有功，将他提升为直隶按察使，专管练兵事宜。
袁世凯对清廷感恩戴德。为了把新建陆军练好，确实使出了浑身解数，有时也表现出吃苦耐劳精神，以身作则。据说有次阅兵，大雨滂沱，别人要给他撑伞，他坚决不让。他说：“士兵们都能站在雨里，我怎么不能？”这使官兵们很感动。
新建陆军不但得到清朝统治者的重视，也引起了帝国主义侵华分子的注意。日本、沙俄等国驻天津侵略军的头目，常到小站观操，同袁世凯接触，偶尔夸奖几句。袁世凯为了取媚他们，热诚接待。1898年10月间，英人贝思福到达小站。他表面上是由“英国商会派遣”来华“调查商务”，实际上是英国首相派来进行政治活动的。袁世凯盛情地留他在小站军营住了两天，向他介绍了新建陆军的编制和训练情况，还让官兵为他作了操练及作战演习表演，赢得了贝思福的好感。贝思福归国后在《保华全书》一书中，赞扬袁世凯“以儒生而为名将，多学多能，亦廉亦勤，聪明胆识，兼而有之”，盛赞新建陆军“操法灵熟，步武整齐”，经这些洋人一吹，袁世凯的名声更大了，加重了他的分量。
1898年，满洲贵族荣禄被任命为直隶总督兼北洋大臣，节制袁世凯的新建陆军、董福祥的“甘军”和聂士成的“武毅军”。袁、董、聂三军并称“北洋三军”。北洋派陆军的名称从此正式使用。