为了防止沿海人民入海通商，明朝法律规定了严酷的处罚办法：“若奸豪势要及军民人等，擅造三桅以上违式大船，将带违禁货物下海，前往番国买卖,潜通海贼，同谋结聚，及为向导劫掠良民者，正犯比照已行律处斩，仍枭首示众，全家发边卫充军。其打造前项海船，卖与夷人图利者，比照将应禁军器下海者，因而走泄军情律，为首者处斩，为从者发边充军。”明政府对参与买卖外国商品的居民也不放过，“敢有私下诸番互市者，必置之重法，凡番香、番货皆不许贩鬻，其现有者限以三月销尽。”
明初，明太祖出于政治上防范日本的需要和经济上重商主义的考量杜绝贵金属外流，在对外贸易上除允许部分国家或部族通过“朝贡”的方式进行贸易外，其他私人海外贸易一律禁止。永乐以后，随着中国海防的巩固和社会的稳定，禁令渐弛。明中叶倭寇活动剧烈，嘉靖元年（1522年），给事中夏言认为倭寇起于市舶，建议罢市舶，厉行海禁。朝廷接受建议，封锁沿海各港口，销毁出海船只，断绝海上交通以断绝倭寇的补给。凡违禁的沿海官民，必依法处以极刑。随着明军剿灭倭寇，隆庆初年，朝廷开放海禁，“准贩东、西二洋”，以征收商税，增加财政收入。开放海禁后东南沿海地区商品性农业和手工业有所发展，为资本主义萌芽的成长提供了有利条件。
倭寇一般指以日本为基地，活跃于朝鲜半岛及中国大陆沿岸的海上入侵者，曾经被归于海盗之类，但实际上其抢掠对象并不是船只，而是陆上城市。其相对应的西方入侵者是维京人和海上民族，在倭寇最强盛之时，他们的活动范围曾远至东亚各地，甚至是内陆地区。倭寇的组成并非仅限于日本海盗，只是由于这批海盗最初都来自日本（当时称为倭国），所以被统称为“倭寇”。及至后期，由于日本国内政治形势转变，加上官府的管制，日本人出海抢掠船只的事件已经减少。取而代之的是来自中国和朝鲜的海商与海盗，他们依从着过去倭寇抢掠的方式继续为祸于东海，也被归于倭寇之列。
明朝灭亡
明朝后期，社会矛盾进一步加剧，明朝统治危机四伏。天启年间，陕西连年水旱灾害，加上政府重征、地主盘剥，饥民遍地。天启七年(1627年)二月，陕西澄城知县张斗耀不顾农民死活，“坐堂比粮”。白水农民王二忍无可忍，率领饥民冲进县城，怒杀知县，从而揭开了明末农民大起义的序幕。
澄县一声惊雷，斗争风云很快席卷陕北和陕中。1628年，府谷王嘉胤聚众数千人起事，王二从澄城赶来会合。接着，安塞高迎祥，汉南王大梁，宜川王左圭、苗美等，也纷纷起义。肤施人张献忠在延安起兵，号西营八大王。起义军的主要成分是贫苦农民，也有失业的驿卒、哗变的士兵和手工业者等。斗争的烈火迅速蔓延到甘肃、山西。在农民起义的风暴中，杰出的农民领袖李自成参加了起义队伍。李自成出生在陕西省米脂县的一个农民家庭，幼年在官僚地主家当牧童，备受凌辱。他21岁时，父亲因贫病交迫死去，他生活无着，到银川驿站当了名马夫。后因地主艾举人欲加迫害，怒火中烧的李自成遂杀死艾举人，投奔起义军。李自成从小练就一身好武艺，善于骑射，且膂力过人，又有胆略，很快就当上了义军的队长。1631年，他又投介“闯王”高迎祥，号称“闯将”，自率一军。
崇祯二年(1629年)三月，明廷以杨鹤为三边总督，对农民起义军实行剿抚兼施、以抚为主的政策。招抚失败，明朝廷改用洪承畴为总督，后又提升他为兵部尚书，命他统率陕西、山西、河南、四川和湖广各路官军，对起义军进行大规模的围剿。十三家七十二营农民军领导人聚会河南荥阳，商讨作战方略。李自成提出了联合作战、分兵迎击的战略思想，得到了各首领的赞同，于是兵分五路，迎击官军。农民军团结一致，各路大军取得节节胜利，直接威逼凤阳、南京。明王朝恐慌万状，继续增兵。1636年，高迎祥不幸被捕牺牲。1638年，张献忠又一度受抚于明朝，起义军陷于困难境地。但当明军忙于应付自东北南下的清军时，起义军又恢复了生机。李自成提出了“均田免粮”的口号，得到了广大农民的热烈拥护。1641年，“闯王”李自成率起义军攻破洛阳，杀福王朱常洵。接着李自成领军进围开封，歼灭明军主力。1643年，李自成在襄阳自称“新顺王”，创立新顺政权。1644年，李自成改西安为长安，建立“大顺”国。在攻下太原、大同、宣府、居庸关、昌平后，大顺军于同年农历三月，攻占北京。崇祯帝在煤山自缢，统治中国达270多年的明王朝宣告灭亡。不久，张献忠也在成都称帝，建立了“大顺”政权。
李自成进京后，采取一系列措施，加强政权建设。中央机构基本上因袭明朝，有的只改换名称。与此同时，对罪大恶极的大官僚大地主加以镇压，并用暴力逼迫明朝贵族大臣、贪官污吏交出平日剥削来的金银财宝。在“均田”口号的推动下，某些地区的农民夺取了土地。但是，由于军事上节节胜利，大顺领导者竟滋长起骄傲麻痹思想，以为明朝覆灭，天下从此太平了。对于盘踞在江南的明朝残余势力，只派少数军队出征。对于屯兵山海关的吴三桂更抱着幻想，以为只要用金钱和封爵招抚就可以使他为大顺守卫山海关。一些大将开始追求享乐，把战斗任务丢在一边，有些士兵也想富贵还乡。所以，当吴三桂引清兵入关之时，大顺军猝不及防，一触即溃。永昌元年（1644年)四月三十日，大顺军撤出北京，在清兵追击下，连连败退。次年四月，李自成在湖北通山县九宫山遭地主武装袭击，不幸身亡。1646年冬，张献忠在西充凤凰坡兵败牺牲。
清军入关
15世纪后，当明朝被南倭(倭寇)、北虏(蒙古部落)拖得疲惫不堪、内部党派倾轧不已的时候，东北地区的女真人正逐渐强大起来。
努尔哈赤是明末女真族的杰出领袖，他于嘉靖三十八年(1559年)出生在建州左卫的一个奴隶主家中，是建州左卫指挥使、女真酋长猛哥帖木儿的后裔。他从小即受到汉族文化的熏陶，长大后成为足智多谋、武艺超群的杰出人才。他以祖父遗留下来的13副铠甲武装起事，逐渐统一了女真各部。1616年，努尔哈赤在赫图阿拉(今辽宁省新宾县内)即位称汗，国号大金，建立起奴隶主阶级的政权，史称后金。努尔哈赤在统一女真族的过程中，创建了“八旗制度”。这是一种军民一体、军政合一的社会组织形式。它的实行不仅提高了部族的军事战斗力，也促进了女真社会的发展。努尔哈赤待内部巩固以后，即把进攻的矛头指向明政权。万历四十六年(1618年)，努尔哈赤宣称与明有“七大恨”，进兵攻占抚顺等地。萨尔浒一战，努尔哈赤以少胜多，击溃明军，从此，更日日谋划向南进攻。1625年，后金迁都沈阳。第二年正月，努尔哈赤率兵围攻山海关外重镇宁远(辽宁兴城)，在战争中受伤，退回沈阳，于八月间病死。
努尔哈赤死后，儿子皇太极即位，他继续对明用兵。1641年，明蓟辽总督洪承畴兵败松山，向后金屈膝投降。此时，除宁远孤城外，明朝山海关外的要地已尽失。1636年，皇太极在沈阳称帝，改国号为“大清”，改族名为“满洲”。皇太极对政权组织进行了一系列改革。此时，清政府已完全取代了明政府对东北地区的统治，已成为一个强大的独立的政权了。
崇德八年(1643年)八月，皇太极暴病亡故，6岁的儿子福临即位，改元顺治，是为清世祖。福临年幼，由其叔父多尔衮和济尔哈朗辅政。多尔衮逐渐独揽朝政，成为煊赫一时的摄政王。此时，李自成农民军已完全控制西北，并以压倒优势向北京进军。多尔衮也为占据中原而加紧准备。顺治元年(1644年)三月，多尔衮得知驻守宁远的吴三桂拟赴京师勤王，即下令秣马储粮，并改变以往入关掳掠的政策，提出为明“复君父仇”的口号，力图拉拢汉族地主，共同镇压农民军，以图夺取中原。四月九日，多尔衮率军15万南下，李自成也于四月十三日率兵6万奔赴山海关。此时，吴三桂率众10万正由永平取路赴京，途中接家中密信，知父吴襄追赃被拷，爱妾陈圆圆被俘，盛怒之下，转而回师山海关找李自成决战。多尔衮接到吴三桂“泣血求救”书，也即刻领军直奔山海关，双方商定对李自成农民军进行首尾夹击。多尔衮于四月二十一日昏黑到达山海关。四月二十一日，李自成与吴三桂军展开激烈战斗。吴三桂得知清兵已到关外，便突围出外城，向清髡发称臣。二十二日，李自成起义军与吴军均已精疲力竭时，蓄锐待机的清兵乘势从阵右冲杀过来。农民军遇生力军，终于不敌，被迫败阵西撤。
山海关战役，多尔衮成功地利用吴三桂，以压倒优势取得了决定性的胜利，接着即率军挺进关内。多尔衮一方面命令吴三桂尾追西撤的李自成，一方面亲率军向北京进发。五月，多尔衮占领了北京，为清军进军中原抢占了前哨阵地。
收复台湾
从16世纪开始，随着欧洲资本主义的发展，葡萄牙、西班牙、荷兰等国殖民者相继来到东方，抢占殖民地，开始了对中国的掠夺和侵略。1626年，西班牙殖民者悍然侵占了我国台湾北部的基隆和淡水。17世纪初，荷兰以一个新兴的资本主义国家取得了海上霸权地位，号称“海上的马车夫”。1624年，荷兰殖民者亦派兵来侵占台湾，修筑要塞，先在安平建台湾城，后又在台南建赤嵌城。1642年，荷兰打败西班牙，独占了整个台湾。台湾各族人民对荷兰殖民者的野蛮侵略深恶痛绝，不断掀起反侵略反奴役的斗争浪潮。同时，他们也不断寻求大陆人民的支援。明亡之后，坚持抗清的郑成功成为他们希望的寄托者。
郑成功生于天启四年(1624年)，福建泉州南安人，本名森，字大木，后隆武帝赐姓朱，改名成功。15岁入南安县学，21岁在南京国子监为太学生，成为著名学者钱谦益的学生。顺治三年(1646年)，清军进入福州，其父郑芝龙叛明降清，年仅25岁的郑成功力阻无效，乃焚儒巾蓝衫，出走金门，率陈辉、张进等90余人在海上起义，以抗清复明作为自己的历史使命，同时决定逐出荷兰侵略者，收复台湾，一时成为国内外矛盾斗争的焦点人物。
郑成功海上义师长达16年的抗清斗争严重地打击了清军。但是，清军已基本上消灭各种抗清武装，统一了大陆，郑成功孤军在海上，已无能为力，于是决定将台湾夺回作为反清根据地，遂开始了驱逐荷兰殖民者、收复台湾的斗争。
为伸张民族正义，顺应人民要求，郑成功经过周密准备，趁荷兰援军离台，力量薄弱，清“世祖新崩，无暇征战”之机，于顺治十八年(1661年)四月二十一日，发水军25万，战船数百艘，从金门科罗湾出发，渡海东征台湾。四月三十日，船队在浓雾弥漫中抵达赤嵌城附近，从海道迂回至荷兰防务薄弱的鹿耳门港(台北安平港北)登陆，不到两小时，即登上台岛，使“红夷大惊，以为白天而下”。
当时，在台湾的荷兰殖民军约有2000余人，船坚炮利。郑成功所指挥的军队英勇顽强，打退了由荷兰长官揆一指挥的从海陆两方面进行反扑的侵略军，迅速包围了赤嵌城。郑成功采纳当地人的建议，堵塞了赤嵌城的水源，迫使赤嵌城荷兰守军头目描难实丁献城投降。接着，郑成功又集中兵力，分水陆两路围攻揆一所在的台湾城，将它团团围住，准备与他们进行持久战；同时，又派人深入台湾各地，发动群众搜索逃散的敌军，肃清荷兰殖民者在各地的残余势力。八月，郑成功打退了前来增援的荷兰海军，台湾城的敌军外援断绝，再也不敢出击了。
郑成功军队在围困台湾城8个月后，决定转入进攻。他们在城南增筑炮台，修造战壕，配备28门大炮打得荷兰士兵无处躲藏，只得龟缩城内。中国军队的包围圈越来越小，荷兰侵略军已陷入绝境。1662年农历二月，荷兰殖民长官揆一被迫在投降书上签了字。中国军民经过9个月的英勇战斗，终于打败了荷兰侵略军，结束了荷兰殖民者在台湾38年的统治，使台湾重新回到了祖国的怀抱。
郑成功收复台湾后，采取了许多政治以及经济措施，使台湾的生产迅速恢复并发展起来。他还在各地开设学校，提高台湾人民的文化水平。
南征北战
清军入关后，虽然镇压了声势浩大的农民军和东南、西南以及其他各地的抗清力量，建立了全国的封建统治，但实际上在康熙初期，南方尚有“三藩割据”，东南海上郑成功的子孙还占据着台湾，西北边疆蒙古准噶尔部也未臣服。康熙为了实现全国统一，不得不进行“南征北战”。
“三藩”，是指镇守云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。他们割据一方，并不断向外发展，严重威胁着清朝政府的统治。1673年，康熙以尚可喜奏请归老辽东为机缘，开始撤藩。撤藩令一下，吴三桂即于当年十一月在云南发动暴乱。康熙十三年(1674年)初，吴三桂率军攻入湖南，平南王的女婿广西将军孙延龄、靖南王耿精忠先后响应。随后，云贵、四川、湖广、闽粤、甘陕等地握有重兵的清军提镇大员也纷纷竖起叛旗。清朝廷采用打击与安抚相结合的办法，最后于康熙二十年(1681年)十月，平定了历时八年之久的“三藩”之乱。
“三藩”之乱平定之后，统一台湾成为清政府必须解决的问题。康熙二十年(1681年)，清朝廷派大将姚启圣、施琅进攻台湾。康熙二十三年闰六月，施琅攻下澎湖，据守台湾的郑成功的孙子郑克爽投降。八月，清军胜利进驻台湾。第二年，清政府在台湾设立一府(台湾府)三县(台湾、凤山、诸罗)，隶属于福建省，从而使台湾归入中国的版图。
康熙初年，居住在天山北路的蒙古族中的厄鲁特准噶尔部的封建大地主噶尔丹合并了其他三部，占据了天山南路各城。1690年，噶尔丹在沙俄支持下，率兵向内蒙古进攻。康熙帝为了维护国家的统一，巩固自己的统治，先后三次亲自带兵出征，1690年，大败噶尔丹于乌兰布通。噶尔丹在清兵的追击下，于1697年败死。后来，其侄子策妄阿拉布坦又发动叛乱，康熙帝1720年再次带兵出征，平定了叛军。1757年，乾隆帝又派兵平定了准噶尔贵族阿睦尔撒纳的叛乱。至此，准噶尔部才终于臣服。清政府设立了伊犁将军、参赞大臣等，率兵分驻伊犁、塔城等地，加强了对天山北路的统治。
雍正五年(1727年)，清政府在西藏设置驻藏大臣，以监督西藏地方事务。乾隆五十七年(1792年)，英国殖民者唆使尼泊尔封建主入侵西藏，被清政府击败。清政府对西藏的政治、经济、军事进行了一系列的重大改革，使西藏地区与中央政府之间的关系更加密切。