初十日早，成功令五军陈尧策传令陈辉等碇海中流，不许起柁，欲得漳州船出而乘其后。倏忽闲，官船乘风蔽江而下，以数船攻一船，用铁链牵住，炮矢齐发，梯而登。陈尧策、周瑞一船及方左荣一船皆被烧死。陈辉一船，官兵蜂拥而上；辉走入官舱，发火药从下冲上，船撼飞裂，官兵在船上俱死。其船未沉，为海兵夺回，陈辉得活。时成功坐熕船，继令何义督之，而下八桨船往来督战。时官船乘风直进，海船渐渐退缩，直压至厦门港口。将午，南风乍发，海潮渐长，黄廷、周全斌等奋力迎击，同正副龙熕两船破■〈舟宗〉而入。龙熕受大弹子一丸，重十余斤，小弹子一斗；副龙熕照样新铸者，各以一船专载之。龙熕所及，船中人顷刻间不见形影；遂夺满先锋昂邦章京红眼二船，生擒侍卫一二等虾十余员并乌沙一船。黄廷擒梅勒耿胜一船。户官郑泰自金门率鸟船五十号乘势冲入，宣毅镇黄元从鼓浪屿后冲出夹攻，炮声如雷，隐隐不绝，烟火迷江，咫尺不辨，共擒官船十三号，又追满先锋三船至圭屿，满先锋弃船登岸，马信招之降，夜溺杀之，惟留红带梅勒士心秀并随身披甲三人。
是日辰时，达将军总督满汉兵船至牟尼屿，从赤山坪登岸。殿兵镇陈璋挥兵于水中逆战，兵少，渐不支。守高崎右虎卫陈鹏密通我同安总镇施琅，谋为内应。其副将陈蟒，璋之侄也，见势急，欲出兵救援；陈鹏止之，不许，成功总督王秀奇速令陈蟒赴之。满兵见金龙甲兵至，以为迎己也，及下水砍杀，始慌乱，而前协万宏、领兵林雄、领旗协刘雄继至合击，前冲镇刘俊亦从东冲出，协力拒敌。俄而水师吴豪赶至。满船向前迎敌，诸水师分路冲下，击沉数只，满兵先登岸者被杀及溺水不计其数，生擒巨马喇及披甲三百余人，皆断手掌放回。达素率全师回省。数日，尸浮海岸万余，长发者十二三，短发者十七八。成功磔陈鹏，杀其家属，以陈蟒为虎卫右镇，何义为虎卫左镇。
六月，成功驻金门后埔，令思明州将士兵丁眷口移住金门，百姓搬移过海，听其自便。拨诸提镇分扎汛地取粮。
七月，成功命兵官张光启往倭国借兵，以船载黄蘗寺僧隐元及其徒五十众；时倭人敦请隐元，故载与俱往。成功书与倭国王而不及上将军主国政者，故倭人兵不发。
九月，诸兵民家眷俱回思明州。
十月，中朝调达素回京问罪，达素在福州闻之，吞金而死。满兵回京，水师船只俱调入港阁岸。
监国鲁王殂于金门所。
辛丑（顺治十八年正月，世祖晏驾，圣祖即位，改明年元为康熙）
正月，成功议取台湾。台湾者，在东南海中，东倚山，西薄海，北界鸡笼城，与福州相峙，南则河沙矶、小琉球近焉。周袤三千里，与土番杂处。万山环抱，中有膏腴平地数百里。故无君长，饶布粟桑麻，百物互相贸易。山多金银，无所用，人民饶乐，不知甲兵战鬪。山口百里皆危礁，两山夹水如永巷，潮长舟轻，始可入。天启年间，郑芝龙与群盗出没其地，后为欧罗巴红夷所占，于港口筑城，与中国、日本、广南贸易。海边贫民流寓者，种蔗煮糖为业，殆数千户。时红夷亦恐郑氏动兵，及庚子春，先遣通事何斌及其酋长同来议贡。何斌密进地图，盛言『台湾富饶，为四省要害』，且言可取状。成功陈兵自镇南关至院东，依山布阵，凡十余里，甲兵数万。周全斌统辖戎旗兵七千，皆衣金龙甲，军威甚盛。夷人震慑。成功欲进兵，诸将虽不敢违，俱有难色。宣毅后镇吴豪曾到其地，力言『港浅，大船难进，且水土不服，多瘴疠』；成功不从。惟协理戎政杨朝栋倡言可取，成功纳之。
二月，成功驻兵金门，整理船只。以兵官洪旭、前提督黄廷居守思明州，户官郑泰居守金门所。
三月初一日，祭江。成功督文武官亲军武卫周全斌、何义、陈蟒、提督马信、镇将杨祖、萧拱宸、黄昭、陈泽、吴豪、林福、张志等作首程先行，令守澎湖。游击洪暄引港，各船俱驾到料罗湾，听令开驾。
二十二日午时，成功自料罗放洋。
二十四日，各船齐到澎湖，分各屿驻扎。成功扎营内屿。
二十七日，开船到甘吉屿，阻风而回。
三十日晚，风雨未息，成功以行粮已尽，传令一更后开驾；三更后，晴霁风顺。
四月初一日天明，成功至台湾外沙线，各船络绎俱至鹿耳门线外。此港甚浅，沙坛重迭，海道纡折，仅容数武，大船从无出入，故夷人不甚防备。是日，水涨丈余，成功令小船由鹿耳门登岸。午后大小战船齐进，泊水寮港，登岸扎营。令陈泽督虎卫将坐铳船扎鹿耳门，牵制红夷甲板船，并防北线尾。守赤嵌城夷长猫鸡实叮发炮死击营垒并焚马厩粟仓。成功恐焚及赤嵌卫，令杨朝栋督张志统兵防御。
初三日，陈泽扎营北线尾。守台湾城夷长揆一见海师未齐，遣头目拔鬼仔率鸟铳兵数百直前邀击。陈泽迎战，一鼓歼之。拔鬼仔战死，余夷退走。
初四日，赤嵌城夷长猫鸡实叮以孤城救之，成功遣杨朝栋招谕之，遂率夷人三百余人出降。成功令赤嵌夷招夷长揆一等来降，不从。时夷人尚有甲板船在港，令陈泽、陈广等攻之，沉其一只，焚其一只，走回一只。成功督师移扎七鲲身以逼之，筑土台架炮攻台湾城。揆一等于附城、铳城齐放大铳，顷刻土台崩坏，海兵退回。夷人出城夺炮，马信、刘国轩率弓箭手射之，乃退。成功遂令赤嵌降夷架铳击其铳城，崩之。派马信等扎台湾卫固守不攻，俟其自降，成功又使人告之曰：『此地乃先人故物，今我所欲得者地耳，余悉以归尔』；红夷乃降。
成功派各镇分扎汛地屯垦。
五月初二日，二程黄安、刘俊、颜望忠、陈瑞、胡靖、陈璋等到台湾。
成功集文武各官，审宣毅后镇吴豪抢夺民财，兼匿米粟，斩之；右虎卫陈蟒同罪，革职捆责，以黄安管右虎卫。
成功既得台湾，制律法，兴学校，改台湾为伪安平镇，赤嵌城为伪承天府，委杨朝栋为府尹；一为天兴县，委庄文烈知县事；一为万年县，委祝敬知县事。
六月十六日，铜山守将蔡禄、郭义抢掠居民，胁忠匡伯张进投诚。进诈许，置酒请会，欲发火药与之俱焚。蔡、郭知之，不赴。张进遂纵火****。初，后提督万礼密约海澄公黄梧，欲据思明州投诚，后随攻南京被获而死，已祀忠臣祠矣，事泄，成功撤其木主；蔡、郭是其党也，故惧而叛。大兵入铜山城，兵官洪旭会忠勇侯陈豹统水师追之，蔡、郭同大兵退走。报至，成功拔总监营翁天佑镇守，而厚恤张进之家。
七月，红夷会甲板船至。成功调右武卫前协裴德协守台湾。
张志、黄昭等激变大肚社土番，杨祖与战，中标枪死。土番围张志营，黄安、陈瑞等击走之。
八月，红夷率甲板船来攻。成功令陈泽同戎旗左右协水师击败之，获甲板二只、小艇三只。自是甲板退入台湾港，不敢复出。
朝命户部尚书苏纳海至闽，迁海边居民之内地；离海三十里村社田宅，悉皆焚弃。先是，达素兵至，成功令思明州撤空，其北人来降者，家眷乘隙皆渡海逃去。成功右提督班秀奇亦逃回江南，埋名不出，而原任漳州知府房星晔者，为索国舅门客，遂逃入京，使其弟候补通判房星曜上言，以为海兵皆从海边取饷，使空其地而徙其人，寸板不许下海，则彼无食而兵自散矣；遂从其策。升房星晔为道员，病死无嗣。至是，上自辽东，下至广东，皆迁徙，筑短墙，立界碑，揆兵戍守，出界者死。百姓失业流离，死亡者以亿万计。
苏纳海归，荐同安总镇施琅为水师提督，移镇海澄。
十月，同安侯郑芝龙为其家人尹大器出首通海，时今上新即位，四辅苏克萨哈与郑芝龙有隙，以初三日磔芝龙于菜市，杀其子孙家属凡十一人，囚郑芝豹于京师，锢守之。报至台湾，成功叱为妄传，然中夜悲号，居常郁悒。
十二月，守台湾城夷长揆一等乞以城归成功，而搬其辎重货物下船，率余夷五百余众驾甲板远去。成功遂有台湾，改名东宁。成功以各社田土分与水陆诸提镇，而各令搬其家眷至东宁居住。兵丁俱令屯垦。初至，水土不服，瘴疠大作，病者十之七八，死者甚众。加以用法严峻，果于诛杀；府尹杨朝栋以其用小斗散粮，杀其一家；又杀万年县令祝敬，家属发配；于是人心惶惧，诸将解体。
壬寅（康熙元年、海上称永历十六年）
正月，成功严谕搬眷。郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾；而差船来调监纪洪初辟等十人，分管番社，皆留住不遣。岛上音信隔绝。
三月，成功令周全斌调铜山、思明州兵攻南澳，欲擒陈豹。豹短小精悍，号「三尺陈」，守南澳近二十年，许龙、苏利皆畏之；但骄傲专恣，数违藩令。兵至，仓猝率众搬眷下船，不敢十分迎敌，扬帆入广东投诚，朝命封为慕义伯。未几，病疫而死。
四月，成功有宠妾董夫人在思明州，长子经乱之，生子。子生，报台湾，成功大喜，高宴累日，问所自出，皆云不知。既而微知之，大怒，命工官杨都事赍令箭到思明州，欲杀董夫人及长子经，并左右五人。首洪旭，经妻父也。黄廷与洪旭密谋；『国姓以盛怒命杀其子，国姓无他子，倘后而中变，喜怒不可知，不若姑缓之，须后命』。遂杀杨都事，不奉令。又讹传周全斌奉密谕欲杀诸将十余人，于是人人自危。洪旭等候周全斌船回厦门港，即执而拘之。黄廷劝郑泰杀全斌，全斌求救于董夫人，洪旭亦依违，乃得免。
五月初八日，成功病卒于台湾，遗命『子经不肖，不堪负荷，文武各官俾辅幼弟为台湾主」。提督马信、镇将黄昭等宣遗命，以其弟郑世袭护理大将军印。未几，马信、黄安皆物故，世袭以黄昭、萧拱宸为腹心，拔刘国轩管镇事，谋自立。报至思明州，郑泰、洪旭、黄廷、工官冯澄世、参军蔡鸣雷等皆不从，立郑经为嗣，称世子，发丧即位。
时靖南王耿继茂移镇福建，与总督李率泰遣中军王明、赏功李有功至思明州议抚，郑泰等议照朝鲜例冠带不薙发复耿、李，使疏请，而泰遣中军官杨来嘉同入京待命；后不报，释杨来嘉回。
八月，京中差户部郎中贲岱、兵部郎中金世德入闽安城招抚。凡海中文武官投诚者，依例照品级升降补用。
十月，洪旭、郑泰等以兵千余人配船，送郑世子入台湾。郑经以周全斌为五军，冯锡范为侍卫（澄世之子），陈永华为咨议参军。至澎湖，其将李思忠船飘至台湾，知诸将有谋，逃回；郑经随即防御，因乘风入鹿耳门登岸。全斌令连夜伐木为寨扎营。次早，黄昭、萧拱宸谋奉世袭拒经，值大雾，昼瞑，咫尺不相见，诸将多迷误失期。惟黄昭兵先至，攻其前。黄昭攀木而登，为流矢所中，堕下。全斌令斩其首，大呼示众，军士皆迎降。大雾忽晴，日已晌午。锺宇等至，皆反戈而迎。郑经入安平镇，请世袭至，待之如初。世袭委罪于其仆蔡云，云自缢；郑经收萧拱宸、李应清、曹从龙等斩之，余皆不问。诸将营兵，拨守汛地如故。
十一月，郑经率周全斌等同其叔世袭回思明州。后世袭入京归命，授精奇尼哈番；颜夫人、郑芝豹自戍所发回，准在京同住。
癸卯（康熙二年）
正月，郑经驻思明州。时洪旭守思明州，郑泰守金门，黄廷守铜山。郑经得郑泰与黄昭往来书，欲袭取之，郑泰不自安，称病不出。
张煌言党伪靖波将军阮英率文武各官，诣温州投诚；浙督赵廷臣以闻。
三月，郑经命周全斌船入海澄港取粮，欲袭金门，见有备，乃止。
四月，参将陈永华谋以郑经将回东宁而请郑泰为居守户官，统辖诸镇，资其饷给兵，铸「居守户官」印，遭协理吴慎赍至金门。泰遣其弟鸣骏入谢，郑经慰谕之。见陈永华，与鸣骏情好甚密。鸣骏回，永华力劝其行，泰遂于六月初六日带兵船并饷银十万至思明州。是晚，入城赴席，郑经以其前通书黄昭，面质之，遂交与洪旭监留。周全斌率兵并其船，独蔡璋一船得脱。天未明，至金门，鸣骏仓猝与泰之子缵绪率诸将及兵丁眷口下船，入泉州港，向总督李率泰投诚；船凡二百余号，兵八千余。全斌等追之不及。后京中封鸣骏为导义侯，缵绪为慕恩伯，文武官吏班赏叙用有差。
初十日，郑泰见其子弟家眷兵众皆入泉州港，遂自缢而死。
七月，郑经以黄而辉为思明州知州，黄廷之子也。