苏利反叛。二十七日，朝命兵部侍郎硕图、郎中沙海、正黄旗副都统木克必兔、刑部郎中希福往广东征苏利。广东总督卢崇俊奏报：『八月十二日，兵至南塘，苏利亲领万众迎敌。平南王尚可喜合兵击之，贼始溃散。将军提督督阵，贼尸满野，官兵驰围碣石，贼夜开门潜遁，我兵抢门而入，提督兵丁李起鸿阵斩苏利，验明尸首，投诚员役认项有疙疸是实，臣捐银三百两、马一匹、袍帽缎疋赏之，以示鼓励。苏利家口，先期出城下海遯去』。
黄廷自铜山入见，郑经慰谕之。
海中自郑鸣骏入泉州，人心解体，镇将多叛。右武卫杨富、左武卫何义、精忠伯陈辉等，文官参军蔡鸣雷、礼官都军陈彭等，皆先后投诚。
九月，荷兰国王纠集甲板船十六只，番兵数千，会靖南王耿继茂、总督李率泰，约共攻两岛，候事定之日，欲求浯屿筑城贸易，如广东香山澳例（后准纳贡互市）。李率泰遂议平岛。
十月，调齐水陆官兵。陆路提督马得功督郑鸣骏以船数百号出泉州港，水师提督施琅同海澄公黄梧出海澄港，靖南王耿继茂同荷兰国王扎营于同安港之刘五店。至期下船渡海。守高崎正兵镇陈升先约降。
尚可喜奏：『十月二十二日，蛋贼李荣、周玉称奉永历勒印，号「恢粤将军」，直犯广东省城。臣随同抚、提二臣，调令现在船只，前往击贼。周、李二贼，扬帆遁走，炮船追袭八十里，至鱼珠缆尾海面，贼援已至，与兵船对敌。地多沙浅，贼乘上风顺水，烧哨船三、炮船十及水师舟一。暮夜收兵。二十三、四日，贼船东西抢掠。二十五日。贼攻顺德县南门，捆知县王允下船。贼悬张伪示，沿海乡村，为其造船。二十八日，臣据镇臣张国勋报，会同密遣摆牙喇参领刘国保统马步兵一千，协镇将军标下甲兵五十，提督甲兵五十八，擒烧村寨船只。臣密谕镇臣张国勋、班际盛统领战船，水陆并进。T十日，周、李二贼率船一百二十三迎敌，镇臣张国勋、参领刘文焕两镇，各营游击薛成虎等，提标游击苗英等，统领头敌船，直前冲杀。左翼镇臣班际盛、协镇将军王运昌、水师游击张友才、参将刘光宗、提督守备文自炳等，统二敌战船抄出夹攻。自午至申，飞跳贼船，擒斩贼众，抛掷火罐，焚烧贼船，各贼踉跄落水。马兵往烧村寨，从大石海旁邀击，奔岸之贼尽歼焉。刘文焕生擒伪「恢粤将军」周玉，夺回杻■〈金巢〉知县王允。本标官兵生擒伪军师林辅并周玉母粱氏。各标共擒贼二百七十人，获贼大船二十四，快船二十八，铁盔甲、绵甲七百四十一，大炮、班鸠、子母、三眼、百子鸟枪四百六十九，虎叉、大刀、枪、藤簰一千九百一十六，火药五十坛；烧贼船六十四，斩首二千六百三十七，遁去三十余舟。刘国保统步骑至市桥，陆路贼放炮对敌，炮伤甲兵马匹。我兵奋力追剿，贼逃至河边，潮田泥淖，步骑难前，斩首二百三十四级，焚烧已未成大小船只一百三十一。随收兵大石海旁，见水师方与对敌，夹攻逃岸之贼，尽行剿杀。粤东环围皆水，兵船不过七千，陆兵盈万，势难飞渡。逆首李荣夜遁，必将纠合复来。逆船尚多，未可轻视。伏乞亟造战船，以收缓急之用』。
靖南王耿继茂统陆兵趋浔尾，总督李率泰统陆兵次嵩屿，提督马得功统泉州各标水师自围头进，提督施琅统漳澄各标水师自海门进。十月初二日，继茂先发；旗下都统王大用、纛章京夏有功等将步骑自泉州发；别遣驻防漳州左翼总兵徐成功、右副都统江元勋等自漳州发。初五日，两军俱次浔尾，对厦门高崎。
郑经率黄廷、周全斌等立营对海。荷兰国船高而大，一船有大小炮铳千余号，横集中流，为耿王、李总督藩蔽。贼望见我师驾游奕数十艘，炮击我营，营中亦发大炮击贼舟。初六日午时，郑经、周全斌统大■〈舟宗〉往来转战，炮攻我营。我兵发兵相持。初六日晚，贼精锐千余，乘夜潜渡登陆，直逼游击史定国营，火器弓矢并发，向营盘垛口枪刀砍刺。定国带甲兵杀出营门，都统王大用督兵策应，刀箭砍射，炮伤落水贼无数，夺盔甲十一副，火筒喷筒二十余，贼败奔舟走，经■〈舟宗〉引去，余舟仍扎高崎岛上立营。
靖南王耿继茂督发泉州、闽安水师，及藩旗都司陈一明将甲兵六百，又投诚同安伯郑鸣骏、忠靖伯陈辉标下总兵杨富水师数十艘出海，听马得功调度。十二日，俱次浔尾。李率泰屯漳州，遣漳澄水师兼陆路官兵，亦于十二日同海澄公黄梧、中路总兵王之鼎俱驰至嵩屿海口。海舟俱撤回厦门，止以数十舟游徼海面。靖南王耿继茂大集兵丁快船及同安水师大小战船，总督李率泰别遣一军夺鼓浪屿，屯扎架炮，整兵渡海，刻期二十一日水陆四路官兵齐攻厦门。飞檄围头水师，二十一日子时开洋至厦门白石头会师。
十八日，夹板船八只，先泊金门外港。十九日，马得功亲统各路水师大小四百艘，夹板船七只，径至金门乌沙头。伪提督黄廷等挥巨百■〈舟宗〉余迎敌。我兵首尾相应，协力攻打，海兵大败。郑鸣骏、陈辉、陈一明等犁沉贼舟三，夺获大舟二，斩百三百，生擒四十余，炮伤溺死无算。杨富炮击伪总兵谢福船，折其桅，过船杀贼二百人，生擒十八人。闽安水师游击郑洪、中军守备孔应贤获鸟船一，赶船矰二，水底熕二，杀贼八十余，余皆跳水死。
二十日晨，郑经率周全斌、黄廷等亲督巨舰，蜂涌挑战。马得功挥夹板船扬帆出御，大炮迭发，打碎贼舟数艘。是日，炮声如擂鼓，从辰至酉，相续不绝，不啻如雷声霹雳。郑经见夷船多炮，众寡不敌，乘潮渐渐退出浯屿，屯厦门港。周全斌等十三号船在后，迫于潮长不得出，遂直遶我船之后，冲大■〈舟宗〉而入。荷兰国兵炮矢齐发，无一中者。马得功坐鸣骏中军船，全斌误以为鸣骏也，直前攻入。黄廷中军将吴朝宰，郑经亲军将萧乘龙前后夹攻，挥兵过船，得功亲随铁甲精兵三百人皆被杀下水，得功顿足自投水而死。再攻杨富一船，焚之；杨富投水，遇小艇救之，得免。所遇之船，多被攻没。我兵小战船齐起碇扬帆，竭力应援死战，打伤贼船数艘。全斌不知马得功之死也，乃引去。
耿继茂屯浔尾，虑贼尾我之后，突犯浔尾，令游击范维杰以千人扼高崎海口，副将李之珍以千人扼浔尾海口，两岸俱设大炮，大营仍扎浔尾嵩屿。继茂令王大用、徐成功、夏有功、江元勋等，同摆牙喇参领徐文耀、王蟒、汉参领马九玉、阿达哈哈番张元德、田养民、拜塔喇布勒哈番王梅、噶卜什、章京朱怀德、吴效忠、副将马化麒、游击郭文可、史定国、牛虎等，统摆牙喇蒙右步骑官兵四千，及同安总兵黄翼与杨富副将辛球等，衔枚夜渡。李率泰亦发标下游击谢四、海澄公标下副将吴淑、游击戴亮、总兵蔡禄、郭义等，合营夜渡。两路官兵同登，郑经不能拒，二十一日寅时，直捣厦门中安山，长驱度岭向城下。荷兰出海王统夹板船抵大担扼海面。率泰令提督施琅统督标参将徐登第、公标总兵魏茂，会合蔡禄、郭义、柯义、林祖等并进。继茂发同安水师总兵杜永和俱出鼓浪屿。率泰选轻捷炮船五十为前锋，发炮击贼。贼屯教场分布抵敌，忽见步骑大兵蔽岭下，惊溃，奔舟不及者窜伏山峒。我师环布海岸，策应舟师击贼。郑经披靡，退屯浯屿。我师以炮火击之，经船退泊浯屿之外，尚有大船七、八百，小者无算。耿继茂发藩标、督标、并延、建、邵三府兵焚剿山峒余寇。复令提督施琅领漳、泉两路水师，同郑鸣骏、陈辉、杨富等会合夹板船，二十四日直抵浯屿，贼弃船宵遁。黄廷议欲再守数日，周全斌以为船多被夷炮打坏，不如退屯铜山南屿，遂弃厦门、金门两岛而去。
先是，李总督出示，准岛中百姓入界。思明州知州黄而辉启郑经，准岛民渡海。下令三日，而陈永华复启郑经禁之。至是大兵入岛，尽收厦门、金门城垣房屋焚毁，遗民尚数十万，多遭兵刃，男妇系累，童稚成群，若驱犬羊，连日不绝。而投诚兵所至搜掠财物，发掘家墓，至剖建国公郑彩之棺而残其尸。堕城焚屋，斩刈树木，遂定其地；而「嘉禾断人种」之谶应焉。
十二月，兵部差郎中纪振疆、笔帖式布兰颂赏福建将士。
靖南王耿继茂奏：『郑成功在台湾，因其子郑经拥兵抗拒，骤发颠狂，于五月初八日齩指身死』。
郑经在铜山，人心离散，营镇多叛，而厦门、金门之旧将、残兵、官员、绅士无船可泛者，或投诚，或逃遁，流离失所，死亡殆尽矣。
甲辰（康熙三年）
正月十三日，兵部奉上谕：『郑芝豹母在福建投诚，尔部即传谕芝豹，念豹母投诚，宽其罪，即行释放安插，归旗居住』。
郑经驻铜山，诸军乏粮。周全斌欲袭洪旭而并其船，洪旭亦防之。值海风大作，船各飘开，全斌遂率其众入漳投诚，后封承恩伯。而洪旭以杜辉守南澳，辉亦掠其辎重投诚。
二月，授海岛投诚将士阮美、郑绳安左都督，郑嘉玉、阮骅右都督，焦华岳都督同知，林鸾、陈大兴、杜卿、王鼎勋、高捷、李隆、陈忠义、阮复曾、林朝褒、张太都督佥事。
福宁总兵吴万福报：『伪逆阮春雷据长腰、东蚶外岛，阻海为巢；浙寇张煌言近复与之合■〈舟宗〉。福宁向无水师，艰于航海。臣万福招抚伪镇林国梁等兵丁船艘，我兵借以利济一时，水陆并进，分头夹剿，擒斩贼将，焚其巢穴。积年负固之贼，殄灭无遗。煌言、春雷仅以身免。阵擒伪将阮定、江春、王尊等，解赴军前正法』。
靖南王耿继茂疏报大捷，奉旨：『阮春雷、张煌言窃据长腰、东蚶等岛，合■〈舟宗〉狂逆，官兵奋勇擒斩贼将，夺获船只，焚毁贼巢。伪镇林国梁斩煌言弟张嘉言，杀兵夺船，带领家口投诚，身虽负伤，奋勇自救，以所带兵船同官兵捣贼巢穴，克奏虏功，深可嘉尚，与寻常投诚不同，着从优议叙』。
三月，郑经同冯锡范、陈永华等率余众回东宁。工官冯澄世一船为其家丁所迫，自投海中死。洪旭以二十舟候黄廷同行。时黄廷部下兵将多不欲行，议欲使其子而辉、婿吴朝宰率众投诚，而自已带家眷与洪旭往东宁。适黄梧遣陈克竣来招降，黄廷遂入漳投降，后封慕义伯。洪旭独往东宁。
七月，宁波水师左路协镇常□塘报：『本月投诚效用将孙惟法等，于普陀山先遣兵丁扮作僧人，擒获伪兵部张煌言，银印一颗，铜印九颗，并伴当人等』。二十六日，差官二十员获送到省。二十七日，部院赵廷臣于公衙门见煌言，问：『屡屡相请归顺，因何不从』？煌言答：『我已立意出家为僧，不愿再用。今被擒，惹万民笑骂，惟求速死』。部院言：『既系谋臣，我朝必有重用。既立意为僧，何不先缴敕印』？煌言不答。九月，煌言不食，病不死，在杭日赋诗见志，并赋满江红等词，人多传诵之。初七日，奉旨腰斩煌言于市。煌言角巾、朱履、葛袍，从容就戮。投诚将士请收葬煌言，赵廷臣不许。子张奇观，镇海大将军刘之源收为养子，年十余岁，亦奉旨见杀。
七月十九日，内大臣会议，以福建水师提督施琅为靖海大将军，以承恩伯周全斌为副，同慕仁伯陈辉等合营往剿台湾。差内院他赤哈哈番奈松尼、兵部笔帖式敖恺赍敕谕一道、银印一颗，往福建商议军机。
靖南王耿继茂奏：『荷兰出海王于八月十六日带番船十只，番兵一千抵闽安镇外，臣等会同延请至公衙门，优礼款待，约定九月二十边开驾至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻打贼巢，候风便进取台湾。理合奏闻』。
己已（康熙四年）
四月，靖海将军施琅等出洋，未至澎湖沟，飓风大作，各船飘散，不能相顾，皆引还。未几，召施琅入京，加伯衔，为内大臣归旗。其余降将，亦多以协镇副参游守补用。
丙午（康熙五年）
丁未（康熙六年）
部议分拨海上投诚兵移驻外省。先拨慕义伯黄廷驻河南邓州，随召承恩伯周全斌入京。遵义侯郑鸣骏病故，其子缵成袭侯。慕恩伯郑缵绪病故，其子修典袭伯。皆召入京归旗。其标下兵及别镇兵各给行粮，分驻于浙江、江南、江西、湖广、河南、山东、山西、四川诸省，屯垦荒田，给其牛种，免其六年租税。将领或督垦，或拨在督抚提镇等衙门效劳。文官赴部候补。
戊申（康熙七年）
已酉（康熙八年）
郑经在东宁，以陈永华理国政，冯锡范管侍卫，刘国轩管镇兵。忠振伯洪旭病故，其子洪磊及永华之侄陈绳武等皆任用。
郑经改天兴、万年二县为州，置凤山、诸罗二县。课耕种，通鱼盐，安抚土番，贸易外国；向之惮行者，今喜为乐土焉。
浙江投诚将都督佥事孔元璋请往台湾招抚。朝议遣兵部尚书明珠、侍郎蔡毓荣至泉州议款。明珠遣加卿衔兴化府知府慕天颜与孔元璋同渡海至台湾往议。郑经宴犒甚盛，请通市封贡如高丽。冠带不薙发，遣柯平、叶亨到泉州同议。明珠留其使不遣，再遣天颜入台湾申前命，必薙发如内郡。经怒，折辱使臣，困苦之，以留使为辞，将发兵扰闽地。明珠命归其使，款议遂绝，而数年之间，海上亦相安无事。