当时，河内人司马直刚刚被任命为钜鹿太守，因他平素有清谦之称，故将他应交的数额减少三百万。司马直接到诏书后，怅然长叹，说：“身为百姓的父母官，却要剥削百姓去迎合当前这种弊政，我于心不忍。”遂借口有病而辞职，但是未获批准。在赴任途中，他走到孟津，上书极为详细直率地陈述了当时的各种弊政，然后服毒自杀。他的奏章呈上后，灵帝受到震动，暂时停止征收修宫钱。
用观察云气来预言吉凶的法术家认为，京城洛阳将有兵灾，南北两宫会发生流血事件。灵帝想通过法术来压制，于是大批征调各地的军队，在平乐观下举行阅兵仪式。修筑一个大坛，上面立起十二层的华盖，高达十丈；在大坛的东北修筑了一个小坛，又立起九层的华盖，高九丈。步骑兵数万人列队，设营布阵。灵帝亲自出来阅兵，站在大华盖之下，大将军何进站大小伞盖之下。灵帝亲自披戴甲胄，骑上有护甲的战马，自称“无上将军”，绕军阵巡视三圈后返回，将武器授予何进。
中平六年（公元189年），汉灵帝驾崩，刘辩即位，是为汉少帝，何氏以太后身份临朝。何氏之兄大将军何进为翦除异已，加紧密谋诛灭宦官。为此，他召并州刺史董卓进京，然而事情败露，何进反被宦官所杀。董卓率兵进洛阳以后，废除少帝刘辩，立刘协为帝，是为献帝。
中平六年（公元189年），张让带着少帝、陈留王刘协等数十人步行出门。夜里，到达小平津。皇帝所用的六颗御玺没有随身带上，没有公卿跟随，只有尚书卢植、河南中部掾闵贡夜里到达黄河岸边。闵贡厉声斥责张让等人，而且说：“你们如今还不快死，我就要来杀你们！”于是用手中的剑砍死数名宦官，张让等又惊又怕，拱手再拜，又向少帝叩头辞别说：“我们死了，请陛下自己保重！”于是投河而死。
少帝见董卓突然率大军前来，吓得哭泣。大臣们对董卓说：“皇帝下诏，要军队后撤。”董卓说：“你们这些人身为国家大臣，不能辅佐王室，致使皇帝在外流亡，为什么要军队后撤！”董卓上前参见少帝，少帝说起话来语无伦次。于是董卓又与陈留王刘协交谈问起事变经过，刘协一一回答，从始至终，毫无遗漏。董卓十分高兴，觉得刘协贤能，而且又是由董太后养大的，他认为自己与董太后同族，于是心里有了废黜少帝，改立刘协为皇帝的念头。
董卓又在崇德前殿召集百官，威胁何太后下诏废黜少帝刘辩，诏书说：“皇帝为先帝守丧期间，没有尽到作儿子的孝心，而且仪表缺乏君王应有的威严。如今，废他为弘农王，立陈留王为皇帝。”袁隗把少帝刘辩身上佩带的玺绶解下来，进奉给陈留王刘协。然后扶弘农王刘辩下殿，向坐在北面的刘协称臣。何太后哽咽流涕，群臣都心中悲伤，但没有一个人敢说话。
董卓又提出：“何太后曾经逼迫婆母董太皇太后，使她忧虑而死，违背了儿媳孝敬婆母的礼制。”于是，把何太后迁到永安宫。大赦天下，把年号昭宁改为永汉。董卓用毒药害死何太后。公卿及以下官员不穿丧服，在参加丧礼时，只穿白衣而已。董卓又把何苗的棺木掘出来，取出尸体，肢解后砍为节段，扔在道边。还杀死何苗的母亲舞阳君，把尸体扔在御树篱墙的枳苑中。
汉献帝刘协，字伯和。他是汉灵帝的小儿子，原封陈留王，9岁被董卓拥立为皇帝，40岁告祭高祖帝庙，被迫传位于魏王曹丕，封为山阳公，最后老死山阳，终年54岁，葬于禅陵。汉献帝刘协是汉代的末世皇帝。
涿郡人刘备曾经与公孙瓒一起在卢植门下学习儒家经义，所以便投靠公孙瓒。公孙瓒派他与田楷夺取青州，建立了战功，因此被任命为平原国相。刘备年轻时与河东人关羽、涿郡人张飞交情深厚，于是委派他们两人为别部司马，分别统领部队。
常山人赵云率领本郡的队伍前去投奔公孙瓒，公孙瓒问他说：听说你们冀州人都愿归顺袁绍，怎么唯独你能迷途知返呢？”赵云答道：“天下大乱，不知道谁是能够拯救大难的人。百姓遭受的痛苦，就像是被倒吊起来一样。我们冀州的百姓，只是向往仁政，并不是轻视袁绍而亲附将军。”刘备见到赵云后，认为他胆识出众，便用心交结。于是赵云就随刘备到平原国，为他统领骑兵。
有一次，献帝便向李健要五斗米、五具牛骨以解燃眉之急，居然遭李催拒绝，最后好歹给了一点臭牛排，献帝虽然大怒，但也不能把李催怎样。献帝使皇甫郦去说和二人，郭汜同意了，李催坚决不答应，当皇甫郦向献帝复命说：“李催不肯奉诏，词语不顺。”献帝连怒气都不敢有，而是“恐催闻之，亟令郦去”。李催、郭汜表面和好以后，献帝使人晓喻郭汜，要驾幸弘农，郭汜偏不理睬，献帝无计可施，竟然悲愤得一整天不吃饭，以示抗议。
汉献帝兴平元年（公元194年）二月初一，有关部门奏请献帝选立皇后。献帝下诏说：“我母亲安葬的地方还未定，怎么忍心谈挑选后妃的事呢？”三公上奏，请将献帝的母亲王美人改葬到灵帝之陵，并追加尊号，称“灵怀皇后”。
汉献帝兴平元年（公元194年）从四月到七月，一直没有降雨，谷价一斛值五十万钱。因为饥荒，长安城中的百姓出现人吃人的现象。献帝命令侍御史侯汶取出太仓中储存的米、豆为贫民熬粥，进行施舍。可是饿死的人仍像过去一样多。献帝怀疑有人从中作弊，便命令用米、豆各五升，在自己面前熬粥，煮出两盆。于是，责打侯汶五十棍。贫民才都得以保全性命。
杨奉、董承、杨定等人准备进攻段煨，派种辑、左灵来请求献帝下诏。献帝说：“段煨并没有谋反的迹象，杨奉等人去进攻他，还要命令朕下诏吗？”种辑一再坚持，直到半夜，献帝仍然拒绝下诏。于是杨奉等就进攻段煨大营，一连十余天，未能攻下。段煨供应献帝的御膳及百官的饮食，并没有二心。献帝下诏，派侍中、尚书等告诉杨定等，命令他们与段煨和解。杨定等奉诏回营。
献帝乘坐牛车，抵达安邑。河东郡太守王邑奉献丝绵与绸缎，献帝全部赏赐给公卿及随行官员。献帝封王邑为列侯，任命胡才为征东将军、张杨为安国将军，都持符节，享有开府置僚属的权力。他们部下将领竞相向献帝乞请官职，因任命官员太多，来不及刻印，以至用铁锥来划。献帝住在以荆棘为篱的房中。门窗不能关闭，献帝与群臣们举行朝会时，兵士们就趴在篱笆上观望，相互拥挤取乐。
建安元年（公元196年）七月初一，献帝到达洛阳，住在前中常侍赵忠的家中。八月初八，献帝到达洛阳南宫杨安殿。张杨认为献帝返回旧都是自己的功劳，所以把那座宫殿命名为杨安殿。当时，宫殿都被烧毁，百官劈开荆棘，靠在墙壁间居住。州、郡长官自拥有强兵，不肯进贡。官员们又饿又乏，尚书郎以下的官员自己出去采摘野菜。有人饿死于断墙残壁之间，有人被士兵杀死。
五月初十，献帝封曹操为魏公，把冀州属下的十个郡作为他的封地，曹操仍继续担任丞相，兼任冀州牧。同时，加“九锡”：御用大车和兵车各一辆，各配有四匹黑色雄马驾车；龙袍、冠冕并配上红色的礼鞋；诸侯享用的三面悬挂的乐器和三十六个人演出的方阵舞；住宅的大门可以漆成红色；登堂的台阶可以修在檐下；虎责卫士三百人；象征权威的兵器斧、钺各一柄；朱红色的弓一把，朱红色的箭一百支，黑色的弓十把，黑色的箭一千支；祭神用的美酒一罐，并配有玉圭和玉勺。
汉献帝建安二十二年（公元217年）四月，献帝下诏：魏王曹操可用皇帝专用的旌旗，出入同帝王一样称警跸，实行戒严和清道。十月，献帝下诏增加魏王曹操的特权：魏王曹操所戴王冠可有十二条旒，可乘金根车，以六匹马驾驶，可设五时副车。魏立五官中郎将曹丕为太子。
建安24年七月，刘备自称汉中王，在沔阳设坛场，布置军队排列成阵，郡臣都来陪从，读过奏章，跪拜接受汉中王的印玺绶带，戴上王冠。派使者乘驿马车将奏章送呈献帝，归还以前授予的左将军、宜城亭侯的印绶。立儿子刘禅为王太子。提拔牙门将军义阳人魏延为镇远将军，兼汉中太守，镇守汉川。刘备回到成都主持各项政务，任命许靖为太傅，法正为尚书令，关羽为前将军，张飞为右将军，马超为左将军，黄忠为后将军，其余的人按照等级都有升迁。
建安二十五年（公元220年），曹操病死，他的儿子曹丕袭爵为魏王。曹操死后不久，他就让手下的人捏造出种种祥瑞来，说汉代的气数已尽，将由魏来代替。曹丕还命华歆等人先行到许都，胁迫献帝让位。华歆已经起草好了退位的诏书，逼迫献帝颁布。献帝含糊答应，派御史大夫张音将诏书送给曹丕。曹丕正在曲蠡，得到诏书，心中大喜，但表面上不肯接受，上表推辞，如此再三。华歆等人连忙致书劝曹丕登位，一面胁迫献帝交出玉玺。
建安二十五年（公元220年）十月，汉献帝告祭祖庙，使张音奏玺绶诏册，禅位于曹丕。曹丕在繁阳亭登上受禅坛，接受玉玺，即皇帝位。随即进入许都，改建康元年为黄初元年，国号为魏，追尊曹操为武皇帝，庙号太祖。废献帝为山阳公，曹皇后为山阳公夫人，勒令搬出宫去，但仍然可以用汉天子礼乐，算是另眼看待。汉献帝做了大半辈子的傀儡，到最后也没有摆脱被取代的命运。十四年之后，即魏青龙二年（234），献帝死去，终年54岁。以汉天子礼仪葬于禅陵，谥号为献皇帝。