4.日军改组舰队
日本海军联合舰队在1944年1月开始的马绍尔群岛战役中，不但没能出海迎战，反而退至帛琉群岛，直接导致了马绍尔群岛于4月失守，这引起了日本内阁和陆军对海军的强烈不信任，甚至有些人提出放弃马里亚纳群岛。但日本大本营非常清楚马里亚纳的重要性，决定沿千岛群岛、小笠原群岛、马里亚纳群岛、加罗林群岛和新几内亚群岛西部建立必须绝对予以确保的防线——“绝对国防圈”，马里亚纳则是该防线的核心。因此，日军自1944年2月起，开始着手加强该地区的防御。由于以前马里亚纳群岛是海军负责防御，岛上的陆军部队很有限，大本营计划将中国战场上的第3和第13师团调往中太平洋，以加强该地区的地面部队。但这两个师团在中国战场上一时无法脱身，大本营只好于2月10日将驻中国东北的关东军第29师团调到马里亚纳，陆军部还将新组建的8个支队也调到该地区。2月25日，日军大本营将中太平洋地区所有陆军部队整编为第31军，由小畑英良中将任军长，规定该军服从于联合舰队司令的调遣。从3月起，日军进一步动员大批船只向该地区调集部队，至5月下旬，31军已拥有五个师团又8个旅团，分别防守马里亚纳、特鲁克、小笠原和帛琉等岛屿。其中部署在马里亚纳群岛的是2个师团又两个旅团，约6万余人。防御工事计划要到11月方能完成，此时才完成工程量的50%，火炮掩体几乎没有，地雷和铁丝网也没铺设，总体防御根本谈不上坚固。
而直到1944年3月，日本人才承认航空母舰已代替战列舰而成为海军最主要的舰种，之后着手对舰队进行了重要改组。
★改组后的日军舰队
3月4日，日本海军将原在马里亚纳群岛的第4舰队和新组建的第14航空舰队合并为中太平洋舰队，由中途岛海战的败将南云忠一海军中将任司令，第4舰队主要是由鱼雷艇、猎潜艇、扫雷艇和巡逻艇等轻型舰艇组成，第4航空舰队编制上虽有8个岸基航空队，478架飞机，但陆续被调往其他地区，剩下的飞机寥寥无几，因此这支舰队实力非常薄弱，只能充当牵制美军登陆部队的偏师，为主力舰队集结赢得时间。日本海军计划用于马里亚纳群岛决战的主力舰队是1944年2月由第2、第3舰队合并组成的第1机动舰队，由小泽治三郎海军中将任司令。几乎包括了联合舰队所有主要水面舰艇，共有航母9艘，战列舰5艘，巡洋舰14艘，驱逐舰31艘，舰载机439架。日军大本营深知这支舰队与美军太平洋舰队的航母编队实力上存在较大差距，决定以第1航空舰队改编的第5岸基航空队，与之配合作战，以求充分发挥舰载航空兵与岸基航空兵的协同威力。需要说明的是这支第1航空舰队并不是那支战争初期偷袭珍珠港、纵横太平洋的航母舰队第1航空舰队，而是1943年7月刚刚成立的岸基航空兵部队，由角田觉治海军中将指挥，成立伊始就受到日军大本营的特别重视，从其他部队抽调一些有战斗经验的老飞行员作为骨干，并尽可能为其配备最新式的装备，一直作为大本营的直属部队在国内训练，原计划训练一年，1944年2月马绍尔群岛失守后，不得不调到中太平洋地区，其中技术熟练的调到马里亚纳，技术尚不熟练的则调到菲律宾一边训练一边备战。原第5岸基航空队共有飞机1092架，后又将其他一些具有战斗经验的航空兵部队调入，使其飞机增至1600架，但因战斗不断，至1944年5月，仅余530架。
5.“阿号作战”计划
日军的决战计划原是联合舰队司令古贺峰一海军大将主持制定的，企图在第一航空舰队和第一机动舰队实力有所恢复后，寻找战机与美军决战，争取扭转战局，代号为“阿号作战”。
“动员全部兵力对付敌人的正面反攻，一举歼灭敌舰队，挫败其反攻企图。”不难看出，日本认为，在军事力量和军事潜力方面，美军拥有很大的优势。在这种情况下，要想挫败美国海军咄咄逼人的攻势，急速改变战局，唯一的办法就是发动一场像珍珠港那样的庞大战役，一举夺回制海权。然而日本却先后失去了两名联合舰队司令长官，这是世界海战史上罕见的悲惨事件。第一任联合舰队司令长官山本五十六海军大将，为了激励在所罗门前线苦战的日本官兵的士气，决定乘飞机去布干维尔岛。1943年4月18日，山本和宇垣参谋长分乘两架飞机出发，在到达目的地15分钟前，遭到20架美战斗机的伏击。山本座机被击中坠毁，山本司令长官当场阵亡。这一悲剧的发生是由于山本视察行动的密码电报被美军破译而造成的。这一悲惨事件给日本全军的士气带来了极大的影响。
而另一位就是古贺峰一，山本大将阵亡后，古贺峰一海军大将继任联合舰队司令长官。此时，日本海军处于防御作战的困境中，古贺为了振作海军士气，亲自率全军2次向马绍尔群岛一线出击，可是由于美舰队行踪莫测，日本舰队没有抓到战机。就在古贺出击马绍尔群岛之际，美海军利用空中优势发动的逐岛进攻不断取得进展。因此，古贺决定把作战防线后撤至马里亚纳群岛—西加罗林群岛—菲律宾—澳大利亚北部一线，企图利用有利的地理条件展开最后的大决战，并决心亲临前线指挥作战。
1944年3月27日，日本海军侦察机报告说在新几内亚北部发现美特混舰队正向西挺进，同时，来自大本营的情报说，敌人的大批运输船正在同一海面向北移动。因此，古贺决定和福留繁参谋长以及全体参谋分乘2架大型水上飞机，由帕劳群岛根据地飞往新的指挥地达沃。不料在飞行途中遭到强低气压的袭击，古贺于3月31日在前往菲律宾途中因座机遭遇暴风而机毁人亡。在山本阵亡时，乘坐2号机的宇垣参谋长得以幸存，而在古贺司令蒙难时，也是乘坐2号机的福留繁参谋长大难不死。两位司令的身亡如同一层阴影笼罩着日本海军，显示出一种不祥的征兆。丰田副武海军大将接任联合舰队司令的次日，即5月3日，就在东京湾的旗舰“大淀”号上接到了大本营发起“阿号作战”的指令，随即向所属各部下达了作战指令。但日军大本营错误地判断加罗林群岛是美军即将开始的进攻地点，因此马里亚纳群岛的防御准备被严重忽视了。
总之，预料到日美海军将展开全面冲突，海军官兵都相信这是“最后的一战”，因而，日本方面竭尽全力，倾其囊底，以期“必胜”。此次决战计划之周密、用心之良苦，与中途岛一战全然不同，甚至对一旦失掉战机将如何应付都事先进行了筹划。
★日本第1机动部队
这其中，最重要的一支力量是已故古贺大将所组建的“第1机动部队”。这支舰队集结在婆罗洲北方的塔威塔威岛待机。该舰队的特点是以航空母舰为主力，以舰载机为主要的攻击武器，将战列舰置于警戒护卫的地位。新的编制与山本司令长官时代相比已有明显不同，因为战争至此，海战的方式已经发生了根本性的变化。新编的“第1机动部队”的兵力状况如下：
第1机动部队，小泽治三郎海军中将指挥。
第3舰队小泽中将直接指挥。
第1航空战队——航空母舰“大凤”号，“瑞鹤”号，“翔鹤”号。
第2航空战队——航空母舰“隼鹰”号，“飞鹰”号，“龙凤”号。
第3航空战队——“千岁”号，“千代田”号，“瑞凤”号。
第10水雷战队——“矢矧”号和“阿贺野”号，第4、10、16、17、61等驱逐舰15艘。
第2舰队（司令展馆汉军中将栗田健男指挥）：
第1战队——“大和”号，“武藏”号，“长门”号。
第3战队——“金刚”号，“榛名”号。
第4战队——“爱宕”号，“高雄”号，“摩耶”号，“鸟海”号。
第5战队——“妙高”号，“羽黑”号。
第7战队——“熊野”号、“铃谷”号、“利根”号、“筑摩”号。
第2水雷战队——“能代”号，第24、27、31、32驱逐舰队等驱逐舰14艘。
这一“阿号作战”实际上是水上部队主力和航空母舰部队主力攥成一支铁拳，在同一战场上共力出击。这一战斗将是双方大规模的首次交锋，也将是一次最后的决战。
根据“阿号作战”计划，第5岸基航空队和第1机动舰队的舰载航空兵将对来犯之敌实施两面夹击，以抵消美军航母编队舰载机在数量上的优势。第5岸基航空队分为3部分，分别部署在帛琉、马里亚纳和雅浦3地，每一处的航空队都拥有战斗机、轰炸机、攻击机和侦察机，一旦判明美军的攻击方向，该地的航空队立即转移，以避其锋芒，然后再集中全力组织攻击。
起初计划中规定如美军进攻马里亚纳，将不动用小泽的第1机动舰队，而只出动岸基航空兵迎敌，随着美军的攻势日趋猛烈，一场命运攸关的海上决战的爆发已经为时不远了。为此，日本方面除组建了小泽机动部队之外，又立即着手准备了另一支重要的作战力量——大规模的陆基航空部队。这就是以提尼安岛为根据地的基地空军，也就是第1航空舰队，属大本营直接管辖，由空军专家角田觉治中将为指挥官，总兵力为飞机1644架，分别配备在提尼安岛、关岛、塞班岛、罗塔岛、硫磺岛、雅浦岛、帕劳群岛等各个机场。这样做有两个目的，一是企图使用陆基航空兵打击美军的内南洋登陆作战，同时，有力地支援小泽中将的机动部队（拥有飞机445架），二是根据情况，充分发挥这一比航空母舰部队还要雄厚优越的空中决战力量。
如果这一精心制定的作战方案得以顺利进行，马里亚纳海战大获全胜不是不可能的，全歼塞班岛登陆的美军也毫无问题。
后来，由于分配给小泽的油船数量有所增加，才改为小泽的舰队也加入马里亚纳的作战。小泽的机动舰队最初大部停泊在林加锚地，小部停泊在濑户内海，都在抓紧进行战前训练，根据联合舰队下达的“阿号作战”指令，于5月11日和12日分别启航，5月14日和15日先后到达菲律宾南部的塔威塔威，之所以选择塔威塔威作为集结地，是因为该地距离计划中的决战海域较近，便于及时出击；而且靠近婆罗洲的油田，婆罗洲出产的石油质量很高，不必经过冶炼就可直接供军舰使用，这样就不必依靠屡遭美军潜艇破袭的交通线来补充燃料。不料到达塔威塔威后，原准备刚完成基本飞行科目的舰载航空兵再进行海上合练，却因为美军潜艇在该海域活动非常频繁，几乎无法出海训练，而塔威塔威岛上又没有合适的飞行训练基地，第1机动舰队那些飞行技术本来就不高的飞行员有将近1个月的时间中断了训练，战斗力也就可想而知；而他们的对手美军飞行员平均飞行时间在500小时以上，大都具有战斗经验，还配有换班机组人员，以供轮番出战，双方相差可谓悬殊。
由于种种原因，日军作战计划遭受挫折，结果，1644架飞机中只有20%能够起飞参战。而且，在美军大规模空袭之下，除取得了微乎其微的一点儿局部胜利之外，基本上没有收到什么成效。据说，主要原因在于飞行员的技术不过硬。然而，难道失败的责任仅仅让飞行员来承担吗？
不难设想，如果不给飞行员训练的时间和机会，他们怎么会拥有高超的飞行技术呢？航空母舰上的舰载机驾驶员的情况也正是如此。总之，将技术低劣的驾驶员投入战场，这确是事实，飞行员们未能得到基本训练的时间和机会也是事实。因而，失败之罪责不应该由他们承担，而应该由无休止地驱使他们作战的陆海军首脑负责。
回顾中途岛海战，由于筹划失策而损失了无数的有战斗经验的飞行员，在所罗门消耗战中，海军也同样遭到很大的损失。当然，海军为加强和扩充空中兵力曾付出了极大的努力。但是，时间不等人。大本营估计，要恢复上述“基地航空部队”的实力，需要一年的时间。在日益紧迫的战局面前，一年的时间是多么令人感到悠悠漫长啊！然而，从当时日本军队处于严重的“营养失调”这一现实状况来看，用一年的时间来恢复实力也是符合实际情况的。况且，补充战机以及训练作战人员使之战斗化又是一件极不容易的事情。
早在1943年7月，即所罗门消耗战的末期，日本就制定了加强空中力量的计划，但是，进展一直不理想。直到进入1944年，这一计划才好不容易初见曙光，战斗机数量比称雄一时的“零”式战斗机（该机曾使美军心惊胆颤）增加了1倍（零式“52”型战斗机、“紫电”型、“雷电”型飞机），至于“彗星”轰炸机、“天山”鱼雷攻击机的性能则大大超过了美国，并已着手大批制造。如果有足够的技术熟练的飞行员来掌握这批性能优良的战机，日军也许不至于败给美军。总而言之，战局成败与提高生产力、加强对飞行员的训练是息息相关的。但是，就像联合舰队的战舰不得不常驻南方的石油产地一样，飞机如果不去南方，飞行训练也无法实施。虽然从3月初开始，航空母舰就已经南下了，但是，由于美军的空袭十分猛烈，加之美潜艇活动相当猖獗，航空母舰无法在海面上进行训练。更有甚者，进入5月以后，整整有1个多月的时间停止了训练，就连操作熟练的飞行员们的技术也有所下降，真可谓祸不单行，两头损失。这比停止训练1个月的体育运动员产生的后果更为严重，因为这是关系到在激战中是击沉敌舰还是自己首先坠机而亡的生死攸关的大问题。
如果有足够的训练时间，拼死下一番工夫苦练，或许对战局有所补益。但是，美军的进攻速度之快大大出人意料，至少比日本所预期的时间要早半年。正因为如此，为了应付迅速降临的战神，从1944年2月中旬开始，日本方面便急如星火地将大批飞机运往内南洋基地（并不是成批地运输，而是陆陆续续地进驻），把它们分配在内南洋的12个基地，如上所述，总计1644架飞机。这是一支相当强大的空中打击力量。但是不久，鉴于战况紧急，一部分被调到澳大利亚北部，这是由于后面将要叙述的对“决战海面”判断错误而造成的。当时，日军作战陷入极其混乱的状态中，飞机刚刚抵达比亚克岛，又立即返回帕劳，然后再转战至哈马黑拉，最后又匆匆忙忙地飞回提尼安和塞班岛。就这样，在连续西移东调之中多次发生飞行事故，又损失了一批飞机，这种转战飞行，对于飞行技术低劣的日本驾驶员来说也是一个大灾难。