洪秀全来到紫荆山之时，拜上帝教已经发展成一个拥有两三千成员的组织。洪、冯相见，两人都大喜过望，这标志着洪秀全回乡创立的拜上帝教理论与冯云山在紫荆山的根据地创建结合起来了。
由于多年来冯云山的介绍和推崇，紫荆山区的会众早知拜上帝教的创立者——洪秀全的大名，洪秀全如今亲来此地，大大鼓舞了会众的士气，大家都亲切地称他为“洪先生”，“到处人人恭敬”，拜上帝教的影响扩大，会众日渐增多。
附近象州有一个甘王庙，时常“显灵”，在民间影响很大。洪秀全和冯云山等人来到庙里。洪秀全用一根长竿猛击甘王塑像，大喝道：“我是真命天子，你认得我么？”接着便宣布甘王的罪状：打死母亲；冒上帝功劳；受人跪拜，迷惑上帝子女心肠；诱赚上帝子女肉食；缠捉上帝子女灵魂；教唆细妹同年共坐及唱邪歌、奏邪乐、行邪事、作怪作妖等等，然后洪秀全和众人一起将甘王塑像的眼睛挖出，胡须拔掉，帽子踏烂，龙袍扯碎，手脚扭断。
洪秀全率众捣毁甘王庙，影响很大，这不只是打掉一个“甘王”，而是打碎套在农民头上的精神枷锁，是为了鼓舞农民的斗争勇气，这是对自身力量的检阅和对地方封建势力的示威。既然被封建势力敬拜的神仙可以被打倒，那么，封建势力本身也不是什么不可侵犯的了。
拜上帝教力量的壮大，引起当地封建势力的仇视。地主团练头目王作新在1848年初亲率团练将冯云山逮捕，送往桂平县衙监狱，罪名是“以邪教惑众，践踏神明”，“阳为传教，阴图谋叛”。
冯云山是拜上帝教的实际组织者，他的被捕，是太平天国运动史上第一个危急时刻。此时洪秀全正在贵县一带活动，闻听消息立即赶回紫荆山，但一时尚无法营救，他又赶往广州，准备找美国传教士罗孝全，通过罗孝全的关系向两广总督申诉，说明“拜上帝”无罪，要求释放“因信教而入狱”之会众。
这时，紫荆山区的拜上帝教顿时陷入群龙无首的瘫痪状态。会众中有人动摇退缩了，也有人假托神灵附体反对拜上帝教教义。在当地，“神灵附体”是时常出现的现象，也为一般群众所相信。在此紧要关头，忠实而机智的拜上帝教骨干杨秀清也采取了神灵附体方式，演出了戏剧性的一幕：
1848年4月6日，在一次会众大规模聚集时，杨秀清突然跌倒，看上去不省人事，过了片刻忽然站立，表情庄严肃穆，厉声对众人说：“众小子听着，我就是天父皇上帝！今日下凡，降托杨秀清之身，来发布圣旨。”他接着宣讲了一番天父无所不在、无所不能的道理，劝人坚信不疑地敬拜上帝，并且第一次宣布洪秀全是万国真主。杨秀清还巧妙地解释了当前的困境，宣称拜上帝教必须有100天的厄运，是皇上帝对会众的考验。这是他的一个缓兵之计，估计不出百天，洪、冯就会归来。在安定众心之后，杨秀清又和萧朝贵等在紫荆山的矿工会众中筹集金钱，用以买通官府，争取早日释放冯云山。经过一番活动，桂平县知县贾桂终于作了裁决，认为冯云山的书籍和宣讲的教义，都是劝人敬拜上帝，劝人为善，并无叛逆内容，便释放了冯云山。拜上帝教会众深信上帝万能，欣喜若狂，宰牛宰马奉祭上帝。冯云山听说洪秀全已回广东设法营救自己，只在紫荆山住了两三天，也前往广州去找洪秀全。
同年10月5日，萧朝贵也效法杨秀清，假托天兄耶稣附体“传言”。他“传言”的内容，主要是要众人相信杨秀清代“天父”传言是真，要真心敬拜上帝，不要被妖魔迷惑。
杨秀清、萧朝贵代天父、天兄“传言”，在这个时期对拜上帝教的存在和发展起了重要作用，挫败了敌人的阴谋，安定了会众的情绪。
1849年7月，洪秀全、冯云山回到紫荆山，十分赞赏杨、萧在关键时刻团结会众，巩固发展了拜上帝教的功劳，对他们代天父、天兄传言的身分予以承认，并且结成兄弟关系，排定了位次：
洪秀全自称奉天命下凡，上帝为天父，耶稣为天兄，洪秀全为天父第二子，冯云山为天父第三子，杨秀清为天父第四子，萧朝贵的妻子杨宣娇为天父第六女，因而萧朝贵为天父的女婿，洪秀全称萧朝贵为妹夫。
领导核心确定之后，就带领会众打造兵器，训练队伍，到1850年，会众已过万人，有汉、壮、瑶等各族的农民、矿工、手工业工人、挑夫及穷苦的知识分子和游民等，形成了以桂平县金田村为中心的紫荆山根据地，以贵县赐谷村为中心的龙山根据地，以平南县花州为中心的鹏化山根据地等。拜上帝教已成为一个有新的宗教信仰、严明的组织纪律、明确的斗争纲领、坚强的领导核心、广大的根据地的农民运动组织。他们同清朝官吏和地主豪绅的公开冲突已不可避免。
1850年，广西会党起义层出不穷，大规模械斗不断发生，加之农业连年遭灾，瘟疫流行，广大下层民众处于水深火热之中。洪秀全预感到起义时机已成熟，决心带领拜上帝教会众干出一番惊天动地的大事情，他豪情满怀，挥笔题诗：
近世烟氛大不同，知天有意启英雄。
神州被陷从难陷，上帝当拜毕竟崇。
明主敲诗曾咏菊，汉皇置酒尚歌风。
古来事业由人做，黑雾收残一鉴中。
洪秀全认为上天有意启示自己来拯救天下，自己的榜样就是分别灭秦建汉、灭元建明的农民起义领袖刘邦、朱元璋，这表现出他决心推翻清朝、创立新国的宏大抱负。
1850年7月，洪秀全以教主的身分向各地拜上帝教会众下达团营令，要求他们于当年11月4日前到达金田。命令一下，会众群起响应，各路人马络绎不绝向金田集中。最后到达的团营人数总计2万余人，真正能冲锋陷阵的精干会员约3000余人。
数万男女老少（会众均带家属团营）齐聚一个村落，而且以往均是分散的独立家庭，如何能变成一支能战斗的大军呢？洪秀全充分发挥了他的领袖魅力及组织才干。
他所抓的第一个问题是经济问题，即会众个人钱财的处置及拜上帝教集体财产的管理。前来团营的各方会员，多是变卖家产后携妻带子而来，自然有贫富不均现象，如果不触动私有财产，那么“有饭同吃，有衣同穿，有钱同使”的理想马上出现破绽，而且以后难免发生各顾私财、贪污抢掠现象，这是兵家之大忌。所以，洪秀全确立了“圣库”制度，会员要将个人带来的财物和日后战利品一律交入公库，个人不许私藏，衣食全从“圣库”领取，官兵一律平均，这是一种带有军事共产主义性质的供给制度，是历史上农民起义提出的“均贫富”、“等贵贱”理想的发展，是洪秀全实现拜上帝教教义的一项重大措施。“圣库”制度的实行，有力保证了起义队伍生活上、军事上的需要，维护了内部的团结，而且也吸引了衣食无着的破产农民、失业的手工业者，有利于队伍的发展壮大。
洪秀全抓的第二个问题是组织问题，即严密地编制队伍，将会众编入军事体制，男女分别编营，虽是夫妻也不能同居一室。这是因为，如果男女混杂，夫妻同居，扶老携幼，显然是降低战斗力的。金田团营时，以犀牛岭为界，岭东各村为男营，岭西各村为女营。队伍编制以军为基本单位，由军帅统帅全军，1军帅辖5师帅，1师帅辖5旅帅，1旅帅辖5卒长，1卒长辖4个两司马，1个两司马辖5个伍长，1个伍长领4名圣兵。总计每军官兵共13156人。
军帅之上，依次是监军、总制、将军、指挥、检点、丞相、主将、军师、天王。女军组织略有不同，一军帅管女兵2500人。女兵或步行，或骑马，平时主要从事劳动生产，战时拿着武器上阵。杨宣娇和苏三娘，都是著名的女将领。
洪秀全还把少年儿童组成童子军，老、幼不能作战的，编入“牌尾馆”。这样，把所有参加团营的会众，组织成一个严密的战斗集体。
1851年1月11日，洪秀全38岁生日这天，广西桂平县紫荆山前的田野上，旌旗蔽天，万众欢腾，以贫苦农民、矿工为主体的拜上帝教会众两万多人，汇集金田村西边犀牛岭古营盘周围。营盘旁旗杆石上举义大旗迎风招展，战鼓阵阵，号角齐鸣。洪秀全站在营盘中间的高台上，庄严宣布武装起义，开创新朝，定国号为“太平天国”，确定1851年（咸丰元年）为太平天国元年，起义军称太平军。一场震撼国内外的农民大起义就这样正式爆发了。一首当地民谣曾这样描写当时的情景：
天国旗号飘得远，四方兄弟到金田。
兄弟姊妹都来到，降魔斩妖声震天。
洪秀全当众宣布5条纪律：
1.遵条命（遵守天条和命令）；
2.别男行、女行（男女分营）；
3.秋毫莫犯（不动民众财物）；
4.公心和傩（nuó，即和睦）；
5.同心合力，不得临阵退缩。
这5条军纪，既简单明了，便于执行和检查，又体现了《天条书》的基本精神，是太平军的生活和行动准则。
团营起义后，太平军蓄发，头包红巾，不遵清王朝剃发结辫的规定。因此日后被清朝官吏咒骂为“发匪”、“长毛”。
太平军浩浩荡荡从金田村出发，首战告捷，一举攻占了浔江北岸的大湟江口。江口圩是浔江、大湟江和鹏化水的汇合处，上通桂平、贵县，下连平南、苍梧，是个商业要道。清政府急忙调派钦差大臣李星沅，指挥湖南、贵州、云南等省军队围攻，第一线指挥是广西提督向荣，清军兵力约有万人。2月18日，清军分东西两路向江口圩进攻，太平军有意败阵，引清军进入伏击圈，在震天的杀妖声中，太平军全面出击，打得清军落花流水，死亡近千人。向荣的锐气受挫后，便转为守势，筑起坚固工事，凭借巨炮轰击太平军。太平军因没有巨炮，形势不利。3月10日，太平军主动撤出江口圩，经新圩、莫村、金田村，翻过风门拗进山，占领了武宣县的东乡一带。
洪秀全在东乡设大本营，主力驻东乡、台村一带。东乡四面皆山，中间丘陵起伏，宽广五六十里，有大小村圩60多处，是该县比较富庶的地方。当地群众踊跃参加太平军，太平军没收地主豪绅的稻米浮财，基本解决了全军的粮饷供应问题。
3月23日，在万众欢呼声中，洪秀全在东乡正式称“天王”，他的儿子洪天贵被封为“幼天王”。洪秀全还根据领导核心成员在拜上帝教中的宗教地位，设立五军主将，封“天父”代言人杨秀清为左辅正军师、中军主将，“天兄”代言人萧朝贵为右弼又正军师、前军主将，冯云山为前导副军师、后军主将，韦昌辉为后护又副军师、右军主将，石达开为左军主将。同时又授予秦日纲、胡以晃、赖汉英、蒙得恩、卢贤拔、何震川、李开芳、林凤祥等领导骨干，分别为丞相、检点、指挥、侍卫、将军、总制等职。
太平天国前期的五军主将制，是带有一定民主色彩的上层领导形式，是拜上帝教中平等的兄弟关系在政权建设中的体现。“天父”、“天兄”多次“显灵”，也起着稳定军心、团结官兵的作用。
4月15日，杨秀清在东乡代天父传言，教导太平军将士要绝对服从天王洪秀全的领导，声言：我派儿子下凡作天王，他的话就是天的命令，你们必须遵从。这样，使洪秀全由人变成了“神”，做“天王”也有了“君权神授”的依据。杨秀清代“天父”传言，也有统一思想的内容，要太平军将士“真心扶主顾王，不得大胆放肆，不得怠慢。”
4月19日，萧朝贵代“天兄”传言，指示：“众小弟要守天条，要遵令，要和傩兄弟。”“要修好练正，不得入村搜人家物，打仗不得临阵退缩。有银钱须要认得破，不可分尔我，更要同心同力，同打江山，认实天堂路来跑。目下苦楚些，后来自有高封也。”这实际上是借“天父”、“天兄”的名义做太平军的思想教育工作，加强组织纪律管理。