然而，人民行动党也面临一个严重的抉择，那就是：如果竞选得胜，今后如何同共产党合作？
经过权衡利弊得失，李光耀和他的人民行动党决定，抓紧时机，争取在1959年的大选中获胜，并上台执政。如果再等5年，等到下届大选，政府的情况一定更糟。与其拖到那时去接管一个更烂、更加不可收拾的政府，还不如现在就接管政权，现在遇到的困难，肯定会比5年后少。
现在接管政权的最大困难将是如何面对马来亚共产党的全面攻势。一旦竞选获胜，共产党必然会要求得到更多的“庇护”，要求发展他们的势力，而一旦共产党的势力强大了，人民行动党能否驾驭共产党就要打问号了。李光耀和他的人民行动党思虑的最重要的问题就是经不经得起同共产党闹翻，因为，一旦和共产党闹翻，就意味着要失去相当多的群众。
经过多次思考，人民行动党认为，由于观念不一致，和马来亚共产党分裂是迟早的事。而现在，人民行动党已与1954年初建时大不相同，比那个时期力量雄厚得多，没有马来亚共产党的支持，也一定能够上台执政。所以，人民行动党决定，派出51名有竞争力的候选人，参加全新加坡51个选区的竞选。
人民行动党下决心要赢得这场胜利。所以，他们早在1959年2月就用一系列“预选措施”开始他们的竞选活动。在华人较多的芳林草地群众大会上，人民行动党揭发了美国通过当时的教育部长周瑞麒赠予劳工阵线一笔“政治捐款”的秘密。在整个选举过程中，人民行动党不断地用这个揭发材料，使劳工阵线处于尴尬的境地。
人民行动党每星期召开一次群众大会，宣传他们的政策主张，到后来，随着投票日期的日益临近，群众大会开得更加频繁。人民行动党还出版了题为《今后的工作》等一系列刊物，作为人民行动党的文字宣传材料，刊物上详细刊登了人民行动党关于卫生、教育、经济及其他方面的政策。党的领导人在这些刊物上许诺，一旦人民行动党执政，将彻底改革教育制度，并成立一个仲裁劳工纠纷的工业法庭，这个法庭具有充分的权力，同时坚决实现男女平等制度。人民行动党的经济学家吴庆瑞也宣布：如果人民行动党在选举中获胜，将立即与马来亚联合邦组成一个共同市场。
人民行动党当时没有设立专门的竞选机构，但是，有一大批的义务工作人员不计辛劳地帮助人民行动党，这些义务工作人员都是左翼工会会员和华语中学学生。当时，基本上达到了每个选区有一个人民行动党的选举办公室，他们挨家逐户地向选民进行竞选宣传。选举办公室规模大小不一，有的有专门租赁的房间，绝大多数则是摆在咖啡馆里一条5英尺宽的过道里的一张小桌子。
毫无疑问，随着大选的到来，对李光耀的攻击、对人民行动党的诬蔑也日见升级。街头巷尾，到处都在传播谣言，说人民行动党与共产党“同流合污”，新加坡很快将会出现流血事件，然后实现“人民公社化”。柯玉芝知道，这些谣言是没有根据的，不值得一驳，但她却对丈夫的安全担心。而李光耀则一再安慰妻子：“莫担心，要相信正义必将战胜邪恶，我料定他们不敢轻举妄动。现在形势很好，令人鼓舞。”
李光耀当时之所以说形势很好，是因为广大民众的反帝反殖民主义情绪已经达到高潮。在这个高潮中，李光耀常常穿着朴素的衣衫，参加一场又一场竞选辩论会，他严厉谴责英国殖民署的种种罪恶，博得了群众阵阵掌声和欢呼声。当时，李光耀和人民行动党的言辞之激烈，无异于共产党。
1959年5月30日，依据新宪制的立法议会大选投票开始了。政府共派出5000名警察，到345处投票站和7处计票站执行公务。这批警察在事前受过特别训练，以确保大选顺利进行。
当时，全新加坡法定选民587797名，实际参加投票的52442名。这天一大早，选民们就携老带小来到投票站，排队准备投票。投票站的工作人员要一一验看居民证、选举卡，问姓名，对选民册，记选举卡列号，加盖已投票印记等。一大早，柯玉芝抱着显扬，李进坤拉着显龙，蔡认娘背着玮玲，也来到选举站参加选举。大家从早上7点多排队，晒足了太阳，淋过了中午的阵雨，才轮到在选票上画号……
选举结果终于出来了，人民行动党取得全面胜利，赢得43个议席，获得全部选票的53.4%。此外，人民联盟占有4个议席，华巫占有3个议席，独立人士1席。人民行动党成了多数党，之后于6月1日辞去首席部长职务的林有福重新当选为议员，成为反对派领袖。
大选结果出来后，人民行动党领导成员前往各个选区，向选民们表示感谢。李光耀等人来到丹绒巴葛区时，天上正下着细雨，选民们激动地把李光耀等人抬了起来，抛向天空。李光耀注意到全家人都在场，柯玉芝将显扬举在头上，向他招手。他看到玉芝脸上水珠直滚，也不知是汗水还是泪水。在人们的一片欢呼声中，他走到玉芝面前，抱起儿子亲了又亲，然后咬着妻子的耳朵悄悄地说：“拿出你的手艺，搞一桌酒菜，等着我当上总理回家干杯！”
当时，英国已允许新加坡成为完全独立的自治邦，所以自治政府的首脑称为总理。
人民行动党在竞选期间就曾宣布：根据《维护公共治安条例》，在押的包括林清祥在内的人民行动党的8名前领导人获释前，他们不执政。6月2日，李光耀来到总督府，新加坡总督威廉·古德爵士告知，林有福已于6月1日辞去了首席部长职务，威廉·古德爵士邀请李光耀担任新加坡总理，组织新政府，李光耀当即提出释放在1956年和1957年发生普遍罢工和暴动风潮时被英方逮捕的8名人民行动党党员（同时是马来亚共产党党员）。古德爵士当即宣布：“鉴于政治局势已发生变化”，并且“为了迅速、顺利地实施新宪法”，被拘留者将于6月4日获释。鉴于此，李光耀同意组织新政府。
李光耀以人民行动党秘书长的身份担任总理，时年35岁，是世界上少有的年轻总理之一。
6月3日，新加坡新宪法生效。当天晚上，为庆祝新宪法的实施，新加坡群众隆重集会，李光耀在大会上发表长篇演说，他指出：
“在一个民族的历史上，每隔一长段时间，总有一个重大变化的时刻。今晚就是我们生命中的这样一个时刻。上星期六，一个时代结束了。今天早晨颁布了新宪法。我们开始了新加坡历史新的一章。人民通过他们选出的政府所行使的权力仅限于内部事务，这还不是我们真正想要的，这不过是朝着合并和‘默德卡’（马来语，意为独立）前进的一步……今晚的集会是你们的政府，即人民的政府的一个象征……除了你们的前途以外，我们没有个人的前途。你们的快乐和悲痛也是我们的快乐和悲痛。无论前面是阳光灿烂还是暴雨狂风，我们都将患难与共……”
李光耀这篇对人民充满感情、对前途充满信心的讲话，博得了听众的阵阵掌声。
6月5日，这是一个令新加坡人激动的日子。1959年6月5日，李光耀宣誓就任新加坡第一届自治政府的内阁总理。这一天，对于新加坡人民来说，是历史的转折关头。一大早，新任总理李光耀驾着自己的“梅塞德斯”轿车到政府大厦上班。一大群记者伫立在车旁采访，李光耀手握方向盘答记者问，宣告新政府的组成名单：
总理：李光耀
副总理：杜进才
国家发展部部长：王永元
卫生部部长：阿末·依布拉欣
财政部部长：吴庆瑞
劳工与律政部部长：贝恩
文化部部长：拉惹勒南
内政部部长：王邦文
教育部部长：杨玉麟
这一天，阳光灿烂，林荫大道两旁一排排等距离的石凳上坐满了观光的人群，他们一边喝着饮料，一边向他们的新总理李光耀挥手致意。
李光耀和政府成员到达政府大厦不久，原总督、现任国家元首的威廉·古德爵士也从其山上的官邸驱车来到政府大厦，为新政府成员宣誓就职作证。
隆重的宣誓仪式开始了。国家元首古德爵士首先宣读了英国首相哈罗德·麦克米伦的电报，电报中表示要提供“我们权力范围内能提供的任何帮助”。李光耀代表新政府致答词说：“我的政府需要一切友好对待我们的人民的人所给予的一切善意的帮助。”
在宣誓仪式后，古德爵士以国家元首的身份发表了热情的讲话，他说：“请允许我，作为新加坡首任国家元首及最后一任总督，就总理和部长们的就职事宜，向你们致以最诚挚的祝贺，在执行这些责任上，我祝福你们成功，祝你们在政府工作中顺利。我向你们保证，假如在完成任务方面，我能够帮助你们的话，我将会乐意愉快地做到。”
李光耀总理满面春风地致答词，他说：“在过去数天中，我们得以与一位精通我们人民的抱负和希望，及我们环境的局限性者打交道，这是一件幸运的事。对于你以友谊和诚恳的态度，处理政府的组成工作，我谨代表我本人及我的部长们向你道谢。我也希望你在未来6个月的任职中，能有效地帮助我们顺利接管新加坡内政职权。”
随后，李光耀带领新加坡新内阁成员来到政府大厦门前的大草坪上，与前来祝贺的群众见面。正副总理和部长们的代表先后以中、英、马来亚3种语言向群众宣誓：“新政府是人民的政府，将全心全意地效忠人民，与人民同甘共苦。人民的希望，就是政府的希望。”他们还呼吁新加坡人民和政府合作，帮助政府顺利实现五年计划。
未及宣誓结束，鞭炮齐鸣，掌声雷动，大草坪上的群众，以响亮的“默特卡”（独立）的欢呼声，回报政府领袖们的誓言。
就职典礼后，李光耀到新加坡广播电台，以华语和英语向国人发表演说。这是李光耀以总理身份做的第一次演讲。他充满深情地说：
亲爱的各民族同胞：
今天下午4点钟，你们的政府各部长在政府大厦里举行了宣誓就职典礼。从那个时候起，新加坡的所有内政权力都移交给人民选出来的部长管理。从现在起，我们就是一个自治的人民，自己管理自己的事情，再也不受外人的控制。
这是我们十多年来斗争的结果，我们经过了长久的艰苦的工作，到现在我们才可以抬起头来，做一个自治的人。我们的斗争是和原宪制的斗争，我们没有采取流血暴动的手段。这个事实说明，在新加坡和马来亚建立一个社会主义国家，采用和平宪制斗争是可能的，而且是必要的。过去，本地发生过政治的不安和动乱，那是因为过去的政府软弱无能，不能得到人民的尊敬。人民需要一个精明能干的政府，替他们解决日常生活的难题，所以他们选举了人民行动党。
我相信，我们人民行动党的政府，将不会辜负人民委托给我们的任务。我所提出来的内阁名单，都是一些久经考验的人物。他们是富贵不能淫、威武不能屈的坚强战士。他们都知道，怎样利用他们的才干，去实践我们所许下的诺言。在他们的合作下，在人民的支持下，我相信，我们人民行动党政府将不愧称为人民的政府，将可以替人民带来更好的生活条件。
有一些反对我们的人在选举的时候，散布谣言，说人民行动党执政，外资就会逃跑，全岛就会产生流血暴动，钞票会贬值，人民的财产会被充公。可是，现在选举已经过去了，人民行动党已正式执政了，这些可怕的事情都没有发生。外资并没有逃跑，股票市场也没有落价。这些事实，非常雄辩地证明，谣言毕竟是谣言，造谣的人不了解人民的心理，也没有办法得到人民的尊重，新加坡人民是知法、守礼，而且爱好和平的人民，上星期六的投票情况，就证明了这个事实。我们的投票选举，是胜过许多所谓的进步国家的。
我们知道，我们有充分的能力领导人民进入一个和平的社会主义革命，我们也有足够的条件，给人民带来一个稳定的政治局面和安全的社会环境。但是，真正的建设成果，真正的物质上的改革，必须靠全体人民的埋头苦干，才能实现。如果你以为，人民行动党执政，人民要什么就有什么，那你就错了，我们不能做不劳而获的懒惰虫。我们要美好的东西，我们就要努力工作，辛勤劳动。这样，我们才能使我们自己和我们的子女有安居乐业的日子。
亲爱的各民族同胞，人民行动党的政府是你们的政府，政府所做的事情你们也有一部分责任。所以，你们不能袖手旁观，你们应该出来关心政府，跟政府合作，支持政府的措施，使每一个人在未来的5年内，都能享受到繁荣和快乐。
李光耀在广播电台发表讲话的时候，全家人都集中在欧思礼路38号。因为，柯玉芝早就给李进坤、蔡认娘打电话，让他们和全家人一起在这个新家中欢聚，刚刚上任的总理儿子要在家中与父母干杯。
大家从收音机里听完李光耀的演讲后，一齐鼓起掌来。蔡认娘问怀里的显扬说：“大家为什么鼓掌呀？”牙牙学语的显扬脱口而出：“爸爸讲得好嘛！”玮玲高兴地问道：“你听得懂吗？”显扬自信地点点头，大声地说：“当——然——喽——”
这一长声，说得大家都笑了起来。正在大家说笑间，李光耀自己驾着小轿车回到家中。显龙第一个冲上前去，搂着爸爸的脖子说：“爸爸，你当总理好大呀，大家都听你讲话呢！”
“我有什么大？人民才大哩！”李光耀亲了亲显龙的面颊，高兴地说，“没有人民选举，爸爸讲话就没人听了。”
“那爸爸要为人民好好做事，人民才会选爸爸当总理哩！”听了显扬的话，全家人开怀地笑了起来。