公元1235年，俄罗斯各部起来反抗，窝阔台派术赤的儿子拔都担任统帅，大规模西征。因为诸王的长子都参与，所以被称为"长子西征"。西征军一路势如破竹，在庆祝胜利的宴会上，察合台的孙子不里（察合台的长子早死，故派长孙带队）、窝阔台的儿子贵由和拔都发生争执，拔都派人禀告大汗。窝阔台很是恼怒，把贵由送去给拔都处分，把不里交给察合台处分。拔都自然不敢处分大汗的儿子，但这场怨仇却更深了。这和以后蒙哥当上大汗有什么关系吗？拔都继续西征，一路打到匈牙利，正要征服全欧洲时，窝阔台逝世，拔都下令班师。公元1246年7月，皇后乃马真氏集会诸王，奉贵由为大汗，拔都托病未到。贵由对拔都不来参加忽里台一事十分怨恨，1248年初，贵由假称到叶迷立养病，率领护卫军西行。拖雷的妻子唆鲁禾帖尼意识到贵由西行意在拔都，便暗中派急使通知他，拔都也起兵东来迎敌，战争一触即发。没想到两军还未交锋，贵由就死在了出征途中（传闻是被拔都派人毒死的），战争没有爆发。公元1248年3月，皇后海迷失欲重立失烈门听政，诸亲王多反对，朝内争讼不已，乃至三年无君（海迷失后称制时期），国内混乱不堪。贵由死后，拔都邀请全体宗王到他的属地举行忽里台，窝阔台和察合台两系宗王多半不愿出席，拖雷系由蒙哥前往。拔都告诉宗王们："宗王之中，只有蒙哥见过成吉思汗的札撒（成吉思汗制定的成文法），只有立他为汗，才有利于大家。"众人都赞成他的意见，汗位确定下来。贵由的皇后海迷失听说后，派人对拔都说："忽里台向来是在蒙古本部举行的，这次在西方开，不合祖宗规矩，而且许多王公没有参加，会议的决定不能算数。"拔都说："那么明年在东方再开大会好了。"第二年，拔都派弟弟带军队到蒙古本部，以实力为后盾，拥立蒙哥即位。正当宴饮欢庆时，有人报告说在远处路上有许多士兵和满载武器的大车，好像是图谋不轨。蒙哥立即派兵前往察看，发现是失烈门等窝阔台系宗王。严刑拷问之后，有人承认策划过阴谋。于是，窝阔台和察合台两系的许多大臣被诛杀。宗王们或被流放，或被遣从军。失烈门后来也死于非命。这次有意的打击，成功的将窝阔台系驱逐出拖雷系的政治坦途之外，再也兴不起什么致命性的风浪了。但窝阔台系并未心服，蒙哥死后，他的弟弟忽必烈经过争夺即位，建立元朝，定都北京。窝阔台的孙子海都又发动战争，一直到海都死后的第八年，即1301年，海都的儿子投降，其领地多并入察合台汗国，窝阔台汗国灭亡，战争方告平息，成吉思汗家族持续数十年的纷争才告结束。
兄弟阋墙蒙哥汗在位时，对弟弟忽必烈十分信任，派至漠南，命其掌握蒙、汉民户及大量军队。忽必烈在领地内重用汉族人才，主张汉化，引起了部分蒙古贵族的忌恨。他们联合阿里不哥向蒙哥进谗，使得蒙哥派遣了阿兰答儿、脱因、囊加台、刘太平等人理算陕西、河南等处钱谷，审查对象集中于忽必烈所设置的经略司、宣抚司等机构的大小官员，列罪状一百四十二条，几乎所有忽必烈藩府的旧臣都被罗织在内。蒙哥下令解除忽必烈在汉地的统军权。忽必烈忧惧非常，计无所出。正妻察必向忽必烈献策："大汗（蒙哥）是君，是兄；大王是臣，是弟，我们不可能同他们计较是非。而且远离在外，必将受祸。为今之计，不如尽将王府诸妃遣归汗廷，做出在那里久居的打算。这样大汗的疑心自可消除，君臣、兄弟之间可望复好如初。"第二天，忽必烈所器重的臣子姚枢也向他建议同样的办法，并表示"臣过此更无良策"。忽必烈采纳了他们的意见。于这年冬天，单身觐见正准备亲征南宋，行至河西的蒙哥，兄弟相见，冰释前嫌，蒙哥也停止了对陕西河南的钩考。随后，蒙哥南征，被解除了军权的忽必烈以足疾为由，留家休养。但当蒙哥触瘴犯险，亲征至四川境内时，察必提醒忽必烈久居不出会引起蒙哥疑心，于是忽必烈遣使蒙哥请求出征。翌年二月，未奉旨自开平启行，会左手诸王于邢州。八月，渡淮河，入大胜关，至黄陂，抵鄂州江北，此时听到了蒙哥死在四川的消息。蒙哥已死，忽必烈必然是汗位最有力的争夺者，谁会成为他的绊脚石呢？此时,在和林的阿里不哥在其身边诸王贵族的支持下，积极图谋汗位，向漠北蒙古和漠南各州征调军队，阿里不哥的一部分军队已经南下，他邀请忽必烈回蒙古，召开忽里台，以商定大汗人选。留在汗廷的察必也立即遣使劝忽必烈速还军。收到消息的忽必烈一面命人与宋兵谈判，另一方面急率大军北还，十余日就到燕京，接着北上开平，抢先召开忽里台，在"亲王四十余人及藩方侯伯"的推举下，即大汗位。忽必烈自立为汗的举动，在和林引起极大震动，阿里不哥也在诸王贵族的拥戴下，匆匆宣告继承汗位。当时拥立阿里不哥的势力十分强大，控制着漠北至中亚、西亚的广大地区，且在陕川甘等地，也有很强的势力。同年，忽必烈亲自率军进讨阿里不哥。忽必烈命亦孙哥率军北上，与阿里不哥前锋出木哈尔、合剌札所率大军相遇，经过激战，亦孙哥大胜，使阿里不哥的势力一蹶不振。忽必烈乘胜追击，阿里不哥率众西逃至叶尼塞河上游唐努山一带，向忽必烈服了软，遣使表示"俟马肥入觐"并"愿约伯勒克、旭烈兀、阿鲁忽三王同入朝"。忽必烈应允。之后阿里不哥因为在拥护他的部落境内杀戮劫掠，使当地蒙古部落流离失所，引起察合台系及中亚诸王的不满和反对，他们纷纷归降了忽必烈。阿里不哥眼看大势已去，亦毫无办法，终于回至上都，为忽必烈所赦免。
归降一个月后，阿里不哥就病死在大都。同袍共仇忽必烈太子真金早死，按照嫡长子继位的传统观念，忽必烈把汗位传给了真金长子铁穆耳，是为元成宗。元成宗数子中只有德寿太子是卜鲁罕皇后所出。大德九年（1305）六月，成宗在病中册立德寿为皇太子。不料半年后，德寿就先成宗死去，无后。嗣后仅一年多，成宗也去世了，生前未再立皇太子。由于缺乏明确的法定继承人，更加激发起汗位觊觎者之间的激烈角逐。成宗后卜鲁罕在大德后期干政多年，与中书省、枢密院里的许多回回大臣深相结纳。他们与皈依伊斯兰教的成宗堂弟、安西王阿难答之间，也有不同寻常的关系；后来的仁宗甚至宣称阿难答与卜鲁罕有私通情节。因此卜鲁罕打算内而操纵朝议，外而倚重阿难答手中的兵权，临朝称制，并起用阿难答辅国。而阿难答本人也因手握重兵，欲以世祖嫡孙的身份争夺皇位。双方为了共同对付出镇漠北的海山和他弟弟爱育黎拔力八达而结为联盟，被当时的汉人儒臣称为"回邪诪张，势挟中闱"。为了试探舆情，卜鲁罕等人几次召集馆阁会议。朝中汉人儒臣大多对回回势力集团存有戒心，所以往往持冷淡态度。争夺皇位的另一方，是海山兄弟。海山长年总兵北边，在大德年间与西北藩王的几次硬仗中战功卓著，又是真金嫡孙，颇得在漠北作战过的诸王将领的拥护；海山弟爱育黎拔力八达则雅重儒术，从成宗朝起就在身边聚集起一批汉人士大夫或倾心汉文化的蒙古、色目侍臣，被中原和南方汉族士人看成振兴文运的希望所在。卜鲁罕显然早就对海山母子染指皇位存有戒备。大德九年十月，她以中宫秉政，出爱育黎拔力八达母子于怀州，企图通过割断他们与朝廷中枢的联系来限制其行动。按照蒙古旧俗，大汗死后，例应由皇后摄政，主持召开选立新汗的忽里台大会。右丞相哈剌哈孙，多年以来一直处于若明若暗地与卜鲁罕相对立的地位，现在成为阻止卜鲁罕得逞的重要因素。成宗死后，哈剌哈孙立即秘密地遣人通知在漠北的海山和在怀州的答己及爱育黎拔力八达。这时卜鲁罕已下密制切断通往漠北的驿路。受哈剌哈孙之命北趋报讯的康里脱脱，通过其兄阿沙不花疏通通政院，改署手中驰驿文书的日期，使先于卜鲁罕下谕之日，遂得乘驿马往海山处告警。自是，哈剌哈孙悉收京城百司符印，封府库，"称病卧阙下，内旨日数至，并不听，文书皆不署"。既"称病"而又"卧阙下"，一方面可以沮泥卜鲁罕动员行政中枢的权力资源发号施令、筹划临朝称制的计划，另一方面又防止了皇后集团以左丞相阿忽台取而代之，控制中书省。哈剌哈孙的行动取得了掌御印的典瑞院太监董士恭的全力支持。史称成宗死后，"亲王有觊觎神器者，亟欲得符玺。公横身坚守，至废寝食"。哈剌哈孙等人坚持在中书省守值凡三月，"未尝一至家休沐"，耐心等待反击的时机成熟。戍守和林的海山接到成宗去世的消息后，曾准备立即离开大军回朝。后因乞台普济以漠南事宜"难以遥度"为劝，遂暂时缓行，以观局势。大德十一年，率军自金山前线东返的海山抵达和林，召集岭北诸王勋戚大会，诛杀与阿难答通谋的合赤温后王也只里，与会宗亲大臣合辞劝进。海山这时已获悉答己与爱育黎拔力八达先至大都，决计在和林窥视动向，"俟宗亲毕会，议之"。他依仗手中握有重兵，因此对于帝位，志在必得而不稍疑。与卜鲁罕、阿难答和海山相比，爱育黎拔力八达的最初行动显得最为迟疑不决。他在接到哈剌哈孙的密报后，几经犹豫，勉强赴都。大德十一年二月下旬，答己母子回到大都。爱育黎拔力八达立即派李孟装扮成医生，入皇宫探视称病坚卧的哈剌哈孙，取得秘密联系。卜鲁罕这时已定于三月初三御殿听政，并谋以伪贺爱育黎拔力八达生日拘禁答己母子。直到这时，爱育黎拔力八达仍意存观望，在幻想等海山带兵到京再行举事。李孟等人反复以"得时弗为"、"临机不断"将遗祸天下劝谏，爱育黎拔力八达遂同意"以卜决之"。李孟唆使卜者但言以贞吉，爱育黎拔力八达这才决意行动，乃在阿难答发难前一天从大都郊外寓所秘密驰入禁中。哈剌哈孙诈称海山遣使至京，约阿难答、卜鲁罕、阿忽台等入朝议事，遂将他们全部捕杀。原来以清君侧的名义"入造内庭"的爱育黎拔力八达，一旦清除卜鲁罕集团之后，会将皇位拱手相让吗？爱育黎拔力八达禁不住对近在手边的皇位产生垂涎之心。站在他一边的诸王阔阔出、牙忽都等人都进言："今罪人斯得，太子实世祖之孙，宜早即大位。"他的师儒李孟亦"尝劝皇弟（按指爱育黎拔力八达）以自取"。颇不安分于枯坐内宫的答己太后，深知爱育黎拔力八达"天性孝友"，比海山更易于受她控制，所以也倾向于让前者践帝位。于是遣近臣往谕海山，试探他的反应。海山立即命驰抵不久的脱脱疾还京师，表示自己已决意继承帝位，并亲率大军，分三道南下。面对海山强大的军事威慑，答己母子及大都诸臣被迫改变原来的想法，向海山明确表示宗王大臣推戴之意。大德十一年五月，海山会答己、爱育黎拔力八达于上都，在忽里台大会上就任新汗，是为武宗。至大四年正月，武宗死于大都，年三十一岁。爱育黎拔力八达以武宗册立的储君身份入主朝政，是为元仁宗。按照事先约定，仁宗应以武宗长子和世剌为皇位继承人，但重握大权的仁宗不肯将权力拱手让人，立己子硕德八剌为皇太子，是为元英宗。徙和世剌于云南。和世剌不服，发生叛乱，逃往阿尔泰山以西。
神器频移至治三年（1323年）八月，亲军将领铁失等以阿速卫亲军为外应，发动政变，在上都南坡截击皇帝行帐，杀害了元英宗和丞相拜住等人，史称"南坡之变"。南坡之变后，诸王安梯布华奉皇帝玺绶北迎忽必烈太子真金之孙、甘麻刺之子、晋王也孙贴木儿来承大统。九月，也孙贴木儿即位，是为泰定帝。同月，泰定帝继续留任英宗旧臣及谋害英宗之徒，以期笼络两派朝臣，同时重用晋王府的旧人倒剌沙等，初步稳定了政局。仅一个月后，泰定帝就下诏处死了铁失及其党羽，抄没家产，为英宗复仇。继续重用英宗、拜住时代的儒臣，同时继续清洗铁失党羽，开始封赏讨逆有功诸臣，大量提拔晋邸旧人，任命倒刺沙为中书左丞相。
泰定元年（1324年）正月，泰定帝以前丞相拜住之子答儿麻失里为宗仁卫亲军都指挥，彻里哈为左右卫阿速亲军都指挥使，并将远迁诸王统统召回。接着，立芭芭罕氏为皇后，皇子阿拉吉伯为皇太子，封武宗次子图帖睦尔为怀王。第二年，命怀王居于建康（后来倒剌沙等为防止武宗一系重登帝位，又将怀王从建康迁往江陵），并派使者赴漠北周王和世剌（图帖睦尔同父异母兄）府邸，以图和解。年底，和世剌遣使表示和好。
泰定五年（1328年）春，泰定帝在打猎时患病。这时，武宗旧臣、握有兵权的枢密院同知燕铁木儿与诸王满都等密谋政变，拥立武宗后裔。三月二十五日，泰定帝从大都赴上都，倒剌沙、满都等扈从。燕铁木儿随安西王阿剌忒纳失里留守京师。七月初十，泰定帝死于上都。倒剌沙、梁王王禅、辽王脱脱等执政。燕铁木儿与阿刺忒纳失里在大都秘密召集武士，准备政变。