企业创新行为并非是由单个因素所决定的偶然性过程，而是涉及由技术、经济、法律、政策以及企业自身等多种因素相互作用的系统动力学过程，因而为了促进集群企业自主创新行为的发生，需要构建有效的运行机制。这种运行机制是推动集群企业进行自主创新的各种力量的集合，提升集群企业的持续竞争力。基于集群企业持续竞争力提升要求，针对持续型自主创新模式的全面化、生态化、网络化三种类型，提出了自主创新机制主要包括资源整合机制、绿色供应链机制、动态联盟机制等。
