李世民奉命后欣然前往，李元吉和倾向太子的妃嫔们则整日整夜地向李渊为建成求情。
封德彝本是降唐的隋朝旧臣，为人智略过人但却有阴险狡猾的一面。武德三年（620年）任中书令，执掌机要大权，曾多次随李世民征讨，李世民对他恩宠有加。在太子和秦王的倾轧中，他不时献策李世民，李世民以为忠于自己，前后赏赐以万计。但他也受到太子的重金收买。他表面脚踏两只船，骨子里实际倾向李建成。此时，封德彝在外暗中配合李元吉和妃嫔们活动。当李渊征求废立太子的意见时，他认为坚决不可。在内外两股势力的夹攻下，于是，高祖改变了原来的主意，又使李建成回去驻守京城。李渊只是轻描淡写地责备他兄弟不和，而归责任于太子中允王珪、天策兵曹参军杜淹以及左卫率韦挺三人身上。事后三人被流放到嵩州。
七月，宁州（今甘肃宁县）被杨文干攻陷。但李世民大军一到，其党羽便四处溃逃。五日，杨文干被部下所杀，宇文颖也被擒斩首。可是另立李世民为太子之事，李渊已不再提及。
一波未平，一波又起。初十，原州受突厥侵犯，高祖派遣宁州刺史鹿大师前去援救，杨师道被派去奔赴大木根山。十二日，突厥侵犯陇州，护军尉迟敬德前去迎击突厥。突厥十五日攻阴盘，二十一日攻并州，关中安全频频受到威胁。
二十六日李渊忙回长安商议对策。有人劝李渊说：“因为子女金帛都在长安，所以突厥才接连攻扰关中。若烧毁长安迁都远处，突厥之患自然就烟消云散。”李渊同意这一看法，中书侍郎宇文士及被派出逾南山至樊、邓等地寻找新都地点。
李建成、李元吉、裴寂顺旨赞同，虽知不可，但萧瑀等人也不敢谏阻。
这时，秦王李世民劝谏说：“戎狄造成的祸事，从古时起就经常发生。陛下凭着自己的圣明英武，开创大唐王朝，统辖着中国的领土，拥兵百万，所向无敌，怎么能够因有胡人搅扰边境，就想迁都躲避呢？这会在全国上下留下羞辱，使后世讥笑陛下。那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况您还封我为王呢！希望皇上给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，把他制服。假如不能获得成功，再迁徙都城，也为时不晚。”高祖说：“好。”于是，高祖不再迁徙都城。李建成与妃嫔因而向高祖共同诬陷李世民说：“虽然多次遭到突厥的进攻，但并无大碍，并且他们只要得到财物就会撤军。秦王表面上假托抵御突厥的名义，实际上是通过此事独掌军权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”
太子得势
李建成和李元吉加紧谋害李世民的活动。一次，李渊到城南打猎，李建成、李世民、李元吉随从。李渊令他们比赛射骑，李建成有匹胡马，体肥壮、性暴烈而喜蹶，他把这匹马牵给李世民说：“此乃良马，能腾跃几丈。你技艺高超，骑骑看。”李世民明知太子心怀鬼胎，但身经百战的他，有何惧怕？闻听此言，一跃上马追逐野鹿。果然在奔驰中马突然扑地而卧；但在马扑地之前，李世民已腾身离鞍，跃立于数步之外；马刚站起，他又翻身而上。一连三次，没伤他一根毫毛。李世民对宇文士及说：“想用这种手段害死我，可死生有命，暗算岂能左右。”李建成知后，心中暗恨，唆使妃嫔们向李渊诋毁道：“秦王自称有天命，要称天下之主。”李渊听罢大怒，先召李建成、李元吉询问，然后召来李世民大肆训斥道：“天子自有天命，靠智力强求是无力回天的，你谋取帝位的心也太急了吧！”李世民大惊，免冠叩头，连称冤枉，请求将这事交司法衙门审问清楚。
李渊怒气冲冲，正巧此时突厥入侵，才改容安慰李世民，叫他冠带整齐，共商对策。闰七月二十五日，诏令李世民、李元吉率兵出豳州抵御突厥。此后，每有寇盗，就令李世民征讨；国家安定之后，对李世民的猜忌却总是更加严重了。
武德九年（626年）六月，李世民深知和东宫集团的斗争已到你死我活的地步。洛阳是形胜之地，必须牢固占有作为自己的根基，以防政变时的不测事件。
所以就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派手下车骑将军荥阳人张亮率五保等亲信一千多人前往洛阳，暗中结交山东的豪杰，等待时势的变化，拿出大量的金银布帛，任凭他们使用。李元吉告发张亮，张亮被交付法官考察验证。但是张亮始终不发一言，朝廷无奈便释放了他，让他返回了洛阳。
李建成召李世民夜宴，在酒里下了毒。李世民不知，饮酒中毒，吐血数升。
李渊得信前来探望，试图采取平衡的办法使三子不致骨肉相残。于是写敕给李建成说：“秦王素来不善于饮酒，以后不准与他饮酒。”高祖因此对李世民说：“首先提出反隋策略，消灭国内的敌人，都是你的功劳。我准备将你立为继承人，你却不愿接受。李建成年纪最大，作为继承人，为时已久，我也不能将他废除。我看你们兄弟似乎难以相容，同处京城，必定要发生纷争，我决定派你返回行台，让你留居洛阳，陕州以东都由你主持。我还要让你设置天子的旌旗，仿效汉梁孝王。”李世民哭泣着，不愿意远离高祖，表示推辞。高祖说：“天下一家。东都和西都两地，不算太远，只要我想念你，就可动身前去，你不用烦恼悲伤。”
李世民刚要走，李建成、李元吉商议道：“秦王如到洛阳，有了土地军队，想控制就困难了。留他在长安，除掉很容易。”就密令数人上奏，说：“秦王的谋臣都是山东人，让他们去洛阳他们肯定如鱼得水不愿再回来了。”又托近幸大臣从中劝阻。结果李渊又改变了主意，此事不再提及。
争夺皇位继承权使兄弟三人走到不共戴天的地步，宰相陈叔达为防止高祖贬黜李世民，力谏道：“秦王对建立大唐天下有赫赫战功，不可贬黜。而且他的性格刚烈，若加压抑，恐怕他身体难以承受，一旦得了不治之疾，皇上悔之晚矣。”李渊觉得有理，打消原来的念头。李元吉还上奏请杀秦王，李渊问：“他有平定天下战功，没有什么谋反罪证，以什么理由杀他？”李元吉道：“他初平定东都时，观望不回。散钱帛网罗私人势力，这不是谋反吗！当你想要他死，理由是很轻易就可以找到的。”李渊难以勾销父子之情，没有答应。
李渊倾向东宫，形势对李世民愈来愈不利。秦王府所属的官员都忧心忡忡，不知如何是好。行台考功郎中房玄龄对长孙无忌说：“事已至此，一旦发生祸患岂止是秦王府！实际上国家的存亡都成问题。应采取周公平定管叔与蔡叔的行动，以安定国家宗室。存亡的枢机，就在今天！”长孙无忌说：“我有这一想法已经很久了，可一直没胆量说出来。你说的这一番话，正好符合我的心愿。我定会禀报秦王。”于是，长孙无忌进去告诉了李世民。李世民传召房玄龄计议此事，房玄龄说：“大王神功盖世，应为天子。如今大王心怀忧虑戒惧，但不知现在正是天助您时。请您不要再举棋不定了！”于是，房玄龄与秦王府属杜如晦共同劝说李世民诛杀太子、齐王。但世民一时还下不了决心。
东宫集团也在紧张策划着。秦王府拥有许多勇猛的将领，李建成与李元吉准备诱为己用，便暗中赠送金银器物给左二副护军尉迟敬德，并且写书信招引他说：“希望您能够屈驾眷顾，以便加深我们的交情。”尉迟敬德推辞说：“我本来只是一介小民，遭遇了隋末的战乱，长期沦落在抗拒朝廷的逆境，罪大恶极，死有余辜。秦王赐我再生的恩泽，今为秦王府官，只能尽忠秦王，不敢对秦王怀有二心。如只因贪图财利而忘掉忠义，殿下要我这种人又有何用处呢！”李建成大怒，断绝同他的往来。
尉迟敬德把此事告诉了李世民。不久，李元吉指使勇士想夜间杀死尉迟敬德，尉迟敬德得知以后，将所有的门户都层层打开，自己却泰然地躺在床上，刺客到他的院子多次，而最终还是未敢进屋动手刺杀。谋刺一招不行，李元吉又诬告敬德谋反。李渊令逮捕审讯，竟定成死罪，幸亏李世民据理力争，才使他逃过此劫。接着，李建成、李元吉又想收买秦王府右二护军段志玄，段志玄也不为之动心，暗将此事禀告了李世民。因此尽管太子集团不断对李世民手下重臣进行收买，结果却很难成功。
李建成为了瓦解秦王集团，剪除李世民的羽翼，诋毁秦王府左一马军总管程咬金，远调他为康州刺史。程咬金拒不赴任，劝李世民早做打算。
李建成、李元吉分析秦王府谋士中最厉害的是房玄龄和杜如晦，于是又加以诽谤。结果两人被革去官职。
秦王府党羽接连被调被逐，形势逼人。李世民只剩下亲信长孙无忌还在秦王府中，以及秦王府外的其舅父高士廉，车骑将军侯君集及尉迟敬德等人。他们日夜劝说李世民诛讨太子、齐王，李世民犹豫不决。后来，李世民向灵州大都督李靖以及行军总管李世勐问计，都遭到严词拒绝，他们不肯参与。两人都看到秦王集团处于劣势，难料事变结局。
激战玄武门
在这关键时刻，关中又受突厥侵扰，数万骑兵入塞后围攻乌城，李建成立即推荐李元吉督率诸军北征。李渊同意了他的建议，命李元吉率右武卫大将军罗艺、天纪将军张公瑾等救乌城。这正是削弱秦府势力的良机，李元吉还要求将尉迟敬德、程咬金、段志玄及秦府所有的军事力量归自己调遣。李建成与李元吉私下里商议：当他和李世民一起为元吉饯行时，要安排伏兵，将秦王刺杀，谎称秦王暴病而死；然后再坑杀尉迟敬德等秦府猛将。李建成还答应自己即帝位后，让李元吉做皇太弟。不料王晊得知此阴谋后秘密报告了李世民。
王晊是东宫的低级官员，任东宫率更丞，暗中已被李世民收买。玄武门之变中的另一个重要人物是常何，此人在武德五年（622年）随李建成平定刘黑闼第二次起兵，因此被建成收为部下，武德七年（624年）调入京城守卫宫城北门即玄武门。玄武门是进入禁内的必经之路，是政变的必争之地。常何也被李世民收买了。此外，屯守玄武门的将领敬君弘、吕世衡也被收买，成为秦府死党。李世民主要收买李建成手下的次要人物，因为这些人既不是最重要的，也不是无足轻重的，所以一方面容易达到目的，另一方面也能够发挥内应的功用。特别是他精心收买的驻守玄武门的禁卫军将领，在政变中发挥了重要作用。在李世民的势力和地位处于劣势的情况下，最后能诛杀太子，这一策略起了关键作用。
听了王晊的密告，李世民忙召集长孙无忌和尉迟敬德商议。长孙无忌等人劝说李世民设法在事发以前对付他们。李世民叹息着说：“骨肉兄弟相残，自古以来就是大逆不道的事。我诚然知道祸事就要来临，但我准备在祸事发动以后，再以正义的名义声讨二人，这不也是可以的吗？”尉迟敬德说：“人之常情，又有谁愿意去死？但是大家都誓死拥护大王，这是天意。祸患就要发生，大王却仍旧安然处之，不为此事担忧。即使大王看轻自身，又如何对得起宗庙社稷呢！
如果大王不肯接纳臣下的建议，我就打算隐居野外了。我是不能留在大王身边，任人宰割的！”长孙无忌说：“假如大王不肯听从尉迟敬德的主张，事情便无法成功。尉迟敬德等人必定不会再追随大王，我也应离开大王，不能够再侍奉大王了！”李世民说：“我讲的这一些意见并不能完全舍弃，还是再商量一下，仔细考虑吧！”尉迟敬德说：“现在大王处理事情摇摆不定，这是不明智的。面临危难，不能决断，这最终会坏事的。况且，大王平时蓄养的勇士全都整装以待，一触即发，怎么能制止得住呢？”
生死攸关，李世民又访问秦府其他幕僚的意见。大家都说：“齐王生性暴虐，将来也决不会顺从他的长兄。听说，薛实曾对他讲，‘大王之名，合起来恰成唐字，最终要成为天子’。齐王听后高兴地说：‘只要能把秦王除掉，夺取江山易如反掌。’他和太子谋乱未成，就有取代之心，像这种狼子野心的人，没有什么下不了手的。若两人阴谋得逞，大唐的社稷就不保了。凭您的贤德才能，杀二人如拾草芥，为何要拘泥匹夫之节，而不顾江山社稷呢！”李世民仍然没有做出决定。大家说：“大王认为虞舜如何？”李世民说：“是圣人。”大家说：“如果虞舜在疏浚水井的时候没有躲过父亲与哥哥在上面填土的毒手，如果他在涂饰粮仓的时候没有逃过父亲和哥哥在下面放火的毒手，又如何能够使自己恩泽遍及天下，法度流传后世呢！所以，虞舜忍受父亲用棍棒笞打时，虞舜心里所想的大事大概就是被父亲用大棍棒笞时逃走了。”李世民仍然感到没有把握取胜，就命人取来龟甲，以卜凶吉。正好幕僚张公谨进来，见此情景，抓起龟甲扔到地上，说：“卜是用来解决疑惑的，而今天之事已不再令人迷惑，还用来卜什么呢！难道说卜后不吉利就罢手不成！”这时，李世民才终于下了立即政变的决心。
长孙无忌秘密地把房玄龄等人召来，房玄龄等人说：“皇上下敕书是不允许我们大家再侍奉秦王。如果我们如今私下去谒见秦王，必定要因此而被降罪致死，因为如此我们不敢接受秦王的教令。”李世民生气地对尉迟敬德说：“难道房玄龄与杜如晦要背叛我吗！”他交给尉迟敬德佩刀说：“您去察看一下，如果他们不愿意来，您可以砍下他们的头颅。”尉迟敬德前去，与长孙无忌一起暗示房玄龄等人说：“秦王已经决定采取行动，你们最好赶紧前去共同计议大事。”
于是房玄龄与杜如晦和长孙无忌一同进入秦王府。尉迟敬德则绕道返回。房玄龄、杜如晦面见世民后，随即制定了周密的政变计划。
六月初三，李世民突然密奏李建成、李元吉淫乱后宫，并说：“我没有做对不起他们的事，可他们却要谋害我，我如含冤而死，永离君亲，魂归地下，实在死不瞑目。”李渊看罢奏章，大惊失色，半晌才说“明日朝会当面审问，你要来与建成、元吉对质。”
初四，李世民事先部署妥当，亲率长孙无忌、尉迟敬德、张公谨、侯君集、公孙武达、刘师立、杜君绰、独孤彦云、郑仁泰、李孟尝等十人，在玄武门内伏兵。不料，张婕妤暗中得知了李世民上表的大意，连忙告诉了李建成。李元吉被李建成叫来商议此事，李元吉说：“我们应当统率好各自的军队，假称有病，避免和李世民相见，以便见机行事。”李建成说：“军队的防备已很严密了，你我应当亲自入朝看个究竟。”于是，二人一起入朝，向玄武门走来。当时，李渊召来了裴寂、萧璃、封德彝、陈叔达、窦诞、宇文士及、颜师古等，准备会审，查清真假。
李建成、李元吉行至临湖殿，感觉情况不正常，立即拨马掉头，东归宫府。