连任在1864年快来之际，林肯清醒地意识到一件重要的事情正在展开。他知道蔡斯正迫不及待地谋求竞选总统。蔡斯不断地告诉别人只有他才是最恰当的总统候选人，才最有资格当总统。蔡斯利令智昏，过早地将自己置于与林肯对立的境地，在财政部安置亲信，排斥亲总统派。尽管受到形形色色的指责，但他同样受着方方面面的欢迎。蔡斯在当时代表的是激进势力，但即使激进派菲利浦斯也认为“一个有勇气起草并坚持《解放宣言》的人，至少应再执政六年”。几乎毫不费力就在北部至少十四个州的共和党会议通过决议保证使自己再获提名，而其中俄亥俄州是蔡斯的故乡，林肯轻而易举地获得了胜利。
对于蔡斯意欲获总统候选人提名以及他所耍弄的种种把戏甚至对总统的中伤，林肯“尽可能地一概闭起眼睛”，他知道作为财政部长，蔡斯是称职的，特别是为做总统的欲望所驱使，蔡斯就会更加卖力，这样他的财政部也会加速运转。林肯也正希望蔡斯能努力工作，广进财源，他知道没有钱便打不了仗，经济是决定战争胜负的重要条件。因此，林肯决定暂时不理会他。
不过蔡斯却很快尝到了欲望所带来的后果，只好递交辞呈。有人在国会的一次发言中，指责财政部内充斥着腐败现象和政治上的偏心眼，那些购买棉花的许可证被出价最高的人所买走，而他们往往是些分离主义者。贩卖许可证显然是极恶劣的犯罪行为，但是，同样明白无误的是，那些代理人却仍在为财政部所使用，他们有些人可能正在忙成立蔡斯俱乐部。林肯理智地处理了蔡斯的辞职请求，不过，他并没有马上回复蔡斯，而是有意冷落了一周时间，到2月底才“抽出空”来，而“经过考虑”，林肯回答道：“我发现现在确实没什么好说的。”
蔡斯体会到了林肯力量的强大，最后只得谋求妥协。林肯亦乐得顺水推舟：“像你对我保证的那样，我也向你保证，我也决不鼓励和支持对你的任何攻击。”最后，对于蔡斯是否继续任财政部长，林肯以“没有更改的必要”肯定而冷淡地做了回答。
蔡斯竞选的希望黯淡了，而拥护他的激进派却不肯放弃搞垮林肯的努力。对于林肯，激进派极不满意其宽容的重建计划，特别是关于路易斯安那、阿肯色等州的重建工作是在未经国会批准的情况下进行的，更引起他们的怒火。
激进分子费力在弗里芒特、巴特勒和格兰特之间衡量再三，最后把目光停在了弗里芒特身上。弗里芒特因战争初期在密苏里州发布命令解放奴隶而闻名全国，并由此成为英雄，尤其得到中西部美籍德意志人的拥戴，他们具有强烈的反奴隶制情绪，他们的报纸早在3月就提议以弗里芒特为总统候选人。许多地方甚至举行了拥护弗里芒特的群众大会。
而鉴于全国联邦党将于6月7日在巴尔的摩召开全国代表大会，那些激进派和倾向于激进派的民主党决定成立激进民主党，并打算抢先一步于5月31日在克利夫兰集会。
当格兰特到达科尔德港的时候，激进派已在克利夫兰召开了代表大会，弗里芒特和约翰·科克伦将军分别被提名为总统候选人和副总统候选人，其纲领要求将战争坚决进行到底；在宪法中增进废奴制的修正条文；实行一任总统制；出版及言论自由；由国会处理南部重建问题；没收叛乱分子财产并把它分给联邦部队的退伍军人。
不过，整个克利夫兰大会也是由失望的、不满的人们所拼凑起来的，人数也只有大约四百人。
尽管激进派克利夫兰会议并不成功，但林肯的前途也不容乐观。6月3日，科尔德港战斗打响，而失去了时机的格兰特为此付出了惨重的代价。在格兰特所发动的进攻中，这是他最为懊悔的一次，战斗刚开始一个小时，他手下的七千名战士就倒在了战场上，而其中多数是在前几分钟倒下的。
巨大的伤亡使前不久对格兰特的欢呼为咒骂所取代，他被骂为“屠夫”，这也给林肯带来了巨大的麻烦，还有几天就将召开巴尔的摩代表大会，而格兰特是林肯试用的“堵漏塞”。尽管如此，林肯仍然深得民心，格兰特仍在里士满周围活动，而李将军却被迫退守。
格兰特的失利从另一方面来说对林肯竞选是有利的，因为格兰特如果一路畅通拿下里士满，那么他就会成为民主党必然的总统候选人，并终将赢得最后的选举。
不过，林肯对于格兰特当总统似乎并不怎么在意，因为林肯所希望的就是镇压叛乱，攻克里士满，而且格兰特亦赞同解放黑人和使用黑人士兵。
当然，林肯内心是希望连任的，因此他不放弃努力。
然而，7月18日，林肯发布了五十天内征募五十万志愿兵的公告，这令人们对他很不满。这是据国会7月4日通过的征兵法进行的。该法令授权总统可以随时为军事工作而自行征召任何数量的役期一至三年的志愿兵。因损失惨重，这时正是格兰特最需要人的时候，但同时因军队无所建树，又是人们对军队意见最大的时候，林肯的征兵令引发了北部强烈的不满情绪，而这种情绪正好又出现在和谈未果的时候。
这时，格兰特又失去了一次攻占彼得斯堡的良机。
给林肯雪上加霜的是韦德和戴维斯，他们因总统搁置其法案而导致的满腔怒火终于在8月5日的《纽约论坛报》上发泄了出来。他们谴责总统蓄意践踏人民立法权。林肯的不顺到此并未结束。8月9日，当他就和谈问题要求反对派格里利公开与自己的往来信件时，吃了一次暗亏。
因为格里利在致总统的长信中，有许多地方“显示了我们事业中过于灰暗的一面”，同时，林肯也不满意格里利的“那些把选举的进行描述为一种行为动机的那一部分”。林肯在有关地方以红笔勾画，希望格里利发表时删去。格里利拒绝了，他表示要么就全文照排，要么就不发。这样，林肯只好决定由自己“暂时承受他把我置于这一错误境地（我认为是这样）所带来的种种后果”。
11月8日，天气阴沉，下起了雨。晚上七点，林肯与秘书海来到陆军部，坐听选举结果。因受风暴影响，电报线路不能正常工作，林肯便在那里演讲，同时告诉了在那里的几个听众1860年他第一次选举后所做的梦。
午夜，尽管有几个州结果还没来，但已可以基本肯定，林肯的当选是无疑了。
10日晚，人们前来白宫向林肯祝贺。当林肯走出白宫的时候，草坪上一片欢呼。
1865年3月4日中午时分，在国会大厦前举行了林肯总统第二次就职典礼。
人海中爆发出经久不息的雷鸣般的欢呼声，总统同应邀出席的各界知名人士一道登上了讲台。林肯走到前列，宣读第二次总统就职演说，全场顿时鸦雀无声，人人凝神倾听在这一庄严时刻所发表的具有历史意义的演说：
“在这第二任的就职宣誓典礼中，并不需要像第一任就职时那样发表长篇演说。那时，对当时所要采取的方针政策多少做一些详细说明，似乎是适当的。现在四年任期届满，在这期间战争的每个重要时刻和阶段仍为举国所关注，并且占用了国家的大部分的力量，所以现在也提不出什么新的主张。我们的军事进展，是一切其他问题的关键所在，大家对其情形和我一样明了，而且我相信进展的情况可以使我们全体人民有理由感到满意和鼓舞。既然将来很有希望，那么我也无须在这方面做什么预言了。
“四年前，在与此相同的时刻，所有人的思想都焦虑地集中在一场即将来临的内战上。谁都害怕内战，都想尽办法去避免它。当我在这个地方做就职演说时，我曾想尽量不诉诸战争而保存联邦，然而反叛分子的代理人却设法在这个城市里以不打仗的方式摧毁联邦——他们力图以谈判的方式来瓦解联邦，分享财物。双方都声称反对战争，可是有一方宁愿打仗而不愿让国家生存，另一方则宁可接受战争而不愿让国家灭亡，于是战争就来临了。
“我们全国人口的八分之一是黑奴，他们并不是遍布于全国，而是局部地分布于南方。这些奴隶形成一种特殊而重大的利益。大家都知道这种利益可说是这场战争的原因。为了加强、永久保持并扩大这种利益，反叛分子会不惜以战争来分裂联邦，而政府只要求有权制止他们地盘的扩大。当初，任何一方都没有想到战争会发展到目前这么大的范围，持续这么长的时间，也没有料到冲突的原因会随冲突本身终止而终止，甚至会在冲突本身终止以前而终止。双方都在寻求一个较轻易的胜利，都不期盼有什么带根本性的或惊人的结果。双方都诵读同样的圣经，向同一个上帝祈祷，甚至每一方都祈求同一个上帝的帮助以反对另一方。人们竟敢要求公正的上帝来帮助他们夺取他人以血汗换来的面包，这看来似乎很奇怪。可是，我们还是别评判人家，以免别人来评判我们。双方的祈祷都无法如愿，而且从没全部如愿以偿。万能的上帝自有他自己的意旨：‘世界由于罪恶而受苦难，因为世界总是有罪恶的，然而那个做恶的人，要受苦难。’假如我们认为美国的奴隶制是这种罪恶之一，而这些罪恶按上帝的意志又在所难免，但既然已经持续了他所指定的一段时间，他现在便要消除这些罪恶。假如我们认为上帝把这场惨烈的战争加在南北双方的头上，作为对那些做恶的人的责罚，难道我们可以由此认为这有悖于信奉上帝的信徒们所归于上帝的那些圣德吗？我们殷切地希望，热忱地祈祷，但愿这战争的重罚会很快过去。可是，假使上帝要让战争再继续下去，直到二百五十年来奴隶无偿劳动所积聚的财富化为乌有，并像三千年前人们所说的那样，直至被鞭笞所流的每一滴血为刀剑下流的每一滴血所偿付为止，那么，我也只好说：‘主的裁判是完全正确而公道的。’我们对任何人都不怀恶意，我们对任何人都抱好感。
上帝让我们看到哪一边是正确的，我们就坚信那正确的一边。让我们继续奋斗，以完成我们正在进行的工作，去治疗国家的创伤，去照顾艰苦作战的战士和他们的遗孀遗孤，尽一切努力实现并维护我们自己之间，以及我国与他国之间的公正和持久的和平。”
当林肯念到最后一段时，许多人眼里已噙满泪水。林肯把他的右手放在摊开的《圣经》上，跟着首席法官蔡斯复诵就职誓词。