与罢官同样重要的手段是抄家。贪官一经揭发，雍正帝为使他们退出赃银，保证国库无损，主要采取抄家籍没的手段，这一招当然有效。雍正元年（1723年）八月，雍正帝采纳了通政司官员钱以垲的建议：亏空官员一经查出，一面严搜衙署，一面行文原籍官员，将其家产查封，家人监控，追索已变卖的财物，杜绝其转移藏匿赃银的可能。赃官们的罪行一经核实，就把他的家底抄个干净，连他们的亲戚、子弟的家也不放过。雍正帝下令："丝毫看不得向日情面、众从请托，务必严加议处。追到水尽山穷处，毕竟叫他子孙做个穷人，方符朕意。"此令一下，全国一片抄家声，雍正帝也得了个"抄家皇帝"的封号。这固然表明了一部分人对雍正帝经常抄家举动的不满，但也表明用抄家作为对付赃官手段的行之有效。对人们的攻击和舆论的不满，雍正帝似乎并不在乎，把它们看成是阿其那(允)、塞思黑(允)等人蛊惑人心的狂悖之语。有时也为自己小小地辩解一下，说明抄家的必要："若又听其以贪婪横取之赀(音zi资)财，肥身家以长子孙，则国法何在，而人心何以示儆？况犯法之人，原有籍没家产乏例，是以朕将奇贪极酷之吏，抄没其家资，以备公事赏赉之用。"
上有政策，贪官们便下有对策。对策之一是转移财产。说到转移财产，舅舅隆科多可谓是未雨绸缪，领先一步。他早就为自己留下预后之策，不等雍正帝对他下手，早就把财产分藏到京郊西山寺庙中和京城的亲友家中。贪官们的第二个对策是财产代赔。在清查亏空的过程中，有地方官和百姓代为清偿的。对策之三是借挪移来掩盖侵欺。所谓挪移，是指因公挪用，因为公务常常有迫不得已的情况，比如紧急救灾、临时招待等等；侵欺则是贪污。两种情况都可能造成亏空。但是二者性质有所不同，所以雍正帝在处分上也区别对待。一般来说，挪移是轻罪，侵欺是重罪。贪官们的这一对策是巧立名目、避重就轻，企图达到瞒天过海、浑水摸鱼的目的。对策之四是畏罪自杀。舍一己之命，力保万贯不义之财。
贪官有对策，而雍正帝更是先研究可能出现的对策，再制订政策，显然比贪官们技高一筹。第一，命令亲戚帮助赔偿。这主要是针对财产转移提出的政策。雍正帝曾明确指出：有的犯官把赃银藏在宗族亲友之家，这些人平时也有分用赃物的，现在一定要他们帮助清偿赃银，同时也命令抄没这些人的家产。由于办法毕竟太狠，在抓不住实据的情况下打击有失准头而且株连太广，因此在实行了四年之后，雍正帝也觉得此法有些过分，将它废除了。从这方面也看出雍正帝是一个有错即改、实事求是的好皇帝。
第二，禁止代赔。就当时的情况来说，由交情好的官员代自己先行赔偿，本来也没什么不行。然而做官的人人都想着占便宜，谁肯吃亏，代人赔了银子，事后难免肉痛，就有可能从百姓身上侵渔猎取，寻求补偿，巧借名目令地方百姓替官还债的情况多半又要发生。而且，获救的官员对出钱代赔的同仁必然感激涕零，这样又容易形成蛇鼠一窝，结成官场的朋党。虽然从财政上都能使国库亏空得以补充，但雍正帝的目的不仅在于补充财政亏空，还要杜绝官场陋习，不能顾此失彼，这便是雍正帝不许代赔的用意所在。从这里可以看出雍正帝的深谋远虑与高瞻远瞩。
第三，挪移之罚，先于侵欺。这一措施的实施，使得违规官员没有办法避重就轻。按常理，清查亏空，应当先抓贪污腐败，然后解决挪移问题，而雍正帝却反其道而行之。他规定在清查中，无论是侵欺还是挪移都要据实清查，而在追补赔偿之中，则不管是侵欺发生在前，还是挪移发生在前，都要先将挪移的亏空先补足，然后再赔偿侵欺的部分。雍正帝此计看似不合情理，实则高明。因为他早就看到了从前清查亏空的种种舞弊现象，贪官们偷奸取巧，将侵欺报作挪移，避重就轻，希望得以免罪。雍正帝对这种避重就轻的把戏早已了如指掌，他揭露这些贪官说："借挪移之名，以掩盖其侵欺之实，至于万难掩饰，则以多者为挪移，少者为侵欺，为脱其量罪。似此相习成风，以致劣员无所畏惧，平时任意侵欺，预料将来被参，亦不过以挪移结案，不致伤及性命，皆视国法为具文，而亏空因之日多矣。"雍正帝的这个办法一出台，就把许多贪官打了个措手不及，把他们的后路一下子给堵死了。这也是非常情况下的非常策略。事实上，在打击贪官清查亏空的工作取得一定成效之后，雍正帝就逐渐恢复了往日先查侵欺再追挪移的成法了。
第四，对畏罪自杀的官员加重处理。贪官们常常以为自己身死就会一了百了，可是，在雍正时代，雍正帝是不会放过这些死了的贪官的。雍正四年(1726年)，广东道员李滨、福建道员陶范，均因贪污、受贿、亏空案被参而畏罪自杀。雍正帝说：这是赃官"料必以官职家财既不能保，不若以一死抵赖，留赀财为子孙之计"。意思是这些家伙自知罪大恶极自身难保，就想以死抵赖，牺牲性命保住财产，让子孙后代享用。为使他们的狡计落空，雍正帝令督抚将犯官"嫡亲子弟并家人等"严加审讯，"所有赃款着落追赔"。
雍正帝对贪官的查处，贯彻于他的整个执政历程中，并非虎头蛇尾或轰一阵子就收摊。雍正帝认为若是查一阵子就停下来，还不如不查，因为这样的话，被查的满腹不平，往往会"反攻倒算"；新上任的会在任期内大捞一把，吏治会更坏。当然，由于雍正帝抓住不放，到后来贪官自然是少了，但历年都有被罚、被办的贪官公之于世，如雍正十年（1732年），河南学政俞宏图因贪污纳贿罪被斩首示众。
官场从来就是一潭"混水"，为了保护自己的皇位，历代一些皇帝总是睁一只眼，闭一只眼。雍正帝则显得格外地雷厉风行，甚至显得狠了一点。但在贪墨成风的年代，不下这样一个狠心，就刹不住贪污腐败之风。事实证明，雍正帝的一系列政策，确实沉重地打击了贪官污吏，不仅充盈了国库，而且也减轻了人民的负担。
耗羡归公，弥补亏空
清理钱粮亏空，除了采用抄家的办法，让贪官的家人、亲友吐出来弥补外，它的另一个途径，则是用耗羡银来逐年弥补。
耗羡的征收和使用是明代及清代前期相沿数百年的一项弊政。所谓耗羡，又叫火耗，是指在征收正项赋税钱粮之外的附加税。这种任意加赋的做法，既助长了官吏的腐化，也增加了百姓的负担。
雍正帝即位前，对耗羡以及与它相联系的差徭和滥征滥派，早就看在眼里。即位后的新年元旦，雍正帝在给各个地方的文告中说："今钱粮耗羡，日渐加增，重者每两加至四五钱，民脂民膏，朘（音juan娟）削何堪。至州县差徭，巧立名色，恣其苛派，竭小民衣食之资，供官司奴隶之用。"雍正帝又说：父皇在世时，有人请加耗羡以补亏空，先帝未允，如今耗羡断不能加。由此可见，雍正帝在考虑既要削减耗羡又要用耗羡银清偿亏空的办法。
康熙年间，已经有人提出了耗羡部分归公的意见，但由于耗羡归公影响了官僚集团的利益，考虑到必将引起大部分官员的反对，影响朝中稳定，康熙帝并没有批准实行。雍正元年（1723年）五月，湖广总督杨宗仁再次提出耗羡归公的问题。他奏称：地方上的公事开销，都是地方勒派百姓供应，不如令州县官在原有耗羡银内节省出二成，交到布政司库房，以充一切公事之费，此外丝毫不许派捐。耗羡本来是地方官私征私用，即如康熙帝所说是地方官的私事，杨宗仁要他们拿出一小部分归省里，作为公用，实际上是提出了具有耗羡归公意义的建议。雍正帝对杨宗仁的意见给予了肯定，表示甚为满意。同年，山西巡抚诺岷因该省耗羡问题比较严重，要求将山西各州县全年所得的耗羡银通通上交布政司库，一部分给各官作养廉银。这是当初最全面实行耗羡归公的办法。
雍正二年（1724年）初，河南巡抚石文焯折奏：该省共有耗羡银四十万两，给全省各官养廉银若干，各项杂用公费若干，下余十五六万两解存藩库，弥补亏空。由于办公费用都出在耗羡内，所以不用再从百姓身上打主意了。他的这一措施也是耗羡归公的办法。以前，雍正帝不太器重石文焯，认为他虚浮，看到这个奏折后，改变了对他的看法，说："此奏才见著实，非从前泛泛浮词可比。封疆大吏，原应如此通盘合算。如何抵项，如何补苴，若干作为养廉，若干作为公用，说得通，行得去，人心既服，事亦不误，朕自然批个是字。"就这样，在雍正帝的大力支持下，山西、河南两省率先实行耗羡归公的改革。
雍正帝想在全国推广山西、河南的办法，然而又觉得难以把握，于是，他命令九卿会议讨论，把各自的意见奏报。结果有很多官员对此不赞成，内阁也做出了禁止提解耗羡的条奏。理由有三条：第一，耗羡是州县应该得到的，上级不应该干涉，更不应该全部收走。第二，把不是正税的耗羡也当作正税征收，让人觉得有增加赋税的感觉。第三，督抚公开允许州县征收耗羡，使属于私征性质的耗羡变成了合法，这是允许属下贪婪，而不是鼓励、教育属下。
内阁的这个奏议发出后，山西布政使高成龄表示不能同意。他在奏折中针对朝官们的理由一一析辩道："州县官私征耗羡，以补官俸不足；上司没有耗羡，又不能枵腹办事，不得已就得向州县官要礼节常例，结果则还是出在耗羡项上，不如将之公开合法化，全省征收，给各官养廉银，形成定例，这样上司也不能再勒索属员，也省得州县官借口苛征里甲。"即：州县官通过私征耗羡，用来弥补自己俸禄的不足。但是，他们的上司不能直接收取耗羡，又不能空着肚子办事，必然要接受下面州县官所送的四时节礼，这礼还不是一样也出在耗羡项上？不如由全省征收耗羡，再由上司发给下属各官养廉银。这样做，上司就不能继续勒索属员，也免得州县官员有借口去苛征乡里。他又说："耗羡归公，不是增加耗羡，而是要比原来征收的成数还要少征，况且耗羡归公，多征也不归州县，谁还滥加成数。"即：耗羡归公，不是再增加耗羡，而是比原来征收的总数还要少。况且，耗羡归公，多征又不归地方来支配，这样，上司也不再勒索下属，州县官也不会再找借口向民间征收苛捐杂税。他还说：大臣收节礼，甚至接受贿赂，这不是鼓励、教育属员的方法。不如公开地分配养廉银，共受皇上的恩赐。
高成龄针对当时耗羡滥征的实际情况，讲解了耗羡归公的种种好处。他指出，九卿所说看似有理，光明正大，既不增加百姓负担，又能让州县官员满意，而实际上是沽名钓誉，说得好听，听任州县官员狂收滥派，不讲做官的法规，不管百姓的死活，如果按照他们的意见，只能维持旧日的弊端。
关于高成龄的反驳意见，雍正帝给予了高度的重视。为了保证意见的公允，雍正帝又把问题交给总理事务的王大臣以及九卿、詹事、科道各级官员讨论，并且一再要求他们讨论时应"平心静气，虚公执正，确议具奏"，同时警告他们，如果是心怀不轨或者意气用事的话，那么在这件事上，将有人要遭殃。由此可以看出，雍正帝在这件事上是支持高成龄的。朝中大臣已意识到这不是一件小事，必须慎重商议。但由于这件事涉及到内外官员的切身利益，也涉及到人们自身的政治观念，所以反对的人依然很多。不但私下反对者比比皆是，而且还有不少人公开上疏驳斥，他们认为诺岷和高成龄的办法将会给今后官员的日常公务造成麻烦。来自山西省内的反对呼声也很高，持改革意见的山西官员势单力薄，感到压力十分大，政策的实行也陷入了困境。在这种情况下，雍正帝实行了"必有一二获罪之人"的谕令，将持反对意见的刘灿调走，并革去其弟刘煜、刘烟的举人功名。
见到如此情形，有人提议"耗羡归公"先在山西试行一段时间，看效果怎样后再推广到各地。对这种意见，雍正帝给予驳斥，他说："天下事，惟有可行与不可行两端耳，如以为可行，则可通之于天下；如以为不可行，则亦不当试之于山西。"他这样讲，表明推行耗羡归公的决心不可动摇，不让臣下再犹豫。这种明确的态度虽然显得武断，但也成为了他行使政治权威的前提。由于雍正帝看到大臣们的意见始终得不到统一，长期争吵下去将于事无益，雍正帝便做出了实行耗羡归公政策的决断。
雍正二年（1724年）七月初六日，雍正帝发出上谕，首先批评了官员们的目光短浅，不懂得耗羡归公的重要意义。他说："高成龄提解耗羡一事，前朕曾降谕旨，令尔等平心静气秉公会议，今观尔等所议，亦属平心静气，但所见浅小，与朕意未合。"接着又历数了耗羡归属地方的许多祸害。他说："耗羡之外，种种馈送，各色繁多，故州县有所借口而肆其贪婪，上司有所瞻徇而不愿查参，此从来之积弊所当剔除者也。"
显然，对这个问题的理解，雍正帝站得高看得远，比高成龄更深入。他认识到私征耗羡恰是造成下级营私、上级容隐、吏治不清的原因之一。上级一旦得到下级的实惠，必然会对下级的种种贪婪违法做法有所保留，睁一只眼闭一只眼。长此以往，下级也必定有恃无恐，欲壑难填。这样吏治之败坏只会愈演愈烈，不可收拾，所以应当全力消除这种弊端。实行耗羡归公，首先就有利于澄清吏治，而并非像内阁大臣们所说的那样是鼓励属员贪婪。
山西最先推行耗羡归公政策，雍正元年（1723年），山西省的耗羡率就由原来占正税的30%~40％降到了20％，雍正四年（1726年）又降到了13％。山东在雍正六年（1728年）以前耗羡率高达80％，农民负担相当沉重，后来降到了18％，到雍正六年以后又降至16％。河南同山东一样，原来的耗羡高达正赋的80％，到雍正二年（1724年）实行耗羡归公后，一下子降到了13％。其他大多数地区一般在5％~15％，耗羡率均较低。
耗羡归公之后，收入由政府统一管理使用，用途主要有四：一是作为官员的养廉银，二是弥补地方亏空，三是弥补国家亏空，四是留作地方公用。
雍正帝实施的耗羡归公这一举措，具有重大的社会意义。
首先，耗羡归公扭转了康熙王朝后期滥征加派的歪风，澄清了吏治。耗羡归公后，由于中央把各省征收的耗羡银从过去的暗取变为明收，并使数量和用途固定化，不得再私自加派，从而使康熙末年以来的滥征加派之风得到明显遏制。
其次，大幅度增加了中央财政收入。耗羡归公后，中央政府每年都从耗羡中提取相当一部分用来填补国库亏空，从而确保了国家财政的稳步增长。据统计，仅仅十几年的时间，国库存银由康熙六十一年的800万两增加到雍正末年的6000多万两。