康熙帝晚年受"无为"思想的影响，认为"多一事不如少一事"，吏治松弛，贪污腐败已然成风。即位后，为惩治贪墨成风的吏治，整肃官员们不顾王朝的前途与命运，通过废弛政务法纪、贪污冒饷等行动来满足个人或利益集团私利的行为，雍正帝克服各方面的阻力，在举国上下大规模地开展了清查亏空、推行耗羡归公、实行养廉银制度和取缔陋规等多项针对大利益官僚集团的工作。由于他态度坚决，措施得力，使得一度废弛的朝政得以整顿，从而建立起一个独具革新特色、办事雷厉风行的新型政府。在整顿吏治的过程中，雍正帝乾纲独断、事必躬亲，其人其治具有鲜明的个性和独特的风格，不愧为一位勇于革新、勤于理政的杰出政治家。
清查亏空，设会考府
康熙帝亲手创造了一个"太平盛世"，但也留下了严重的后遗症：吏治腐败、税收短缺、国库空虚、地方绅衿鱼肉百姓，贫者愈贫、富者愈富。时为雍亲王的胤禛对此情形已了若指掌。雍正帝在即位之初就说"近日道府州县亏空争粮者正复不少"，有的多至数十万。他将其视为"负国营私"的大恶，决心要彻底革除这种现象。
封建专制时代的皇帝即位时，为表庆贺，经常要大赦天下，也即足颁恩诏，对国内各地实行一些惠民政策，或释放囚犯，或赦免钱粮，雍正帝也不例外。但当雍正帝看到恩诏中将豁免官员亏空一条列入时，大为不满，认为这样做会助长贪官们的侥幸心理，若新君以此笼络人心，以后官吏侵吞钱粮的事就杜绝不了。雍正帝当即命令撤销这一条，并将清理亏空作为他即位后的首要任务之一。
雍正帝即位一个月后就给户部下达了全面清查的上谕。他说各地出现的钱粮亏空现象，不是受上司的勒索，就是自身的侵占，这都是违法的行径。在先，皇考圣祖皇帝宽宏仁慈，未能将赃官明正法典；一些勒令追补亏空的措施，也不过是虚应而已，亏欠现象依然照旧，国库因此而空虚。一旦地方有事，急需开支，拿什么去应付？此事关系非浅，因而要彻底清查。随后，雍正帝还特地部署了各地清查的方针、政策和注意事项："各省督抚将所属钱粮严行稽查，凡有亏空，无论已经参出及未参出者，三年之内务期如数补足，毋得苛派民间，毋得借端遮饰，如限期不完，定行从重治罪。三年补完之后，若再有亏空，决不宽贷……"
雍正帝又说："其亏空之项，除被上司勒索及因公挪移者，分别处分外，其实在侵欺入己者，确审具奏，即行正法。倘仍徇私容隐，或经朕访闻得实，或被科道纠参，将督抚一并从重治罪。即如山东藩库亏空至数十万，虽以俸工补足为名，实不能不取之民间额外加派，山东如此，他省可知，此朕所断断不能姑容者。"
即是说，在清查亏空中，除了惩罚勒索者以及挪移者本人外，假如有谁在清查中徇私舞弊，包庇纵容，万一被我查访到或被监察官员举报后证实，将连同该省的总督、巡抚一并治罪。比如山东省，以前查明的亏空有数十万两，虽然现在名义上用官员的俸禄补足了，其实我也知道这中间有不少巧取豪夺、乱收费乱摊派的事情。山东如此，其他省份可想而知，对此，我是万万不会姑息容忍的。
雍正帝勒限三年，三年时间很快就过去了。总的说来，清查的成就比追补兑现的成就更为显著。雍正四年（1726年）八月，清查和追补工作做得较好的直隶总督李维钧报告清查出亏欠银41万两，至报告时已追补完成20万两，完成追补近50％。
其他各省拖欠未完者也有，雍正帝不得不将勒限再延长三年："凡各省亏空未经补完者，再限三年，宽至雍正七年，务须一一清楚，如届期再不全无，定将该督抚从重治罪。如有实在不能依限之处，着该督抚奏闻请旨。"
第二个"三年计划"完成得如何呢？以对浙江钱粮的追补为例，雍正帝派性桂为钦差大臣前往浙江，会同督抚李卫协力办理，查核清楚，将积欠分年追补。雍正五年（1727年）、六年（1728年）两年，每年追补15万两，到七年（1729年）已将雍正三年至五年未完的赋银77万两追补了40万两，其余的也可在规定期限内完成。雍正帝对此表示满意。
为了顺利完成清查亏空的任务，雍正元年（1723年）正月十四日，雍正帝发出了在中央设立会考府的上谕。所谓会考府，就是为清查政府亏空，打击官吏贪污舞弊现象而专门设立的一个官吏审查机构，其职责相当于现代的中央审计署。
雍正帝宣布此后一应钱粮奏销事务，无论哪一个部门，都由新设立的会考府清厘"出入之数"，都要由怡亲王允祥、舅舅隆科多（隆科多是雍正帝养母佟佳氏的兄弟，所以，雍正帝与隆科多本属外甥与舅舅的关系，但皇帝承认不承认、叫与不叫却是另一回事。雍正帝甘当小辈，尊称他为舅舅，这本来已经是一件不寻常的事了，雍正帝却叫下人都尊称隆科多为舅舅，这更是一种特殊的荣誉）、大学上白潢、尚书朱轼会同办理。这样就把奏销大权由原先的各部院收归中央，使得官员们想做手脚也不容易了。
为了能使清查政策很好地落实，雍正帝还特别对怡亲王允祥强调，要严格执行清查政策，不得有所松懈。雍正帝告诫允祥说："尔若不能清查，朕必另遣大臣，若大臣再不能清查，朕必亲自查。"雍正帝一再表示他对贪污等现象绝不宽容，至此，一场从上到下、由内到外，惩办贪官、清理亏空的活动迅速大规模开展起来。
会考府设立不到三年，办理部院钱粮奏销事件550件，其中驳回改正的有96件，占所办事件的17.5％。户部库存白银，经怡亲王允祥查出亏空共250万两，雍正帝立即命户部历任尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事等官员及部吏均摊赔偿150万两，另100万两由现任户部官员弥补。
在清查亏空中，难免会涉及到贵族和高级官僚，对此，雍正帝一样不手软。不论何人，决不宽贷。一些王公贵戚、达官显宦不得不通过典卖家产用来赔偿亏空。康熙帝的十二皇子履郡王允祹曾经主管过内务府事务，雍正帝追查他的亏空，他没有办法补齐，最后只好将家用的器皿摆到大街上出卖，以便凑钱补空。康熙帝的十皇子敦郡王允也因赔银数万两，还不够数，被雍正帝抄了家产。内务府官员李英贵伙同张鼎鼐等人冒支正项钱粮100余万两，由于没钱补足，雍正帝也毫不留情地抄了他们的家。
为了不使雍正帝失望，允祥严格执行雍正帝下达的政策，对达官贵人毫不留情。于是，人们便责怪他，说他过于苛刻，过于残忍。雍正帝听到后，说这不关允祥的事，进行严查是朕的旨意。雍正帝将责任都揽到自己身上，达官贵人看到皇帝出头替允祥撑腰，即使心里有怨也不敢再说，会考府的工作因此得以顺利进行，达官贵人收敛了很多，中央各部的舞弊现象由此得到有效控制。
在中央清查工作展开的同时，地方清查也普遍开展起来。雍正元年（1723年），被革职查封家产的有湖广布政使张圣弼、粮储道许大完、湖南按察使张安世、广西按察使李继谟、直隶巡道宋师曾、江苏巡抚吴存礼、布政使李世仁、江安粮道王舜、江南粮道李玉堂等人。雍正帝反对贪墨的工作仅仅开展了五年，国库储银就由康熙六十一年的八百万两增至五千万两。更重要的是，社会风气改变了，"雍正一朝，无官不清"的说法，也许夸张了点，却是对雍正帝治理腐败的肯定。
推行廉政，提倡节俭
雍正帝认为："治天下惟以用人为本，其余皆枝叶事耳。"他反复强调，官吏的操守如何，是国家行政的根本，"吏治不清，民何由安。"为此，雍正帝大力提倡"廉洁爱民，奉公尽职"。
雍正帝还认为，一个人只有为官清廉，才能主持公正。为此，雍正帝告诫官员："以循良为楷模，以贪墨为鉴戒……操清廉乃居官之大本。故凡居官者，必当端其操守以为根本，乃可以为良吏。"
雍正帝所推行的廉政，是针对康熙朝后期官场的种种时弊而发的。晚年康熙帝以"多一事不如少一事"为训，政宽事省，君主无所作为，官吏因循弄法，吏治败坏。尤其是上下贪污贿赂成风，内外大小官吏或根据酬贿之轻重，补授好坏之官缺；或虚名冒饷，侵渔克扣；亦有大员子弟冒请军功，无功受禄。种种情弊，不一而足。雍正帝即位后决定整饬官吏，推行廉政。
雍正帝首先严厉惩办了一批贪赃枉法的官员。以年羹尧为例，年羹尧贪赃受贿、侵蚀钱粮，累计达数百万两银钱之多。除他的亲信外，谁想弄个一官半职，都要给他进献厚礼，有的一次送银多达二万余两。仅仅人事安排一项，年羹尧最多的一次就收受了四十多万两白银，那时一品大员一年的俸禄才一百八十两银子，这些贿赂可抵得上一万个八品官一年的收入！年羹尧这个"西北王"已俨然成为西北黑、白两道中神通广大、一手遮天、恶霸一方的大帮主。雍正帝调查清楚后，即对年羹尧进行了严厉惩办，同时也给其他官员敲响了警钟。
雍正帝对于贪官是毫不手软，而对于清廉刚正的官员则是倍加爱惜。河南大员田文镜铲除贪官，果断坚决，由此招致了不少人的怨恨，有人给他开列了十大罪状。雍正帝经过核实后，将诬告者治罪，下令田文镜官升两级。并且在田文镜的奏折上，表扬他"为国忠诚"，并好言安慰田文镜说："小人流言何妨也，不必气量窄小。"浙江总督李卫以严猛廉洁著称，雍正帝曾赐他御书"公勤廉干"匾额一方。李卫不苟同于官场积习，无所瞻顾，不徇私情，不避权贵，得罪了不少大员，这些人串通告状。雍正帝心中有数，指出：李卫粗率狂纵，人所共知，但他却是刚正之人，"朕取其操守廉洁，勇于任事。以挽回瞻顾因循，视国政为膜外之颓风耳!"
雍正帝虽然很重用清官，但他对清官也会作具体分析。他说：当官的若不干事或者干不好事，人品再好，也不过是个木偶，起不到治世安民的作用。直隶吴桥知县常三乐，廉洁安分，也没有什么过错，但是他胆小软弱，以致地方好多事久拖不决，工作难有起色。直隶巡抚李维钧要把常三乐从县令职位上调开，吏部却认为常三乐没有什么劣迹而不予批准。雍正帝知道这件事后，毫不含糊地指出：常三乐当官软弱，实属失职，应当免去官职。由此可见，雍正帝不仅要求官员们清廉刚正，而且要有真实的才干。为了造就一支高效的官吏队伍，雍正帝还命令文武百官荐举人才。 雍正帝要求官吏必须为官清廉，但同时也反对某些官员借清廉之名而沽名钓誉。为此，他指出："取所当取不伤乎廉，用所当用不涉乎滥。固不可削以困民，亦不必矫激以沽誉。"这就是说：做官的取自己应当取的钱财不能算作不廉，用自己应用当用的钱物不能算是滥用。所以，既不要剥削老百姓，也不要伪饰清廉而沽名钓誉。
在官场上，确实存在着沽名钓誉的现象。清朝曾经流行着这样一个术语"名实兼收"。对此，雍正帝进行了入木三分地分析："所谓名者，官爵也；所谓实者，货财也。"他进一步指出：
"今之居官者，钓誉以为名，肥家以为实，而云名实兼收。"即：这些名实兼收的官僚，品行似乎很公道忠诚，操守看上去廉洁无私，实际上却是善于钻营者。他们对应尽的民生职责并不经心，专以逢迎上司为能，甚至暗通关节，私受请托，巧吞钱财，很是神通广大。结果，既捞到了实惠，又博得了美名，可谓名利双收。
为了有效地推行廉政，雍正帝以身作则，以实际行动号召群臣提倡节俭。雍正帝素喜清淡，"御膳"常常是烧豆筋、炒豆芽等几个简单的素菜，外加一碗糙米饭。掉一个饭粒都要捡起来吃掉，未动的菜则回锅热热下顿再吃。连李卫都感叹皇帝太"寒碜"，雍正帝则淡淡一笑："朕富有四海贵为天子，何物不可求？何膳不可进？由俭入奢易，由奢返俭难啊!"雍正帝从未去过承德避暑山庄，也没到江南做过巡幸活动。就算他不得不去拜谒祖陵时，都不同意在沿途安放过多的临时设施，稍有花销，就认为是过奢之举。此外，他对群臣进献的稀世珍宝也大不以为然，反倒认为："行一利民之政，胜于献稀世之珍也；荐一可用之才，胜于贡连城之宝也。"
雍正帝明确指出："世人无不以奢为耻，以勤俭为美德，若诸臣以奢为尚，又何以训民俭乎？"即：世人都反对骄奢淫逸，都把勤俭当作美德。假如群臣反过来都以奢侈为时尚，那又怎么去教导百姓们提倡节俭呢？
应当说，雍正帝的确是一位胆识皆备、办事雷厉风行的皇帝。他有令必行，有禁必止。他在位十三年，励精图治，在施政的各个方面实行了独具特色的改革，并取得了一定的成效。尤其是他坚决打击贪污腐败行为，力倡廉政，整饬吏治等举措，在一定程度上革除了康熙王朝后期遗留下的虚诈不实的官场弊端，为"雍正改元，政治一新"打响了第一炮，为乾隆初期的发展奠定了良好的基础。
严惩贪吏，雷厉风行
雍正帝在清查亏空的活动中查出了一大批贪官污吏。为了肃清吏治，辟一朝清廉之风，罢官、抄家，是雍正帝对贪官们采取的严厉惩戒措施。
雍正帝采取的罢官策略是针对所谓"留任补亏"的，这也是历朝历代的老办法，即查出亏空后，勒令该官在限期内补齐。但是，有哪个贪官会从自己身上挖肉下来填补亏空呢？他们的常用手段就是加紧盘剥百姓，正所谓"不取于民，将从何出？"结果，国库是充盈了，百姓却大吃苦头。雍正帝要改革，是既要国富，也要民强，不能让贪官污吏分文不损，平民百姓加重负担。因此，他的对策是先罢官，后索赔。凡是贪官，一经被人告发，就要革职离任，不许再像以前那样可以留任以弥补亏空。如果已经清还完毕，尚可为官者，由吏部奏请。
雍正帝严厉打击贪官方针的实行，使得被罢官的人很多。雍正三年（1725年），湖南巡抚魏廷珍上奏报称：该省官员被参劾的已有大半，如再查出舞弊问题，将继续纠参。雍正十年（1732年），直隶总督李卫报告说，全省府厅州县官，在任三年以上的寥寥无几。官员的频繁更换，原因之一是被撤职的人太多了。