作为一名改革家，雍正帝"整数百年颓风"大手笔的改革还表现在对八旗的改制方面。八旗军的军功使得它在清初的历史上有着举足轻重的地位。然而随着朝廷事务的增多、八旗旗主、管主对权力的追逐，八旗军成了皇权直接管辖不到的地方，骄纵、腐败恶习日益滋生，皇族之积弊痼习也越来越显著。雍正帝即位后即向旗主、管主这样的贵族集团开刀，他整顿旗务，健全规章，削弱旗主特权，同时他还采取措施解决八旗子弟的生计问题。清厘积弊的改革，扩大了皇帝对八旗的控制权和八旗军对皇帝的向心力。
削夺特权，加强控制
八旗制度是满族的社会组织形式，也是清王朝的重要政治制度。八旗制度最初具有军事、生产和行政三方面的职能，对早期满族社会经济的发展起到了促进作用。它是由满洲开国皇帝努尔哈赤于明万历二十九年（1601年）正式创立，初建时设四旗：黄旗、白旗、红旗、蓝旗。1614年因"归服益广"将四旗改为正黄、正白、正红、正蓝，并增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称八旗，统率满、蒙、汉族军队。
各旗旗主是一个旗的首长，拥有很高的权力，与旗下有着严格的主从关系，旗下隶属于旗主，与皇帝是间接关系。即使是皇帝要调用旗下民众，也必须通过旗主，各旗内亲王、贝勒、贝子均为世袭。八旗的所有权，更多的是属于旗主。换一种说法，就是旗下有两个主人，一个是旗主，一个是皇帝。就实质来说，八旗旗主的这种特权是和传统的封建中央集权相冲突的。随着清朝统治的巩固，皇帝要直接掌管旗民，加强皇权；然而旗主要维持对旗下的所有权，从而导致旗主的这种特权与皇权的矛盾日益尖锐。
雍正帝实行八旗改制更重要的原因，那就是雍正帝与以前帝王相比，在八旗中的势力十分微弱，几乎处于无足轻重的地位。他在即位前，仅有藩邸所在镶白旗，按规定另有"满洲佐领(清代八旗组织基本单位名称)六，蒙古、汉军佐领各三"，一共十二个佐领，约占八旗佐领总数的百分之一左右。原本属于皇帝的上三旗，或由兄弟代管，或被豪族控制，如不改变这种状况，皇帝的指令就很难得到认真贯彻。如果说雍正帝以前诸帝都是先在旗内居于绝对优势、在得到普遍拥戴之后才登上皇帝宝座的，那么，雍正帝则必须于即位之后，借助皇权，巩固自己的力量。
在雍正帝执政以前，清政府就有过削弱旗主权力的行为。早自清太宗皇太极即位以来，诸王和旗主的权力就不断受到抑制，皇权不断得到加强。清太宗将八旗分为两等：上三旗和下五旗。上三旗有镶黄旗、正黄旗、正白旗，归天子自将。剩下的五个旗定为下五旗。在康熙帝统治后期，以原有都统、副都统"起家微贱，专意循庇，耽于安逸，旷废公务"为由，指定皇七子胤祐管理正蓝旗满洲、蒙古、汉军三旗旗务；皇十子胤管理正黄旗满洲、蒙古、汉军三旗事务；皇十二子胤祹管理正白旗满洲、蒙古、汉军三旗事务。康熙帝派皇子管理旗务，兼任都统，意在削弱该旗王公之权，使该旗进一步直属皇帝统辖。
雍正帝即位后，对这种局面进行了大刀阔斧的改革。在他看来，这些兄弟们受皇考之命管旗，与自己又是兄弟辈分，如果长期延续，必然会被认为是新的旗主，这样一来就会对维护专制皇权极端不利，必须改变现状。为了彻底削弱八旗旗主的权力，雍正帝采取了一系列的措施：首先，改变文字，从意识形态上革除旗主的痕迹。八旗都统，清文为"固山额真"，"额真"满语意为"主"。雍正元年，给事中硕塞奏称：八旗都统在满语中称固山额真，"额真二字，关系重大，非臣下所可滥用，请予修改，以定名分。"雍正帝采纳了这个建议，下令将固山额真改为固山昂邦。"昂邦"是满语"臣"的意思，"固山昂邦"即"旗的大臣"，这样一改，就明确了君臣主仆名分，只有皇帝一人可以称为"主"，即使是一旗之主，和皇帝的关系也是臣子和君王的关系。各旗虽各有旗主，各旗之人只知有君上，不知有旗主。
在雍正帝即位的第十天，就全面撤换正黄旗满洲、蒙古、汉军三旗都统：以镶红旗满洲副都统马尔萨署理正黄旗满洲都统；镶蓝旗满洲副都统伊都善署理正黄旗蒙古都统；銮仪使李木火署理正黄旗汉军都统。对其他各旗都统，也都逐步进行了撤换。康熙六十一年（1722年）十二月初九日，以领侍卫内大臣公鄂伦岱为正蓝旗汉军都统，十五日，升镶白旗汉军副都统拉锡为正白旗蒙古都统；署镶白旗护军统领音德为正蓝旗满洲都统。翌日，升三等侍卫观音保为正白旗汉军都统。因为正蓝旗蒙古都统并非允祐兼任，所以并没有撤换。对于镶黄旗和正白旗满洲都统的撤换，时间持续稍微长了一些，直到雍正元年（1723年）五月十九日，才以裕亲王保泰署理镶黄旗满洲都统。大约在此前后，任命贝勒满都护署理正白旗满洲都统。至此，允、允祐、允祹所管的旗务全部撤换，雍正帝进一步加强了皇权。
关于对下五旗的旗务管理，雍正帝承袭其父遗策，任用自己的亲信兄弟和王公管理下五旗的旗务，即所谓管主。如雍正四年（1726年）九月，用原来署理正黄旗汉军都统的顺承郡王锡保署理镶蓝旗满洲都统。五年九月，又署理正红旗汉军都统。又如，雍正四年九月，以康亲王崇安署理镶红旗汉军都统。翌年三月，又命其兼理正红旗汉军都统。同年五月，又署理正蓝旗三旗事务。上述各旗都有都统，之所以还任命诸王监管，是由于当时惩治不法王公，剥夺其所属佐领，八旗正处于分化和改组时期。以诸王监管旗务，凭其地位和影响，有一定威慑作用。
由于监管旗务的诸王地位身份崇高，权位也很大，仍然影响着皇帝对八旗直接行使权力。再加上旗内管主与都统等官员职权难分，往往产生摩擦，未免耽误公事。于是，雍正帝下决心要进一步削夺旗主的权力。雍正六年（1728年），减少各旗管主，取消崇安、锡保及信郡王德昭等人管理旗务。七年，雍正帝命庄亲王允禄管理镶白旗满洲都统。九年，改命庄亲王允禄管理正红旗满洲都统事务。十年，用平郡王福彭管理镶蓝旗满洲都统事务。
允禄、福彭身为亲王、郡王，现在被任命管理都统事务，这已经与原来管旗务的性质大不相同。管旗务是八旗都统的"太上皇"，是管主，都统得惟命是从，而管理都统事务，本身相当于都统，或是兼职都统。也就是说，允禄现在已不是管主，而是被降为一旗长官了，大大削弱了其自主的权力。当然，这不是允禄个人的荣辱问题，因为他长期受雍正帝信任，后来为乾隆顾命大臣之一，他的出任管理都统事务，表明皇子、亲王在八旗中地位的降低，表明管主的被取消，八旗已经直接为皇帝控制。
至此，清代管理八旗事务人员经过了三个阶段的变化：旗主---管主---都统，从形式上看，他们都在管理旗务，但有本质的不同。旗主是世袭王权，旗主与旗民的关系是主从关系；管主代替旗主，削弱了旗主的势力，其职务是皇帝临时指派的，不能世袭，与所属旗人自然就没有主仆关系可言了；管理都统事务的虽然都是王公，职责都是掌管"八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋"，是八旗的军政长官，是一种职务，由皇帝临时任命，不能世袭，与所在旗的旗民是官民关系，而不是主从关系。这三个阶段中，每一个阶段的变化，都是旗内主从关系的减弱，是皇权在八旗内强化的过程，同时也是满族集团内部权力逐渐集中的表现。
其次，雍正帝还在八旗内改革选官制度，加强对八旗旗主的控制。在清朝，官员的缺额向来分为旗缺、翼缺和公缺多种。旗缺是指某一官职依照惯例只能由某旗人员充任；八旗又分左右两翼，这是努尔哈赤初建八旗时因分列不同而形成的定例。翼缺是专属于某一翼的人员的官缺；公缺则是所有八旗子弟均可担任。旗缺、翼缺有一定的检选限制，只能在某旗某翼内进行拣选，旗主、管主可以把持这些缺位，也使得各旗之人具有向心力，团结自固，但在八个旗内，各旗人才不一，因而有的旗升转较快，有的则较迟滞，这是一种不公平的现象。雍正帝即位后，对八旗内部缺职的补授也进行了更改。如对原来下五旗王公所谓公中佐领之缺，只在该王属下拣选的定规，雍正帝予以更改。雍正帝认为这样选择范围太小，不易得到合适的人选，命于该旗中挑选官员引见补授。雍正六年（1728年），雍正帝以铨法划一为由，将原为旗缺、翼缺的各堂主事、郎中、员外郎、内阁中书、监察御史、给事中、工部造库郎中等都改为公缺。这样一来，管旗诸主对旗内官员的部分任免权就消失了，雍正帝进一步弱化了八旗旗主的政治势力。
随着清朝封建制度的成熟，旗主的特权最终成为不适应时代的赘疣，为了摆脱其对中央统治的不利影响，雍正帝加强了对八旗的控制权，限制并剥夺原旗主的种种特权，从此八旗主子只有皇帝一人。这是雍正帝加强君主专制制度的一个重要步骤。
改善关系，订立制度
雍正帝削夺八旗特权，除了削夺旗主特权外，还表现在削弱王公与属下私属关系上，这就将整顿旗务与打击朋党、整顿吏治联系在了一起，适应了当时的政治形势，实在是一举数得。
雍正帝即位之前，八旗旗主势力逐渐衰微，已无力与皇权抗衡，但他们还保留着一些特权，如在下五旗中，旗下与管主的隶属关系依然存在。由于下五旗诸王中有相当一部分人与允、允集团有比较密切的关系，对雍正帝并非心悦诚服，这是雍正帝所不能容忍的。
雍正帝即位后，首先收回了王公任用属下的权力，隔断了王公大臣之间的联系。雍正王朝以前，旗人奉本旗主为主是天经地义的，旗主要求旗民为奴也是无可厚非的。任何一个旗民都是旗主的仆人，可以随意使用，也可以任意处罚。雍正帝要巩固皇权，要改善这种毫无人格尊严的隶属关系，自然不允许这种状况存在，对此，雍正元年（1723年）七月，雍正帝规定，禁止王公在所属佐领内滥派差役，只许挑选人员充任护卫、散骑郎、典仪、亲军，不许兼管家务，若用作包衣官职，或令跟随子侄，都要列名请旨，并且要知会该旗都统，由都统复奏。十月，雍正帝又降谕：自今以后，凡没有封号的诸王、贝勒等，即直呼其名。
二年（1724年），雍正帝又规定不许下五旗王公听信谗言，将属下妄加残害，或借端送刑部治罪，若有此种情况，则将这些被害者撤离原主门下。同时规定，王公属下有被问罪发遣的，不许发往该王公打牲处所，免得他们发生联系，属下也不得私自回到该王公门上，这样就意味着王公不许包庇属人。政府惩治王公属下，不容原主包庇；王公迫害其属下，政府不容其肆恶。既不许包庇，又不许妄加残害，在削弱王公权力的同时，也削弱了佐领内的向心力，完全摆脱了旧有的主属关系。
同年，雍正帝还更定了王公拥有的护军、领催、马甲数。如亲王拥有护军、领催四十名，马甲一百六十名；郡王拥有护军、领催三十名，马甲一百二十名；贝勒拥有护军、领催十六名，马甲八十名；贝子拥有护军、领催十六名，马甲六十四名；镇国公拥有护军、领催十二名，马甲四十八名；辅国公拥有护军、领催八名，马甲三十二名。从总体上看，比原来的数目减少了。雍正帝还于同年下令，诸王所属佐领，凡移出的，其内人员不得再与旧主往来，否则从重治罪。雍正帝这样做，目的有二，一是减少王公拥有的护军数量，使王公不能对旧部再发生影响，以至于聚众抗上。二是限制王公与旧属之间的联系，进一步分化八旗集团势力。与此同时，雍正帝还规定，诸王不得任意扰累旗分佐领。雍正帝执政之前，诸王担任旗主时，与属下旗分佐领有较强的隶属关系。改革以后，诸王早已不任旗主，但传统的习惯势力犹在。并且，诸王往往是旗中辈分最高的长者，有些旗分佐领原本即是从其附属佐领分出，这都使旧有关系一时难以摆脱。雍正帝认为"下五旗诸王，将所属旗分佐领下人，挑取一切差役，遇有过失，辄行锁禁，籍没家产，任意扰累"，此风如任其发展，"则五旗之人，竟有二主，何以聊生？"因而于雍正元年（1723年）三月十八日降谕规定，旗下官员、兵丁，不得继续在诸王、阿哥门下看守行走。"且旗下官员亦不敷用，着拨回旗下当差行走"。
雍正帝削弱八旗王公与属下的私属关系，有着深远的意义。雍正帝将整顿旗务与打击朋党联系在一起，既削夺了八旗集团的势力，又削弱了朋党集团的势力。这样就逐步废除了王公贵族享有的特权，同时又大大加强了皇帝的权威。
此外，雍正帝还严禁下五旗诸王勒索外吏。雍正帝认为，诸王门下人等一旦出任外吏，便成为皇帝手下的政府官员，其身份地位应与原来有所不同。因此，既不许旗主役使其子弟，也不许对其本人分外苛求、"肆意贪索"。他于即位前夕即降谕宣称："下五旗诸王属下人内，京官自学士、侍郎以上，外官自州牧、县令以上，该王辄将其子弟挑为包衣佐领下官，及哈哈珠子、执事人，使令者甚众，嗣后着停止挑选。其现在行走入内，系伊父兄未任以前挑选者，令其照常行走；若系伊父兄既任以后挑选者，俱著查明撤回。或有过犯该王特欲挑选之人，着该王将情由奏明再行挑选。"元年(1723年)六月二十九日，又指出："凡旗员为外吏者，每为该旅都统、参领等官所制。自司道以至州县，于将选之时，必索勒重贿方肯出结咨部。及得缺后，复遣人往其任所，或称平时受恩，勒令酬报，或称家有喜丧等事，缓急求助；或以旧日私事要挟。下五旗诸王不体恤门下人等，分外勒取，或纵门下管事人员肆意贪求，种种勒索不可枚举，以致该员竭蹶馈送，不能洁己自好。凡亏空公帑罹罪罢黜者，多由于此。"在这段话中，雍正帝指出，下五旗诸王不体恤在外省做官的门下，向这些门下过分勒取钱财，或纵容管事人员向他们大肆搜求。为了除此弊端，他一方面允许这些被革职的官员上告，同时为了消除这些官员不敢上告的心理，准予他们封章密参。次年，有人上告公爵星尼勒取属人王承勋几千两银子，雍正帝得知此事后，在上谕中说：星尼不过一个公爵，而王承勋不过一个州县官，勒取数目便已达数千两之多。如果主人是王爷，属人为地方大员，则不知更要多少了。他就此事警告王公，若不悔改，必将旗内王府佐领下人"一概裁撤，永不叙用"。严禁王公对属下的勒索行为，这是将整顿旗务与整饬吏治联系在了一起。可见，在雍正帝即位之初，之所以要急于改革旗务，是和当时的政治实际密切相关的，在打击朋党的同时，又整饬了吏治，这些都是雍正帝即位后的当务之急，从这些举措中足以看出雍正帝是一位睿智大帝。
整顿旗务，健全规章
雍正帝在削弱旗主权力、改变王公与属下私人关系的同时，还整顿了八旗旗务，这表现在对八旗的机构、体制、工作作风等方面的改革上。